BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G50480.1
Length=2269
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474176 jgi|Araly1|474176|fgenesh2_kg.1__4130__AT1G50480.1 3413 0.0
> Ahg474176 jgi|Araly1|474176|fgenesh2_kg.1__4130__AT1G50480.1
Length=2154
Score = 3413 bits (1848), Expect = 0.0
Identities = 2070/2174 (95%), Gaps = 28/2174 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 104 AGAGAGTGCGATGAGTTCATCAACAAGAAAGCTTGAGGTTGTTTCACCAGTTCCCGCCGA 163
|||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 AGAGAGAGCGATGAGTTCATCATCAAGAAAGCTTGAGCTTGTTTCACCAGTTCCGGCCGA 60
Query 164 TATCGACATAGCTAATTCCGTCGAGCCTTTACACATCTCTGAGATTGCCAAAGATCTTAA 223
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TATCGATATAGCTAATTCCGTCGAGCCTTTACACATCTCTGAGATTGCCAAAGATCTTAA 120
Query 224 TATCAACCCTCTTCACTACGATCTCTATGGCAAGTATAAAGCTAAGGTTTTGTTGTCTGC 283
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TATCAACCCACTTCACTACGATCTCTATGGCAAGTATAAAGCTAAGGTTTTGTTGTCTGC 180
Query 284 GTTTGATGAGCTTCAAGGACAAGAAGATGGATACTATGTTGTTGTTGGAGGGATTACTCC 343
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTTTGATGAGCTTCAAGGACAAGAAGATGGTTACTATGTTGTTGTTGGAGGGATTACTCC 240
Query 344 TACTCCTCTTGGAGAAGGCAAGAGTACTACCACTGTTGGACTTTGCCAAGCCTTAGGCGC 403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TACTCCTCTTGGAGAAGGCAAGAGTACTACCACTGTTGGACTTTGCCAAGCCTTAGGCGC 300
Query 404 TTACCTCGATAAGAAGGTTGTTACTTGTCTTCGCCAACCGTCACAAGGACCCACCTTTGG 463
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTACCTTGATAAGAAGGTTGTTACTTGTCTTCGCCAACCGTCACAAGGACCCACCTTTGG 360
Query 464 AATCAAAGGAGGTGCAGCTGGTGGTGGGTATAGTCAGGTGATTCCTATGGATGAGTTCAA 523
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AATCAAAGGAGGTGCAGCTGGTGGTGGGTATAGTCAGGTCATTCCTATGGATGAGTTCAA 420
Query 524 TCTTCATCTCACTGGAGATATTCACGCGATTACCGCTTCCAACAACCTCTTAGCTGCTGC 583
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 421 TCTTCATCTCACTGGAGATATTCACGCGATCACCGCTTCCAACAATCTCTTAGCTGCTGC 480
Query 584 AATCGACACTCGGATTTTCCATGAGACGTCTCAATCCGACAAGGCTCTTTTTAATAGGCT 643
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 481 AATCGACACTCGGATTTTCCATGAGACGTCTCAATCCGACAAGGCGCTTTTTAATAGGTT 540
Query 644 GTGCCCTCCGAATAAAGAAGGGAAGCGTAGTTTCAGTGACATTATGTTCAGGAGATTGAC 703
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GTGCCCTCCGAATAAAGAAGGGAAGCGTAGTTTCAGTGACATTATGTTCAGGAGATTGAC 600
Query 704 AAAGCTTGGGATATCCAAGACCAGTCCTGAGGAGCTTACTCCCGAGGAGATAAAGAAGTT 763
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 601 AAAGCTTGGGATATCCAAGACCACTCCTGAGGAGCTTACTCCCGAGGAGATAAAGAAATT 660
Query 764 TGCGAGGCTTGATATTGATCCTGCTTCTATCACTTGGAGAAGAGTGATGGATGTTAATGA 823
||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 661 TGCTAGGCTTGATATCGATCCTGCTTCTATCACGTGGAGAAGAGTTATGGATGTTAATGA 720
Query 824 TCGGTTCTTGAGGAAGATTACTATTGGTCAGGGACCTGAGGAAAAGGGGATGACTAGAGA 883
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TCGGTTCTTGAGGAAGATTACTATTGGACAGGGACCTGAGGAAAAGGGGATGACTAGAGA 780
Query 884 AACTGGTTTTGACATTTCTGTTGCTAGTGAGATTATGGCTGTTTTGGCTTTGACAACCTC 943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AACTGGTTTTGACATTTCTGTTGCTAGTGAGATTATGGCTGTTTTGGCTTTGACAACCTC 840
Query 944 ACTAGGTGATATGAGAGAGAGGCTTGGTAAAATGGTGATTGGTAACAGCAAGGCAGGGGA 1003
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||
Sbjct 841 TCTAGGTGATATGAGAGAGAGGCTAGGTAAAATGGTGATTGGAAACAGCAAAGCCGGGGA 900
Query 1004 TCCGATAACAGCAGATGATCTCGGTGTTGGAGGAGCCTTGACTGTTCTGATGAAAGACGC 1063
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TCCGATAACAGCAGATGATCTTGGTGTTGGAGGAGCCTTGACTGTTCTGATGAAAGACGC 960
Query 1064 TATTAACCCGACACTCATGCAGACACTGGAAGGGACCCCTGTTCTAGTGCATGCTGGTCC 1123
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||
Sbjct 961 TATTAACCCAACACTCATGCAGACACTGGAAGGGACACCTGTCCTTGTTCATGCTGGTCC 1020
Query 1124 TTTTGCAAATATAGCTCATGGAAATTCATCGATTGTTGCTGATAAAATCGCTTTGAAGCT 1183
||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TTTTGCAAACATAGCTCATGGAAATTCATCGGTTGTTGCTGATAAAATCGCTTTGAAGCT 1080
Query 1184 GGTGGGACCTGGTGGATTTGTGGTAACTGAAGCGGGTTTTGGTTCTGATATTGGAACAGA 1243
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GGTGGGACCTGGTGGATTCGTGGTAACAGAAGCGGGTTTTGGTTCTGATATTGGAACAGA 1140
Query 1244 GAAGTTCATGAATATTAAGTGCCGTTACAGTGGGCTAACGCCTCAGTGTGCAATTGTTGT 1303
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1141 GAAGTTCATGAATATTAAGTGCCGCTACAGCGGGCTAACACCTCAGTGTGCGATTGTTGT 1200
Query 1304 GGCGACTGTTAGGGCTTTGAAAATGCATGGAGGTGGGCCTGATGTTGTTGCCGGGAGACC 1363
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1201 GGCGACTGTTAGGGCCTTGAAAATGCATGGTGGTGGGCCTGATGTTGTTGCCGGGAGGCC 1260
Query 1364 TCTTGATCGTGCTTATGTAAGCGAGAATGTTTCCTTAGTTGAAGCTGGCTGTGTGAATCT 1423
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 ACTTGATCGTGCTTATGTAAGCGAGAATGTTTCCTTGGTTGAAGCTGGCTGTGTGAATCT 1320
Query 1424 GGCAAAGCACATCTCAAACACAAAGGCCTACGGTGTGAATGTAATTGTTGCTGTGAATAT 1483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1321 GGCAAAGCACATCTCAAACACAAAGGCCTACGGTGTGAATGTAGTTGTTGCTGTGAATAT 1380
Query 1484 GTTCGCAACAGATACCGAAGCAGAACTAAATGCAGTTAGGAAATTTTCAATGGATGCCGG 1543
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1381 GTTCTCAACAGATACCGAAGCAGAACTAAATGCAGTTAGGAAATTTTCAATGGATGCTGG 1440
Query 1544 TGCTTTTGATGCTGTGGTCTGCTCCCACCATGCTCATAGTGGTAAAGGAGCGGTGGATCT 1603
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 1441 TGCTTTTGATGCGGTGGTCTGCTCCCACCATGCTCATGGTGGCAAAGGAGCGGTGGATCT 1500
Query 1604 TGGTATCGCGGTTGAAAAAGCTTGTCAAAACATTACACAGCCCCTCAGGTTTCTCTACCC 1663
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1501 TGGTATTGCGGTTGAAAAAGCTTGTCAAAACATTACACAGCCACTTAGGTTTCTCTACCC 1560
Query 1664 ATTGGACATTGGTATCAAAGACAAAATTGAGGCAATAGCTAAGTCATATGGAGCCAGTGG 1723
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 ATTGGACATTAGTATCAAAGACAAAATTGAGGCCATAGCTAAGTCATATGGAGCCAGTGG 1620
Query 1724 TGTTGAATATTCAGACCAGGCAGAGAAACAGATTGAGATGTACACACAACAAGGCTTCTC 1783
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 TGTTGAATACTCAGAACAGGCAGAGAAACAGATTGAGATGTACACACAACAAGGCTTCTC 1680
Query 1784 GAATCTTCCCATATGCATGTCGAAAACACAGTACTCATTCTCACATGATGCATCAAAGAA 1843
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1681 GAATCTTCCCATATGCATGTCGAAAACACAGTACTCATTCTCGCATGATGCATCAAAGAA 1740
Query 1844 AGGAGCACCTTCAGGGTTTGTATTGCCAATTAGGGATGTAAGAGGAAGCATTGGAGCTGG 1903
|||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1741 AGGAGCACCTTCGGGGTTTGTTTTGCCAATAAGGGATGTAAGAGGAAGCATCGGAGCTGG 1800
Query 1904 TTTCATATATCCACTGGTTGGTACAATGAGTACAATGCCTGGACTTCCTACAAGACCTTG 1963
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 TTTCATATATCCACTGGTTGGTACAATGAGTACAATGCCTGGACTTCCTACAAGACCTTG 1860
Query 1964 TTTCTACGAGATTGATATTGACACTGAAACTGGAAAAGTTCGTGGCCTTTCTTAAGTTTG 2023
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1861 TTTCTACGAGATTGATATTGACACTGAAACTGGAAAAGTTCGTGGCCTTTCTTAAATTTG 1920
Query 2024 GTAGATC--T--GTCAAAGCTTCAAGGCTTTCCTTCATCGTCGTTTCTCACTTCCACAAT 2079
|| |||| | |||||||||||||| ||| |||||| | || |||| | |||| |||||
Sbjct 1921 GTGGATCGATCAGTCAAAGCTTCAAG-CTT-CCTTCACCATCATTTCCCTCTTCAACAAT 1978
Query 2080 AAAAATTTGGCGATTGTACTTTGATACTGAGTGTTTTTCCAT-TTTAAGATGAATAATAA 2138
||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||
Sbjct 1979 AAAAATTTGGCGATTGTACTT-GATATTGAGTGTTTTTCCATCTTTAA-ATGAATAA-AA 2035
Query 2139 TAAA-GTATCTTT-TCCTTTTGATTAATCTCTGAAATACTACTCATTATTTGAACTCAAG 2196
|||| |||||||| || | | ||||||||||||||| | ||| | | ||||||
Sbjct 2036 TAAAAGTATCTTTATCATCT-GATTAATCTCTGAAA-A--ACT-A--A------CTCAAG 2082
Query 2197 GTAACGTTACAGATAGAACTTCTGATGTTCAAAAACAAAGAATAAA-GCAAATGAATGAC 2255
|||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2083 GTAAAGCTACAGA--GAACTTCGGATGTTCAAAAACAAAGAATAAAAGCAAATGAATGAC 2140
Query 2256 AGTGTTTTCTTCTG 2269
||||||||||||||
Sbjct 2141 AGTGTTTTCTTCTG 2154
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 85436419535
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5