BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G48310.1
Length=2297
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg923159 jgi|Araly1|923159|scaffold_104440.1 3206 0.0
> Ahg923159 jgi|Araly1|923159|scaffold_104440.1
Length=2062
Score = 3206 bits (1736), Expect = 0.0
Identities = 1952/2056 (95%), Gaps = 15/2056 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 60 GGAGAGGGAATATCAAAATGGATGATTTCT-GG--GATTTGACTGTGGAAGAGATGGATG 116
|||||| ||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4 GGAGAGCGAAGATCAAAATGGATGA---CTGGGATGATTTGACTGTGGAAGAGATGGATG 60
Query 117 CTATTGAAAACGAAGCTCTTCAGAGAATCAACCAGCAACGCAATTCCTCTTCTTCTTCTT 176
|||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTATTGAAAAAGAAGCTCTTCAGAGACTCAACCAGCAACGCAATTCCTCTTCTTCTTCTT 120
Query 177 CATTGCCAATTCCCAACGAGGTTCATACTTCGTCTCAAGGAGCCAGAATCTTACCTTCAA 236
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CCTTGCCAATTCCCAACGAGGTTCATGCTTCGTCTCAAGGAGCCAGAATCTTACCTTCAA 180
Query 237 CTCTCGCCCCTAAACCGAACACTGATGCTGGCTCTAAGCCACAAGAGCAAAAGGTCTCTG 296
||||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 181 CTCTCTCCCCTAAACCAAACACTGATGCGGGCTTTAAGCCACAGGAGCAAAAGGTCTCTG 240
Query 297 TCAAAATTTTGCTTCATTC-TAGTGGAGTTCTTGCTGCAAAGTTCCCATATAACCAGGTG 355
|||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCAAAATTTTCCTTCA-TCATAGTGGAGTTCTTGCTGCAAAGTTCCCATATAACCAGGTG 299
Query 356 GTGGTGGATGCTGTGCGTAAAATCCCTAAGGCCATTTGGAATGCTAAAGAAAGGTTATGG 415
||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GTGGTAGATTCTGTGCGTAAAATCCCTAAGGCTATTTGGAATGCTAAAGAAAGGTTATGG 359
Query 416 ACCTTTCCTCATTCTTCACTGTCTTCAGCAGAAAATATTCTACGAGAAATTTCCAGCGTT 475
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 360 ACCTTTCCTCATTCTTCACTGTCATCAGCAGACAATATCCTACGAGAAATTTCCAGCGTT 419
Query 476 AAAGTTGAGATAGAGAACTTAGATCCTCTTGTGCAACGTGCAATAGCTTCTGCCTCAAGA 535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AAAGTTGAGATAGAGAACTTAGATCCTCTTGTGCAACGTGCAATAGCTTCTGCCTCAAGA 479
Query 536 GTTCCGGATCTACGGCATCTGTATGAAAAGATACCAAGCCATATTGAGCCAAAGCTTCTT 595
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GTTCCAGATCTACGGCATCTGTATGAAAAGATACCAAGCCATATTGAGCCAAAGCTTCTT 539
Query 596 CCTTTTCAGCGAGAAGGCATAGAGTTTATTTTACAGCACGGAGGACGTGTGCTCCTAGCA 655
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CCATTTCAGCGAGAAGGCATAGAGTTTATTTTACAGCATGGAGGACGTGTGCTCCTAGCA 599
Query 656 GATGAAATGGGTCTGGGAAAGACTTTGCAGGCAATTGCTGTGACAACATGCGTTCAGGAA 715
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 600 GATGAAATGGGTCTTGGAAAGACTTTGCAGGCAATTGCTGTGACAACATGCGTTCATGAA 659
Query 716 TCTTGGCCGGTTCTGATTATTGCACCATCTTCATTACGTTTACATTGGGCAACAATGATT 775
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TCTTGGCCAGTTCTGATTATTGCACCATCTTCATTACGTTTACATTGGGCAACAATGATT 719
Query 776 CACCAATGGCTGCATGTGCCTCCGTCAGACATAGTTGTAGTTTTACCTCAACCAGGTGGA 835
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 720 CACCAATGGCTGCATGTACCTCCGTCAGACATAGTTGTAGTTTTACCACAACCAGGTGGT 779
Query 836 TCAAACAAGTGCGGATT-TACTATAGTTTCCTCAAACACAAAGGGCACAATCCATCTTGA 894
|||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TCAAACAAGTGCGG-TTATACTATAGTTTCCTCAAATACAAAGGGCACAATCCATCTTGA 838
Query 895 TGGTGTCTTCAATATTGTTTCCTATGATGTGGTCACTAAGCTGGACAAACTCTTAATGGC 954
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 839 TGGTGTCTTCAATATTGTTTCCTATGATGTGGTCACTAAGCTGGACAAACTCCTAATGGC 898
Query 955 ATTGGACTTTAAGGTCGTTATAGCAGACGAATCACATTTTCTTAAAAACGGTCAAGCAAA 1014
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 899 GTTGGACTTTAAGGTTGTTATTGCAGACGAATCACATTATCTTAAAAACGCTCAAGCAAA 958
Query 1015 GAGGACAAGTGCTTGCCTTCCAGTCATAAAGAAAGCTCAATATGCCATCCTTCTGAGTGG 1074
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 959 GAGGACCAGTGCTTGCCTTCCAGTCATAAAGAAAGCTCAATATGCAATCCTTCTGAGTGG 1018
Query 1075 AACTCCTGCTTTATCTAGACCAATAGAGCTATTCAAACAGCTGGAAGCTCTATATCCAGA 1134
||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1019 AACCCCTGCATTATCTAGACCGATAGAGCTATTCAAACAGCTGGAAGCTCTATACCCAGA 1078
Query 1135 TGTTTATAGAAATATTCATGAATACGGTGGCAGATACTGCAAAGGCGGATTTTTTGGAAC 1194
||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1079 TGTTTATAGAAATGTTCATGAATATGGTAGCAGATACTGCAAAGGCGGATTTTTTGGAGC 1138
Query 1195 ATATCAAGGCGCAAGCAATCATGACGAGTTGCACAATTTGATGAAGGCAACAGTCATGAT 1254
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1139 ATATCAAGGCGCAAGCAATCATGAAGAGTTGCACAATTTGATGAAGGCAACAGTGATGAT 1198
Query 1255 TAGAAGACTTAAAAAGGATGTCTTAACTGAACTTCCGTCAAAGCGCAGGCAGCAGGTCTT 1314
| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TCGAAGACTTAAAAAGGATGTCTTGACTGAACTTCCGTCAAAGCGCAGGCAGCAGGTCTT 1258
Query 1315 CCTAGATTTAGCTGCAAAA-GACATGAAGCAAATCAACGCTTTGTTTCATGAGTTAAAGG 1373
|||||||||||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1259 CCTAGATTTAGCTG-AAAAGGATATGAAGCAAATCAATGCTTTGTTTCATGAGTTAAGGG 1317
Query 1374 TGGTAAAGTCAAAAATTAAGGATTGCATATCAGAAGATGACATTAAATCTCTGAAATTTA 1433
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1318 TGGTAAAGTCAAAAATTAAGGATTGTGTATCGGAAGATGACATTAAATCTCTTAAATTTA 1377
Query 1434 TAGAGAAGAACCTTATTAACAAGATTTACACTGATTCGGCTGTAGCCAAAATCCCAGCAG 1493
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 1378 CAGAGAAGAACCTTATCAACAAGATCTACACTGATTCCGCTGGGGCCAAAATCCCAGCAG 1437
Query 1494 TGCTTGACTATCTGGAAAATGTGATTGAGGCTGGCTGCAAATTTCTGGTGTTTGCACATC 1553
||||||| ||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1438 TGCTTGATTATCTGGGAACTGTGCTTGAGGCTGGCTGCAAATTTCTGGTATTTGCCCATC 1497
Query 1554 ATCAGTCCATGCTTGA-GGAATTACACCAGTTTCTTaaaaaaaaGAAAGTGGGCTGCATC 1612
|||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 ATCAGTCCATGCTTGATGCAA-TACACCAGTTTCTTAAAAAAAAGAAAGTGGGCTGCATC 1556
Query 1613 CGGATTGATGGTAGCACCCCTGCCTCCTCTAGGCAAGCCTTGGTTTCTGACTTTCAGGAT 1672
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 CGGATTGATGGTAGCACCCCTGCCTCCTCTAGACAAGCCTTGGTTTCTGACTTTCAGGAT 1616
Query 1673 AAGGATGAGATAAAAGCAGCAGTGCTGTCAATACGAGCTGCTGGTGTTGGGATAACTTTG 1732
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1617 AAGGATGAGATAAAAGCAGCTGTGCTGTCAATACGAGCTGCTGGTGTTGGGATAACATTA 1676
Query 1733 ACAGCCGCAAGCACTGTTATCTTTGCAGAGTTGTCATGGACTCCGGGTGACCTGATTCAG 1792
||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 ACAGCAGCAAGCACTGTTATCTTTGCAGAGTTGGCATGGACTCCGGGTGACCTGATTCAG 1736
Query 1793 GCAGAAGATCGTGCACATAGGATTGGTCAGGTTTCTTCAGTAAACATTCACTACCTTTTA 1852
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1737 GCAGAAGATCGTGCACATAGGATTGGTCAGGTCTCTTCAGTAAACATACATTACCTTTTA 1796
Query 1853 GCAAATGACACTGTTGACGACATCATCTGGGATGTTGTTCAGAGCAAGCTGGATAATCTA 1912
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 GCAAATGACACTGTTGACGACATCATCTGGGATGTTGTTCAGAGCAAGCTGGATAATCTA 1856
Query 1913 GGACAGATGCTTGATGGGCAAGAGAATGCTTTGGATGTTGCATCTAGTCATATGATGAGC 1972
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 GGACAGATGCTTGATGGGCAGGAGAATGCTTTGGAGGTTTCATCTAGTCATATGATGAGC 1916
Query 1973 AGTCCAACAAAACCAAGAAACAGCCCCACGAAGCAGCAAACTTTAGAACCGTTCTTGAAG 2032
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 1917 AGTCCAACAAAACCAAGAAACAGCCCCACAAAGCAGCAAACTCTAGAGCCGTTCTTGAAG 1976
Query 2033 CGCTGCAAAAGATTAGATGACGACACCGAGGAACATCAACCCATGCCCAAAGTTCCCAGA 2092
|||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1977 CGCTGCAAAAAATTAGAGGACGATACCGAGGAACATCAACCCAGGCCCAAAGTTCCCAGA 2036
Query 2093 TTCTGAAACTATAAAA 2108
||||||||| ||||
Sbjct 2037 CACTGAAACTA-AAAA 2051
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86502946395
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5