BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G49540.2
Length=2774
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg923366 jgi|Araly1|923366|scaffold_104647.1 3984 0.0
> Ahg923366 jgi|Araly1|923366|scaffold_104647.1
Length=2561
Score = 3984 bits (2157), Expect = 0.0
Identities = 2432/2565 (95%), Gaps = 18/2565 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 90 TCTCCTTCTGATAAAAAGATGTC---AGAAAACACAAAAGTCGAAGCGAAGAGAGTGTTC 146
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4 TCTCCTTCTGAT-AAAAGATGTCATTAGAAAACACAAAAGTCGAAGCGAAGAGAGTGTTC 62
Query 147 ATAGGAGCAGGATGCAACAGAGTCGTCAATAACGTCTCTTGGGGAGCTTCTGGTCTTGTC 206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63 ATAGGAGCAGGATGCAACAGAGTCGTCAATAACGTCTCTTGGGGAGCTTCTGGTCTTGTC 122
Query 207 T-CTTTCGGTGCCCAAAACGCCGTTGCTGTTTTCTGCCCTAAGACTGCCCAGATTCTTAC 265
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 TCCTTT-GGTGCCCAAAACGCCGTTGCTGTTTTCTGCCCTAAGACTGCCCAGATTCTTAC 181
Query 266 AACGCTCCCAGGTCATAAAGCTTCTGTGAATTGCACTCATTGGTTACCCACTTCCAAGTT 325
|| || || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 TACTCTTCCGGGGCACAAAGCTTCTGTGAATTGCACTCATTGGTTACCCACTTCCAAGTT 241
Query 326 TGCCTTCAAAGCCAAGAAATTGGACCGGCAATATCTGCTATCAGGTGATTCAGATGGTAT 385
||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 242 TGCTTTCAAAGCCAAGAATTTGGACCGGCATTATCTGCTCTCAGGTGATTCAGATGGTAT 301
Query 386 CATCATCCTCTGGGAACTATCTACTCTTAATAACGATCAACAGTGGAGACATGTACTACA 445
|||||||||||||||||||||| ||||| || | | | | | ||||||||||| |||||
Sbjct 302 CATCATCCTCTGGGAACTATCTGCTCTTCAT-A--A-C-A-ATTGGAGACATGTGCTACA 355
Query 446 ACTACCACTGTCTCACAAGAAAGGTGTAACTTGTATCACCGCTTATATGGTTTCTGAAAC 505
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 ACTACCACTGTCTCACAAGAAAGGTGTTACTTGCATCACCGCTTATATGGTTTCTGAAAC 415
Query 506 CGATGCAATGTTTGCTTCAGCTTCTTCTGATGGAGTTGTGAATGTCTGGGATGTTTCTTT 565
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 416 CGATGCAATGTTTGCTTCTGCTTCTTCTGATGGAGTTGTTAATGTCTGGGATGTTTCTTT 475
Query 566 TCCGTCTCAG-CCTAGTGAGGAATGTAAAGTGGTGTGTCTGGACTCTATCTGTGTTGACA 624
||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 TCCGTTTCAGTCC-AGTGAGGAATGTAAAGTGGTGTGTCTGGACTCTATCTGTGTTGACA 534
Query 625 CTAAAGCAATTGTAACGCTTTCATTAGCGGAATTGCCTCAAAATCCTGGTCGATTTGCCC 684
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 CTAAAGCAATTGTAACGCTTTCATTAGCGGAATTGCCTCAAAATCCTGGTCGATTTGCCC 594
Query 685 TTGCTTTGGGCGGATTGGACAACAAAATCAAACTTTACTCTGGAGAAAGAACAGGAAAGT 744
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 595 TTGCGTTGGGCGGATTGGACAATAAAATCAAACTTTACTGTGGAGAAAGAACAGGAAAGT 654
Query 745 TTACTTCTGTTTGTGAGCTTAAAGGCCACACGGACTGGATTCGGAGTTTGGACTTCTCAT 804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 655 TTACTTCTGTTTGTGAGCTTAAAGGCCACACGGACTGGATTCGAAGTTTGGACTTCTCAT 714
Query 805 TACCGTTACACACAACAGAAGAAATACCCAATAGTATTATGCTTGTGAGTTCTTCCCAGG 864
|||| |||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 715 TACCATTACACTCAACAGAAGAAACAGCCAATAGTATTATGCTTGTGAGTTCTTCACAGG 774
Query 865 ACAAAGTTATTCGGATCTGGAAACTAGTGTTAGTCGGTGATGTTGGCTCGTGGCGAAGAG 924
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 ACAAAGTTATTCGGATCTGGAAACTTGTGTTAGTTGGTGATGTTGGCTCGTGGCGAAGAG 834
Query 925 AAATCACTCTAGCTTCTTACATTGAAGGCCCAGTTTTCGTCTCAGGGACATTTACATATC 984
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 AAATCACTCTAGCTTCCTACATTGAAGGCCCAGTTTTTGTCTCAGGGACATTTACATATC 894
Query 985 AGATTTCAGTTGAATCTGTTCTGATTGGACATGAAGATTGGGTCTATTCTGTGGAATGGC 1044
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 AGATTTCAGTTGAATCTGTTCTGATTGGACATGAAGATTGGGTCTATTCTGTGGAATGGC 954
Query 1045 AACCTCCAGTCATCGATTTCATTGATGGGCGGCTAGTTAACCACCAACCGCTGAGCATTT 1104
||||||||||||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 AACCTCCAGTCATTGATTCCATTGATGGGCTGTTAGTTAACCACCAACCGCTGAGCATTT 1014
Query 1105 TATCGGCTTCGATGGACAAAACGATGATGATTTGGCGGCCTGAGAAGAAAACGGGTGTGT 1164
|||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 TATCAGCTTCAATGGACAAAACAATGATGATTTGGCGACCTGAGAAGAAAACGGGTGTGT 1074
Query 1165 GGGTGAACGTTGTCTGTGTTGGAGAGCTAAGTCACTGTGCTCTTGGTTTCTACGGTGGTC 1224
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1075 GGGTGAACGTTGTATGTGTTGGAGAGCTAAGTCACTGTGCTCTTGGTTTCTACGGTGGCC 1134
Query 1225 ATTGGAGCC-CAAATAGTCTGTCTATTCTGGCTCATGGATATGGCGGAGCTTTTCATCTC 1283
||||||||| ||| | ||| ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1135 ATTGGAGCCACAA-TGGTCAGTCGATTCTGGCTCATGGATACGGCGGATCTTTTCATCTC 1193
Query 1284 TGGAGAAATGTTAGTAGCAGCAAAGAGTCTGAGAATTGGCAGATGCAGAAAGTTCCTTCG 1343
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194 TGGAGAAATGTCAGTAGCAGCGAAGAGTCTGAGAATTGGCAGATGCAGAAAGTTCCTTCG 1253
Query 1344 GGTCACTTTGCTGCTGTGACTGATGTCACATGGGCTAGAACCGGCGAGTACTTGCTATCC 1403
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1254 GGTCACTTTGCTGCCGTGACTGATGTCACATGGGCTAGAACCGGCGAGTATTTGTTATCC 1313
Query 1404 GTGAGCCAAGATCAGACCACTCGTGTGTTCTCAGCATGGAAGAATGATGAGGGGAATGAA 1463
|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 GTGAGCCACGATCAGACCACTCGTGTGTTCTCATCATGGAAGAATGATGAGGGGAATGAA 1373
Query 1464 GCAGAGGATGAGCATTGGCATGAACTGGCTCGTCCTCAGGTTCACGGGCATGATATTAAC 1523
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1374 GCAGAGGATGAGCATTGGCATGAACTGGCTCGTCCTCAGGTTCACGGGCATGACATTAAC 1433
Query 1524 TGTGTGGCTATGGTTCAAGGTAAAGGCAACCACCGTTTTGTTAGTGGAGCAGAGGAGAAA 1583
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 TGTGTGGCTATGGTTCAAGGTAAAGGCAACCACCGTTTTGTTAGTGGAGCAGAGGAGAAA 1493
Query 1584 GTTGTGAGAGTGTTTGAGGCTCCTCTGTCGTTCTTGAAGACTCTGAACCACACTTGTGCG 1643
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1494 GTTGTCAGAGTGTTTGAGGCTCCTCTGTCGTTCTTGAAGACTCTGAACCACACTTATGCG 1553
Query 1644 GGAGGAGAAGGAAGCTTCCCTGAGGATTTACAAGCAGACGTGCAGGTTCTTGGAGCGAAT 1703
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1554 GGAGGAGAAGGAAGCTTCCCTGAGGATTTACAAGCAGATGTGCAGGTTCTTGGAGCGAAT 1613
Query 1704 ATGTCTGCTCTTGGATTATCACAGAAACCTATCTACTTACACTCTTCTAGTGAACCACTG 1763
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||
Sbjct 1614 ATGTCTGCTCTTGGTTTATCACAGAAACCTATCTACTTGCACTCTTCGAGTGAACCGCTG 1673
Query 1764 GAGAGAAATGGCGGAGGCGAAGGTTTGGATACATTTGAGACAGTTCCAGAGGCGGCTCCA 1823
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 GAGAGAAATGGCGGAGGAGAAGGTTTGGATACATTTGAGACAGTTCCAGAGGCGGCTCCA 1733
Query 1824 GCAGAGTTGAAAGAGCCTCCAATCGAAGATCAGCTTGCGTTTCATACTTTATGGCCGGAA 1883
|| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 GCGGAGTTGAAGGAGCCTCCGATCGAAGATCAGCTTGCGTTTCATACTTTATGGCCGGAG 1793
Query 1884 TCTCATAAACTCTATGGTCATGGTAATGAACTATTTTCTCTCTGCTCTGACCACAAGGGA 1943
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1794 TCTCATAAACTCTATGGTCATGGTAATGAACTATTTTCTCTCTGCTGTGACCACAAGGGA 1853
Query 1944 AACCTTGTTGCTTCATCGTGTAAGGCTCAATCTGCATCCATGGCAGAGATATGGCTATGG 2003
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1854 AAACTTGTTGCTTCATCGTGTAAGGCTCAATCTGCATCCATGGCGGAGATATGGCTATGG 1913
Query 2004 GAGGTTGGGACATGGAAAGCTGTTGGTCGTTTGCAATCTCACAGCTTGACGGTGACGCAC 2063
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1914 GAGGTTGGGACATGGAAAGTTGTTGGTCGTTTGCAATCTCACAGCTTGACAGTGACACAC 1973
Query 2064 TTGGAGTTCTCTTATGATGACACTCTGCTCTTGTCTGTCTCAAGAGATCGTCACTTCTCC 2123
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1974 TTGGAGTTCTCTTACGATGACACTCTGCTCTTGTCTGTCTCAAGAGATCGTCACTTCTCC 2033
Query 2124 GTTTTCTCTATCCAAAGGACAGACAATGGTGAGGTTAGTCACAAACTCATGGCAAAGGTT 2183
|||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2034 GTTTTCTCGATCCAAAGGACAGACAATGGCGATGTTAGTCACAAACTCATGGCAAAGGTT 2093
Query 2184 GAAGCACACAAGAGGATCATATGGGCATGTTCATGGAACCCGTTTGGCCACCAATTTGCA 2243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2094 GAAGCACACAAGAGGATCATATGGGCATGTTCATGGAACCCGTTTGGCCACCAATTTGCA 2153
Query 2244 ACTTCATCAAGGGACAAGACTGTCAAGATCTGGTC-AGTTGAGAACGACGCTCGCATTAA 2302
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||| |||| ||
Sbjct 2154 ACTTCATCAAGGGACAAGACTGTGAAGATCTGGTCCA-TTGAGAATGACGCGAGCATCAA 2212
Query 2303 ACAGATTCTTGTCTTGCCTCCGTTTGGAAGCAGTGTAACGGCCGTGGCTTGGACTGGACT 2362
||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||
Sbjct 2213 ACAGATTCTTGCCTTGCCTCAATTTGGGAGCAGTGTCACAGCTGTGGCTTGGACGGGACT 2272
Query 2363 AGACCGCAACGAGAAGAGTGGGTGCGTGGCAGTGGGGATGGAAAGCGGGCTAATAGAGCT 2422
||||| ||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2273 AGACCACAAGGAGAAGAGCGGGTGTGTGGCGGTTGGGATGGAAAGCGGACTGATAGAGCT 2332
Query 2423 GTCGAACGTAAAGATTATAGAAACAGAGGAAGGTACGACTGCAACAGCAGCTCTTGCTCT 2482
|| |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2333 GTGGAACATAAAGATTATAGACATAGAGGAAGGTACGACTGCAACAGCAGCTCTTGCTCT 2392
Query 2483 TCGGCTCGAACCGTTCATGTGTCATGTCTCGGCTGTGAACAGGTTAGCTTGGAGACCAAC 2542
||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2393 GCGGCTGGAACCATTCATGTGTCATGTCTCGGCCGTGAACCGGTTAGCTTGGAGACCAAC 2452
Query 2543 CGAGAAGTGTGAGTCTAATCAGAGCTTGCGATGGTTAACTTCTTGTGGGGATGATAATTG 2602
|||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 TGAGAAGTGCGAGTCTAATCAGCGCTTGCTAACATTAACTTCTTGTGGGGATGATAATTG 2512
Query 2603 TGTGAGAGTTTTTAACTTCAAGTTTTGAGTTTACAACACAAAACA 2647
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 TGTGAGAGTTTTTAACTTCAAATTTTGAGTTTACAACACAAAACA 2557
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104671993260
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5