BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G50240.2
Length=4053
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474153 jgi|Araly1|474153|fgenesh2_kg.1__4107__AT1G50240.2 6408 0.0
Ahg944077 jgi|Araly1|944077|scaffold_700306.1 669 0.0
> Ahg474153 jgi|Araly1|474153|fgenesh2_kg.1__4107__AT1G50240.2
Length=4036
Score = 6408 bits (3470), Expect = 0.0
Identities = 3853/4040 (95%), Gaps = 17/4040 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CCAATCGTGTTCAGATATGGGTGTCGAGGATTATCATGTGATAGAGCTTGTCGGTGAAGG 60
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 CCAATCGCGTTCAGATATGGGTGTCGAGGATTATCATGTGATAGAGCTCGTCGGTGAAGG 60
Query 61 ATCTTTTGGGAGGGTTTACAAAGGAAGACGCAAGTATACCGGCCAGACGGTGGCGATGAA 120
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTCTTTTGGGAGGGTTTACAAAGGAAGACGGAAGTATACAGGCCAGACGGTGGCGATGAA 120
Query 121 GTTCATCATGAAACAAGGAAAGACTGACAAGGATATACATAGTCTAAGGCAAGAAATCGA 180
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GTTCATCATGAAACAAGGAAAGAGTGACAAGGATATACATAGTCTAAGGCAAGAAATCGA 180
Query 181 GATATTGCGGAAGCTCAAGCATGAGAATATCATTGAAATGCTCGACTCCTTTGAAAACGC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GATATTGCGGAAGCTCAAGCATGAGAATATCATTGAAATGCTCGACTCCTTTGAAAACGC 240
Query 241 ACGAGAGTTCTGTGTCGTCACTGAGTTTGCCCAAGGTGAATTGTTTGAGATTCTTGAAGA 300
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ACGAGAGTTCTGTGTTGTCACTGAGTTTGCCCAAGGTGAATTGTTTGAGATTCTTGAAGA 300
Query 301 TGACAAGTGCCTTCCCGAAGAGCAAGTTCAAGCAATCGCAAAGCAATTGGTAAAAGCATT 360
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 301 TGACAAGTGCCTTCCGGAAGAACAAGTTCAAGCAATCGCAAAGCAGTTGGTAAAAGCATT 360
Query 361 AG-ATTACTTGCATTCCAACCGTATAATTCACCGTGACATGAAGCCACAAAACATTCTTA 419
| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 361 -GCATTACTTGCATTCTAACCGTATAATTCACCGTGACATGAAGCCACAAAACATACTTA 419
Query 420 TTGGTGCTGGCTCTGTCGTTAAGCTATGTGATTTTGGTTTTGCTCGAGCTATGTCCACCA 479
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 420 TTGGTGCTGGGTCTGTCGTTAAGCTATGTGATTTTGGTTTTGCTCGAGCTATGTCTACCA 479
Query 480 ACACTGTGGTTTTGCGATCCATTAAAGGCACTCCGCTGTACATGGCACCAGAGCTTGTGA 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 480 ACACTGTGGTTTTGCGATCCATTAAAGGCACTCCGCTGTACATGGCGCCAGAGCTTGTGA 539
Query 540 AAGAACAGCCATACGATCGCACTGTCGACCTGTGGTCTCTTGGTGTTATATTGTACGAGT 599
|||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 540 GAGAAAAACCATACAATCGCACTGTCGACCTGTGGTCTCTTGGTGTTATATTGTATGAGT 599
Query 600 TATATGTAGGTCAGCCTCCCTTCTACACCAATTCTGTGTATGCTCTCATTC-GTCACATT 658
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 600 TATATGTAGGTCAACCTCCGTTCTACACCAATTCTGTGTATGCTCTCATTCAG-CACATT 658
Query 659 GTTAAGGATCCTGTCAAATATCCTGATGAAATGAGTACTTATTTCGAAAGCTTTTTGAAA 718
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 659 GTTAAGGATCCTGTCAAATATCCTGATGAAATGAGTCCTTATTTCAAAAGCTTTTTGAAA 718
Query 719 GGATTGCTCAACAAGGAACCCCACAGTCGATTAACCTGGCCTGCTCTTCGTGAGCACCCT 778
||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 719 GGATTGCTCAACAAGGAGCCCCAAAATCGATTAACCTGGCCTGCTCTTCTTGAGCACCCC 778
Query 779 TTCGTTAAAGAAACACAAGAAGAAGTTGAAGCCAGGGAAATCCATACTGCAGTAGTTGAC 838
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 779 TTCGTTAAAGAATCACAAGAAGAAGTTGAAGCCAGGGAAATCCAAACTTCAGTAGTTGAC 838
Query 839 AATAAGGCAGCTTGGATGCTCAAAGGAAATGGAGGGCAACAGAGAAATGAAAAGTGCGAC 898
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CATAAGGCAGCTTGGATGCTCAAAGGAAATGGAGGGCAACAGAGAAATGAAAAGTGCGAC 898
Query 899 TCAGTGACCCTGGTTGAGGACATGTCTGCTACAAAAGGTCTAGCTGACGTTCAGTCAGAT 958
|| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TCTGTGACCCTGGTTGAGAACATGTCTGCTACAAAAGTTCTAGCTGACGTTCAGTCAGAT 958
Query 959 ATGAAGAGTGCTGTCAAAGTAAATTCTCCACCC-ACTGAGGATTTTGTGGGATTCCCAAC 1017
||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| | |||||||||||
Sbjct 959 ATGAAGAGTGCTGTCAATGTAAATTCTCCACCCCA-TGAGGATTTTCTTGGATTCCCAAC 1017
Query 1018 CCAAGAGGAGATAAAAAGTTCAGGTAACCCAACACTGGACAAATTGGAAAATACATCCCG 1077
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1018 CCAAGAGGAGATAAAAAGTTCAGGTAACGCAACACTGGACAAATTGGAAAATACATCTCG 1077
Query 1078 CACTGTTAAAGGTGCACAAGTTATAGGTGAAAATGATAAAGCATTGGACCTTGTTTTGCT 1137
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1078 CACTGTTAAAGGTGCACAAGTTATAGGTGAAGATGATAAAGCATTGGATCTTGTCTTGCT 1137
Query 1138 GTCACTGGAAAGATTTTCAAAATCGCCAGATTCTAAAAGGGACAAAGATGTTGCTTGCTC 1197
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 GTCACTGGAAAGATTTTCAAAATCACCAGATTCTAAAAGGGACAAAGATGTTGCTTGCTC 1197
Query 1198 TGTTCAGTCCCTCAGGATCATCTCCAATTTGGTTGCAACTCGTGCCATAGTTTCAGTTGG 1257
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 TGTTCAGTCCCTCAGGATCATTTCCAATTTGGTTGCAGTTCGTGCCATAGTTTCAGTTGG 1257
Query 1258 ACTGATTGAGAAAATAACATGTGCACTGCTAGACTTTACTGACGCTCTTGTTGGGATGAA 1317
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 ACTGATTGAGAAAATAACGTGTGCACTGCTAGACTTTACTGACGCTCTTGTTGGGATGAA 1317
Query 1318 ATCACCCGAGTTCAACAACATAATACCAAAGAGTCTTTCAGTCACTAAAAACTTGGTAGG 1377
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 ATCATCCGAGTTCAACAAAATAATACCAAAGAGTCTTTCAGTCACTAAAAACTTGGTAGG 1377
Query 1378 GCATGTTGAAGGCAATAACATACATAGTTCTTACATCAGGCACTGGACCAAAGTAGTGGA 1437
|||| |||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1378 GCATATTGAAGGCAATAGCATACATAGTTCCTATATCAGGCACTGGGCCAAAGTAGTGGA 1437
Query 1438 AATCTTCATACAGGTCGTTAGATGGGAAGAAGAGGGAACTGGTAGAATTATATATGAGGC 1497
||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 AATCTTCGTACAGGTCGTTGGATGGAAAGAAGAGGGAACTGGTAGAATTATATATGAGGC 1497
Query 1498 CTGTTCTTGCATCACAACAATGTTATCTCGAGTTGCCCAAGATCTTAAATCTTCAACTCC 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 CTGTTCTTGCATCACAACAATGTTATCTCGAGTTGCCGAAGATCTTAAATCTTCAACTCC 1557
Query 1558 TGATTCTGTTTCTAAACAGATTTTGGAGCATGCTAACATGTCTCGCATAGTTGATCATTT 1617
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1558 TGATTCTGTTTCTAAACAGATTTTGGAGCATGCTAACATGTCTCGCTTAGTTGATCATTT 1617
Query 1618 GTGTCTTTGTCTGGCTTCTTCTGGGTCGAGTTTAACTTCCGGCTCTTCGCAAATGTTAGC 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 1618 GTGTCTTTGTCTGGCTTCTTCTGGGTCGAGTTTAACTTCCGGCACTTCACAAATGTTAGC 1677
Query 1678 AGCTGCCTGTGAAGCTTGTCGAGCAATATGGATTCTCATAGATACTTCCGAAACATTCTT 1737
||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 AGCTGCCTGTGAAGCTTGTAGCGCAATATGGATTCTCATAGATACTTCCGAAACATTCTT 1737
Query 1738 CAAGAACGATGATGTAAACATATTACCTCTAGATGCCTTGCAGAACCGTCTCTCTCAGCA 1797
|||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1738 CAAGAATGATAATGTGAACATATTACCTCTAGATGCTTTGCAGAACAGTCTCTCTCAGCA 1797
Query 1798 TGACATAGGAAACAGTGAGTGGGGTCCGTTATCTGAGAAACTTGTCGATACAGTGACAAG 1857
||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1798 TGAAAAAGGAAACAGTGAGTGGGGTCCATTATCTGAGAAACTTGTTGATACAGTGACAAG 1857
Query 1858 AGCATATCTCCGATCAAAGCATGTGCAAGTTGCTGTTGGTCATTGCCTTCACCAACGAGT 1917
| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 AACATATCTCCGATCAAAGCATGTGCAAGTTGCTATCGGTCATTGCCTTCACCAACGAGT 1917
Query 1918 GGAGGCTCCATTGGTTTCTGCAATTCAGCTCTTGTCAAGATGCTGCCTTCATAATGGAAT 1977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1918 GGAGGCTCCATTGGTTTCTGCAATTCAGCTCTTGTCAAGATGCTGCCTTCACAATGGAAT 1977
Query 1978 TCTGCCTAGCATGCTTTGTGGTCTTCCCAGTTCACTGCCTATTACGACCGTAGTCAGTGG 2037
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1978 TATGCCTAGCATGCTTTGTGGTCTTCCCAGTTCACTGCCTGTTACGACCGTAGTCAGTGG 2037
Query 2038 TGGAGAGGATGGTACAGTTATTTCAGAAATATTTTCTATACTATCATACGCAACATTATC 2097
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2038 TGGAGAGGATGGTACAGTTATTTCAGAATTATTTTCTATACTATCCTATGCAACATTATC 2097
Query 2098 AAGCAAAGACCAGCAAACAGGAGAAAAAGATAACTTCGAGGGCAGACTAAACAATCTGGT 2157
|||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 AAGCAAAGACCAACAAACAAGAGAAAAAAATAACTTCGAGGGCAGACTAAACAATCTGGT 2157
Query 2158 GTTCCATTCATGCCTTATGTTGGCAACAGTTGCTCAATGTTTGAAGTTAACTGGGAGAAA 2217
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2158 ATTCCATTCATGCCTTCTGTTGGCAACAGTTGCTCAATGTTTGAAGTTGACTGGGAGAAA 2217
Query 2218 TTCTGTTCTGTTAATGCTTACAACTTCTCCAAAGAAGCATCAACATCGTCTTTCTGCTAT 2277
||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 2218 TTCTGCCCTGTTAATGCTTACAACTTCTCCAAGGAAGCATCTACATCGTCTTACTGCTAT 2277
Query 2278 AGCCAATCACATTGCCTCAGATGATAAAATCGAAGCTTCTCTTCAGAATCACTCTGCTTC 2337
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 AGCCAATCACATTGCCTCAGATGATAAAATTGAAGCTTCTCTTCAGAATCACTCTGCTTC 2337
Query 2338 AGCTATGCTTGCTCTCGCATCTATTCTCGCTCTTGAAAAAGGATCTTCTGCTGGATCTTC 2397
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2338 AGCTATGCTTGCTCTCGCATCTATTCTCTCTCTTGAAAAAGGATCTTCTGCTGAATCTTC 2397
Query 2398 TGTCTCTGAGCTAGTGGTGTCTCTGATTCCTCGAGCTACTAAGCTTTGTTATCATCTTAG 2457
|||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 TGTCTCTGAGATTGCGGTACCTCTGATTCCTCGAGCTACTAAGCTTTGTTATCATCTTAG 2457
Query 2458 GCCTATGCCAAGTAATGAAGGTGAAGTCATCTCTCATTCTGCCAATTATGCCAAATGGCA 2517
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 2458 ACCTATGCCAAGTCATGAAGGTGAAGTCATCTCTCATTCTGCCAATTTTACCAAATGGCA 2517
Query 2518 CGGACTTCTGGATGGATGTATCGGTTTATTAGAATCCAGATTGAAGTGGGGTGGACCTCT 2577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 2518 CGGACTTCTGGATGGATGTATCGGTTTATTAGAATCCAGATTGAAGTGGGGAGGACCTTT 2577
Query 2578 AGCTGTGCAGCAGCTTATTGCTAGTGGTACGCCATTGCTTCTCATAAATCTGTTAGCTGG 2637
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2578 AACTGTGCAGCAGCTTATTGCTAGTGGTACGCCATTGCTTCTTATAAATCTGTTAGCTGG 2637
Query 2638 CAAACTTTCAAATGCTTCCCCAGAGGACATCAAGAAGACATCCAACCGGATTGGCTTGTC 2697
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2638 CAAACTTTCAAATGCTTCCCCAGATGACATCAAGAAAACACCCAACCGGATTGGCTTGTC 2697
Query 2698 CCCTATTGGCGTTGTATGGACTATTTCGTCCATATGCCACTGTCTTTCGGGTGGCAC--- 2754
|||| |||||||| |||||||| | || ||||| |||||||||||||| || |||||
Sbjct 2698 CCCTGTTGGCGTTTTATGGACTGTCTCTTCCATTTGCCACTGTCTTTCAGGCGGCACTTT 2757
Query 2755 AACTTTCCGTCAGGTTCTTGTGAAAATCGAAACCATGAAGCTAATTACTTGTTTACTATC 2814
|||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2758 AACTTTCCGTCAGGTTCTTGTGAAGATTGAAAACATGAAGCTGATTACTTGTTTACTATC 2817
Query 2815 TGATGCTCATATCAAGCTAGTAAAGAGCTGGGGAGGTCCGGGGGGAGGAAAAGATGGGGT 2874
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2818 TGATGCTCATATCAAGCTAGTAAAGAACTGGGGAGGTCCGGGGGGAGGAAAAGATGGAGT 2877
Query 2875 CAGAGAGACAATAAATGTGATAATTGATCTCCTAGCATTTCCTTTTGTTGCTCTGCAAAG 2934
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2878 CAGAGAGACAATAAATGTGATAATTGATCTCTTAGCATTTCCTTTTGTTGCTCTACAAAG 2937
Query 2935 TCAACCAGGTTCGTTATCTGCCACAGCTTCTGTAAATAGTGGATTCATTCTCAACATTGG 2994
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2938 TCAACCAGGTTCGTTATCTGCCACAGCCTCTGTAAATAGTGGATTTATTCTCAACAT-GG 2996
Query 2995 CT-CTCCTGGTGTGAGAGTATGCATGGAAGATAGAGATTTGCTAAAAGCTATAGAAGAGG 3053
| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2997 ATTCTCCTGGGGTGAGAGTGTGCATGGAAGATAGAGATTTGCTAAAAGCTATAGAAGAGG 3056
Query 3054 ATATGGACAAATACATAATAGTCCTCCTGGAGGTGGGAGTGCCGAGTTTAATCCTACGTT 3113
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3057 ATATGGACAAATACATAAAAGTCCTCCTGGAGGTGGGAGTTCCGAGTTTAATCCTACGTT 3116
Query 3114 GCTTGGATCATTTGGAATTAAAAGATTTAGTAAGGCCCGTTGCTTTTCTTGCCAAAATGG 3173
||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3117 GCTTGGAACATTTGGAAATAAAAGATTTAGTAAGGCCCGTTGCTTTTCTTGCCAAAATGG 3176
Query 3174 TGGGTCGTCCACGTCTTGCTGTAGATCTCGTGAGCAAAGGTCTGTTAGATCCTAATAGAA 3233
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3177 TGGGTCGTCCACGTCTTGCGGTAGAGCTCGTGAGCAAAGGTCTGTTAGATCCTAACAGAA 3236
Query 3234 TGAAAAAATTACTCAACCAATCAAGTCCAAGAGAAGTCATACTTGATATTTTGATGATCA 3293
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3237 TGAAAAAATTACTCAACCAATCAAGTCCAAGAGAAGTCATACTTGATATTTTGATGATCA 3296
Query 3294 TATCTGATCTATCGAGGATGGATAAGGCTTTTTATAAATACATCGGCGAGGCTTCTGTTT 3353
||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3297 TATCTGATCTATCTAGGATGGATAAGGCTTTCTATAAATACATCGGGGAGGCTTCTGTTT 3356
Query 3354 TACAGCCTTTGAAAGAATATCTTACCCATGTGGATCCAAATATACGTGCAAAAGCTTGTA 3413
| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3357 TGCAGCCTTTGAAGGAATTTCTTACCCATGTGGATCCAAATATACGTGCAAAAGCTTGTA 3416
Query 3414 GTGCTCTTGGCAATATGTGCAGACACAATGGATATTTCTACAGCGCTCTTGCGGAACATC 3473
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3417 GTGCTCTTGGCAATATGTGCAGGCACAATGGATATTTCTACAGCTCTCTTGCGGAACATC 3476
Query 3474 AAATCATCGGTCTCCTCATTGATCGATGCGCTGATCCGGACAAACGAACACAGAAATTCG 3533
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3477 AAATCATCGGTCTCCTCATTGATCGATGCGCTGATCCGGACAAACGAACACAAAAATTCG 3536
Query 3534 CTTGTTTTGCTATTGGAAATGCGGCTTACCATAACGACACGCTGTATGAAGAGCTAAGAA 3593
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 3537 CTTGCTTTGCTATTGGAAATGCTGCTTACCATAACGACACGTTGTATGAAGAGCTACGAC 3596
Query 3594 GATCTATAACGCAGCTAGCAAACGTTTTGACCACGGCTGAAGAAGACAAGACAAAAGCAA 3653
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3597 GATCTATAACGCAGCTAGCAAACGTCTTGACCACTGCTGAAGAAGACAAGACAAAAGCAA 3656
Query 3654 ACGCGGCTGGTGCATTGAGCAACCTTGTCCGAAACTCCAACAAACTCTGTGAAGATATAG 3713
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3657 ACGCTGCTGGTGCATTGAGCAACCTTGTCCGAAACTCCAACAAACTCTGTGAAGATATAG 3716
Query 3714 TCTCCAAGGGAGCTTTACAAACGTTACTGAGGCTAGTTGCGGATTGCTCGACTCTTGCCT 3773
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3717 TCTCCAAAGGAGCTTTACAAACGTTACTGAGGCTAGTTGCCGATTGCTCGACTCTTGCCT 3776
Query 3774 TGAACCCAAGCAAGAAAGAGACAGCGAGTGAGTCACCGCTCAAGATTGCACTCTTCTCAT 3833
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3777 TGAACCCAAGCAAGAAAGAGACAGTGAGTGAGTCACCGCTCAAGATCGCACTCTTCTCAT 3836
Query 3834 TGGCTAAAATGTGTTCGAACCACCAGATTTGCAGACAGTTTGTGAAGTCATCAGAGTTGT 3893
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3837 TGGCTAAAATGTGTTCGAACCACCAGATTTGCAGACAGTTCGTGAAGTCATCAGAGTTGT 3896
Query 3894 TCCCGGTCATTGCAAGGCTTAAACAATCCCCTGAGGCTAACATTGCTCACTATGCTTCAG 3953
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3897 TCCCGGTCATCGCAAGGCTTAAGCAATCCCCTGAGGCTAACATTGCTCACTATGCTTCAG 3956
Query 3954 TTATTGTCGCCAAAGTCAGTGGTGAGTCT--T----AAGAAAACTTACTTCCCTGTAAAT 4007
||||||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 3957 TTATTGTCGCCAAAGTCGGTGGTGATTCTGATTCCTAAGAAAAATTACGTCCCTGTAAAT 4016
Query 4008 TTATTGTGGTAAGACATCGT 4027
|||||||| |||||||||||
Sbjct 4017 TTATTGTGTTAAGACATCGT 4036
> Ahg944077 jgi|Araly1|944077|scaffold_700306.1
Length=733
Score = 669 bits (362), Expect = 0.0
Identities = 419/446 (94%), Gaps = 6/446 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 575 TCTCTTGGTGTTATAT-TG-TACGAGTTATATGTAGGTCAGCCTCCCTTCTACACCAATT 632
|||| | |||||| || | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 290 TCTCCT-GTGTTACATCAGATACGAGTTATATGTAGGTCAACCTCCCTTCTACACCAATT 348
Query 633 CTGTGTATGCTCTCATTCGTCACATTGTTAAGGATCCTGTCAAATATCCTGATGAAATGA 692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 349 CTGTGTATGCTCTCATTCGTCACATTGTTAAGGATCCTGTCAAATATCCTGATGAAATGA 408
Query 693 GTACTTATTTCGAAAGCTTTTTGAAAGGATTGCTCAACAAGGAACCCC-ACAGTCGATTA 751
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||
Sbjct 409 GTCCTTATTTCAAAAGCTTTTTGAAAGGATTGCTCAACAAGGAACCTAGAAA-TCGATTA 467
Query 752 ACCTGGCCTGCTCTTCGTGAGCACCCTTTCGTTAAAGAAACACAAGAAGAAGTTGAAGCC 811
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 468 ACCTGGCCTGCTCTTCGTGAGCACCCCTTCGTTAAAGAATCACAAGAAGAAGTTGAAGCC 527
Query 812 AGGGAAATCCATACTGCAGTAGTTGACAATAAGGCAGCTTGGATGCTCAAAGGAAATGGA 871
||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 AGGGAAATCCAAACTGCAGTAGTTGACCATAAGGCAGCTTGGATGCTCAAAGGAAATGGA 587
Query 872 GGGCAACAGAGAAATGAAAAGTGCGACTCAGTGACCCTGGTTGAGGACATGTCTGCTACA 931
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| |||
Sbjct 588 GGGCAACAGAGAAATGAAAAGTGCGACTCTGTGACCCTGGCTGAGAACATGTCTGCAACA 647
Query 932 AAAGGTCTAGCTGACGTTCAGTCAGATATGAAGAGTGCTGTCAAAGTAAATTCTCCACCC 991
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 648 AAAGGTCTAGCTGACGTTCAGTCAGATATGAAGAGTGCTGTCAATGTAAATTCTCCACCC 707
Query 992 AC-TGAGGATTTTGTGGGATTCCCAA 1016
| |||||||||| | ||||||||||
Sbjct 708 CCCTGAGGATTTTCTTGGATTCCCAA 733
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 153219788898
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5