BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G49760.1
Length=2570
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg923403 jgi|Araly1|923403|scaffold_104684.1 3304 0.0
Ahg915481 jgi|Araly1|915481|Al_scaffold_0008_232 610 2e-173
> Ahg923403 jgi|Araly1|923403|scaffold_104684.1
Length=2051
Score = 3304 bits (1789), Expect = 0.0
Identities = 1976/2062 (96%), Gaps = 30/2062 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 247 TGATATCTCGAAAAATGGCTCAGATTCAGCATCAGGGTCAAAATGCCAATGGTGGTGTAG 306
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 8 TGATTTCTTGAAAAATGGCTCAGATTCAGCATCAGGGTCAGAATGCCAATGGTGGAGTAG 67
Query 307 CTGTTCCCGGtgctgctgcggctgaagctgcggcggctgcggctggagctgcggcggcgg 366
|||||||| | | | ||| ||| || | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 68 CTGTTCCC---G--G-T---GCT---GCT---GC-G--GCGGCTGGAGCTGCGGCGGCGG 109
Query 367 ctgccggagctgcgCAGCAAGGGACGACGTCTTTATATGTCGGTGATCTGGATGCGACCG 426
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 110 CTGCCGGAGCGGCGCAGCAAGGGACGACGTCTTTGTATGTCGGCGATCTGGATGCGACAG 169
Query 427 TGACGGATTCACAGCTGTTTGAGGCGTTTACCCAAGCGGGTCAGGTGGTTTCTGTCCGTG 486
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 170 TGACGGATTCACAGCTGTTTGAGGCGTTTAGCCAAGCGGGTCAGGTGGTTTCTGTTCGTG 229
Query 487 TCTGCAGAGACATGACGACTCGGAGATCTCTAGGCTATGGCTACGTTAACTATGCAACTC 546
||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 230 TCTGCAGAGACATGACGACTCGGAGATCTCTTGGTTACGGCTACGTTAACTATGCCACTC 289
Query 547 CTCAAGATGCTTCCAGGGCACTGAATGAGCTGAATTTCATGGCTCTTAATGGAAGGGCTA 606
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 290 CTCAAGATGCTTCCAGGGCACTGAATGAGCTGAATTTCATGGCTCTCAATGGAAGGGCTA 349
Query 607 TAAGAGTTATGTATTCTGTTCGTGATCCAAGTCTCCGTAAGAGCGGAGTTGGTAATATAT 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 350 TAAGAGTTATGTATTCTGTTCGTGATCCAAGTCTCCGTAAGAGCGGAGTTGGTAATATAT 409
Query 667 TTATTAAGAATCTTGACAAATCAATTGATCACAAAGCACTTCACGAGACATTTTCAGCCT 726
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 410 TTATTAAGAATCTTGACAAATCGATTGATCACAAAGCACTCCACGAGACATTTTCAGCCT 469
Query 727 TTGGTCCCATTCTATCTTGCAAAGTGGCCGTTGATCCCTCTGGTCAGTCGAAAGGCTATG 786
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 470 TTGGTCCCATTCTATCTTGCAAAGTGGCTGTTGATCCCTCTGGTCAGTCGAAAGGCTATG 529
Query 787 GGTTTGTGCAGTACGACACTGATGAAGCAGCTCAGGGAGCCATTGATAAACTGAATGGAA 846
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 530 GGTTTGTGCAGTACGACACTGATGAAGCAGCTCAGAGAGCCATTGATAAACTGAATGGAA 589
Query 847 TGCTTCTTAACGATAAGCAAGTTTATGTTGGACCCTTTGTTCACAAGCTGCAGAGAGATC 906
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 590 TGCTTCTTAACGATAAGCAAGTATATGTTGGACCTTTTGTTCACAAGCTGCAGAGAGATC 649
Query 907 CTTCGGGTGAGAAAGTTAAGTTCACTAATGTTTATGTCAAAAATCTCTCCGAGTCCTTGA 966
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 650 CTTCGGGTGAGAAAGTGAAGTTCACTAATGTTTATGTCAAAAACCTCTCCGAGTCCTTGA 709
Query 967 GTGATGAAGAGCTTAACAAAGTTTTTGGAGAGTTCGGAGTGACTACTAGTTGTGTTATCA 1026
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 710 GTGATGAAGAGCTGAACAAAGTTTTTGGGGAGTTCGGAGTGACTACTAGTTGTGTTATCA 769
Query 1027 TGAGAGATGGTGAAGGAAAGTCTAAAGGCTTTGGATTTGTCAATTTTGAGAATTCTGATG 1086
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 770 TGAGAGATGGTGAAGGCAAGTCTAAAGGCTTTGGATTTGTTAATTTTGAGAATTCGGATG 829
Query 1087 ATGCAGCCAGAGCTGTTGACGCTCTAAATGGAAAGACCTTTGACGACAAGGAGTGGTTTG 1146
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 830 ATGCAGCCAGAGCGGTTGACGCTCTAAATGGAAAGACCTTTGACGACAAGGAGTGGTTTG 889
Query 1147 TTGGGAAGGCCCAAAAGAAGTCCGAGAGGGAAACTGAACTCAAACAAAAGTTTGAGCAAA 1206
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 890 TTGGGAAAGCCCAAAAGAAGTCCGAGAGGGAAACTGAACTCAAACAAAAGTTTGAGCAAA 949
Query 1207 GTTTGAAGGAGGCTGCAGACAAGTCTCAGGGGTCGAACTTATATGTTAAGAACTTGGATG 1266
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 950 GTTTGAAGGAGGCTGCAGACAAGTCTCAGGGGTCGAACTTGTATGTTAAGAACTTGGATG 1009
Query 1267 AGAGCGTCACAGATGATAAGCTCAGAGAACATTTTGCTCCCTTTGGAACTATTACATCAT 1326
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1010 AGAGCGTCACAGATGATAAGCTTAGAGAACATTTTGCTCCCTTTGGAACGATTACATCAT 1069
Query 1327 GCAAGGTGATGCGTGACCCCAGTGGAGTGAGTAGAGGATCTGGATTTGTCGCATTTTCAA 1386
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1070 GCAAGGTGATGCGTGACCCCACTGGAGTGAGTAGAGGATCTGGGTTTGTCGCATTTTCAA 1129
Query 1387 CTCCTGAGGAAGCAACTAGAGCTATTACAGAGATGAATGGAAAAATGATCGTTACCAAAC 1446
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1130 CTCCTGAGGAAGCATCTAGAGCTATTACGGAGATGAATGGAAAAATGATTGTTACCAAAC 1189
Query 1447 CTCTATATGTTGCTCTTGCGCAGCGGAAAGAAGACCGCAAAGCTAGGTTACAGGCTCAAT 1506
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1190 CTCTATATGTTGCTCTTGCGCAGCGGAAAGAAGACCGCAAAGCTAGGTTACAGGCTCAAT 1249
Query 1507 TTTCACAGATGAGGCCGGTCAATATGCCACCTGCGGTTGGTCCTAGGATGCAAATGTATC 1566
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250 TTTCACAGATGAGGCCGGTCAATATGCCACCTGCGGTTGGTCCTAGGATGCAAATGTATC 1309
Query 1567 CACCAGGTGGTCCACCAATGGGTCAGCAACTCTTCTATGGTCAAGGGCCTCCTGCTATGA 1626
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1310 CACCAGGTGGTCCACCAATGGGTCAGCAACTCTTCTATGGTCAAGGACCTCCTGCTATGA 1369
Query 1627 TTCCTC---AGCCTGGATTCGGATATCAACAACAGCTTGTACCGGGTATGAGACCTGGTG 1683
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 TTCCTCCTCAGCCTGGATTCGGATATCAACAACAGCTTGTACCGGGTATGAGACCTGGTG 1429
Query 1684 GGTCTCCAATGCCAAACTTCTTCATGCCTATGATGCAACAAGGCcagcaacagcaacagc 1743
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1430 GGTCTCCAATGCCAAACTTCTTCATGCCTATGATGCAACAAGGCCAACAACAACAACAGC 1489
Query 1744 agca--a-cagcagcagcagc-G--ACCTGGTGGTGGTAGAAGAGGAG---CTCTTCCAC 1794
|||| | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1490 AGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCGACCTGGTGGTGGTAGAAGAGGAGGAGCTCTTCCAC 1549
Query 1795 AACCACAACAACCTTCTCCTATGATGCAGCAGCAGATGCATCCAAGAGGTCGAATGTATC 1854
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1550 AACCGCAACAACCTTCTCCTATGATGCAGCAGCAGATGCATCCAAGAGGTCGGATGTATC 1609
Query 1855 GGTATCCTCAGCGAGATGTAAACACAATGCCTGGTCCTACTCAAAACATGCTTTCTGTTC 1914
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1610 GGTATCCTCAGCGAGATGTAAACACAATGCCTGGTCTTACTCCAAACATGCTTTCTGTTC 1669
Query 1915 CATATGACGTCTCAAGTGGTGGTGGTGTGCATCATCGTGACTCGCCTACTTCTCAACCTG 1974
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1670 CATATGACGTGTCAAGTGGTGGTGGTGTGCATCATCGTGACTCGCCTGCTTCTCAATCTG 1729
Query 1975 TTCCTATTGTAGCTTTGGCTACACGGCTTGCGAATGCAGCTCCAGAGCAACAGAGAACGA 2034
||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1730 TTCCTATTGGAGCTTTGGCTACACAACTTGCAAACGCAGCTCCAGAGCAACAGAGAACGA 1789
Query 2035 TGCTTGGTGAGAATCTATACCCGCTTGTGGAGCAGCTGGAGCCAGAATCCGCAGCTAAAG 2094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790 TGCTTGGTGAGAATCTATACCCGCTTGTGGAGCAGCTGGAGCCAGAATCCGCAGCTAAAG 1849
Query 2095 TCACGGGAATGCTTCTTGAAATGGACCAAACCGAAGTACTTCACTTGCTGGAATCACCAG 2154
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1850 TCACGGGAATGCTTCTTGAAATGGACCAAACCGAAGTACTTCACTTGCTGGAATCACCTG 1909
Query 2155 AGGCACTTAAAGCTAAAGTTACAGAAGCAATGGATGTTCTGAGGAGTGTAGCACAGCAGC 2214
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1910 AGGCACTTAAAGCTAAAGTTACAGAAGCAATGGATGTTTTGAGGAGTGTAGCACAGCAGC 1969
Query 2215 AAGCGGGTGGTGCAGCTGATCAGTTAGCTTCTCTGTCTCTTGGAGACAACATCGTACCTT 2274
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1970 AAGCTGGTGGTGCAGCTGATCAGTTAGCTTCTCTGTCTCTTGGAGACAACATCGTACCTT 2029
Query 2275 GAGAGTTCTAAGTTATATCTGA 2296
||||||||||||||||||||||
Sbjct 2030 GAGAGTTCTAAGTTATATCTGA 2051
> Ahg915481 jgi|Araly1|915481|Al_scaffold_0008_232
Length=1026
Score = 610 bits (330), Expect = 2e-173
Identities = 399/428 (93%), Gaps = 21/428 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 1354 TGAGTAGAGGATCTGGATTTGTCGCATTTTCAACTCCTGAGGAAGCAACTAGAGCTATTA 1413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 314 TGAGTAGAGGATCTGGATTTGTCGCATTTTCAACTCCTGAGGAAGCATCTAGAGCTATTA 373
Query 1414 CAGAGATGAATGGAAAAATGATCGTTACCAAACCTCTATATGTTGCTCTTGCGCAGCGGA 1473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 374 CAGAGATGAATGGAAAAATGATCGTTACCAAACCTCTATATGTTGCTCTTGCGCAGCGGA 433
Query 1474 AAGAAGACCGCAAAGCTAGGTTACAGGCTCAATTTTCACAGATGAGGCCGGTCAATATGC 1533
|||||||| ||||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 434 AAGAAGACTGCAAAGC-----T--AGG-------TT-ACAGATGAGGCCGGTCAATATGC 478
Query 1534 CACCTGCGGTTGGTCCTAGGATGCAAATGTATCCACCAGGTGGTCCACCAATGGGTCAGC 1593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 CACCTGCGGTTGGTCCTAGGATGCAAATGTATCCACCAGGTGGTCCACCAATGGGTCAGC 538
Query 1594 AACTCTTCTATGGTCAAGGGCCTCCTGCTATGATTCCTC---AGCCTGGATTCGGATATC 1650
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 539 AACTCTTCTATGGTCAAGGACCTCCTGCTATGATTCCTCCTCAGCCTGGATTCGGATATC 598
Query 1651 AACAACAGCTTGTACCGGGTATGAGACCTGGTGGGTCTCCAATGCCAAACTTCTTCATGC 1710
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 AACAACAGCTTGTACCCGGTATGAGACCTGGTGGGTCTCCAATGCCAAACTTCTTCATGC 658
Query 1711 CTATGATGCAACAAGGCcagcaacagcaacagcagcaacagcagcagcagc-G-ACC-TG 1767
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | | ||
Sbjct 659 CTATGATGCAACAAGGCCAACAACAACAACAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGTATG 718
Query 1768 GTGGTGGT 1775
||||||||
Sbjct 719 GTGGTGGT 726
Score = 529 bits (286), Expect = 5e-149
Identities = 303/311 (97%), Gaps = 1/311 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1931 TGGTGGTGGTGTGCATCATCGTGACTCGCCTACTTCTCAACCTGTTCCTATTGTAGCTTT 1990
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 717 TGGTGGTGGTGTGCATCATCGTGACTCGCCTGCTTCTCAATCTGTTCCTATTGGAGCTTT 776
Query 1991 GGCTACACGGCTTGCGAATGCAGCTCCAGAGCAACAGAGAACGATGCTTGGTGAGAATCT 2050
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 GGCTACACAACTTGCAAATGCAGCTCCAGAGCAACAGAGAACGATGCTTGGTGAGAATCT 836
Query 2051 ATACCCGCTTGTGGAGCAGCTGGAGCCAGAATCCGCAGCTAAAGTCACGGGAATGCTTCT 2110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 ATACCCGCTTGTGGAGCAGCTGGAGCCAGAATCCGCAGCTAAAGTCACGGGAATGCTTCT 896
Query 2111 TGAAATGGACCAAACCGAAGTACTTCACTTGCTGGAATCACCAGAGGCACTTAAAGCTAA 2170
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 TGAAATGGACCAAACCGAAGTACTTCACTTGCTGGAATCACCAGAGGCACTTAAAGCTAA 956
Query 2171 AGTTACAGAAGCAATGGATGTTCTGAGGAGTGTAGCACAGCAGCAAGCGGGTGGTGCAGC 2230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 957 AGTTACAGAAGCAATGGATGTTCTGAGGAGTGTAGCACAGCAGCAAGTGG-TGGTGCAGC 1015
Query 2231 TGATCAGTTAG 2241
|||||||||||
Sbjct 1016 TGATCAGTTAG 1026
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 96901583280
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5