BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G48930.1 Length=2097 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg474038 jgi|Araly1|474038|fgenesh2_kg.1__3992__AT1G48930.1 3121 0.0 > Ahg474038 jgi|Araly1|474038|fgenesh2_kg.1__3992__AT1G48930.1 Length=2066 Score = 3121 bits (1690), Expect = 0.0 Identities = 1962/2091 (94%), Gaps = 28/2091 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATCATAGATTCACAATTTTGAACAAAGAAAATTTCTTTGGAGAGAAAACTTAGAACTT-A 59 |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| || | Sbjct 1 ATCAGAGATTCACAATTTTGAACAAAGAAATTTTCTTAGGAGAGAAAAATTAGAA-TTAA 59 Query 60 GATTGACATAGAGAAATGAGGAAGTTTGGTGGATCATTGTTCGGCGTAAGCCTATTGCTG 119 |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 60 GATTGATATAGAGAAATGAGGAAGTATGGTGGATCATTGTTCGGCTTAAGCCTATTGCTG 119 Query 120 TCCGTTCTTCTAGCGGCAGCAACCGCGGCAGCGGAGTACTATAACTACGGAAGTGCTCTT 179 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || Sbjct 120 ACCGTTCTTCTAGCGGCAGCAACCGCGGCAGCGGAGTACTATAACTACGGAAATGCCCTA 179 Query 180 GATAAGACCTTCTTGTTCTTTGAGGCTCAACGATCAGGGAAGTTGCCAGCTGCTCAACGT 239 || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 180 GACAAGACATTCTTGTTCTTTGAGGCTCAACGATCAGGGAAGTTGCCAGCTGCTCAGCGT 239 Query 240 GTCAAATGGCGTGGCC-CTTCTGGTCTCAAGGATGGTCTTGCTCAAGGAGTGAGCCTGGA 298 |||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 240 GTCAAATGGCGTAGCCAC-TCTGGTCTCAAGGATGGTCTTGCTCAAGGAGTGAGCTTGGA 298 Query 299 GGGAGGATATTATGATGCTGGAGACCATGTGAAATTCGGTTTACCAATGGCTTTCGCAGT 358 ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 299 AGGAGGATATTACGATGCAGGAGACCACGTGAAATTCGGTTTACCAATGGCTTTCGCAGT 358 Query 359 GACGATGCTATCGTGGGCAGCGGTTGATAACCGGAAAGAGCTATCCAGTTCGAACCAGAT 418 ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 359 GACAATGCTATCGTGGGCAGCTGTTGATAACCGGAAAGAGCTATCCAGTTCGAACCAAAT 418 Query 419 GCAACAGACATTATGGTCAATCAGATGGGGTACTGATTACTTCATCAAGGCTCATCCTCA 478 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 419 GCAACAGACATTATGGTCAATCAGATGGGGTACTGATTACTTCATCAAGGCTCATCCTCA 478 Query 479 ACCAAATGTTCTATGGGGTCAAGTTGGAGATGGAGAATCAGACCATTACTGTTGGGAACG 538 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 479 GCCCAATGTTCTATGGGGTCAAGTTGGAGATGGAGAATCAGACCATTACTGTTGGGAACG 538 Query 539 TCCCGAGGACATGACCACTTCAAGAACAGCTTATAAGCTTGACCCGTACCACCCTGGCTC 598 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| Sbjct 539 ACCAGAGGACATGACCACTTCAAGAACAGCTTATAAGCTTGACCAGTACCATCCTGGCTC 598 Query 599 GGACCTAGCCGGTGAAACCGCTGCTGCTTTAGCCGCTGCTTCCTTGGCTTTCAAGCCATT 658 ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 599 AGACTTAGCTGGTGAAACCGCTGCTGCTTTAGCCGCTGCTTCCTTGGCTTTCAAGCCATT 658 Query 659 TAACTCCTCTTACTCTGCTCTTCTCTTATCTCATGCCAAAGAGCTCTTCTCATTTGCTGA 718 ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 659 TAACTCCTCTTACTCTGCTCTCCTCTTAACTCATGCCAAAGAGCTCTTCTCATTTGCTGA 718 Query 719 CAAGTACAGAGGACTATACACAAATTCTATCCCAAATGCAAAAGCTTTCTACATGTCATC 778 ||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 719 CAAGTACAGAGGACTATACACTGACTCAATCCCAAATGCAAAAGCTTTCTACATGTCATC 778 Query 779 TGGTTACTCGGATGAGCTTCTTTGGGCTGCAGCTTGGCTACACCGCGCCACCGGGGATCA 838 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 779 TGGTTACTCGGATGAGCTTCTCTGGGCTGCAGCTTGGCTACACCGCGCCACCGGGGATCA 838 Query 839 GTATTACTTGAAGTATGCTATGGACAATTCCGGTTACATGGGAGGAACTGGCTGGGGGGT 898 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | Sbjct 839 GTATTACTTGAAATATGCTATGGACAATTCCGGTTACATGGGCGGAACTGGCTGGGGAAT 898 Query 899 GAAAGAGTTCTCTTGGGATAACAAATACGCCGGTGTTCAAATCCTTCTCTCCAAGATCTT 958 |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 899 GAAAGAATTCTCTTGGGATAACAAATATGCCGGTGTTCAAATCCTTCTCTCCAAGATCTT 958 Query 959 GTTAGAAGGGAAAGGCGGTATATATACTTCGACATTGAAGCAATATCAAACCAAAGCTGA 1018 ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||| || Sbjct 959 GTTAGAAGGGAAAGGCGGTGTGTATACTTCGACATTGAAGCAATATCAGACGAAAGCCGA 1018 Query 1019 CTACTTCGCTTGTGCTTGCCTCAAGAAGAATGGTGGCTACAACATTCAAACAACTCCTGG 1078 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1019 CTACTTCGCTTGTGCTTGTCTCAAGAAGAATGGTGGCTACAACATTCAAACAACTCCTGG 1078 Query 1079 TGGTTTAATGTATGTTAGAGAGTGGAACAATCTGCAATATGCATCCGCGGCTGCGTATCT 1138 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1079 TGGTTTAATGTATGTAAGAGAGTGGAACAATCTGCAGTATGCATCCGCGGCTGCTTATCT 1138 Query 1139 TCTCGCGGTTTATTCAGATTATCTCTCTGCAGCAAATGCTAAACTCAACTGCCCTGATGG 1198 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 1139 TCTCGCGATTTATTCAGATTATCTCTCTGCAGCAAATGCTAAACTCAATTGTCCTGATGG 1198 Query 1199 TTTGGTGCAACCTCAGGGGCTTCTTGACTTTGCTAGATCTCAGGCTGATTACATTCTTGG 1258 ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1199 TTTGGTGCAACCTCAAGCACTTCTTGACTTTGCTAGATCTCAGGCTGATTACATTCTTGG 1258 Query 1259 AAAGAACCGTCAAGGAATGAGTTATGTAGTTGGATATGGACCGAAATATCCAATCCGTGT 1318 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| Sbjct 1259 AAAGAACCGACAAGGAATGAGTTATGTAGTTGGATATGGACCGAAATATCCAATTCATGT 1318 Query 1319 TCATCATAGAGGCTCTTCAATCCCTTCAATATTTGCTCAACGTTCTTCTGTGAGTTGTGT 1378 ||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1319 TCACCATAGAGGCGCTTCAATCCCTTCAATCTTTGTTCAACGTTCTTTTGTGAGTTGTGT 1378 Query 1379 ACAAGGATTTGACTCTTGGTATAGAAGGTCTCAGGGTGATCCTAATGTTATTTATGGAGC 1438 ||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| || Sbjct 1379 TCAAGGGTTTGACTCTTGGTATAGAAGGTCTCAAGCTGATCCTAATGTTATCTATGGTGC 1438 Query 1439 TCTTGTTGGTGGACCTGACGAGAATGATAACTATTCCGATGACCGCTCAAATTACGAGCA 1498 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1439 TCTTGTTGGTGGACCGGACGAGAATGATAACTATTCCGATGACCGCTCAAATTACGAGCA 1498 Query 1499 ATCAGAACCAACATTGTCAGGAACAGCTCCACTTGTTGGCCTATTCGCTAAACTCTATGG 1558 |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1499 ATCAGAACCAACTTTGTCTGGAACAGCTCCACTTGTTGGCCTATTCGCTAAACTCTATGG 1558 Query 1559 AGGAAGTTTAGGATCTTATGGAGGAGGATCATATAAACCTTATGAAACTACAAAACCAGC 1618 |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | Sbjct 1559 TGGAAATTTAGGATCTTATGGAGGAGGGTCATATAAACCTTATGTAACTACAAAACCACC 1618 Query 1619 AGCT-TCATCTTACAAAGCAACACCAACAACATACAGTCCAAAGCAATCAGGTGCACAAA 1677 || | | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1619 AGTTAT-ATCCTACAAAGCAACACCGACAACATACAGTCCAAAACAATCAGGTGCACAAA 1677 Query 1678 TCGAGTTTCTTCATTCCATAACTAGCAACTGGATAGCCGGGAACACAAGATACTATAGGC 1737 |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1678 TCGAGTTTCTTCATTCGATAACTACCAACTGGATGGCCGGGAACACAAGATACTATAGGC 1737 Query 1738 ACAAAGTGATCATCAAAAACAATTCTCAAAAACCAATATCAGATCTCAAGCTTAAGATTG 1797 | |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1738 ATAAAGTGATCATCAAGAACAATTCTCAAAAACCCATATCAGATCTCAAGCTTAAGATTG 1797 Query 1798 AAGATCTCTCAGGACCTATCTGGGGTTTAAACCCAACGGGACAGAAGTATACTTACCAGC 1857 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| Sbjct 1798 AAGATCTCTCAGGACCTATCTGGGGTTTAAACCCAACAGGACAAAAGTATACTTACCAGC 1857 Query 1858 TTCCTCAATGGCAAAAGACTTTGAGAGCAGGACAAGCTTATGATTTTGTCTATGTACAAG 1917 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1858 TTCCTCAATGGCAAAAGACTTTGAGACCAGGACAAGCTTATGATTTTGTCTATGTACAAG 1917 Query 1918 GTGGCCCTCAAGCTAAAGTCTCAGTTTTGAGTTACAACTAGTGAGAAAACAACACTTTCT 1977 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || Sbjct 1918 GTGGTCCTCAAGCTAAAGTCTCAGTTTTGAGTTACAACTAGT-------------T--CT 1962 Query 1978 TCAATCTTTTTGTTTATGCTTATTATGAGTGAAAGATGTGAACATAGCCAACCAAGTTGA 2037 | | || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1963 T---T-TT---GTTTATGCTTCTTATGAGTGAAAGATGTGAAAATAGCCAACCAAGTTGA 2015 Query 2038 GCCTAAATATGAGAAATGTAAATTTGTGACCCTTGGTAGAGAATGCTTTTT 2088 | |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| Sbjct 2016 GACTAAATATGAGAAATGTAAATTTGTGTCCCTTCGTAGAGAATGCTTTTT 2066 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 78884897395 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5