BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G50380.1
Length=2597
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg923482 jgi|Araly1|923482|scaffold_104763.1 3587 0.0
Ahg914147 jgi|Araly1|914147|Al_scaffold_0001_4401 163 5e-39
> Ahg923482 jgi|Araly1|923482|scaffold_104763.1
Length=2173
Score = 3587 bits (1942), Expect = 0.0
Identities = 2094/2169 (97%), Gaps = 4/2169 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 152 GGTTGACATCACCGAGAGACATGGCGGAATCGAGATCCCCTCCTGTAGCGAAGAAGGTGG 211
|||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GGTTGACATCACCGGGAGACATGGCGGAATCGAAATCCCCTCCTGTAGCGAAGAAGGTGG 60
Query 212 AGCATGTGATGGAGATGTTCGGTGACGTTAGGGTTGACAATTACTACTGGCTCCGTGACG 271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGCATGTGATGGAGATGTTCGGTGACGTTAGGGTTGACAATTACTACTGGCTCCGTGACG 120
Query 272 ATTCTCGCACCAATCCCGACATGCTTTCTTATCTTCGTGAAGAAAATCACTACACTGATT 331
||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ATTCTCGTTCCAATCCCGACATGCTTTCTTATCTCCGTGAAGAAAATCACTACACTGATT 180
Query 332 TCGTCATGTCTGGGACCAAGCAATTTGAGAATCAGCTGTTTGCTGAAATAAGAGGGAGGA 391
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCGTCATGTCTGGGACCAAGCAATTTGAGAATCAGCTGTTTGCTGAAATAAGAGGGAGGA 240
Query 392 TCAAAGAAGATGATATATCTGCACCTCTACGCAAGGGTCCTTACTATTATTATGAGAAAA 451
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 241 TCAAAGAAGATGATATATCTGCACCTCTACGCAAGGGTCCTTACTACTATTATGAGAAAA 300
Query 452 ATCTTCAAGGAAAGGAATATATTCAGCACTGTAGACGTTTGATCACTGACAACAAAGCTG 511
|||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 301 ATCTTCAAGGAAAGGAATATGTTCAACATTGTAGGCGTTTAATCCCTGACAACAAAGCTG 360
Query 512 AGCCTTCTGTCTATGATACTATGCCAACTGGTCCAGATGCTCCTCCTGAGCATGTGA-TA 570
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 361 AGCCTTCTGTCTATGATACTATGCTAACTGGTCCAGATGCTCCTCCTGAGCATGT-ACTA 419
Query 571 TTGGATGAGAATACCAAGGCTCAAGAGCATGACTACTACAGAATTGGGGCCTTCAAGGCG 630
||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 420 TTGGATGAGAATATCAAAGCTCAAGAGCATGACTACTACAGAATTGGTGCCTTCAAGGCG 479
Query 631 AGTCCCGATCATAAATTGGTGGCATATGCAGAGGACACAAAAGGTGATGAGATATATACA 690
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AGTCCCGATCATAAGTTGGTTGCATATGCAGAGGACACAAAAGGTGATGAGATATATACA 539
Query 691 GTGAATGTCATCGACTCTGAAGCCCTAAAACCAGTGGGGCAACAGCTTAAAGGACTT-AC 749
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||
Sbjct 540 GTGAATGTTATCGACTCTGAAGCTCTAAAACCAGTGGGGGAACAGCTAAAAGGA-TTGAC 598
Query 750 TTCTTATCTTGAATGGGCTGGTAATGATGCTTTGCTCTACATAACAATGGACGAAATCCT 809
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 599 TTCTTATCTTGAATGGGCTGGTAATGATGCTTTGGTCTACATTACAATGGACGAAATCCT 658
Query 810 GCGACCTGATAAGGTTTGGTTACATAAATTAGGGACAGAGCAGAGCAGTGATGTATGCCT 869
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 659 GCGACCTGACAAGGTTTGGTTACATAAGTTAGGGACAGAGCAGGGCAGTGACATATGCCT 718
Query 870 TTACCATGAGAAGGATGATATGTTTTCTCTTGAACTCCACGCTTCTGAGAGCCATAAGTA 929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TTACCATGAGAAGGATGATATGTTTTCTCTTGAACTCCACGCTTCTGAGAGCCATAAGTA 778
Query 930 TTTATTTGTTGCATCTGAAAGCAAAACTACAAGATTTGTCTTCTCGCTTGATGTGTCCAA 989
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TTTATTTGTTGCATCGGAAAGCAAAACTACAAGATTTGTCTTCTCGCTTGATGTGTCCAA 838
Query 990 GACTCAGGATGGACTCAGGGTGTTGACACCTCGTGTAGATGGAATTGATTCATCTGTCAG 1049
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 839 GCCTCAGGATGGACTCAGGGTGTTGACACCTCGTGTAGATGGCATTGATTCATCTGTCTG 898
Query 1050 TCATCGTGGGAACCACTTTTTCATCCAGAGAAGGAGCACTGAATTTTACAACTCAGAACT 1109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TCATCGTGGGAACCACTTTTTCATCCAGAGAAGGAGCACTGAATTTTACAACTCAGAACT 958
Query 1110 GATCGCCTGTCCAGTTGATGACACATCAAAGACAACTGTTCTGCTTCCACATAGAGAAAG 1169
| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 GGTCGCCTGTCCAGTTGATGACACATCGAAGACAACTGTTCTGCTTCCACATAGAGAAAG 1018
Query 1170 TGTAAAGATTCAGGAAATTCAGCTTTTCCGAGATCATCTTGCAGTCTTCGAGCGTGAAAA 1229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |
Sbjct 1019 TGTAAAGATTCAGGAAATTCAGCTTTTCCGAGATCATCTCGCAGTATTCGAGCGTGAACA 1078
Query 1230 CGGACTGCAGAAGATCACAGTTCATAGGCTTCCTGCTGAGGGACAGCCACTGGAAGGTCT 1289
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1079 GGGACTGCAGAAGATAACAGTTCATAGGCTTCCTGCTGAGGGACAGCCACTGGAAGGGCT 1138
Query 1290 CCAAGGTGGTCGTAATGTGAGCTTTGTTGACCCGGTCTATTCAGTTGACTCAACCGAGTC 1349
|||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CCAAGGTGGTCGTAGTGTGAGCTTTGCTGATCCGGTCTATTCAGTTGACTCAACCGAGTC 1198
Query 1350 CGAATTTTCGTCCAGGGTTTTAAGGTTTAAATACTGCTCAATGAAAACACCTCCTTCTGT 1409
||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TGAATTTTTGTCCAGAGTTTTAAGGTTTAAATACAGCTCAATGAAAACACCTCCTTCTGT 1258
Query 1410 GTATGACTATGACATGGACAGTGGCACTTCCGTTGTCAAGAAGATTGACACAGTATTGGG 1469
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1259 GTATGACTATGACATGGACAGTGGCACTTCCGTTGTCAAGAAGATTGACACAGTATTGAG 1318
Query 1470 AGGTTTTGATGCATCAAATTATGTTACAGAAAGAAAGTGGGTCGCTGCATCAGACGGAAC 1529
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1319 AGGTTTTGATGCATCAAATTATGTTACAGAAAGAAAATGGGTCACTGCATCAGACGGAAC 1378
Query 1530 TCAAATTCCAATGTCTATTGTGTATAACAAAAAACTTGCAAAGCTTGATGGATCTGATCC 1589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1379 TCAAATTCCAATGTCTATTGTGTATAACAAAAAACTTGCAAAGCTCGATGGATCTGATCC 1438
Query 1590 ATTACTCCTTTATGGATATGGTTCATATGAGATTTCTGTGGATCCTTATTTCAAGGCATC 1649
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 1439 ATTACTCCTTTATGGATATGGATCATATGAGATTTCTGTGGATCCATATTTCAAGACATC 1498
Query 1650 AAGGTTGTCCCTGTTAGATCGTGGGTTTACCTTTGTAATTGCTCATGTTCGTGGGGGCGG 1709
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1499 AAGGTTGTCCCTGTTAGATCGTGGGTTTATCTTTGTAATTGCTCATGTTCGTGGGGGTGG 1558
Query 1710 TGAGATGGGGAGACAGTGGTATGAGAATGGGAAGCTGTTGAAGAAGAAAAACACATTCAC 1769
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TGAAATGGGGAGACAGTGGTATGAGAATGGGAAGCTGTTGAAGAAGAAAAACACATTCAC 1618
Query 1770 TGATTTTATTGCTTGTGCTGAGCGTTTAATAGAACTAAAATATTGCTCGAAAGAAAAACT 1829
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TGATTTTATTGCTTGTGCTGAGCGTTTAATAGAACTAAAGTATTGCTCGAAAGAAAAACT 1678
Query 1830 GTGCATGGAAGGGAGAAGTGCTGGTGGATTGCTGATGGGTGCTGTTGTTAATATGAGGCC 1889
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 GTGCATGGAAGGAAGAAGTGCTGGTGGATTGCTGATGGGTGCTGTTGTTAATATGAGGCC 1738
Query 1890 TGACTTGTTCAAGGTGGTTATCGCTGGAGTTCCTTTTGTAGATGTCTTGACAACAATGCT 1949
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1739 TGACTTGTTCAAGGTGGTTGTCGCTGGAGTTCCTTTTGTAGATGTTTTGACAACAATGCT 1798
Query 1950 GGACCCAACAATTCCGCTTACGACATCAGAGTGGGAGGAGTGGGGTGACCCCAGAAAGGA 2009
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 GGACCCAACAATTCCGCTTACGACATCAGAATGGGAGGAGTGGGGTGACCCCAGAAAGGA 1858
Query 2010 AGAATTTTACTTCTATATGAAGTCATATTCCCCTGTAGACAATGTAACGGCGCAGAATTA 2069
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1859 AGAATTTTACTTCTATATGAAGTCATATTCCCCTGTCGACAATGTAGCAGCGCAGAATTA 1918
Query 2070 TCCAAATATGCTTGTAACTGCTGGGTTAAATGATCCAAGAGTTATGTACTCTGAACCTGG 2129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TCCAAATATGCTTGTAACTGCTGGGTTAAATGATCCAAGAGTTATGTACTCTGAACCTGG 1978
Query 2130 CAAGTGGGTGGCAAAACTGAGAGAAATGAAGACCGACAACAACGTACTTCTGTTCAAATG 2189
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 CAAGTGGGTGGCAAAACTGAGAGAAATGAAGACTGACAACAACGTACTTCTGTTCAAATG 2038
Query 2190 CGAGCTTGGCGCAGGGCATTTCTCAAAATCTGGGAGATTCGAGAAGCTTCAAGAAGATGC 2249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2039 TGAGCTTGGCGCAGGGCATTTCTCAAAATCTGGGAGATTCGAGAAGCTTCAAGAGGATGC 2098
Query 2250 ATTTACGTTTGCATTCATGATGAAAGTTTTGGACATGATTCCTGCTTCTGGGTGAGTCCT 2309
||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 ATTTATGTTTGCATTCATGATGAAAGTTTTAGACATGATTCCTGCTTCTGGGTGAGTCCT 2158
Query 2310 CAAATTTAG 2318
|||||||||
Sbjct 2159 CAAATTTAG 2167
> Ahg914147 jgi|Araly1|914147|Al_scaffold_0001_4401
Length=162
Score = 163 bits (88), Expect = 5e-39
Identities = 119/132 (90%), Gaps = 9/132 (7%)
Strand=Plus/Plus
Query 6 CACTCACTTTCTCGCGACTCGTA------GTCGTCTTCTCCACTTCGATACTCCTCTCTC 59
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 22 CACTCACTTTCTCGCGACTCGTACGCGTGGTCGTCTTCTCCACTTCGATACTCCTCTCTC 81
Query 60 TTGCCTCGTTCCTCTTGTTCCTCGCCGCCGCTCTATTCTACGGCTGTCTTCTTCTT-T-T 117
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | |
Sbjct 82 TTGCCTCGTTCCTCTTCTTCCTCGCCGCCGCTCTATTCTACGGTTGTCGTCTTCTTCTCT 141
Query 118 TCCT-CTTCCTC 128
| || |||||||
Sbjct 142 TTCTTCTTCCTC 153
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97930019895
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5