BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G49380.1
Length=2055
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474076 jgi|Araly1|474076|fgenesh2_kg.1__4030__AT1G49380.1 2748 0.0
> Ahg474076 jgi|Araly1|474076|fgenesh2_kg.1__4030__AT1G49380.1
Length=1836
Score = 2748 bits (1488), Expect = 0.0
Identities = 1740/1856 (94%), Gaps = 39/1856 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 13 CCATTTTTATCCCCACACAG-A-AGAAGCTTGGGGAATGAGAAGATAAGAGCTCTCAAAA 70
|||||||||||||||| ||| | | ||||||| |||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1 CCATTTTTATCCCCACGCAGCATA-AAGCTTGAGGAATGAGAAGATAAGAG--CTC---A 54
Query 71 TTCCCCGAATTTCGAATATGATTGTAACACTAAACCCTAAGATTCTCCATTTCTCCAAAA 130
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 55 -------AATTTCGAATATGATAGTAACACTAAACCCTAATATTCTCCATTTCTCCAAGC 107
Query 131 TCCATCCTTTTTCTCGACCTTCTTCGTATCTCTGTAGAACTCGAAATGTGTCTCTGATAA 190
||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 108 TCCATTCTTTTTCTCGATCTTCTTCGTATTTCTACAGAACTCGAAATGTCTCTCTGACCA 167
Query 191 CCAATTGCAAGCTTCAGAAGCCTCAAGATGGTAATCAGAGAAGTAGTAGTAACAGAAATC 250
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 168 CCAATTGCAAGCTTCAGAAGCCTCAAAATGGGAATCAGAGAAGTAGTAGTAACGGAAATC 227
Query 251 TCACGAAGACCATTTCACTTTCCGATTCAGCACCGCCGGTTACGGAGGAGACCGGCGATG 310
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | |
Sbjct 228 TCACGAAGACCATTTCACTTTCCGATTCAGCGCCGCCGGTTACGGAAGAGACCGTTG-GG 286
Query 311 GAA--TT--GTTAAGGGAGGTGGTAA---TGGTgga---ggaggaggaggagacggaaga 360
||| || | | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 287 GAAGTTTCCGGCGATGGAGGTGGTAATGGTGGTGGAGGTGGAGGAGGAGGAGACGGAAGA 346
Query 361 ggaggaTTAGGGTTTTTGAAGATTTTACCAAGAAAGGTTTTGTCAGTTTTGTCGAATTTG 420
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 347 GGAGGATTAGGGTTTTTGAAGATATTACCAAGAAAGGTTTTGTCAGTTTTGTCTAATTTG 406
Query 421 CCACTTGCTATTACAGAAATGTTCACCATTGCTGCTCTCATGGCTCTTGGGACTGTGATT 480
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 407 CCTCTTGCTATCACAGAAATGTTCACCATTGCTGCTCTCATGGCTCTTGGGACTGTGATT 466
Query 481 GAACAAGGTGAAACCCCTGATTTCTATTTCCAAAAGTATCCAGAGGATAATCCTGTACTA 540
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 467 GAACAAGGTGAAACACCTGATTTCTATTTCCAAAAGTATCCAGAGGATAATCCTGTACTA 526
Query 541 GGGTTCTTCACTTGGAGATGGATTTCCACACTTGGATTGGATCATATGTACTCTGCTCCT 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 527 GGGTTCTTCACTTGGAGATGGATTTCCACACTTGGATTGGATCATATGTACTCTGCTCCT 586
Query 601 ATTTTTCTTGGGATGTTGGTTCTTTTAGCAGCTTCACTTATGGCCTGTACTTATACTACT 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 587 ATTTTTCTTGGGATGTTGGTTCTTTTAGCAGCTTCACTTATGGCTTGTACTTATACTACT 646
Query 661 CAGATACCTTTGGTTAAGGTTGCAAGAAGATGGAGTTTTATGAAGTCAGATGAGGCAATT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 647 CAGATACCTTTGGTTAAGGTTGCAAGAAGATGGAGTTTTATGAAGTCAGATGAGGCAATT 706
Query 721 AAAAAGCAGGAGTTTGCAGATACTCTTCCTAGAGCTTCCATTCAAGACTTGGGAATGATT 780
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 707 AAAAAGCAGGAGTTTGCAGATACTCTTCCAAGAGCATCCATTCAAGACTTAGGAATGATT 766
Query 781 TTGATGGGTGATGGATTTGAGGTGTTTATGAAGGGTCCTTCATTGTATGCTTTTAAAGGT 840
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 767 TTGATGGGTGATGGATTTGAGGTATTTATGAAGGGTCCTTCATTGTATGCTTTTAAGGGT 826
Query 841 TTGGCTGGTCGATTTGCACCTATTGGAGTACATATAGCAATGCTTCTGATTATGGTGGGT 900
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 827 TTGGCTGGTCGATTTGCGCCTATTGGAGTACATATAGCAATGCTTCTGATTATGGTGGGT 886
Query 901 GGAACTCTTAGTGCTACCGGGAGCTTTAGAGGCTCGGTCACAGTTCCTCAAGGACTAAAT 960
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 887 GGAACTCTTAGTGCGACCGGGAGCTTTAGAGGCTCGGTCACAGTTCCTCAAGGGCTAAAT 946
Query 961 TTTGTCATGGGAGATGTCTTAGCACCAATTGGGTTTTTCTCAATTCCAACAGATGCTTTT 1020
||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 947 TTTGTCATGGGAGATGTATTAGCCCCAGTTGGGTTTTTCTCAATTCCAACAGATGCTTTT 1006
Query 1021 AATACCGAAGTTCATGTTAATCGATTCACCATGGATTATTATGACAGTGGAGAAGTCTCA 1080
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1007 AATACCGAAGTTCATGTTAACCGATTCACCATGGATTATTATGATAGTGGAGAAGTCTCA 1066
Query 1081 CAGTTTCACTCTGATCTTTCACTACGTGACCTTAATGGGAAAGAGGTTTTGAGAAAAACA 1140
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1067 CAGTTTCACTCTGATCTTTCACTGCGTGACCTTAATGGGAAAGAGGTTCTAAGAAAAACA 1126
Query 1141 ATTAGCGTTAATGATCCCTTGAGATATGGTGGGGTCACCGTATACCAGACAGATTGGAGT 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1127 ATTAGCGTTAATGATCCCTTGAGATATGGTGGAGTCACCGTATACCAGACAGATTGGAGT 1186
Query 1201 TTCTCAGCCTTGCAGGTGACAAAGGATGGTGAAGGACCATTCAACTTGGCTATGGCACCA 1260
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1187 TTCTCAGCCTTGCAGGTGACAAAAGATGGTGAAGGACCATTCAACTTGGCTATGGCACCT 1246
Query 1261 ATTAAGATCAATGGAGACAAGAAATTATATGGGACCTTCTTACCTGTTGGTGATACTAAT 1320
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1247 ATCAAGATCAATGGAGACAAGAAGTTATATGGGACCTTCTTACCAGTTGGTGATACGAAT 1306
Query 1321 GCTCCCAATGTCAAAGGAATATCTATGCTAGCTCGGGATCTACAATCCATTGTTGTGTAC 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1307 GCTCCCAATGTCAAAGGAATATCTATGCTAGCTCGGGATCTACAATCCATTGTTGTGTAT 1366
Query 1381 GATTTGGACGGAAAATTCGCTGGAATAAGGAGACCAAGCTCGAAGCTTCCCATTGAGATC 1440
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 1367 GATTTGGAAGGAAAATTCGCTGGAATAAGGAGACCAAACTCGAAGCTTCCCATTGAAATC 1426
Query 1441 AATGGTATGAAGATTGTTATTGAAGATGCAATTGGAAGCACTGGCCTTGAGTTAAAGACT 1500
|||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1427 AATGGTATGAAGATCGTTATCGAGGATGCAATTGGAAGCACTGGCCTTGAGTTAAAGACT 1486
Query 1501 GACCCAGGAGTACCAGTGGTCTATGCTGGTTTTGGTGCTCTAATGCTCACAACCTGTATC 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1487 GACCCAGGAGTACCAGTGGTCTATGCTGGTTTTGGTGCTCTAATGCTCACAACTTGTATC 1546
Query 1561 AGTTACTTATCTCATTCACAGATATGGGCACTACAAAACGGAACAGCATTGGTCGTAGGG 1620
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 1547 AGTTACTTATCTCATTCACAGATATGGGCGCTACAAAATGGAACAACATTGGTCGTAGGG 1606
Query 1621 GGAAAAACAAACAGAGCCAAGAACCAATTCCCTGATGACATGAATCGTTTGCTCGATCAA 1680
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1607 GGAAGAACAAACAGAGCCAAGAACCAATTCCCTGATGACATGAATCGTTTGCTCGATCAA 1666
Query 1681 GTTCCGGAGTTAATCAAGAAGAATACTTCAGTTGTCTCTGAGCAATCTTGATTAGCTCTT 1740
||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 1667 GTTCCTGAGCTAATCAAGAAGAATACTTCAGTTGTCTCCGAGCAATCTTGATTAGTTCTT 1726
Query 1741 CGAC-TCTGATACATTTCAA---A---CCAATATAGTTGTACAGAATTATGGAACAGGTA 1793
||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1727 CGAAATCTGATACATTTCAAGTCAGAACCAATATAGTTGTACAGAATTATGGAAAAGGTA 1786
Query 1794 TAGTTTTGGAGAACACATACACACTCTACATGTTGCTAATCATATGGGAAGAGAGA 1849
||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1787 TAGTTTTCAAGAACGCAT------TCTACATGTTGCTGATCATATGGGAAGAGAGA 1836
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77285107105
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5