BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G50420.1
Length=1951
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474168 jgi|Araly1|474168|fgenesh2_kg.1__4122__AT1G50420.1 2894 0.0
> Ahg474168 jgi|Araly1|474168|fgenesh2_kg.1__4122__AT1G50420.1
Length=1900
Score = 2894 bits (1567), Expect = 0.0
Identities = 1831/1950 (94%), Gaps = 52/1950 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACACACACGCTATTACTCACAAGATAACCACCAGAGACGTGGATAGAGAGATAAAGATTG 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||| |
Sbjct 1 ACACACACGCTATTACTCACAAGATAACCACCAGAGACTTAGATAGATAGATAAAGATAG 60
Query 61 AGAGAACCCTCTCACTCCCaaaaaaaaaGCTTT-AGACATTTTCTCTAAATCCATATTCT 119
|||| | | |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 61 AGAG-A-------A-----AAAAAAAAAGCTTTAAGACATTTTCTTTAAATTCAGATTCT 107
Query 120 CTGCATCTTTCAAGAAATTCCGAATCGTGGGTTTGGTTCTTCTCGTTACGAGTCTCTCAA 179
||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 108 CTGGATCTTTAAAGAAATTCCGAATCGTGGGTTTGGTTCTTCTGGTTAC--G-------- 157
Query 180 AGTTTAAATCTTTCTTTACAAAAAAGGTTACTTTTGGTTCTGAGTAAAT-CAAAATCAAG 238
|| || || | | ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 158 AG------TC--TC--T-C---AAA-GTT-CTTTTGGTTCTGAGTAAATCCAAAATCAAG 201
Query 239 CTTTTGGCCTTCAATGGTGGCTATGTTTCAAGAAGATAATGGAACATCTTCTGTAGCTTC 298
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 202 C-TTTGGCCTTCAATGGTGGCTATGTTTCAAGAAGATAATGGAACATCTTCTGTAGCTTC 260
Query 299 ATCACCACTTCAAGTCTTCTCAACTATGTCACTCAACAGACCGACTCTCCTCGCTTCTTC 358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 261 ATCACCACTTCAAGTCTTCTCAACTATGTCACTCAACAGACCGACTCTCCTTGCTTCTTC 320
Query 359 ATCTCCGTTTCATTGTCTCAAAGATCTCAAACCAGAGGAGCGTGGTCTCTACTTAATCCA 418
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 321 ATCACCGTTTCATTGTCTCAAAGATCTCAAACCTGAGGAGCGTGGTCTCTACTTAATCCA 380
Query 419 CCTCTTGCTAACTTGTGCCAACCACGTGGCTTCAGGTAGCCTCCAAAACGCTAACGCAGC 478
||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 381 CCTCTTGCTAACTTGCGCCAACCACGTTGCGTCAGGTAGCCTCCAAAACGCTAACGCAGC 440
Query 479 GCTCGAGCAGCTCTCTCACCTCGCTTCTCCTGACGGCGACACGATGCAGCGAATCGCTGC 538
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 441 GCTCGAGCAGCTCTCTCACCTCGCTGCTCCTGACGGCGACACGATGCAGCGTATCGCTGC 500
Query 539 TTACTTCACCGAAGCGCTTGCTAACAGAATCCTTAAGTCCTGGCCTGGTCTTTACAAGGC 598
|||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 501 TTACTTCACCGAAGGGCTCGCTAACAGAATCCTTAAGTCCTGGCCTGGTCTCTACAAGGC 560
Query 599 TCTTAACGCAACTCAGACAAGAACTAACAATGTCTCTGAGGAGATTCATGTTAGAAGACT 658
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 561 TCTTAACGCAACTCAGATAAGAACCAACAATGTCTCTGAGGAGATTCATGTTAGAAGACT 620
Query 659 CTTCTTTGAGATGTTCCCGATACTCAAAGTCTCTTACTTGCTCACTAATCGAGCTATACT 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 621 CTTCTTTGAGATGTTCCCGATACTCAAAGTCTCTTACTTGCTCACTAATCGAGCTATACT 680
Query 719 CGAGGCTATGGAAGGAGAGAAGATGGTTCATGTGATTGATCTCGATGCTTCTGAGCCAGC 778
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 681 TGAGGCTATGGAAGGAGAGAAGATGGTTCATGTGATTGATCTCGATGCTTCTGAGCCAGC 740
Query 779 TCAATGGCTTGCTTTGCTTCAAGCTTTTAACTCTAGGCCTGAAGGTCCACCTCATTTGAG 838
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 TCAATGGCTTGCTTTGATTCAAGCTTTTAACTCTAGGCCTGAAGGTCCACCTCATTTGAG 800
Query 839 AATCACTGGTGTTCATCACCAGAAGGAAGTGCTTGAACAAATGGCTCATAGACTCATTGA 898
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 801 AATCACTGGTGTTCATCATCAGAAGGAAGTGCTTGAACAAATGGCTCATAGACTCATTGA 860
Query 899 GGAAGCAGAGAAACTCGATATCCCGTTTCAGTTTAATCCCGTTGTGAGTAGGTTAGACTG 958
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||
Sbjct 861 GGAAGCAGAGAAGCTCGATATCCCGTTTCAGTTTAATCCTGTTGTGTGTAGATTAGACTG 920
Query 959 TTTAAATGTAGAACAGTTGCGGGTTAAAACAGGAGAGGCCTTAGCCGTTAGCTCGGTTCT 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 921 TTTAAATGTAGAACAGTTGCGGGTTAAAACAGGAGAGGCCTTAGCCGTTAGCTCGGTTCT 980
Query 1019 TCAATTGCATACCTTCTTGGCCTCTGATGATGATCTCATGAGAAAGAACTGCGCTTTACG 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 981 TCAATTGCATACCTTCTTGGCCTCTGATGATGATCTCATGAGAAAGAACTGCGCTTTACG 1040
Query 1079 GTTTCAGAACAACCCTAGTGGAGTTGACTTGCAGAGAGTTCTAATGATGAGCCATGGCTC 1138
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1041 GTTTCAGAACAACCCTAGTGGAGTTGACTTACAGAGAGTTCTAATGATGAGCCATGGCTC 1100
Query 1139 TGCAGCTGAGGCACGTGAGAATGATATGAGTAACAACAATGGGTATAGCCCTAGCGGTGA 1198
|||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || ||
Sbjct 1101 TGCAGCCGAGGCACATGAGAATGATATGAG---CAACAATGGGTATAGCCCGAGTGGCGA 1157
Query 1199 CTCGGCCTCATCTTTGCCTTTACCAAGTTCAGGAAGGACTGATAGCTTCCTCAATGCTAT 1258
||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 1158 CTCGGCCTCATCTTTGCCTCTACCTAGTTCAGGAAGGACTGATGGCTTCCTCAATGCAAT 1217
Query 1259 TTGGGGTTTGTCTCCAAAGGTCATGGTGGTCACTGAGCAAGACTCAGACCACAACGGCTC 1318
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1218 TTGGGGTTTATCTCCAAAGGTCATGGTGGTCACTGAGCAAGACTCAGACCACAACGGCTC 1277
Query 1319 CACACTAATGGAGAGGCTATTAGAATCACTTTACACCTACGCAGCATTGTTTGATTGCTT 1378
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1278 CACACTAATGGAGAGGCTATTAGAATCACTCTACACCTACGCAGCATTGTTTGATTGTTT 1337
Query 1379 GGAAACAAAAGTTCCAAGAACGTCTCAAGATAGGATCAAAGTGGAGAAGATGCTCTTCGG 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1338 GGAAACAAAAGTTCCAAGAACGTCTCAAGATAGGATCAAAGTGGAGAAGATGCTCTTCGG 1397
Query 1439 GGAGGAGATCAAGAACATCATATCCTGCGAGGGATTTGAGAGAAGAGAAAGACACGAGAA 1498
||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1398 GGAGGAGATCAAGAATATCATAGCGTGCGAGGGATTTGAGAGAAGAGAAAGACACGAGAA 1457
Query 1499 GCTTGAGAAATGGAGCCAGAGGATCGATTTGGCTGGTTTTGGGAATGTTCCTCTTAGCTA 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1458 GCTTGAGAAATGGAGCCAGAGGATCGATTTGGCTGGTTTTGGGAATGTTCCTCTTAGCTA 1517
Query 1559 TTATGCGATGTTGCAGGCTAGGAGATTGCTTCAAGGGTGCGGTTTTGATGGGTATAGAAT 1618
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1518 CTATGCGATGTTGCAGGCGAGGAGATTGCTTCAAGGATGCGGTTTTGATGGGTATAGAAT 1577
Query 1619 CAAGGAAGAGAGCGGGTGCGCAGTAATTTGCTGGCAAGATCGACCTCTATACTCGGTATC 1678
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1578 CAAAGAAGAGAGCGGGTGCGCAGTGATTTGCTGGCAAGATCGACCTCTATACTCGATATC 1637
Query 1679 AGCTTGGAGATGCAGGAAGTGAATGATATATTACAGTTTGTCTTCTATTTTGGTTATGAG 1738
||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||| ||||| |||||||
Sbjct 1638 AGCTTGGAGATGCAGGAAGTGAATGATATGT-ACACTTTGTGTTCTCTTTTGTTTATGAG 1696
Query 1739 CAGAGTCCCTTTCTTTTTTGTATACATGGGGACACAATCTTAGTTGTTTTGTGATGGTGA 1798
||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1697 CAGAGTCCCTTTCTTTT--GTAAACATAGGGACACAATCTTAGTTGTTTTGTGATTGTGA 1754
Query 1799 CTTTCTGTCTCTTTATGCTATTTTGGCTTAAATGCTTCTACTGCCTCTGCATGTAAAGCC 1858
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||
Sbjct 1755 CTTTCTGTCTCTTTATGCTATTTTGGC--AAATGCTTCTACTGCATCTGCATATAA-GCC 1811
Query 1859 TTTGTGTGTTGGTTCAATTTGGTCTGGTGTGGGTGTAATACCAAACCAAATCCAATTTGA 1918
|||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1812 TTTGTGTGTTGGTTCATTTTGGTCTGGTCTGG-TGTAATACCAAACCAAATCCAAATTGA 1870
Query 1919 GCTGAAGATAACTAATTTGATGATCGGTTC 1948
|||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 1871 GCTGAAGATAACTAATTTTATGGTCGGTTC 1900
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 73323721625
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5