BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G49040.1
Length=3904
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474047 jgi|Araly1|474047|fgenesh2_kg.1__4001__AT1G49040.1 6373 0.0
Ahg930601 jgi|Araly1|930601|scaffold_303058.1 573 3e-162
Ahg905975 jgi|Araly1|905975|Al_scaffold_0003_3103 207 4e-52
> Ahg474047 jgi|Araly1|474047|fgenesh2_kg.1__4001__AT1G49040.1
Length=3867
Score = 6373 bits (3451), Expect = 0.0
Identities = 3741/3881 (96%), Gaps = 19/3881 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 CGAACGACTTGGCCaaaaaaaCAAAGGAGGCCGAATTGAAGCAACTACTTTTCTCCATCA 62
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | | ||
Sbjct 1 CGAACGACTTGGATAAAAAAACAAAGGAGCCCGAATTGAAGCAACTAC-TTT-T-C-TC- 55
Query 63 TCATCACCATCGGCGAAATCCGCCAAAAATTGATCTC-CATTTGGAAATCCAGATCATGC 121
||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||| || ||| ||| |||||||||||
Sbjct 56 -CAT---CATCGACGAAATCCGCC-AAAACTGATCTCACA-TTGAAAACCCAGATCATGC 109
Query 122 TCTAGAGCCCTAG--TTTAGATCTCGAAGGAAGACAATGGGACGGATCTTCGAGTACTTC 179
||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 110 ACTAGAACCC-AGTTTTTAGATCTCG-AGGAAGACAATGGGTCGGATCTTCGAGTACTTC 167
Query 180 GTCGTGTGCGGACTTGGTCCAGAGATGCGAACCGTGGATGGAGATCTTGGATTCCATGGA 239
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 168 GTCGTGTGCGGACTTGGTCCAGAGATACGAACCGTAGATGGAGATCTTGGATTCCATGGA 227
Query 240 ATGCAAACATTCTACTTGCCTGCTCTTCTTGACCAGTTCCCTCCTACTGATCAATCTCCT 299
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 228 ATGCAAACATTCTACTTGCCTGCTCTTCTCGACCAGTTCCCTCCTACTGATCAATCTCCT 287
Query 300 TACCCTGCCCCTCCTCCTCAGCTTCCTACTTGTGTTCTTCCTGCTGGGGTGGAGTTCCAT 359
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 288 TACCCTGCCCCTCCCCCTCAGCTTCCTACTTGTGTTCTTCCTGCTGGGGTGGAGTTCCAT 347
Query 360 TCTTCTGGTTTTGTTTCCAGTGACCCTGCAAGTTTCCCACGGAGCTATCCCATAGTCTTG 419
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 348 TCTTCTGGGTTTGTTTCCAGTGACCCTGCAAGTTTCCCACGGAGCTATCCCATAGTCTTG 407
Query 420 ACGGAGGGTGATGGATCAAAAATATTTGTCAGTTGCATTGCATTTCGGGATCGAGTCTGT 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 408 ACGGAGGGTGATGGATCAAAAATATTTGTCAGTTGCATTGCATTTCGGGATCGAGTCTGT 467
Query 480 GAGGATATTATTGAAGCTTATCGCTTACCGCCGAATACATACGCAGACAAGTGTATCTGT 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 GAGGATATTATTGAAGCTTATCGCTTACCGCCGAATACATACGCAGACAAGTGTATCTGT 527
Query 540 CTTGTGTCTCATGCCCCCAATTTCCGTGTTCTTCGTAATTCTCTCGAAGAGATTTTTGTT 599
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 CTTGTGTCTCACGCCCCCAATTTCCGTGTTCTTCGTAATTCTCTCGAAGAGATTTTTGTT 587
Query 600 CTTTGCTTCTCTTCAGAAGGAAGCTGTAAGCCATTGTGGGATATTATCGCCTATATGGTA 659
||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 588 CTTTGCTTCTCTTCAGAAGGAAGCTGTAAACCACTGTGGGATATTATCACCTATATGGTA 647
Query 660 TCTAATGTGCCATTGCCGACTCCCGGAAAAGACAGAGTCTTGTTTGCTGTCGAGAATTGC 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 648 TCTAATGTGCCATTGCCGACTCCCGGAAAAGACAGAGTCTTGTTTGCTGTCGAGAATTGC 707
Query 720 CTGCTCTCGGTGGAAGCACCTCCAGAGGATAGTCTTCCTCAGGCAGATATATCTCTCCAG 779
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 708 CTGCTCTCTGTGGAAGCACCTCCAGAGGATAGTCTTCCTCAGGCAGATATATCTCTCCAG 767
Query 780 CCTCTTGTACAATGCTTGGATGTCGACAACTTGATTAAGCTGTTTACATCTGTACTAGTT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 768 CCTCTTGTACAATGCTTGGATGTCGACAACTTGATTAAGCTGTTTACATCTGTTCTAGTT 827
Query 840 GAAAGGAGGATTTTGATTCGATCCAACAAGTATTCGCTTTTGACTCTGGTGTCTGAATCC 899
||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 828 GAAAGGAGGATTTTGATTCGATCTAATAAGTATTCACTTTTGACTCTGGTGTCTGAATCC 887
Query 900 ATATGTCATTTGATTTATCCTTTTCGATGGCTGCAAGTCTACATTCCATTACTATTTTTT 959
||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 888 ATATGTCATATGATTTATCCTTTCCGATGGCAGCAAGTCTACATTCCATTACTATTTTTT 947
Query 960 AGTGGAGTAGACTACATTGATGCACCAACACCATATATGATGGGTCTCCACTCTGATGTC 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 948 AGTGGAGTAGACTACATTGATGCACCAACACCATATATGATGGGTCTCCACTCTGATGTC 1007
Query 1020 GATACATCCAATCTTGCTATGGATGGCGTTGTAGTGGTGGATCTTGACATAAACCAAATT 1079
||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1008 GATACGTCCTATCTTGCTATGGAAGGCGTTGTAGTGGTGGATCTTGACTTTAACCAAATC 1067
Query 1080 ACTACTTCTGAAGAGATACCTCAGATACCAGAGCCTGAGTTCAGCACTTTGCGAAACGAT 1139
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1068 ACTACTTCGGAAGAGATACCTCCGATACCAGAGCCTGAGCTCAGCGCTTTGCGAAACGAT 1127
Query 1140 ATCTTGAAACTACTGCACCCTAATGTTGTAGCGATTGATCAGTTGAAGGGCTTTGGTAAT 1199
|||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1128 ATCTTGAAACTACTGCACCCTAATGTCGTCGGGATTGATCAGTTGAAGGGCTTTGGTAGT 1187
Query 1200 TCCGTTGAGCAGTGCCCTAAAAGCCTTAGCAAACCTTGGGGAGAGGATCATGACCTTCAA 1259
|| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1188 TCTGTTGAGCAGTCCCCCAAAAGCCTTAGCAAACCTTGGGGAGAGGATCATGACCTTCAA 1247
Query 1260 CTCAGGGTTATATTCTTAAAGTGTTTTGCATCTATCTTGGGTGGCTACCGCAATTTCATA 1319
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1248 CTCAGGGTTATATTCTTAAAGTTTTTTGCATCTATCTTGGGTGGCTACCGCAATTTCATA 1307
Query 1320 GAAAACAAAGTTTTTAGCACTGATGCGTTTCTGAAGAGACGGTCTCGTTCCACAAATCAG 1379
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1308 GAAAACAAAGTTTTTAGCAGTGATGCGTTTCTGAAGAGACGGTCTCGTACCACAAATCAG 1367
Query 1380 CCACCAGAGCCTATGTTGGTTCAATTCTTGGGCTCTTTTGCATTCCTCGATTACCTTGAA 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1368 CCACCAGAGCCTATGTTGGTTCAATTCTTGGGCTCTTTTGCATTCCTCGATTACCTTGAA 1427
Query 1440 AGGCGTCTAAGCTCTGATGAGAAGAGTACTAATCTCCTTGAGAAGTTACAAGATGCAGTT 1499
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1428 AGGCGTCTAAGCTCTGATGAGAACAGTACTAATCTCCTTGAGAAGTTACAAGATGCAGTT 1487
Query 1500 GGAAGGGGTCAAGATGCAATGTCGATTCTGCCTAAATCTTCTATGGAGCCTGAAATAATC 1559
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 GGAAGGGGTCAAGATGCGATGTCGATTCTGCCTAAATCTTCTATGGAGCCTGAAATAATC 1547
Query 1560 ACAATAGCCGAGCCAGAAGTTGAAGAATCAGCCACCAGGTATACCTATGACAGGTTTCCT 1619
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548 ACAATAGCTGAGCCAGAAGTTGAAGAATCAGCCACCAGGTATACCTATGACAGGTTTCCT 1607
Query 1620 GCGAGTGTTCGGTCAGAGGAACAAGAAGAAAAGCGAAAGCAGATCCTTGCAGCAGCAAGC 1679
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608 GCTAATGTTCGGTCAGAGGAACAAGAAGAAAAGCGAAAGCAGATCCTTGCAGCAGCAAGC 1667
Query 1680 GGGGCTCTTGAATCCAATGGAAGGCACCCTCCAAGCTCACCGCCAGGGAAGAACACCAAA 1739
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1668 GGGGCTCTTGAATCCAATGGAAGGCATCCTCCAAGCTCACCGCCAGGGAAGAACACAAAA 1727
Query 1740 GAAGACAATTTCAGTTCAATGGAGAGGGCTGCAGAAAGAGAACGAATGGTCTTGGATATA 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1728 GAAGACAATTTCAGTTCAATGGAGAGGGCTGCAGAAAGAGAACGAATGGTCTTGGATATA 1787
Query 1800 CAAGTCAAGTTGCAGGGATTATGGCTCCGTCTTCTGAAACTGGGTTCAGATGAAGATCCT 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1788 CAAGTCAAGTTGCAGGGATTATGGCTCCGTCTTCTGAAACTAGGTTCAGATGAAGATCCT 1847
Query 1860 CTTTCTTCATTCGAATACGGCACAATATTGGCTCTGATTGAATCTGATGCTGAGGGGATT 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1848 CTTTCTTCATTCGAATACGGCACAATATTGGCTCTCATCGAATCTGATGCTGAGGGGATT 1907
Query 1920 GGTGGGAGTGGCTTTATCGAGTGTATACGAGAGCATCTGTATTCGGGCTGGCATGGTCAA 1979
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1908 GGTGGGAGTGGCTTTATTGAGTGTATACGAGAGCATTTGTATTCGGGCTGGCATGGTCGA 1967
Query 1980 TTGTCCGAGGAGCAGTTCATTGCGGTCAAAGAATTGCTCAAAATGGCTGTGGGCCGTGCT 2039
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1968 TTGACCGAGGAGCAGTTCATTGCGGTCAAAGAATTGCTCAAAATGGCTGTTGGCCGTGCT 2027
Query 2040 GCTTCAAGAAGCGATTTGTCGACAGTGCGGGATGCACTTGAAGTTTCTGCAGAAATGTTC 2099
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2028 GCTTCAAGAAGCGATTTGTCGACAGTGCGGGACGCACTTGAAGTTTCTGCAGAAATGTTC 2087
Query 2100 AAGAAGGATGCCAATAATGTCTCTGACTATGTTCAGCGTCATCTCATCTCCATACCCATC 2159
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2088 AAGAAGGATGCCAATAATGTTTCAGACTATGTTCAGCGTCATCTCATCTCCATACCCATC 2147
Query 2160 TGGGAGGAGTTGAGATTTTGGGAAGGTTACTTCGAGTATCTCATGGAGCAGCCTGCAAAT 2219
||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2148 TGGGAGGAGTTAAGATTCTGGGAGGGTTACTTCGAGTATCTCATGGAGCAGCCTGCGAAT 2207
Query 2220 GAATCTGTGAACTATGCTACTTTGGTCACAGCCAGACTAATCATAGTGGCATCACATATG 2279
||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2208 GAATCAGTGAACTATGCTACGTTGGTCACAGCCAGGCTAATCATAGTGGCATCACATATG 2267
Query 2280 GCTGGCTTGGGACTTCCTGATACAGAAGCTTGGAACATGATCGAGACAATAGCAGAGAAA 2339
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2268 GCTGGCTTGGGACTTCCTGATACAGAAGCTTGGAACATGATCGAAACAATAGCAGAGAAA 2327
Query 2340 CAAAAGCTTGGATATAAATTACTGATTAAACTTAGAGGGTTCCTGTCGCATGTTCAGCAA 2399
||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2328 CAAAAACTTGGATACAAATTACTGATTAAACTCAGAGGGTTCCTGTCGCATGTTCAGCAA 2387
Query 2400 CTTCGTGTCGGCTATTGGGGTGCTTCTTCATTTAAGCAGCAGGCCATATCTGCTGGGTTG 2459
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2388 CTTCGTGTAGGCTATTGGGGTGCTTCTTCATTTAAGCAGCAGGCCATATCTTCTGGGTTG 2447
Query 2460 CCATCCCCGCGTCCAAAAGATGTCTCTGTCTCTGATGAAACCCAGCAACCCTCAGAAGCT 2519
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2448 CCATCCCCACGTCCAAAAGATGTCTCTGTCTCTGATGAAACCCAGCAACCCTCAGAAGCT 2507
Query 2520 TCTGGAAGGAGTTGGGTTCAGAGTATGTTTAGCAGAGATACAGCATCGAGAGCGAACTCG 2579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2508 TCTGGAAGGAGTTGGGTTCAGAGTATGTTTAGCAGAGATACAGCATCGAGAGCGAACTCG 2567
Query 2580 TTCAGTCGTGTTCGTAAGTGGGTATCTGATAATGCATCTTCAGACATAACTGCTGCTGCG 2639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2568 TTCAGTCGTGTTCGTAAGTGGGTATCTGATAATGCATCTTCAGACATAACTGCTGCTGCG 2627
Query 2640 CAGAAGAAAATTCAGACCAATGTACGTGTTCTGAAGGGTCACGGTGGTGCTGTCACTGCC 2699
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 2628 CAGAAGAAAATCCAGACCAATGTACGTGTTCTGAAGGGTCATGGCGGTGCTGTCACTGCC 2687
Query 2700 TTGCACTCTGTGACAAGAAGGGAAGTCTGTGATCTTGTGGGCGATCGCGAGGATGCTGGG 2759
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2688 TTGCACTCTGTGACAAGAAGGGAGGTCTGTGATCTTGTGGGCGATCGCGAGGATGCTGGA 2747
Query 2760 TTCTTTATCAGCGGTAGTACAGACTGTCTGGTTAAAATTTGGGATCCAAGTCTGCGTGGT 2819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2748 TTCTTTATCAGCGGTAGTACAGACTGTCTGGTTAAAATTTGGGATCCAAGTCTTCGTGGT 2807
Query 2820 TCTGAACTTCGAGCAACTTTGAAAGGACATACTGGAACCGTGCGTGCTATAAGCTCTGAC 2879
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2808 TCTGAACTCCGAGCAACTTTGAAAGGACATACTGGAACCGTGCGTGCTATAAGCTCTGAC 2867
Query 2880 AGAGGAAAGATAGTTTCAGGATCAGATGATCTATCTGTGATCGTATGGGACAAACAGACA 2939
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2868 AGAGGAAAGATAGTTTCAGGATCAGATGATCAATCTGTGATCGTATGGGACAAACAGACA 2927
Query 2940 ACTCAACTTCTAGAAGAACTGAAAGGCCATGATTCACAGGTAAGTTGTGTCAAGATGCTT 2999
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2928 ACTCAACTTCTAGAAGAACTGAAAGGCCATGATGCACAGGTAAGTTGTGTCAAGATGCTT 2987
Query 3000 TCAGGCGAACGTGTCCTCACTGCTGCACATGATGGAACAGTTAAGATGTGGGACGTTCGA 3059
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2988 TCAGGCGAACGTGTCCTCACAGCTGCACATGATGGAACAGTTAAGATGTGGGATGTTCGA 3047
Query 3060 ACCGATATGTGTGTTGCAACTGTTGGCCGATGCTCTAGTGCCATTCTTTCACTAGAATAT 3119
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 3048 ACCGATATGTGTGTTGCAACTGTTGGCCGATGCTCTAGTGCCATTCTTTCGCTTGAATAT 3107
Query 3120 GATGACTCCACAGGAATCTTGGCTGCTGCTGGCAGAGATACGGTTGCAAATATATGGGAT 3179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3108 GATGACTCCACAGGAATCTTGGCTGCTGCTGGCAGAGATACGGTTGCAAATATATGGGAT 3167
Query 3180 ATTCGTTCAGGAAAGCAAATGCATAAGCTGAAAGGGCATACCAAATGGATACGATCAATT 3239
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3168 ATTCGGTCAGGTAAGCAAATGCATAAGCTGAAAGGGCATACCAAATGGATACGATCAATT 3227
Query 3240 CGAATGGTCGAAGATACCTTGATTACTGGAAGTGATGACTGGACAGCAAGAGTGTGGTCT 3299
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3228 CGAATGGTTGAAGATACCTTAATTACTGGAAGTGATGACTGGACAGCAAGAGTGTGGTCT 3287
Query 3300 GTCTCCAGAGGATCATGCGATGCTGTTTTGGCATGCCATGCTGGGCCAGTACAATCTGTT 3359
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3288 GTCTCCAGAGGATCATGCGATGCAGTGTTGGCATGCCATGCTGGGCCAGTACAATCTGTT 3347
Query 3360 GAATACTCCCCGTTTGACAAAGGAATAATCACAGGCTCGGCGGATGGGTTGCTACGCTTT 3419
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3348 GAATACTCCGCATTTGACAAAGGAATAATCACAGGCTCGGCTGATGGGTTGCTACGCTTT 3407
Query 3420 TGGGAAAATGACGAAGGCGGCATTAAATGCGTGAAAAACATAACACTCCATAGTTCTTCT 3479
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3408 TGGGAAAATGACGACGGCGGCATTAAATGCGTGAAGAACATAACGCTCCATAGTTCTTCT 3467
Query 3480 ATACTATCAATCAACGCTGGTGAAAATTGGTTAGGCATTGGAGCAGCAGATAACTCAATG 3539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3468 ATACTATCAATCAACGCTGGTGAAAATTGGTTAGGCATTGGAGCAGCAGATAACTCAATG 3527
Query 3540 TCTCTTTTCCATCGTCCTTCTAACGCCGGAACCAAAGTCTCAGGCTGGCAACTTTATAGA 3599
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3528 TCTCTTTTCCATCGTCCTTCTAGTGCCGGAACCAAAGTCTCAGGCTGGCAACTTTATAGA 3587
Query 3600 GTACCACAAAGAACAGCCGCCGTGGTGAGATGTGTTGCGTCAGATCTCGAGAGGAAACGG 3659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3588 GTACCACAAAGAACAGCCGCCGTGGTGAGATGTGTTGCGTCAGATCTCGAGAGGAAACGG 3647
Query 3660 ATATGTAGCGGTGGCCGAAATGGAGTTCTCCGGCTGTGGGATGCCACCATCAACATCTGA 3719
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3648 ATATGTAGCGGTGGCCGGAATGGAGTTCTCCGGCTGTGGGATGCCACCATCAACATCTGA 3707
Query 3720 TTATGTCTTCCACAACTTTTTCTTTGTGTAT-TTTTAAGAGTATGTGTTATTGTTACCTT 3778
|| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 3708 TT-TGTCTTCCACAACTTTGTCTTTGTGTATCTTTTAACCTTATGTGTTGTTGTTACCTT 3766
Query 3779 GTATGTTTGCTTATGTTCTTTGAGATATGTGGTTTAAGAAAA-TTTTGATTTTCTTTTAT 3837
||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||| ||||| |||| ||||||
Sbjct 3767 GTATGTTTGCTTATGCCCTTCGAGATTTGTGGTTTAACAAAAATTTTGTTTTTTTTTTAT 3826
Query 3838 ATATGTTTTCTCAGTGATTCTTGTTTTGATCAATCCACTAA 3878
|||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 3827 ATATGTTTTCTCAGTGATTCTTGTTTCGATCGATCCACTAA 3867
> Ahg930601 jgi|Araly1|930601|scaffold_303058.1
Length=409
Score = 573 bits (310), Expect = 3e-162
Identities = 336/349 (96%), Gaps = 0/349 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2015 GCTCAAAATGGCTGTGGGCCGTGCTGCTTCAAGAAGCGATTTGTCGACAGTGCGGGATGC 2074
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 16 GCTCAAAATGGATGTTGGCCGTGCTGCTTCAAGAAGCGATTTGTCGACAGTGCGGGACGC 75
Query 2075 ACTTGAAGTTTCTGCAGAAATGTTCAAGAAGGATGCCAATAATGTCTCTGACTATGTTCA 2134
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 76 ACTTGAAGTTTCTGCAGAAATGTTCAAGAAAGATGCCAATAATGTTTCAGACTATGTTCA 135
Query 2135 GCGTCATCTCATCTCCATACCCATCTGGGAGGAGTTGAGATTTTGGGAAGGTTACTTCGA 2194
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 136 GCGTCATCTCATCTCCATATCCATCTGGGAGGAGTTGAGATTCTGGGAGGGTTACTTCGA 195
Query 2195 GTATCTCATGGAGCAGCCTGCAAATGAATCTGTGAACTATGCTACTTTGGTCACAGCCAG 2254
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 196 GTATCTCATGGAGCAGCCTGCAAATGAATCAGTGAACTATGCTACTTTGGTCACAGCCAG 255
Query 2255 ACTAATCATAGTGGCATCACATATGGCTGGCTTGGGACTTCCTGATACAGAAGCTTGGAA 2314
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 256 GCTAATCATAGTGGCATCACATATGGCTGGCTTGGGACTTCCTGATACAGAAGCTTGGAA 315
Query 2315 CATGATCGAGACAATAGCAGAGAAACAAAAGCTTGGATATAAATTACTG 2363
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 316 CATGATCGAGACAATAGCAGAGAAACAAAAACTTGGATACAAATTACTG 364
> Ahg905975 jgi|Araly1|905975|Al_scaffold_0003_3103
Length=210
Score = 207 bits (112), Expect = 4e-52
Identities = 124/130 (95%), Gaps = 0/130 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2016 CTCAAAATGGCTGTGGGCCGTGCTGCTTCAAGAAGCGATTTGTCGACAGTGCGGGATGCA 2075
|||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 CTCAAAATGGATGTTGGCCGTGCTGCTTCAAGAAGCGATTTGTCGACAGTGCGGGACGCA 120
Query 2076 CTTGAAGTTTCTGCAGAAATGTTCAAGAAGGATGCCAATAATGTCTCTGACTATGTTCAG 2135
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 121 CTTGAAGTTTCTGCAGAAATGGTCAAGAAGGATGCCAATAATGTTTCAGACTATGTTCAG 180
Query 2136 CGTCATCTCA 2145
||||||||||
Sbjct 181 CGTCATCTCA 190
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147549210521
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5