BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G48650.2
Length=3897
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg923204 jgi|Araly1|923204|scaffold_104485.1 6004 0.0
> Ahg923204 jgi|Araly1|923204|scaffold_104485.1
Length=3635
Score = 6004 bits (3251), Expect = 0.0
Identities = 3470/3578 (97%), Gaps = 5/3578 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 139 TGTTCTAATCTCGa-aaaaaaTGCAACTTTACTCTGCAATTTTCCGAGGACATATCAGAC 197
||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TGTTCTAATCTTGATAAAAAATGCATTTTTACTCTGCAATTTTCCGAGGACATATCAGAC 60
Query 198 CTAACGCCGTCGTCGGTGCTGCCTCCATGTTTATTCAACATAATTCCATCCAGCTTCATC 257
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||
Sbjct 61 CTAACGCCGTCGTCGGTGCTGCCTCCATTTTTATTCAACATAACTCCGTTCAGCTTCATC 120
Query 258 GGAGCCCTAAATTGTTGTTGAGACCTTCCTCTGTAGTAAGGTCTCTTCATTGCCGGAGGT 317
|||||||||| |||||||| | ||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 121 GGAGCCCTAAGTTGTTGTTAAAACCCTCCTCTGTGGTTAGGTCTCTTCACTGCCGGAGGT 180
Query 318 CAGGTGGATTGGTTACGCATTCTCAGAGGTCAAGGGTCTTGTGTGTGAAAGCAGCTCGTG 377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||
Sbjct 181 CAGGTGGATTGGTTACGCATTCTCAGAGGTCAAGGGTGTTGTCTGTGAAAGCAGGTCGTG 240
Query 378 GTGATGCTTCTTCTTCGACTCTTGGAATAGAGTGGAGAGCAGCTAATTTACCATATTTTC 437
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 241 GTGATGCTTCTTCTTCGACTCTTGGATTGGAGTGGAGAGCAGCTAATTTACCATACTTTC 300
Query 438 AGAGGCAAAACTCTGGCTATGGACGTATTGCTTACAATGACTATGAATCAAGTGATGAGT 497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AGAGGCAAAACTCTGGCTATGGACGTATTGCTTACAATGACTATGAATCAAGTGATGAGT 360
Query 498 CGGATAGAGATGTTGGGTCCTCTCAGTCTCAGCAAATGGCGGGTTCGACTCTTGATAACA 557
| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CAGACAGAGATGTTGGGTCTTCTCAGTCTCAGCAAATGGCGGGTTCGACTCTTGATAACA 420
Query 558 TTGATCAATGGAGATTTAAACTAACTATGCTTCTCCGGAACAAAGAAGACCAAGAAGTTG 617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTGATCAATGGAGATTTAAACTAACTATGCTTCTCCGGAACAAAGAAGACCAAGAAGTTG 480
Query 618 TTTCAAGGGAGAGAAAAGATCGGCGTGATTTTGATCATATCTCTGCTTTGGCAACTAGGA 677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || || |
Sbjct 481 TTTCAAGGGAGAGAAAAGATCGGCGTGATTTTGATCATATCTCAGCTATGGCTACCAGAA 540
Query 678 TGGGATTACACAGCCGTCAGTATTCGAAGATTGTTGTCATTAGTAAAGCTCCTTTGCCAA 737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TGGGATTACACAGCCGTCAGTATTCGAAGATTGTTGTCATTAGTAAAGCTCCTTTGCCAA 600
Query 738 ATTATAGACCTGATCTTGATGATAAACGCCCACAAAGAGAGGTGGTTTTGCCTTTTGGTC 797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 601 ATTATAGACCTGATCTTGATGATAAACGCCCACAAAGAGAGGTGGTTTTGCCGTTTGGTC 660
Query 798 TACAAAGCGAAGTAGATGCCCATCTACATTCTTTCCTCGATCAGaaaaaaaCATTGATTC 857
| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 661 TTCAAAGCGAAGTAGATACCCATCTACATGCTTTCCTCGATCAGAAAAAAACATTGGTTC 720
Query 858 CGGAGATGCCCAGGCAAAATAGTAGTGAAAGTTTAGCAAAC-GGTTATGGAAACTATGAG 916
| |||||| |||||| |||||||| || ||||||||| ||| | ||||||||||||||||
Sbjct 721 CAGAGATGTCCAGGCCAAATAGTAATGGAAGTTTAGC-AACTGATTATGGAAACTATGAG 779
Query 917 ACACCAGAGACCGTGATGCAAAATAGTCTTGCTAGGGAAAGAATACTCCGCCCAAGAAGC 976
| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 780 AAACCAGAGACCGTGATGCAAAATAGTCTTGCCAGGGAAAGAATACTCCGTCCAAGAAGC 839
Query 977 TTACAACTGAAGAGCAAGCAACAGCAATGGGTGGATTCTCCAGAAGGCCAGAAAATGGTA 1036
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TTACAACTGAGGAGCAAGCAACAGCAATGGGTGGATTCTCCAGAAGGCCAGAAAATGGTA 899
Query 1037 GGGTTTCGCAAAACCCTTCCTGCTTACAAAGAGAAAGATGCACTACTGAAAGCCATTGCA 1096
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GAGTTTCGCAAAACCCTTCCTGCTTACAAAGAGAAAGACGCACTACTGAAAGCCATTGCA 959
Query 1097 GCAAACCAGGTCGTAGTGGTTTCTGGAGAAACTGGATGTGGTAAAACAACACAGCTTCCT 1156
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GCAAACCAGGTCGTAGTGGTTTCTGGAGAAACTGGTTGTGGTAAAACAACACAGCTTCCC 1019
Query 1157 CAGTACATATTAGAATCTGAGATCGAGGCTGCCCGTGGAGCTACATGCAGCATCATATGT 1216
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1020 CAGTACATATTAGAATCTGAGATTGAGGCTGCCCGTGGAGCTTCATGCAGCATCATATGT 1079
Query 1217 ACCCAGCCTAGAAGAATATCGGCTATTTCTGTTTCTGAACGAGTTGCTGCAGAACGTGGA 1276
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 ACCCAGCCTAGAAGAATATCTGCTATTTCTGTTTCTGAACGAGTTGCTGCAGAACGTGGA 1139
Query 1277 GAACAAATTGGAGAATCTGTTGGCTACAAAGTGCGGCTTGAAGGAATGAGAGGGAGAGAT 1336
|||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GAACAAATCGGAGACTCCGTTGGCTACAAAGTGCGGCTTGAAGGAATGAGAGGGAGAGAT 1199
Query 1337 ACACGTCTTCTTTTTTGTACAACTGGTGTTTTACTTAGAAGGTTACTTGTGGATCGTAGC 1396
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1200 ACACGTCTTCTTTTTTGTACAACTGGTGTTTTACTTAGAAGGTTACTTGTTGATCGTAGC 1259
Query 1397 CTGAAAGGTGTGACTCATGTCGTAGTTGATGAGATTCATGAACGTGGAATGAATGAAGAT 1456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1260 CTGAAAGGTGTGACTCATGTCGTAGTTGATGAGATTCATGAACGTGGGATGAATGAAGAT 1319
Query 1457 TTCCTGCTTATTGTCCTGAAAGATCTTCTTCCTCGTCGACCTGACCTAAAGTTGATTTTA 1516
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TTCCTGCTTATTGTCCTGAAAGATCTCCTTCCTCGTCGACCTGACCTAAAGTTGATTTTA 1379
Query 1517 ATGAGTGCTACTTTGAACGCTGAGCTCTTTTCTTCTTATTTTGGTGGTGCACCAGCCATG 1576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 ATGAGTGCTACTTTGAACGCTGAGCTCTTTTCTTCTTATTTTGGTGGTGCACCAGCCATG 1439
Query 1577 CATATCCCAGGTTTTACATACCCTGTCCGAGCCCATTTCTTGGAGGATTATCTTGAGACG 1636
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 CATATCCCAGGTTTTACATACCCTGTCCGAGCCCATTTCTTGGAGGATTATCTTGAGACG 1499
Query 1637 AGTGGGTACAGGCTGACAACATATAATCAAATTGATGATTATGGTGAGGAAAAGACATGG 1696
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 AGTGGGTACAGGCTGACAACATATAATCAAATTGATGATTATGGTGAGGAAAAGACATGG 1559
Query 1697 AAGATGCAAAAACAAGCTCAGTTCaaaaaaaGAAAATCCC-TAATATCCTCTGCAGTAGA 1755
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| || ||
Sbjct 1560 AAGATGCAAAAACAAGCTCAGTTCAAAAAAAGAAAATCCCCTA-TATCCTCTGCTGTTGA 1618
Query 1756 GGATGCTCTTGAAGCTGCAGACTTCAAAGGATACAACTTTCGTACTAGAGATTCTTTGTC 1815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 GGATGCTCTTGAAGCTGCAGACTTCAAAGGATACAACTTTCGTACTAGAGATTCTTTGTC 1678
Query 1816 ATGCTGGAGTCCTGATTCAATAGGCTTTAACCTCATTGAAAATGTACTCTGTCACATCGT 1875
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||
Sbjct 1679 ATGCTGGAGTCCTGATTCGATAGGCTTTAACCTCATTGAGAATGTGCTTTGCCACATCGT 1738
Query 1876 TAAAGGAGAGAGACCTGGTGCTGTTTTGGTATTCATGACCGGTTGGGACGATATAAACTC 1935
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 CAAAGGAGAGAGACCTGGTGCTGTTTTGGTATTCATGACCGGTTGGGACGATATAAACTC 1798
Query 1936 CTTGAAGAATCAGCTTGAAGCTCATTCTCTTCTAGGAGACCCGAACAAAGTTTTGTTACT 1995
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 CTTGAAGAATCAGCTTGAAGCTCATTCTCTTCTAGGAGACCCGAACAAAGTTTTGTTACT 1858
Query 1996 TGCCTGTCATGGATCCATGGCCAGCTCTGAGCAGAGGCTGATTTTTGATAGACCTCCAGA 2055
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TGCCTGTCATGGATCCATGGCCAGCTCTGAGCAGAGGCTGATTTTTGATAGACCTCCAGA 1918
Query 2056 AGGAATTAGGAAAATAGTACTGGCCACCAATATGGCTGAGACAAGTATCACCATCAATGA 2115
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 AGGAATTAGGAAAATAGTGCTGGCCACCAATATGGCTGAGACAAGTATCACCATCAATGA 1978
Query 2116 TGTTGTATATGTGATTGATTGTGGGAAAGCAAAAGAAACATCTTATGATGCGCTTAACAA 2175
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 TGTTGTATATGTGATTGATTGTGGTAAAGCAAAAGAAACGTCTTATGATGCGCTTAACAA 2038
Query 2176 TACCCCTTGTCTGCTTCCATCTTGGATTTCAAAGGCAGCTGCTCGCCAAAGAAGAGGAAG 2235
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2039 TACCCCTTGTCTGCTTCCATCTTGGATTTCAAAGGCAGCTGCTCGACAAAGAAGAGGAAG 2098
Query 2236 AGCTGGTCGTGTTATGCCTGGAGAATGTTATCACCTCTATCCTAGATGTGTCTACGAAGC 2295
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2099 AGCTGGTCGTGTTATGCCTGGAGAATGTTATCACCTCTATCCTAGATGTGTCTATGATGC 2158
Query 2296 TTTTGCTGACTACCAGCAGCCGGAACTTCTAAGGACGCCGTTGCAGTCTCTGTGTTTACA 2355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2159 TTTTGCTGACTACCAGCAGCCGGAACTTCTAAGGACGCCGTTGCAGTCTCTGTGTCTACA 2218
Query 2356 AATTAAAAGCCTAGGACTTGGAAGCATTTCGGAGTTCCTCTCCAGGGCATTGCAACCTCC 2415
|||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2219 AATTAAAAGCTTAGGACTTGGAAGCATTTCAGAGTTCCTCTCCAGGGCGTTGCAACCTCC 2278
Query 2416 TGAAGCATTATCGGTCCAAAATGCTGTTGAGTATCTAAAAATCATTGGGGCTCTTGATGA 2475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 TGAAGCATTATCGGTCCAAAATGCTGTTGAGTATCTAAAAATCATTGGGGCTCTTGATGA 2338
Query 2476 CGATGAAAATTTAACACCTTTAGGGAAAAATCTGTCAATGCTTCCTGTGGAGCCTAAACT 2535
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 CGATGAAAATTTAACAGCTTTAGGGAAAAATCTGTCAATGCTTCCTGTGGAGCCTAAACT 2398
Query 2536 TGGAAAAATGCTTATTTTAGGGGCTATCTTCAACTGTCTAGATCCAGTAATGACAGTTGT 2595
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 TGGGAAAATGCTTATTTTAGGGGCTATCTTCAACTGTCTAGATCCAGTAATGACAGTTGT 2458
Query 2596 TGCTGGTCTTAGTGTCAGAGACCCATTCCTTATGCCATTTGACAAAAAAGATCTAGCAGA 2655
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 TGCTGGTCTTAGTGTCAGAGACCCATTCCTTATGCCATTTGACAAAAAAGATCTAGCAGA 2518
Query 2656 AACAGCAAGGTCCAAGTTCTCTGGCCGTGATTACAGTGATCATTTGACATTGGTTCGAGC 2715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 AACAGCAAGGTCCAAGTTCTCTGGCCGTGATTACAGTGATCATTTGACATTGGTTCGAGC 2578
Query 2716 ATACAATGGTTGGAAAGATGCTGAAAGAACACATTCTGGTTACGACTATTGCTGGAAGAA 2775
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2579 ATACAGTGGTTGGAAAGATGCTGAAAGAACACATTCTGGTTACGAATATTGCTGGAAGAA 2638
Query 2776 CTTTCTCTCTTCTCAAACTCTTAAGGCCATGGACTCTATGCGGAAACAATTCTTCAATCT 2835
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 CTTTCTCTCTTCTCAAACTCTTAAGGCCATGGACTCTATGCGGAAACAATTCTTCAATCT 2698
Query 2836 CCTCAAGGAGGCTTCTCTGATTGATAACATTGAAGGTTGCAGTAAGCTGAGTCATGATGA 2895
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2699 CCTCAAGGAGGCTTCTCTGATTGATAACATTGAAGGTTGCAGTAAGCTAAGTCATGATGA 2758
Query 2896 ACATCTTGTACGCGCAATCATTTGTGCTGGCATGTTCCCTGGAGTCTGTTCTGTTGTTAA 2955
||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 2759 ACATCTTGTCCGCGCAATCATCTGTGCTGGCCTGTTCCCTGGAATTTGTTCTGTTGTTAA 2818
Query 2956 TAAGGAAAAGTCAATTACGCTCAAGACAATGGAAGATGGACAAGTGCTTCTATACTCGAG 3015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 TAAGGAAAAGTCAATTACGCTCAAGACAATGGAAGATGGGCAAGTGCTTCTATACTCGAG 2878
Query 3016 TTCTGTGAATGGCAATGTACCAATGATTCCCTTCCCTTGGCTAGTCTTCAACGACAAAGT 3075
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 TTCTGTGAATGGCAATGTACCAAGGATTCCCTTCCCTTGGCTAGTCTTCAACGACAAAGT 2938
Query 3076 GAAAGTTAATTCTGTGTTTCTGCGAGACTCTACTGCTGTATCTGACTCTGTTCTTCTTTT 3135
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2939 GAAAGTCAATTCTGTGTTTCTGCGAGACTCCACTGCTGTATCTGACTCTGTGCTTCTTTT 2998
Query 3136 GTTTGGAGATAAAATCTCTTCCGGTGGATTTGATGGTCATCTCAAAATGCTTGGAGGATA 3195
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2999 GTTTGGAGATAAAATCTCTTCCGGTGGATTTGATGGTCATCTCAAAATGCTTGGAGGATA 3058
Query 3196 TCTGGAGTTTTTCATGAAACCTACTTTAGCATATACATACCTTTCGTTAAAAAGAGAGCT 3255
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3059 TCTAGAGTTTTTCATGAAACCTACTTTAGCATATACGTACCTTTCGTTAAAAAGAGAGCT 3118
Query 3256 CGACGAACTTATTCAGAATAAGCTTGTGAATCCAAAACTTGATATTCAACTATACGACAA 3315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3119 CGACGAACTTATTCAGAATAAGCTTGTGAATCCAAAACTAGATATTCAACTATACGACAA 3178
Query 3316 ACTTATGACTGCCATTAGATTACTTGTGTCAGAGGACCAATGTGAGGGCAGATTCGTCTA 3375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3179 ACTTATGACTGCCATTAGATTACTTGTGTCAGAGGACCAATGTGAGGGCAGATTCGTCTA 3238
Query 3376 TGGCCGGAAAGCTCTAAGCCCTACACCAGCAAAGAAGTTAAAAGATGTAGGGGCTCAGCT 3435
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 3239 TGGCCGGAAAGCTCTAAGCCCTACACCAACAAAGAAGTTAAAAGAAGTAGGGACTCAGCT 3298
Query 3436 TCAGAACAGCGGTGGTGAAAACAACAAGAACCAACTTCAGACATTACTTGCCCGAGCAGG 3495
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3299 GCAGAACAGTGGCGGTGAAAACAACAAGAACCAACTTCAGACATTGCTTGCCCGAGCAGG 3358
Query 3496 ACACGGATCACCTGTGTACAAGACAAGACAGCTTAAGAACAACCAGTTCCGCTCTATGGT 3555
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3359 ACACGGATCACCTGTGTACAAGACAAGACAGCTTAAGAACAACCAGTTCCGCGCTATGGT 3418
Query 3556 TACCTTCAATGGATTGGATTTCATGGGAAAGCCATGTGGTAGTAAGAAAAATGCAGAGAA 3615
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3419 TACCTTCAATGGATTGGATTTCATGGGGAAGCCATGTGGTAGTAAGAAAAATGCAGAGAA 3478
Query 3616 GGATGCAGCTCATGAGGCTTTGTTGTGGTTACAAGGCGAGTCCAAGTCAAGTCTGAATGA 3675
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3479 GGATGCAGCTCATGAAGCTTTGTTGTGGTTACAAGGCGAGTCCAAGTCGAGTCTGAATGA 3538
Query 3676 TCTTAACCACATGTCAATGCTCTTAAAGAAGAACaaaa 3713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3539 TCTTAACCACATGTCAATGCTCTTAAAGAAGAACAAAA 3576
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147282807510
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5