BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G50200.1
Length=3407
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474152 jgi|Araly1|474152|fgenesh2_kg.1__4106__AT1G50200.1 5299 0.0
Ahg913701 jgi|Araly1|913701|Al_scaffold_0001_3955 303 4e-81
> Ahg474152 jgi|Araly1|474152|fgenesh2_kg.1__4106__AT1G50200.1
Length=3268
Score = 5299 bits (2869), Expect = 0.0
Identities = 3143/3275 (96%), Gaps = 19/3275 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 54 ttttttAAGTATTATCCCTTAAAATAATATATCTTGCGGAAAAGGAATCGGATTAAATAA 113
|||||| | | |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTTTT-ATTGTTATCCCTTAAAATAATATATCCTACGGAAAAGGAATCGGATTAAATAA 59
Query 114 ATTTTAACGGTAG-----AAAATAGGATAGGA--GGAGAGAGAG--AAGGTCTTTTATTG 164
| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |||
Sbjct 60 A-TTAAACGGTAGAAAATAAAATAGGATAGGAGGGGAGAGAGAGAAAAGGTCTTAT-TTG 117
Query 165 GTTTGAATGAGATTAGTGAAGGCAGCTTCTCTTCTGATTTCTTCAACCAAACCTCCGTCT 224
|||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 GTTTGAATGAGATTAGTGAACGCAGCTTTTCTTCTGATTTCTTCAACCAAACCTCCGTCT 177
Query 225 AGGGttttttactcttcccatctccgccgcccttttttctctcacttccgtttttcttcc 284
||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 178 AGGGTTTTTTACTCTTCTCGTCTCCGCCGCCCTTCTTTCTCTCAATTCCGTTTTAGTTCC 237
Query 285 tcttcGTCGACGTCTTCCTCCGTCGCAGTCATGCCGGGTTCCGAACCATCGGAGACTCAG 344
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 TCTTCGTCGACGTCGTCCTCCGTCGCAGTCATGCCGGGTTCCGAACCATCGGAGACTCAG 297
Query 345 TGGCCAGCAAAGAGAGTCCGGGATACTTATGTCGATTTCTTCAGAGGCAAAGGCCACAAG 404
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 298 TGGCCAGCAAAGAGAGTCAGGGATACTTATGTCGATTTCTTCAAAGGCAAAGGCCACAAG 357
Query 405 TTCTGGCCATCAAGCCCCGTTGTTCCTCATAATGATCCTACTCTTCTCTTCGCTAACGCT 464
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 358 TTCTGGCCATCAAGCCCCGTTGTTCCTCATAATGATCCCACTCTTCTCTTCGCTAACGCT 417
Query 465 GGAATGAACCAGTATAAGCCAATATTTTTGGGTACGGCCGATCCAAATACTGAGCTTAGC 524
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 418 GGAATGAACCAGTATAAGCCAATATTTTTGGGTACGGCCGATCCAAATACTGAGCTCAGC 477
Query 525 AAGCTATCTCGGGCATGTAACACCCAAAAGTGTATTCGTGCTGGTGGAAAGCATAATGAT 584
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 478 AAGCTAACTCGGGCATGTAACACCCAAAAGTGTATTCGTGCTGGTGGAAAACATAATGAT 537
Query 585 TTGGATGATGTCGGCAAAGATACGTACCATCACACCTTCTTTGAAATGCTTGGTAACTGG 644
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TTGGACGATGTCGGCAAAGATACGTACCATCACACCTTCTTTGAAATGCTTGGTAACTGG 597
Query 645 TCCTTT-GGAGATTATTTCAAGAAGGAAGCTATCGAATGGGCTTGGGAGCTCTTAACCAA 703
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 T-CTTTCGGAGATTATTTCAAGAAGGAAGCTATCGAATGGGCTTGGGAGCTCTTAACCAA 656
Query 704 GGTCTATGGGCTACCGACTGATCGAATCTACGCTACATATTTTGGCGGTGATGAGAAAGC 763
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 GGTCTATGGGCTACCGACTGATCGAATTTACGCTACCTATTTTGGCGGTGATGAGAAAGC 716
Query 764 TGGCCTTCAACCTGATAATGAGGCTAGGGATATATGGTTGAAGGTTCTTCCATCTGGACG 823
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||
Sbjct 717 TGGCCTTCAACCTGATAATGAGGCTAGAGATATATGGTTGCAGTTTCTCCCATCTGGACG 776
Query 824 TGTGCTGCCATTTGGTTGCAAAGACAATTTCTGGGAAATGGGCGACACAGGTCCGTGTGG 883
|| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 777 CGTTCTGCCCTTTGGTTGCAAAGACAACTTCTGGGAAATGGGTGACACAGGTCCGTGTGG 836
Query 884 ACCTTGTACTGAAATACATTATGATCGCATTGGTAACCGTGATGCTGCATCCTTAGTTAA 943
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 ACCTTGTACTGAAATACATTATGATCGTGTTGGTAATCGTGATGCTGCATCCTTAGTTAA 896
Query 944 CAATGACGATCCAACATGTTTAGAAATATGGAATCTTGTCTTTATTCAGTTCAACCGAGA 1003
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 897 CAATGACGATCCAACATGTTTAGAAATATGGAATCTTGTCTTTATTCAGTTCAACAGAGA 956
Query 1004 AAGTGATGGCTCGCTAAAACCTCTGCCTGCTAAGCATGTTGATACCGGGATGGGCTTCGA 1063
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 957 AAGTGATGGCTCACTAAAACCTCTGCCGGCTAAGCATGTTGATACCGGAATGGGATTCGA 1016
Query 1064 GAGGTTGACTTCTGTTCTTCAAAACAAAATGAGCAACTATGATACAGATGTGTTCATGCC 1123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GAGGTTGACTTCTGTTCTTCAAAACAAAATGAGCAACTATGATACAGATGTGTTCATGCC 1076
Query 1124 TATCTTTGATGACATCCAAAAGGCAACGGGAGCTAGGCCATATTCTGGAAAAGTTGGTCC 1183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TATCTTTGATGACATCCAAAAGGCAACGGGAGCTAGGCCATATTCTGGAAAAGTTGGTCC 1136
Query 1184 GGAAGATGTTGACAGAGTTGACATGGCATATAGAGTGGTTGCTGATCATATTAGAACCCT 1243
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 GGAAGATGATGACAGAGTTGACATGGCATATAGAGTGGTTGCTGATCATATTAGAACCCT 1196
Query 1244 ATCATTTGCAATTGCGGATGGCTCTCGTCCTGGTAATGAGGGCCGTGAGTATGTTCTGCG 1303
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 ATCATTTGCCATCGCGGATGGCTCTCGTCCTGGTAATGAGGGCCGTGAGTATGTTCTGCG 1256
Query 1304 GCGTATTCTTCGTCGAGCGGTTCGCTATGGAAAGGAGATCCTAAAAGCTGAAGAAGGATT 1363
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1257 GCGTATTCTTCGTCGAGCAGTTCGCTATGGAAAGGAGATCCTAAAAGCTGAAGAAGGGTT 1316
Query 1364 TTTCAACGGGCTTGTAAGTTCTGTCATTCGGGTGATGGGCGATGTCTTTACAGAGTTGAA 1423
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 TTTCAATGGGCTTGTAAGTTCTGTTATTCGGGTGATGGGAGATGTCTTTACAGAGTTGAA 1376
Query 1424 GGAACATGAGAAAAAGATCACAGATATAATTAAAGAAGAGGAAGCAAGCTTTTGCAAGAC 1483
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 GGAACATGAGAAAAAGATCACAGAGATAATAAAAGAAGAAGAAGCAAGCTTTTGCAAGAC 1436
Query 1484 CTTGGCAAAGGGAATTGAGAAATTTCGGAAAGCTGGACAGGCGGTTCAGGGGAATACACT 1543
|||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 CTTGGCGAAGGGAATTGAGAAATTTCAGAAAGCTGGACAGGCGGTTCAGGGGAATACACT 1496
Query 1544 GAGTGGAGATGATGCTTTTATCTTATGGGATACATATGGTTTCCCGTTAGATTTAACTCA 1603
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1497 GAGTGGAGAGGATGCTTTTGTCTTATGGGATACATATGGCTTCCCGTTAGATTTGACTCA 1556
Query 1604 GTTGATGGCTGAAGAAAGAGGGTTACTGGTTGATGTTGATGGTTTCAACAAAGCCATGGA 1663
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 GTTGATGGCTGAAGAAAGAGGGTTACTGGTTGATGTTGATGGTTTCAACAAAGCCATGGA 1616
Query 1664 AGAGGCGAGGGAAAGATCGAGAAGTGCCCAGAATAAGCAAGCTGGTGGTGCCATTGTTAT 1723
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1617 AGAGGCGAGGGAAAGATCGAGAAGTGCCCAGAATAAGCAAGCTGGTGGCGCCATTGTTAT 1676
Query 1724 GGATGCTGATGCTACATCAACATTGCACAAGGCTGGTGTTTCAGCAACAGATGATTCTTT 1783
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 GGATGCTGATGCTACATCAACATTGCACAAGACTGGTGTGTCAGCAACAGATGATTCTTT 1736
Query 1784 TAAATACATTTGGTTCCAGGACCACGAGAGTGAACTAAAGGCAATCTATACTGGCTCTAC 1843
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1737 CAAATACATTTGGTTCCAGGATCACGAGAGTGAACTAAAGGCAATCTACACTGGCTCTAC 1796
Query 1844 TTTCCTAGAAAGTTCAGCTGCTAGTGATAACGTGGGACTAGTATTGGGGTCTACAAGCTT 1903
|||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1797 TTTCCTGGAAAGTTCAGCTGCTACTGATAACGTGGGACTAGTCTTGGGGTCTACAAGTTT 1856
Query 1904 CTATGCTGAGCAGGGTGGTCAGATTTTTGACACTGGACTTA-TAGAAGGCTCGTTTGGGA 1962
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1857 CTATGCTGAGCAGGGTGGTCAGATTTTTGACACAGGA-TTAATAGAAGGCTCGTTTGGTA 1915
Query 1963 CATTCAATGTATGCAATGTACAAATATTTGGGGGCTTTGTTCTTCACATTGGTTATCTCT 2022
|||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1916 CATTCAATGTGTGCAATGTCCAAATATTTGGGGGCTTTGTTCTTCATATTGGTTATCTCT 1975
Query 2023 CTAAAGAAACTGGAGAGGTATCTGTGGGTGATAAAGTGATTTGCAAGGTTGACTATGAGA 2082
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 CTAAAGAAACTGGAGAGGTATCTGTGGGGGATAAAGTGATTTGCAAGGTTGACTATGAGA 2035
Query 2083 GGCGTAAACTCATCGCTCCTAATCATACTTGCACACATATGTTGAATTATGCCCTGAAGG 2142
| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2036 GACGTAAACTCATCGCTCCTAATCATACTTGTACACATATGTTGAATTTTGCCCTGAAGG 2095
Query 2143 AAGTGCTCGGGGATCATATTGATCAGAAGGGATCAATTGTTCTTCCTGAAAAACTGCGAT 2202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2096 AAGTGCTCGGGGATCATATTGATCAGAAGGGATCAATAGTTCTTCCTGAAAAATTGCGAT 2155
Query 2203 TTGATTTTTCTCATGGCAAGCCGGTTGATCCTGAAGATTTGAGAAGGATCGAATCCATAG 2262
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 TTGATTTTTCCCATGGCAAGCCGGTTGATCCTGAAGATCTGAGAAGGATCGAATCCATAG 2215
Query 2263 TGAATAAACAGATCAAGGATGAATTAGATGTGTTTTCCAAGGAAGCTGTGCTTTCTGAAG 2322
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2216 TGAATAAACAGATCAAGGATGAATTAGATGTATTTTCCAAGGAAGCAGTGCTTTCTGAAG 2275
Query 2323 CCAAGCGCATCAAAGGTCTAAGAGCAGTGTTTGGAGAAGTCTACCCCGATCCCGTCAGAG 2382
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2276 CCAAGCGCATTAAAGGTCTAAGAGCAGTGTTTGGAGAAGTCTACCCTGATCCTGTCAGAG 2335
Query 2383 TGGTGTCAATTGGGAGGA-AGGTTGAGGATCTCTTGGCTGATCCTGAAAACAATGAATGG 2441
|||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 TGGTGTCAATTGGGAG-ACAGGTTGAGGATCTTTTGGCTGATCCTGAAAACAATGAATGG 2394
Query 2442 TCATTGCTTTCTTCCGAGTTTTGTGGAGGAACCCACATAACAAACACCCGCGAAGCCAAA 2501
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2395 TCATTGCTTTCTTCTGAGTTTTGTGGAGGAACCCACATAACAAACACCCGTGAAGCCAAA 2454
Query 2502 GCATTTGCTCTTCTATCGGAGGAGGGAATTGCTAAAGGTATTCGTAGGGTAACTGCTGTG 2561
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2455 GCGTTTGCTCTTCTATCAGAGGAGGGAATTGCTAAAGGTATTCGTAGGGTAACTGCTGTG 2514
Query 2562 ACTACTGAATGTGCTTTTGATGCATTGAATGCGGCGTCCTTACTTGAAAGAGAAGTAGAG 2621
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 ACTACTGAATGTGCTTTTGATGCATTGAATGCGGCATCCTTACTTGAAAGAGAAGTAGAG 2574
Query 2622 GATGCCTCCAGAGCGGAGGGAAGTGCATTGGAAAAGAAAGTTTCTGCTTTGAAAAGCCGA 2681
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2575 GATGCGTCCAGAGCGGAGGGAAGTGCATTGGAAAAGAAAGTTTCTGCTTTGAAAAGCCGA 2634
Query 2682 GTAGATGCAGCAATTATCCCAGCAGCTAAAAAGGCAGATATTAGGACTAAGATTGCTTCG 2741
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || |||||||||
Sbjct 2635 GTAGATGCAGCAATTATCCCAGCAGCTAAAAAGGCAGATATCAGGGCAAAAATTGCTTCG 2694
Query 2742 CTTCAGAATGAAGTAAGAAAAGCTCAGAAGAAAATAGCGGAACAAAACCTGAAAAAATCT 2801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2695 CTTCAGAATGAAGTAAGAAAAGCTCAGAAGAAAATAGCGGAACAAAACCTGAAAAAATCT 2754
Query 2802 GTCAAATTAGCAACAGAGGCAGCTGAGTCCGCAGCATCAGATGGGAAGACTTTCTGCATA 2861
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2755 GTCAAAGTAGCAACAGAGGCAGCTGAGTCCGCAGCATCAGATGGGAAAACTTTCTGCATA 2814
Query 2862 ATCCAGCTGGATGTGGGTCTTGATGCAGCAGCTGTGCGAGAGGCCGTTTCAAAAGTCATG 2921
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2815 ATCCAGCTGGATGTTGGTCTTGATGCAGCAGCTGTGCGAGAGGCCGTTTCAAAAGTCATG 2874
Query 2922 GAAAAGAAGGGTATGTCGATAATGGTGTTCAGCACAGATGAAAGCACAAACAAGGCGGTT 2981
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2875 GAAAAGAAGGGAATGTCGATAATGGTGTTCAGCACAGATGAAAGCACAAACAAGGCAGTT 2934
Query 2982 GTGTGTGCAGGAGTGCCAGAAAAATCAGACCAGTTTAAGCCGTTAGACGTCACTGAATGG 3041
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2935 GTGTGTGCAGGAGTTCCAGAAAAATCAGACCAGTTCAAGCCGTTAGACGTCACCGAATGG 2994
Query 3042 TTGACAACTGCATTGGGTCCTCTAAAAGGAAGGTGCGGGAAAGGGAAAGGTGGTCTTGCA 3101
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2995 TTGACAACTGCATTGGGTCCTCTAAAAGGGAGGTGCGGGAAAGGAAAAGGTGGTCTTGCA 3054
Query 3102 TCAGGGCAGGGAACGGATGCTTCTCAAGTGCAGGCGGCTTTGGATATGGCTTCATCATTT 3161
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3055 TCAGGACAGGGAACGGATGCTTCTCAAGTGCAGGCGGCTTTGGATATGGCTGCATCATTT 3114
Query 3162 GCATCAATGAAGCTCAACTGATTTGGTCGGGAGGTTACATAATCTGTGAGGTCAGAATAA 3221
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3115 GCATCAATGAAGCTCAACTGATTTGGTCGGGAGATTACATAATCTGTGAGGTCAGAATAA 3174
Query 3222 CCTCTACTTAATTTGCTTTCATTGTACACCGTTTTACACATGTTTTAAGAATCTGTTAAA 3281
|||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3175 CCTCTACTTA-TTTGATTTCATTGTACACCGTTTTACACATGTTTTAAGAATCTGTTAAA 3233
Query 3282 TTTCTCTGTTCTTGTGATGGAATTTGTGGTATCAC 3316
|||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3234 TTTCTCTGTTTTTGTGATGGAATTTGTTGTATCAC 3268
> Ahg913701 jgi|Araly1|913701|Al_scaffold_0001_3955
Length=1203
Score = 303 bits (164), Expect = 4e-81
Identities = 257/299 (86%), Gaps = 18/299 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 703 AGGTCTATGGGCTACCGACTGATCGAATCTACGCTACATATTTTG-GCGGTGATGAGAAA 761
|||||| |||| |||| ||||||||||| ||| |||| ||||||| | ||||||| ||||
Sbjct 32 AGGTCTTTGGGTTACCAACTGATCGAATTTACTCTACCTATTTTGAG-GGTGATGTGAAA 90
Query 762 GCTGGCCTTCAACCTGATAATGAGGCTAGG-GATATATGG-TTGAAGGTTCTTCCATCTG 819
||||| ||||||||||||||||| ||| || ||||||||| || || ||||||||||||
Sbjct 91 GCTGGTCTTCAACCTGATAATGAAGCT-GGAGATATATGGCTT-AAATTTCTTCCATCTG 148
Query 820 GACGTGTGCTGCCATTTGGTTGCAAAGACAATTTCTGGGAAATGGGCGACACAGGTCCGT 879
|||| || |||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 149 GACGAGTTATGCCCTTTGATTGCAAAGACAACTTCTGGGAAATGGGAGACACAGGTCCAT 208
Query 880 GTGGACCTTGTACTGAAATACATTATGATCGCATTGGTAACCGTGATGCTGCATCCTTAG 939
||||||||||||||||||||||||||||||| | | | || ||||||||||||
Sbjct 209 GTGGACCTTGTACTGAAATACATTATGATCG--T-G--A----TG---CTGCATCCTTAG 256
Query 940 TTAACAATGACGATCCAACATGTTTAGAAATATGGAATCTTGTCTTTATTCAGTTCAAC 998
||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 257 TTAACAAGGATGATCCAACTTGCTTAGAAATATGGAATCTTGTCTTTATTCAGTTTAAC 315
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 128634596740
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5