BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G48900.1
Length=1814
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg923242 jgi|Araly1|923242|scaffold_104523.1 2571 0.0
Ahg923241 jgi|Araly1|923241|scaffold_104522.1 2571 0.0
Ahg911335 jgi|Araly1|911335|Al_scaffold_0001_1589 1223 0.0
Ahg359800 jgi|Araly1|359800|fgenesh1_pg.C_scaffold_1105000001 132 1e-29
> Ahg923242 jgi|Araly1|923242|scaffold_104523.1
Length=1533
Score = 2571 bits (1392), Expect = 0.0
Identities = 1480/1523 (97%), Gaps = 3/1523 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 115 TTGAATTCACAAAGCAGCGTAAATGGTGTTGGCGGAGCTAGGCGGGCGGATTACCCGCGC 174
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTGAATTCGCAAAGCAGCGAAAATGGTGTTGGCGGAGCTAGGCGGGCGGATTACCCGCGC 60
Query 175 GATACAGCAGATGAGCAATGTGACAATTATCGATGAGAAGGCTTTGAATGAATGCTTGAA 234
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 61 GATACAGCAGATGAGCAATGTGACAATTATCGATGAGAAGGCTTTGAATGAATGTTTGAA 120
Query 235 CGAGATCACTCGTGCTTTGCTTCAATCCGATGTTTCATTTCCCCTTGTGAAAGAGATGCA 294
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 121 CGAGATCACTCGTGCTCTGCTTCAATCCGATGTTTCGTTTCCTCTTGTGAAGGAGATGCA 180
Query 295 GAGTAATATTAAGAAAATCGTCAATCTTGAAGATCTAGCAGCTGGTCACAACAAGCGCCG 354
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 181 GAGTAATATCAAGAAGATCGTCAATCTTGAAGATCTAGCAGCTGGTCACAACAAACGCCG 240
Query 355 GATCATTGAACAGGCTATCTTTAGTGAACTCTGTAAGATGTTGGATCCAGGGAAGCCTGC 414
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 241 GATCATTGAACAGGCTATCTTTAGTGAACTTTGTAAGATGTTGGATCCAGGAAAGCCTGC 300
Query 415 GTTTGCTCCTAAAAAAGCTAAAGCTAGTGTAGTTATGTTTGTTGGATTACAAGGTGCTGG 474
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTTTGCTCCTAAAAAGGCTAAAGCTAGTGTAGTTATGTTTGTTGGATTACAAGGTGCTGG 360
Query 475 AAAGACGACAACTTGTACTAAGTATGCTTATTATCATCAGAAGAAAGGATACAAACCAGC 534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AAAGACGACAACTTGTACTAAGTATGCTTATTATCATCAGAAGAAAGGATACAAACCAGC 420
Query 535 TTTGGTTTGTGCGGATACTTTCAGGGCTGGTGCGTTCGATCAGCTGAAACAGAATGCTAC 594
| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CCTAGTTTGTGCGGATACTTTCAGGGCCGGTGCTTTCGATCAGCTGAAACAGAATGCTAC 480
Query 595 CAAGGCTAAGATCCCCTTTTATGGAAGCTACACGGAATCCGATCCTGTGAAAATTGCTGT 654
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CAAGGCTAAGATCCCCTTTTATGGAAGCTACACGGAATCCGATCCTGTGAAAATTGCTGT 540
Query 655 TGAGGGAGTAGATACGTTTAAGAAAGAAAACTGTGATCTCATTATTGTTGATACCAGTGG 714
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 541 TGAGGGAGTTGATACGTTTAAGAAAGAAAACTGTGATCTCATTATTGTTGATACTAGTGG 600
Query 715 TCGCCATAAACAAGAAGCTTCTCTCTTTGAAGAAATGCGTCAAGTTGCTGAAGCAACGAA 774
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TCGCCATAAACAAGAAGCTACTCTCTTTGAAGAAATGCGTCAAGTTGCTGAAGCAACGAA 660
Query 775 ACCAGATCTTGTTATATTTGTTATGGATAGCAGTATTGGTCAAGCTGCATTTGATCAAGC 834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ACCAGATCTTGTTATATTTGTTATGGATAGCAGTATTGGTCAAGCTGCATTTGATCAAGC 720
Query 835 TCAAGCCTTTAAGCAGAGTGTTGCTGTTGGAGCTGTAATTATTACTAAGATGGACGGCCA 894
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TCAAGCCTTTAAGCAAAGTGTTGCTGTTGGAGCTGTAATTATTACTAAGATGGACGGCCA 780
Query 895 TGCCAAGGGTGGTGGGGCTCTTAGCGCTGTTGCAGCTACGAAAAGTCCTGTGATATTTAT 954
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TGCCAAGGGTGGTGGTGCTCTTAGCGCTGTTGCAGCTACGAAAAGTCCTGTGATATTTAT 840
Query 955 CGGAACAGGAGAGCATATGGATGAGTTTGAAGTGTTTGACGTCAAACCATTTGTCAGCCG 1014
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 841 CGGAACAGGAGAGCATATGGATGAGTTTGAAGTGTTTGACGTCAAACCATTTGTTAGCCG 900
Query 1015 TCTCTTAGGAATGGGTGATTGGTCTGGATTCGTGGATAAGCTACAAGAGGTAGTACCTAA 1074
|||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TCTCTTAGGAATGGGTGACTGGTCTGGATTTGTTGATAAGCTACAAGAGGTAGTACCTAA 960
Query 1075 AGATCAACAGCCTGAACTTCTGGAAAAGCTCTCTCAGGGTAACTTTACGTTGAGAATTAT 1134
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 961 AGATCAACAGCCTGAACTTCTGGAAAAGCTCTCTCAGGGTAACTTTACATTGAGAATTAT 1020
Query 1135 GTACGACCAGTTCCAGAACATACTGAACATGGGTCCACTTAAGGAGGTTTTCTCAATGCT 1194
|||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1021 GTACGACCTGTTCCAGAATATACTGAACATGGGTCCACTTAAGGAGGTTTTCTCGATGCT 1080
Query 1195 GCCTGGAATTAGTGCTGAAATGATGCCGAAAGGACATGAGAAAGAAAGCCAGGCGAAGAT 1254
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GCCTGGAATTAGTGCTGAAATGATGCCAAAAGGACATGAGAAAGAAAGCCAGGCGAAGAT 1140
Query 1255 AAAGCGGTACATGACAATGATGGATTCTATGACAAATGATGAACTGGACAGCTCAAACCC 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AAAGCGGTACATGACAATGATGGATTCTATGACAAATGATGAACTGGACAGCTCAAACCC 1200
Query 1315 AAAGGTGTTTAACGAGTCACGGATGATGCGGATAGCAAGAGGGTCAGGGAGGCAAGTAAG 1374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AAAGGTGTTTAACGAGTCACGGATGATGCGGATAGCAAGAGGGTCAGGGAGGCAAGTAAG 1260
Query 1375 AGAAGTGATGGAGATGTTGGAAGAGTACAAGAGGCT---AGCGAAGATATGGAGCAAGAT 1431
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1261 AGAAGTGATGGAGATGTTGGAAGAGTACAAGAGGCTGCTAGCAAAGATATGGAGCAAGAT 1320
Query 1432 GAAAGGACTCAAGATCCCAAAGAATGGAGATATGAGTGCACTCTCGAGAAACATGAACGC 1491
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GAAAGGGCTCAAGATCCCAAAGAATGGAGATATGAGTGCACTCTCGAGAAACATGAACGC 1380
Query 1492 ACAGCACATGAGCAAGGTCCTCCCACCTCAGATGCTCAAGCAGATTGGCGGCATGGGCGG 1551
||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1381 ACAGCACATGAGCAAGGTCCTACCGCCGCAGATGCTCAAGCAGATTGGTGGCATGGGCGG 1440
Query 1552 TCTGCAGAGTCTAATGAAGCAGATGGGTTCCGGCAAGGACATGATGGGAATGTTCGGTGG 1611
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 TCTGCAGAGTCTCATGAAGCAGATGGGTTCCGGCAAGGACATGATGGGAATGTTCGGTGG 1500
Query 1612 CGGAGACAAGTAGTATCTTTCTT 1634
|||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1501 CGGAGACAAGTAGTTTCTTTCTT 1523
> Ahg923241 jgi|Araly1|923241|scaffold_104522.1
Length=1533
Score = 2571 bits (1392), Expect = 0.0
Identities = 1480/1523 (97%), Gaps = 3/1523 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 115 TTGAATTCACAAAGCAGCGTAAATGGTGTTGGCGGAGCTAGGCGGGCGGATTACCCGCGC 174
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTGAATTCGCAAAGCAGCGAAAATGGTGTTGGCGGAGCTAGGCGGGCGGATTACCCGCGC 60
Query 175 GATACAGCAGATGAGCAATGTGACAATTATCGATGAGAAGGCTTTGAATGAATGCTTGAA 234
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 61 GATACAGCAGATGAGCAATGTGACAATTATCGATGAGAAGGCTTTGAATGAATGTTTGAA 120
Query 235 CGAGATCACTCGTGCTTTGCTTCAATCCGATGTTTCATTTCCCCTTGTGAAAGAGATGCA 294
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 121 CGAGATCACTCGTGCTCTGCTTCAATCCGATGTTTCGTTTCCTCTTGTGAAGGAGATGCA 180
Query 295 GAGTAATATTAAGAAAATCGTCAATCTTGAAGATCTAGCAGCTGGTCACAACAAGCGCCG 354
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 181 GAGTAATATCAAGAAGATCGTCAATCTTGAAGATCTAGCAGCTGGTCACAACAAACGCCG 240
Query 355 GATCATTGAACAGGCTATCTTTAGTGAACTCTGTAAGATGTTGGATCCAGGGAAGCCTGC 414
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 241 GATCATTGAACAGGCTATCTTTAGTGAACTTTGTAAGATGTTGGATCCAGGAAAGCCTGC 300
Query 415 GTTTGCTCCTAAAAAAGCTAAAGCTAGTGTAGTTATGTTTGTTGGATTACAAGGTGCTGG 474
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTTTGCTCCTAAAAAGGCTAAAGCTAGTGTAGTTATGTTTGTTGGATTACAAGGTGCTGG 360
Query 475 AAAGACGACAACTTGTACTAAGTATGCTTATTATCATCAGAAGAAAGGATACAAACCAGC 534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AAAGACGACAACTTGTACTAAGTATGCTTATTATCATCAGAAGAAAGGATACAAACCAGC 420
Query 535 TTTGGTTTGTGCGGATACTTTCAGGGCTGGTGCGTTCGATCAGCTGAAACAGAATGCTAC 594
| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CCTAGTTTGTGCGGATACTTTCAGGGCCGGTGCTTTCGATCAGCTGAAACAGAATGCTAC 480
Query 595 CAAGGCTAAGATCCCCTTTTATGGAAGCTACACGGAATCCGATCCTGTGAAAATTGCTGT 654
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CAAGGCTAAGATCCCCTTTTATGGAAGCTACACGGAATCCGATCCTGTGAAAATTGCTGT 540
Query 655 TGAGGGAGTAGATACGTTTAAGAAAGAAAACTGTGATCTCATTATTGTTGATACCAGTGG 714
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 541 TGAGGGAGTTGATACGTTTAAGAAAGAAAACTGTGATCTCATTATTGTTGATACTAGTGG 600
Query 715 TCGCCATAAACAAGAAGCTTCTCTCTTTGAAGAAATGCGTCAAGTTGCTGAAGCAACGAA 774
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TCGCCATAAACAAGAAGCTACTCTCTTTGAAGAAATGCGTCAAGTTGCTGAAGCAACGAA 660
Query 775 ACCAGATCTTGTTATATTTGTTATGGATAGCAGTATTGGTCAAGCTGCATTTGATCAAGC 834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ACCAGATCTTGTTATATTTGTTATGGATAGCAGTATTGGTCAAGCTGCATTTGATCAAGC 720
Query 835 TCAAGCCTTTAAGCAGAGTGTTGCTGTTGGAGCTGTAATTATTACTAAGATGGACGGCCA 894
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TCAAGCCTTTAAGCAAAGTGTTGCTGTTGGAGCTGTAATTATTACTAAGATGGACGGCCA 780
Query 895 TGCCAAGGGTGGTGGGGCTCTTAGCGCTGTTGCAGCTACGAAAAGTCCTGTGATATTTAT 954
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TGCCAAGGGTGGTGGTGCTCTTAGCGCTGTTGCAGCTACGAAAAGTCCTGTGATATTTAT 840
Query 955 CGGAACAGGAGAGCATATGGATGAGTTTGAAGTGTTTGACGTCAAACCATTTGTCAGCCG 1014
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 841 CGGAACAGGAGAGCATATGGATGAGTTTGAAGTGTTTGACGTCAAACCATTTGTTAGCCG 900
Query 1015 TCTCTTAGGAATGGGTGATTGGTCTGGATTCGTGGATAAGCTACAAGAGGTAGTACCTAA 1074
|||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TCTCTTAGGAATGGGTGACTGGTCTGGATTTGTTGATAAGCTACAAGAGGTAGTACCTAA 960
Query 1075 AGATCAACAGCCTGAACTTCTGGAAAAGCTCTCTCAGGGTAACTTTACGTTGAGAATTAT 1134
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 961 AGATCAACAGCCTGAACTTCTGGAAAAGCTCTCTCAGGGTAACTTTACATTGAGAATTAT 1020
Query 1135 GTACGACCAGTTCCAGAACATACTGAACATGGGTCCACTTAAGGAGGTTTTCTCAATGCT 1194
|||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1021 GTACGACCTGTTCCAGAATATACTGAACATGGGTCCACTTAAGGAGGTTTTCTCGATGCT 1080
Query 1195 GCCTGGAATTAGTGCTGAAATGATGCCGAAAGGACATGAGAAAGAAAGCCAGGCGAAGAT 1254
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GCCTGGAATTAGTGCTGAAATGATGCCAAAAGGACATGAGAAAGAAAGCCAGGCGAAGAT 1140
Query 1255 AAAGCGGTACATGACAATGATGGATTCTATGACAAATGATGAACTGGACAGCTCAAACCC 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AAAGCGGTACATGACAATGATGGATTCTATGACAAATGATGAACTGGACAGCTCAAACCC 1200
Query 1315 AAAGGTGTTTAACGAGTCACGGATGATGCGGATAGCAAGAGGGTCAGGGAGGCAAGTAAG 1374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AAAGGTGTTTAACGAGTCACGGATGATGCGGATAGCAAGAGGGTCAGGGAGGCAAGTAAG 1260
Query 1375 AGAAGTGATGGAGATGTTGGAAGAGTACAAGAGGCT---AGCGAAGATATGGAGCAAGAT 1431
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1261 AGAAGTGATGGAGATGTTGGAAGAGTACAAGAGGCTGCTAGCAAAGATATGGAGCAAGAT 1320
Query 1432 GAAAGGACTCAAGATCCCAAAGAATGGAGATATGAGTGCACTCTCGAGAAACATGAACGC 1491
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GAAAGGGCTCAAGATCCCAAAGAATGGAGATATGAGTGCACTCTCGAGAAACATGAACGC 1380
Query 1492 ACAGCACATGAGCAAGGTCCTCCCACCTCAGATGCTCAAGCAGATTGGCGGCATGGGCGG 1551
||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1381 ACAGCACATGAGCAAGGTCCTACCGCCGCAGATGCTCAAGCAGATTGGTGGCATGGGCGG 1440
Query 1552 TCTGCAGAGTCTAATGAAGCAGATGGGTTCCGGCAAGGACATGATGGGAATGTTCGGTGG 1611
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 TCTGCAGAGTCTCATGAAGCAGATGGGTTCCGGCAAGGACATGATGGGAATGTTCGGTGG 1500
Query 1612 CGGAGACAAGTAGTATCTTTCTT 1634
|||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1501 CGGAGACAAGTAGTTTCTTTCTT 1523
> Ahg911335 jgi|Araly1|911335|Al_scaffold_0001_1589
Length=1335
Score = 1223 bits (662), Expect = 0.0
Identities = 950/1082 (88%), Gaps = 47/1082 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 407 AAG-CCTG-CGTTTGCTCCTAAAAAAGCTAAAGC---TAGTGTAGTTATGTTTGTTGGAT 461
||| |||| | |||||||| ||||| || ||| | ||||||||||||||| || || |
Sbjct 156 AAGACCTGTC-TTTGCTCCCAAAAAGGCCAAACCTAGTAGTGTAGTTATGTTCGTCGGGT 214
Query 462 TACAAGGTGCTGGAAAGACGACAACTTGTACTAAGTATGCTTATTATCATCAGAAGAAAG 521
|||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 215 TACAAGGTGCTGGAAAAACCACAACATGTACCAAGTATGCTTACTATCATCAGAAGAAAG 274
Query 522 GATACAAACCAGCTTTGGTTTGTGCGGATACTTTCAGGGCTGGTGCGTTCGATCAGCTGA 581
| |||||| ||||| | || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |
Sbjct 275 GGTACAAAACAGCTCTAGTGTGTGCAGATACTTTCAGGGCCGGTGCTTTCGATCAGCTCA 334
Query 582 AACAGAATGCTACCAAGGCTAAGATCCCCTTTTATGGAAGCTACACGGAATCCGATCCTG 641
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 335 AACAGAATGCCACCAAGGCTAAGATCCCCTTTTATGGAAGCTACACAGAATCCGATCCTG 394
Query 642 TGAAAATTGCTGTTGAGGGAGTAGATACGTTTAAGAAAGAAAACTGTGATCTCATTATTG 701
|||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 395 TGAAAATTGCTGCTGAGGGAGTTGATAGGTTCAAGAAAGAAAAATGTGATCTTATTATTG 454
Query 702 TTGATACCAGTGGTCGCCATAAACAAGAAGCTTCTCTCTTTGAAGAAATGCGTCAAGTTG 761
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 455 TTGACACCAGTGGTCGCCATAAACAAGAAGCTTCTCTCTTTGAAGAAATTCTTCAAGTTG 514
Query 762 CTGAAGCAACGAAACCAGATCTTGTTATATTTGTTATGGATAGCAGTATTGGTCAAGCTG 821
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 515 CTGAAGCAACGGAACCAGATCTTGTTATATTTGTTATGGATAGCAGTATTGGTCAAGCTG 574
Query 822 CATTTGATCAAGCTCAAGCCTTTAAGCAGAGTGT-TGCTGTTGGAGCTGTAATTATTACT 880
||||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 575 CATTTGATCAAGCTCAAGCATTTAAGCAAACTGTAT-CTGTTGGAGCTGTTATTATTACT 633
Query 881 AAGATGGACGGCCATGCCAAGGGTGGTGGGGCTCTTAGCGCTGTTGCAGCTACGAAAAGT 940
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 634 AAGATGGACGGCCATGCCAAGGGGGGTGGTGCTCTTAGCGCTGTAGCAGCTACAAAAAGT 693
Query 941 CCTGTGATATTTATCGGAACAGGAGAGCATATGGATGAGTTTGAAGTGTTTGACGTCAAA 1000
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 694 CCTGTGATATTCATTGGAACAGGAGAGCATATGGATGAGTTTGAAGTGTTTGATGTCAAA 753
Query 1001 CCATTTGTCAGCCGTCTCTTAGGAATGGGTGATTGGTCTGGATTCGTGGATAAGCTACAA 1060
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||| ||||||
Sbjct 754 CCATTTGTCAGCCGTCTCTTAGGAAAGGGTGATTGGTCTGGACTCGTGAATAAACTACAA 813
Query 1061 GAGGTAGTACCTAAAGATCAACAGCCTGAACTTCTGGAAAAGCTCTCTCAGGGTAACTTT 1120
||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 814 GAGGTGGTACCTAAAGATCTACAGCATGAACTTGTAGAAAATCTCTCTCAGGGTAACTTT 873
Query 1121 ACGTTGAGAATTATGTACGACCAGTTCCAGAA--CATACTGAACATGGGTCCACTTAA-- 1176
|||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||| | || ||| |||||
Sbjct 874 ACGTTGAGAACTATGTACGACCAGTTCCAGTGTTC-T-CTGCAGAT---TCCTCTTAATC 928
Query 1177 -GG--AGG-T-T-TTCT-CAAT-GCT-GCCTGGAATTAGTGCTGAAATGATGCCGAAAGG 1227
|| || | | || | |||| | | ||||| | | ||||||| |||||||||||||
Sbjct 929 AGGTCAGAATCTCTTGTTCAATAG-TAGCCTGTACC-ATTGCTGAATTGATGCCGAAAGG 986
Query 1228 ACATGA-GAAAGAAAGCC-AGGCGAAGATAAAGCGGTACATGACAATGATGGATTCTATG 1285
||||| || ||||||| || |||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 987 ACATGGTGAC-GAAAGCCGAG-CGAAGAGA------TACATGACAATGATGGATTCTATG 1038
Query 1286 ACAAATGATGAACTGGACAGCTCAAACCCAAAGGTGTTTAACGAGTCACGGATGATGCGG 1345
||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1039 ACAGATAAAGAACTGGACAGCTCAAACACAAAGGTGTTTAACGAGTCAAGGATAATGCGG 1098
Query 1346 ATAGCAAGAGGGTCAGGGAGGCAAGTAAGAGAAGTGATGGAGATGTTGGAAGAGTACAAG 1405
||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1099 ATAGCGAGAGGGTCAGGGAGGTTAGTAAGAGAAGTGATGGAGTTGTTGGAAGAGTACAAG 1158
Query 1406 AGGCTAGCGAAGATATGGAGCAAGATGAAAGGACTCAAGATCCCAAAGAATGGAGATATG 1465
||| ||| || | | | | | |||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1159 AGGAAAGC-AA-A---G-A-CTA--TGAAAGGAATCAAGATCCCAAAGAATGGAGACATG 1209
Query 1466 AG 1467
||
Sbjct 1210 AG 1211
> Ahg359800 jgi|Araly1|359800|fgenesh1_pg.C_scaffold_1105000001
Length=621
Score = 132 bits (71), Expect = 1e-29
Identities = 197/255 (77%), Gaps = 20/255 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 776 CCAGATCTTGTTATATTTGTTATGGATAGCAGTATTGGTCAAGCTGCATTTGATCAAGCT 835
|||| || |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4 CCAGCTCGTGTTGTATATGTCATGGATAGCAGTATTGGTCAAGCTGCATTTGATCAAGCT 63
Query 836 CAAGCCTTTAAGCAGAGTGTTGC--T-GTTGGAGCTGTAATTATTACTAAGATGGACGGC 892
||||| || ||||| | |||| | | || |||| ||| ||||||||||| || |||||
Sbjct 64 CAAGCATTCAAGCA-A-TGTTTCACTCGT-GGAGTTGTCATTATTACTAATATACACGGC 120
Query 893 CA-TGCCAAGGG-TGGTGGGGCTCTTAGCGCTGTTGCAGCTACGAAAAGT--CCTGTGAT 948
| | |||| | || ||| ||| | | | |||||||||| | | ||||| || ||||
Sbjct 121 AACT-CCAAAGCATG-TGGTGCTATCATCTCTGTTGCAGC-A-GCAAAGTGTCCCATGAT 176
Query 949 ATTTATCGGAA-CAGGAGAGCATATG-GATGAGTTTGAAGTGTTTGACG-TCAAACCATT 1005
||| | | ||| |||||||| | | | || || ||||||| ||||| | | || | ||
Sbjct 177 ATT-AGCTGAAACAGGAGAGAAGA-GAGAGGATTTTGAAGCATTTGAAGCTGAAGCT-TT 233
Query 1006 TGTCAGCCGTCTCTT 1020
|||||| |||||||
Sbjct 234 TGTCAGGAGTCTCTT 248
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 68105358060
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5