BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G48050.1
Length=2273
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg923125 jgi|Araly1|923125|scaffold_104406.1 3341 0.0
> Ahg923125 jgi|Araly1|923125|scaffold_104406.1
Length=2083
Score = 3341 bits (1809), Expect = 0.0
Identities = 1992/2081 (96%), Gaps = 10/2081 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 28 cttcCAGCACAACTCCTCAATGGCACGAAATCGGGAGGGTTTGGTTTTGGTGCTCGATGT 87
|||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2 CTTCCAGCACAAGTTGTCAATGGCACGAAATCGGGAGGGTTTGGTTTTGGTGCTCGATGT 61
Query 88 AGGTCCTGCGATGCGTAGTGTTCTCCCTGATGTTGAAAAGGCATGTTCAATGCTACTTCA 147
|||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 62 AGGTCCTGCGATGCATAGTGTTCTCCCAGATGTTGAAAAGGCATGTTCAATGCTACTGCA 121
Query 148 GAAGAAGTTGATTTACAACAAGTATGATGAAGTTGGAATTGTTGTCTTTGGAACTGAAGA 207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 122 GAAGAAGTTGATTTACAACAAGTATGATGAAGTTGGAATTGTTGTATTTGGAACTGAAGA 181
Query 208 AACTGGAAACGAGCTTGCTAGGGAGATAGGTGGATATGAGAATGTTACAGTTTTAAGGAA 267
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 182 AACCGGAAACGAGCTTGCTAGGGAAATAGGTGGATATGAGAATGTTACGGTTTTAAGGAA 241
Query 268 TATCAGAGTTGTTGATGAATTAGCGGCAGAGCATGTGAAGCAGCTTCCTCGAGGAACTGT 327
||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 242 TATCAGAGTTGTTGATGAAGTAGTGGCTGAGCATGTAAAGCAGCTTCCTCGAGGAACTGT 301
Query 328 AGCTGGAGACTTTCTTGATGCTTTAATTGTTGGGATGGATATGCTTATAAAGATGTATGG 387
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 302 AGCTGGAGACTTTCTTGATGCTTTGATTGTTGGGATGGATATGCTTATAAAGATGTATGG 361
Query 388 TAATGCACACAAGGGGAAAAAACGGATGTGTCTCATCACGAACGCAGCTTGTCCTACCAA 447
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 362 TAATGCACAAAAGGGGAAAAAACGGATGTGTCTGATCACGAATGCAGCTTGTCCTACCAA 421
Query 448 AGATCCATTTGAAGGGACGAAAGATGATCAAGTCAGCACTATTGCTATGAAAATGGCTGC 507
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 422 AGATCCATTTGAAGGGACGAAAGATGACCAAGTCAGTACTATCGCTATGAAAATGGCTGC 481
Query 508 GGAGGGAATTAAGATGGAGAGCATTGTTATGAGGTCTAATTTAAGTGGTGATGCTCATGA 567
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 AGAGGGTATTAAGATGGAAAGCATTGTTATGAGGTCCAATTTAAGTGGTGATGCTCATGA 541
Query 568 GAGAGTAATAGAGGAGAATGATCATCTGTTGACTTTATTCTCCAGCAACGCGATTGCCAA 627
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 GAAAGTAATAGAGGAGAATGATCATCTGTTGAATTTATTCTCCAGCAACGCGATTGCCAA 601
Query 628 AACAGTGAATGTTGATAGTCCACTCTCACTGCTTGGTTCCTTAAAGACCCGGAGGGTGGC 687
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 602 AACAGTGAATGTTGAGAGTCCACTCTCTCTGCTTGGTTCCTTAAAGACCCGGAGGGTTGC 661
Query 688 TCCAGTTACTTTGTTCAGGGGTGACCTTGAAATTAACCCAACAATGAAGATTAAGGTGTG 747
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 TCCAGTTACTTTGTTCAGGGGTGACCTTGAAATTAACCCAACAATGAAGATTAAGGTGTG 721
Query 748 GGTTTATAAGAAAGTGGCTGAGGAGAGACTTCCCACTCTAAAAATGTATTCTGACAAAGC 807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 GGTTTATAAGAAAGTGGCTGAGGAGAGACTTCCCACTCTAAAAATGTATTCTGACAAAGC 781
Query 808 GCCTCCAACTGACAAGTTTGCCAAACATGAAGT-AAAAGTTGATTATGATTACAAAGTTA 866
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 782 GCCTCCAACTGACAAGTTTGCCAAACATGAAGTGAAAA-TTGATTATGATTACAAAGTTA 840
Query 867 CTGCAGAATCTACTGAGGTTATTGCTCCAGAAGAAAGGATCAAGGGCTTTCGCTATGGAC 926
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CTGCAGAATCTACTGAGGTTATTGCTCCAGAAGAAAGGATCAAGGGCTTTCGCTATGGAC 900
Query 927 CTCAGGTTATTCCTATATCACCAGATCAGATAGAAACACTCAAGTTTAAAACTGACAAAG 986
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GTCAGGTTATTCCTATATCACCAGATCAGATAGAAACACTCAAGTTTAAAACTGACAAAG 960
Query 987 GCATGAAGCTTCTGGGATTTACTGAGGCGTCAAATATACTGCGACATTATTACATGAAAG 1046
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GCATGAAGCTTCTGGGATTTACTGAGGCGTCAAACATACTGCGACATTATTACATGAAAG 1020
Query 1047 ACGTGAATATAGTTGTTCCTGATCCAAGCAAAGAAAAATCTGTACTTGCCGTATCTGCTA 1106
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| || || |
Sbjct 1021 ACGTGAATATAGTTGTTCCTGACCCGAGCAAAGAAAAATCTGTTCTTGCCGTCTCAGCCA 1080
Query 1107 TTGCAAGAGAAATGAAAG-AAACAAACAAGGTAGCAATTGTACGATGTGTCTGGAGAAAT 1165
|||| ||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1081 TTGCCAGAGAAATGAA-GCAAATAAACATGGTAGCAATTGTACGTTGTGTCTGGAGAAAT 1139
Query 1166 GGACAAGGCAATG-TGGTTGTTGGGGTCCTGACTCCAAATGTGTCTGAAAGAGATGATAC 1224
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GGACAAGGCAATGCTG-TTGTTGGGGTCCTGACTCCAAATGTGTCTGAAAGAGATGATAC 1198
Query 1225 TCCTGATTCGTTTTACTTCAATGTGCTACCTTTCGCCGAGGATGTCCGCGAGTTTCCATT 1284
|||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 CCCTGATTCATTTTACTTCAACGTGCTTCCTTTCGCCGAGGATGTCCGCGAGTTTCCATT 1258
Query 1285 TCCTTCTTTCAACAAGCTTCCTTCATCATGGAAGCCAGATGAACAACAACAAGCAGTAGC 1344
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1259 TCCTTCTTTTAACAAACTTCCTTCATCATGGAAGCCAGATGAACAACAGCAAGCAGTAGC 1318
Query 1345 AGATAATTTGGTTAAGATGCTTGACCTTGCACCTTCTGCGGAAGAGGAAGTACTAAAGCC 1404
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1319 AGATAATTTGGTTAAGATGCTTGACCTTGCACCTTCTGCGAAAGAGGAAGTACTAAAGCC 1378
Query 1405 TGATCTTACTCCTAACCCGGTTTTGCAGCGCTTTTATGAATACCTTGAGTTGAAATCGAA 1464
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 TGATCTTACTCCTAACCCGGTTTTGCAGCGGTTTTATGAATACCTTGAGTTGAAATCGAA 1438
Query 1465 ATCCACGGATGCTACTTTACCTCCAATGGATGGAACTTTCAAGAGACTTATGGAGCAGGA 1524
||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1439 ATCCACGGATGCTGCTTTACCTCCAATGGATGAAACTTTCAAAAGACTTATGGAGCAAGA 1498
Query 1525 CCCTGAACTC-TCTTCCAACAATAAATCCATAATGGACACGTTTCGTGGAAGTTTTGAAG 1583
||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TCCTGAACTCAT-TTCCAACAATAAATCCATAATGGATTCGTTTCGTGGAAGTTTTGAAG 1557
Query 1584 TCAAGGAGAATCCAAAGTTGAAGAAGGCTTCTAAGAGATTGTTGCGGGATAAACCATCGG 1643
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1558 TCAAGGAGAATCCAAAGTTGAAGAAGGCTTCTAAGAGATTGTTACGAGATAAACCATCGG 1617
Query 1644 GTTCAGATGATGAAGACAATCGCATGATTACTTATGA-CGCCAAAGAGAACAAAATTGAT 1702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||
Sbjct 1618 GTTCAGATGATGAAGACAATCGCATGATTACTTATGAAC-CCAATGAGAACAAAATTGAT 1676
Query 1703 ATAGTCGGAGATGCAAACCCAATTCAAGATTTTGAAGCCATGATATCCCGCAGAGATAAA 1762
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 GTAGTCGGAGATGCAAACCCAATTCAAGATTTTGAAGCCATGATATCCCGCAGAGATAAA 1736
Query 1763 ACTGACTGGACCGAGAAAGCAATCACACAAATGAAAAACCTAATAATGAAGCTTGTAGAA 1822
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1737 ACTGATTGGACAGAGAAAGCAATCACACAAATGAAAAACCTAATAATGAAGCTCGTAGAA 1796
Query 1823 AATTGTACCGACGAGGGTGACAAAGCATTGGAATGTGTACTCGCTCTTCGTAAAGGCTGC 1882
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 AATTGTACCGATGAGGGTGACAAAGCATTGGAATGTGTACTCGCTCTTCGTAAAGGCTGT 1856
Query 1883 GTCTTGGAGCAGGAGCCAAAGCAATTCAATGAGTTCTTGAACCATCTATTCAAGTTATGC 1942
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 1857 GTCTTGGAACAGGAACCAAAGCAATTCAATGAGTTCTTGAATCATCTATTCAAGGTATGC 1916
Query 1943 CAAGAAAGAAACTTATCTCATCTTCTCGAACATTTCATGTCAAAGAAGATCACTTTGATT 2002
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1917 CAAGAAAGAAAATTATCTCATCTTCTCGAACATTTCACGTCAAAGAAGATCACGTTGATT 1976
Query 2003 CCCAAATCCGAAGCAGCGGACAGTGATATAGTAGACGAGAACGCTGGGGATTTCATCGTT 2062
||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1977 CCCAAATCCGAAGCAGCGGACAGTGATGTGGTAGACGAGAACTCTGGGGATTTCATCGTT 2036
Query 2063 AAACAAGAGTCAATGCTCGAGAGCTAACAAAGTCTTCGCTA 2103
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 AAACAAGAGCCAATGATCGAGAGCTAACAAAGTCTTCGCTA 2077
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 85588780515
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5