BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G50600.1
Length=2060
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474191 jgi|Araly1|474191|fgenesh2_kg.1__4145__AT1G50600.1 2950 0.0
> Ahg474191 jgi|Araly1|474191|fgenesh2_kg.1__4145__AT1G50600.1
Length=2018
Score = 2950 bits (1597), Expect = 0.0
Identities = 1877/2007 (94%), Gaps = 39/2007 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 17 TTATTATTCCCCTGGTGGAAAGTA-G---GCAAGCAAGTGGTATCATCAACAAACAAAGC 72
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTATTATTCCCCTGGTGGAAAGTAGGCAAGCAAGCAAGTGGTATCATCAACAAACAAAGC 60
Query 73 ACTTCTCTTTTGATTCGATTCTCTCTTTACCTTGAAGC-T-----TC--AATATCAACCA 124
||||||| | || |||||||||||||||||||||| | || ||||||||||
Sbjct 61 ACTTCTC--CT--TT-GATTCTCTCTTTACCTTGAAGCTTCAAAATCAAAATATCAACCG 115
Query 125 AATCTTTTTTC-TCAAAATCTCAAAGAATCTCTCAAACTCAGTCTCCTATCTGTCTCTCT 183
||| | | ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 116 AATATCTGTTCGTTGAAATCTCGAAGAATCTCTCAAACTCAGTCTCAAATCTGTCTCTCT 175
Query 184 GCAAACTATTACCAACCAGATAATTTAGATATGGAAGCTACTCAGAAACATATGATTCAA 243
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 176 GCAAACTATCAACAACCAGATAATTTAGATATGGAAGCTACTCAGAAACATATGATTCAA 235
Query 244 GAAGGATCTTCAATGTTTTACCATCAACCATCTTCAGTCAAACAAATGGACCTTTCTGTT 303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 236 GAAGGATCTTCAATGTTTTACCATCAACCATCTTCAGTCAAACAAATGGACCTTTCTGTT 295
Query 304 CAGACATTTGATTCTTACTGCACACTTGAATCCTCTTCAGGCACCAAGTCTCATCCTTGT 363
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 296 CAGACATTTGATTCTTACTGCACACTTGAATCCTCTTCAGGCACCAAGTCTCATCCTTGT 355
Query 364 CTTAACAACAAAAACAACTCTTCTTCAACCACAAGCTTTTCCTCTAATGAAAGTCCCATT 423
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 356 CTTAACAACATCAACAATTCTTCTTCAACCACAAGCTTTTCCTCTAATGAAAGTCCTATT 415
Query 424 TCTCAAGCCAACAACAACAACTTATCAAGGTTTAACAATCATTCCCCTGAAGAAAACAAT 483
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 416 TCGCAAGCCAACAACAACAACTTATCGCGGTTTAACAATCATTCCCCTGATGACAACAAC 475
Query 484 AACTCTCCCTTGAGCGGTTCTTCAGCGACAAACACCAACGAGACAGAGCTTAGTCTCATG 543
|||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 AACTCTCCGTTGAGCGGTTCTTCCGCGACAAACAACAACGAGACAGAGCTTAGTCTCATG 535
Query 544 CTTAAAGATTTGGAGACTGCAATGATGGAGCCTGATGTAGACAACAGCTATAACAATCAA 603
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||
Sbjct 536 CTTAAAGATTTGGAGACTGCAATGATGGAGCCTGATTTAGACAACAGCTTTAACCATCAA 595
Query 604 GGCGGGTTTGGACAGCAGCATGGAGTTGTTTCTTCAGCTATGTATAGATCTATGGAGATG 663
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 GGCGGGTTTGGACAGCAACATAGAGTTGTTTCTTCAGCTATGTATAGATCTATGGAGATG 655
Query 664 ATCTCTAGGGGAGATTTAAAAGGAGTGCTCTATGAATGCGCAAAAGCTGTTGAAAACTAT 723
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 656 ATCTCTAGGGGAGATTTAAAAGGAGTGCTCTATGAATGTGCTAAAGCTGTTGAAAACTAT 715
Query 724 GATTTGGAAATGACTGATTGGTTGATCTCTCAGTTACAGCAAATGGTTTCTGTTTCTGGT 783
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 GATTTGGAAATGACTGATTGGTTGATTTCTCAGTTACAGCAAATGGTTTCTGTTTCTGGT 775
Query 784 GAGCCTGTTCAGCGCTTAGGAGCTTATATGCTTGAAGGTCTCGTTGCTAGGTTAGCTTCT 843
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| ||||||
Sbjct 776 GAGCCTGTTCAGCGCTTAGGAGCTTATATGCTTGAAGGGCTTGTTGCTCGGTTGGCTTCT 835
Query 844 TCGGGTAGCTCCATCTATAAAGCATTGAGATGCAAAGACCCAACGGGTCCTGAGCTTCTT 903
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 836 TCGGGTAGCTCCATCTATAAAGCTTTGAGATGCAAAGACCCTACGGGTCCTGAGCTTCTT 895
Query 904 ACTTATATGCATATCTTGTATGAAGCCTGCCCTTATTTCAAATTCGGTTATGAATCTGCT 963
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 ACTTATATGCATATCTTGTATGAAGCCTGCCCTTACTTCAAATTCGGTTATGAATCTGCT 955
Query 964 AATGGAGCTATAGCTGAAGCTGTGAAGAACGAAAGTTTTGTGCACATTATCGATTTCCAG 1023
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 956 AATGGAGCTATAGCTGAAGCTGTGAAGAACGAAAGTTTTGTTCACATTATCGATTTCCAG 1015
Query 1024 ATTTCTCAAGGTGGTCAATGGGTGAGTTTGATCCGTGCTCTTGGTGCTAGACCTGGTGGA 1083
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1016 ATTTCTCAAGGCGGTCAATGGGTGAGTTTGATCCGTGCTCTCGGTGCTCGACCTGGTGGA 1075
Query 1084 CCTCCGAACGTTAGGATAACGGGAATTGATGATCCGAGATCATCGTTTGCTCGTCAAGGA 1143
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1076 CCTCCGAAAGTTAGGATAACGGGAATTGATGATCCAAGATCATCGTTTGCTCGACAAGGA 1135
Query 1144 GGACTTGAGTTAGTTGGACAAAGACTTGGGAAGCTAGCTGAAATGTGCGGTGTTCCGTTT 1203
|||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1136 GGACTTGAACTAGTTGGACAAAGACTCGGGAAGCTAGCGGAAATGTGCGGTGTGCCGTTT 1195
Query 1204 GAGTTCCATGGAGCTGCTTTATGCTGCACGGAAGTCGAAATCGAGAAGCTAGGAGTTAGA 1263
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 GAGTTCCACGGAGCTGCTTTATGCTGTACGGAAGTCGAAATCGAGAAGCTAGGAGTTAGA 1255
Query 1264 AATGGAGAAGCGCTCGCGGTTAACTTCCCGCTTGTTCTTCACCACATGCCTGATGAGAGT 1323
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 AATGGAGAAGCGCTTGCGGTTAACTTCCCGCTTGTTCTTCACCACATGCCTGATGAGAGC 1315
Query 1324 GTAACTGTGGAGAATCACAGAGATAGATTGTTGAGATTGGTCAAACACTTGTCACCAAAC 1383
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1316 GTAACTGTGGAGAATCACAGAGATAGATTGTTGAGATTGGTCAAACGTTTGTCGCCAAAC 1375
Query 1384 GTTGTGACTCTGGTTGAGCAAGAAGCGAATACAAACACTGCGCCGTTTCTTCCCCGGTTT 1443
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1376 GTCGTGACTCTGGTCGAGCAAGAAGCGAATACAAACACTGCGCCGTTTCTGCCCCGGTTT 1435
Query 1444 GTCGAGACAATGAACCATTACTTGGCAGTTTTCGAATCAATAGATGTGAAACTCGCTAGA 1503
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1436 GTCGAGACAATGAACCACTACTTGGCAGTTTTCGAATCAATCGATGTGAAACTCGCAAGA 1495
Query 1504 GATCACAAGGAAAGGATCAATGTTGAGCAGCATTGTTTGGCTAGAGAGGTTGTGAATCTT 1563
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 GATCACAAGGAAAGGATCAATGTTGAGCAGCATTGTTTGGCTAGAGAGGTTGTGAATCTA 1555
Query 1564 ATAGCTTGTGAAGGTGTTGAAAGAGAAGAGAGGCACGAGCCACTAGGGAAATGGAGGTCT 1623
|||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1556 ATAGCTTGCGAAGGTGTCGAAAGGGAAGAGAGGCACGAGCCACTCGGGAAATGGAGGTCT 1615
Query 1624 CGGTTTCACATGGCGGGATTTAAACCGTATCCTTTGAGCTCGTATGTGAACGCAACAATC 1683
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 CGGTTTCACATGGCGGGGTTTAAACCGTATCCGCTGAGCTCGTATGTGAACGCAACAATC 1675
Query 1684 AAAGGATTGCTTGAGAGTTATTCAGAGAAGTATACACTTGAAGAAAGAGATGGAGCATTG 1743
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 AAAGGATTGCTTGAGAGTTACTCAGAGAAGTATACTCTTGAAGAAAGAGATGGAGCATTG 1735
Query 1744 TATTTAGGATGGAAGAATCAACCTCTTATCACTTCTTGTGCTTGGAGGTAACTAATAAA- 1802
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1736 TATTTAGGATGGAAGAATCAACCTCTTATCACTTCTTGTGCTTGGAGGTAGGTAACAAAT 1795
Query 1803 --AACCTTGTTCGGTTTCAGAAGAGATTAGAAACTTCTTTTAAAGTTTGCAGAATCTGTT 1860
|| ||| | | |||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1796 TTAAACTT-TGCTTTTTC-GA-GAGATTAGGAACTTCTTTTACAGTTTGCAGAATATGTT 1852
Query 1861 TGTAAAAGTAAAACTCATGCATGATCCGAAGGAACAAGTTGTCAAAT----GTTGTAGTA 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1853 TGTAAAAGTAAAACTCATGCATGATCCGAAGGAACAAGTTGTCAAATTAATGTTGTAGTA 1912
Query 1917 GTAAGTGA-TAT-GTTGATGACCCCATATATGTTTAAGGTTTATGtttttttttttCTTT 1974
||| || | | | |||||||| |||||||||||| || |||||||||||||| |||
Sbjct 1913 GTA-GTAAGTGTTGTTGATGATCCCATATATGTTGAAAGTTTATGTTTTTTT----CTT- 1966
Query 1975 TCTCACAACAAACTATGATTTGACATC 2001
| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1967 -C--ACAAGAAACTATGATTTGACATC 1990
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77475558330
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5