BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G49050.1
Length=2027
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474050 jgi|Araly1|474050|fgenesh2_kg.1__4004__AT1G49050.1 2857 0.0
> Ahg474050 jgi|Araly1|474050|fgenesh2_kg.1__4004__AT1G49050.1
Length=1844
Score = 2857 bits (1547), Expect = 0.0
Identities = 1771/1874 (95%), Gaps = 35/1874 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 54 TCTCTCTCCGATCAAAACCAGCCCAATTCGATCGGAGACATC-ACAGAATGGAACCAGAT 112
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||||| ||||
Sbjct 1 TCTATCTCCGATCAAAACCAGCCCAATTCGATCGGAGAAATCTA-ACAATGGAACAAGAT 59
Query 113 CTTCATGACCAGCAACAACAACAACGAGTCCACAGCGTAGTCATAATCACTCTCCCACCA 172
||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 60 CTTCATG---AG------CAACAACGACTCCACAGCGTAGTCATAATCACTCTTCCACCA 110
Query 173 TCTGATGATCCTTCACAAGGCAAAACAATCTCTGCTTTCACTCTCACTGACCACGATTAC 232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 111 TCTGATGATCCTTCACAAGGCAAAACAATCTCTGCTTTCACTCTCACTGACCACGATTAC 170
Query 233 CCACT-CGAAATCCCACCCGAGGATAACCCAAACCCGAGTTTTCAACCCGACCCACTTCA 291
||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 171 CCACTAC-AAATCCCACCCGAGGACAACCCAAACCCGAGTTTTCAACCCGACCCACTTCA 229
Query 292 CCGAAACCAACAATCTCGCCTCTTGTTCTCGGATCTCTCAATGAATTCGCCGAGATTAGT 351
|| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 230 CCAAAACCAACAATCTCGACGCTTGTTCTCGGATCTCTCAATGGGTTCGCCGAGATTCGT 289
Query 352 TCTGGGTCTTCTCGGAATCTCGCTTCTCGCGGTTGCTTTCTACGCCTCTGTTTTTCCCAA 411
|||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 290 TCTGGGTCTTGTCGGATTCTCTCTTCTCGCGGTTGCTTTCTACGCCTCTGTTTTTCCTAA 349
Query 412 CTCTGTTCAAATGTTTAGGGTTTCTCCTGATGAGAGGAACCGTGACGACGACGATA-ATC 470
|||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| || ||||||| ||
Sbjct 350 CTCTGTTCAAATGTTTAGGG-TT-T-CTGATGAGAGGAACCGT---GATGACGATAGTTC 403
Query 471 TCCGTGAAACGGCGTCGTTTGTTTTCCCTGTATATCACAAATTGAGAGCTCGAGAGTTCC 530
|||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 404 -CCGTGAAACGACGTCGTTTGTTTTCCCTGTTTATCACAAATTGAGAGCTCGAGAGTTCC 462
Query 531 ACGAGCGGATCTTAGAGGAAGATTTAGGTTTAGAGAATGAAAACTTTGTGGAATCAATGG 590
| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 463 ATGAACGGATCTTAGCGGAAGATTTAGGTTTAGAGAATGGAAACTTTGTGGAATCAATGG 522
Query 591 ATTTAGAGCTGGTCAACCCTGTAAAAGTCAACGATGTTTTATCTACAAGTGCCGGTTCTA 650
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 523 ATTTAGAGTTGGTCAACCCTGTAAAAGTCAACGATGTTTTATCTACAAGTGCTGGTTCTA 582
Query 651 TTGACTCCTCCACTACGATTTTTCCCGTCGGTGGTAATGTGTATCCAGATGGGCTGTATT 710
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 583 TTGACTCCTCCACTACGATTTTTCCCGTCGGTGGTAATGTGTATCCTGATGGGCTGTATT 642
Query 711 ATACACGCATTCTTGTTGGAAAGCCTGAAGATGGACAATACTATCATCTTGATATTGATA 770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 643 ATACACGCATTCTTGTTGGAAAGCCTGAAGATGGACAATACTATCATCTTGATATTGATA 702
Query 771 CGGGAAGTGAATTGACTTGGATCCAATGTGATGCTCCTTGTACTAGTTGTGCTAAGGGAG 830
| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 703 CTGGAAGTGACTTGACTTGGATCCAATGTGATGCGCCTTGTACTAGTTGTGCTAAGGGAG 762
Query 831 CAAATCAACTATATAAGCCTAGAAAAGATAACTTAGTGAGATCTTCAGAGGCCTTTTGTG 890
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 763 CAAATCAACTATATAAGCCTAGAAAAGATAACTTAGTGAGATCTTCAGAGCCCTTTTGTG 822
Query 891 TAGAAGTCCAAAGGAATCAACTGACAGAACATTGTGAAAATTGTCATCAATGTGACTACG 950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || |
Sbjct 823 TAGAAGTCCAAAGGAATCAACTGACAGAACATTGTGAGAGTTGTCATCAATGTGATTATG 882
Query 951 AGATTGAATATGCTGATCATAGCTACTCCATGGGAGTTCTCACCAAAGATAAGTTTCATC 1010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 883 AGATTGAATATGCTGATCATAGCTACTCCATGGGAGTTCTCACCAAAGATAAGTTTCATC 942
Query 1011 TCAAACTCCATAACGGATCACTAGCCGAGTCAGATATAGTTTTCGGGTGCGGGTATGATC 1070
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 943 TCAAACTCCATAACGGATCATTAGCCGAGTCAGATATAGTTTTCGGGTGCGGATATGATC 1002
Query 1071 AGCAAGGACTACTGTTGAATACTCTGCTAAAGACAGACGGGATTCTCGGTCTAAGCAGAG 1130
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1003 AGCAAGGACTACTGTTGAACACTCTGCTAAAGACAGACGGGATTCTCGGTCTAAGCAGAG 1062
Query 1131 CTAAAATTAGCTTACCTTCTCAACTTGCAAGCAGAGGTATTATCAGCAATGTGGTTGGCC 1190
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063 CTAAAATTAGCTTACCTTCTCAACTTGCAAGCCGAGGTATTATCAGCAATGTGGTTGGCC 1122
Query 1191 ATTGCCTTGCCTCTGATTTAAACGGTGAAGGATATATCTTCATGGGAAGTGATTTGGTTC 1250
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123 ATTGCATAGCCTCTGATTTAAACGGTGAAGGATATATCTTCATGGGAAGTGATTTGGTTC 1182
Query 1251 CATCACACGGAATGACATGGGTTCCTATGCTTCACGATTCCCGCTTGGATGCTTATCAGA 1310
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| | ||||||||
Sbjct 1183 CATCACACGGAATGACATGGGTTCCTATGCTTCACCATCCCCACTTGGAAGTTTATCAGA 1242
Query 1311 TGCAAGTTACAAAGATGAGCTACGGGCAGGGTATGCTTAGCTTAGATGGGGAAAACGGAA 1370
|||||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1243 TGCAAGTTACAAAGATGAGCTATGGGAATGCTATGCTTAGCTTAGATGGCGAAAACGGAA 1302
Query 1371 GAGTAGGGAAAGTCTTATTTGACACAGGAAGTTCCTATACATACTTCCCTAACCAGGCTT 1430
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1303 GAGTAGGGAAAGTCTTATTTGACACAGGAAGTTCCTATACATACTTCCCTAACCAGGCTT 1362
Query 1431 ACTCCCAATTGGTCACATCACTTCAAGAAGTTTCTGGTTTAGAACTAACACGCGATGATT 1490
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1363 ACTCTCAATTGGTCACATCACTTCAAGAAGTTTCTGATTTAGAATTAACACGCGATGATT 1422
Query 1491 CAGACGAAACACTGCCTATCTGCTGGCGAGCCAAAACTAACTTCCCGTTTAGTTCCTTGT 1550
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 1423 CAGACGAAACACTGCCTATCTGCTGGCGAGCTAAAACTAACTCCCCAATTAGTTCCTTGT 1482
Query 1551 CGGATGTTAAGAAGTTCTTCAGACCAATAACTCTGCAAATAGGGAGCAAATGGTTGATCA 1610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1483 CGGATGTTAAGAAGTTCTTCAGACCAATAACTCTGCAAATAGGGAGCAAATGGTTGATCA 1542
Query 1611 TATC-AAGAAAACTTTTGATTCAACCCGAGGATTACTTGATCATCAGCAACAAAGGAAAT 1669
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1543 TATCGAA-AAAACTTTTGATTCAACCCGAGGATTACTTGATCATCAGCAACAAAGGAAAT 1601
Query 1670 GTCTGTCTTGGGATATTAGATGGAAGCAGTGTTCATGATGGTTCCACTATTATTCTTGGA 1729
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1602 GTGTGTCTTGGGATATTAGATGGAAGCAGTGTTCATGATGGTTCCACCATTATTCTTGGA 1661
Query 1730 GATATCTCGATGCGTGGACACTTGATCGTGTACGACAATGTGAAACGGAGAATCGGATGG 1789
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 1662 GATATATCGATGCGTGGACACTTGATCGTGTACGACAACGTGAAACAGAGAATCGGATGG 1721
Query 1790 ATGAAATCAGATTGCGTCCGGCCTC-GTGAGATTGATCACAATGTACCTTTCTTTCAAGG 1848
||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1722 ATGAAATCAGATTGCGTTCGGCC-CAGTGAGTTTGATCACAATGTACCTTTCTTTCAAGG 1780
Query 1849 CTGAAGGAGCCATAATTCTTACATATGTGATATGTGTATAATTAACCTGACACATACACG 1908
|||||||| |||| ||||||||||| | |||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1781 CTGAAGGATCCATGATTCTTACATA----A---GTGTATAA--A-CCTGACACATACACG 1830
Query 1909 CTTGTATAATAGTA 1922
||||||||||||||
Sbjct 1831 CTTGTATAATAGTA 1844
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76218580245
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5