BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G50710.1
Length=1669
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474203 jgi|Araly1|474203|fgenesh2_kg.1__4157__AT1G50710.1 2342 0.0
> Ahg474203 jgi|Araly1|474203|fgenesh2_kg.1__4157__AT1G50710.1
Length=1428
Score = 2342 bits (1268), Expect = 0.0
Identities = 1379/1431 (96%), Gaps = 13/1431 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 129 GGTAGATCGAAGCAGATCTCTCGCTGGAAAACGTCACATTGAGGTATCTATCG-CCGCCA 187
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 GGTAGATCGAAGCAGATCTCTCGCCGG-AAACGTCACATTGAGGTATCTATCGATCGCCA 59
Query 188 ATGGTGAAGGCACTGCAAGGCGCGGCTCAGAATCTACCGGCGGATGTCAACCAATTGATC 247
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 ATGGTGAAGGCACTTCAAGGCACGGCTCAGAATCTGCCGGCGGATGTCAACCAATTGATC 119
Query 248 GATCAGTTAGAGCGTCACTGTTTGGCTCCCGATGGATCTCTTGTTACCAAATCTGTCTAC 307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 120 GATCAGTTAGAGCGTCACTGTTTGGCTCCCGATGGATCTCTTGTTACCAAATCTGCCTAC 179
Query 308 TCCGATCTCCAACTCGCGAGAGAGGAGATGTCTCGGGAGAGACTTCGGTATTTGGAAGCT 367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TCCGATCTCCAACTCGCGAGAGAGGAGATGTCTCGGGAGAGACTTCGGTATTTGGAAGCT 239
Query 368 ATGGCTATTTATTGTGAAGCTGTAGCTATGGTTGAAGAATATCAGCAAGCTATTTCAGTA 427
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 ATGGCTATTTATTGTGAAGCTGTAGCTATGGTAGAAGAATATCAGCAAGCTATTTCAGTG 299
Query 428 GCTAACCATGGGGGAATTCGTGATGTTCAAGGTCTATACCCTCAACTTGGCTTGAAGAAT 487
||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GCTAACCATGGTGGAATTCGGGATGTTCAGGGTCTATACCCTCAACTTGGCTTGAAGAAT 359
Query 488 TCTCCTCAGGTTTATGAGACTCTAGAGCATAGGTTGGTGGTTGCTGAGGCGGCTCAGAAA 547
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TCTCCTCAGGTTTATGAGACTCTAGAGCATAGATTGGTGGTTGCTGAGGCGGCTCAGAAA 419
Query 548 CTGAGGCTACCTCTTATTTCAGATGGTGGTGAAATTCATGAGGAAGAGATTGAAAAGTGG 607
|||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 420 CTGAGGCTGCCTCTAATTTCAGATGATGGTGAAATTCATGAGGAAGAAATTGAAAAGTGG 479
Query 608 AGTATACTT-TCAAGAAGCTCTCTTGATAGTGCAAGCACGAGTTTTACGATTAGCTCCAC 666
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AGTATA-TTATCAAGAAGCTCTCTTGATAGTGCAAGCACGAGTTTTACGATTAGCTCCAC 538
Query 667 TTCTAACTCCGTGAACTATGCGAATAGCTCTGCAAATAGTGTTGCTGGTGGGATTAGTCT 726
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 539 TTCTAACTCTGTGAACTATGCGAATAGCTCTGCAAATAGTGTTGCTGGTGGGACTAGTCT 598
Query 727 TAGTGCTGTTGATACTGACGTAGTAGGTGGTGTTCCGAATCGATTTCTTGGAATAACACC 786
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 TAGTGCTGTTGATACTGACGTAGTTGGTGGTGTGCCGAATCGATTTCTTGGAATAACACC 658
Query 787 TGCTTACTTATCCTATGTTCAGCTTCAAAATACTATTTCCATGGACATGGCTGACTACCA 846
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TGCTTACTTATCCTATGTTCAGCTCCAAAATACTATTTCCATGGACATGGCTGACTACCA 718
Query 847 AATGTTTCTTGCCCGTGAGATAGAAGGTCGATTGAAGGAAAAATGTGATAAGTTGGCTGA 906
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 719 AATGTTTCTTGCACGTGAGATAGAAGGTCGATTGAAGGACAAATGTGATAAGTTGGCTGA 778
Query 907 TGCCATTGTTGATGACACTGATTCGTCCACAGGAAATCGAAATTCAAGTGCTAGGCTCCC 966
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TGCCATTGTTGACGACACTGATTCATCCACAGGAAATCGAAATTCAAGTGCTAGGCTCCC 838
Query 967 AGAAAGGGTTAAGTTTATAATTGAGGAGATTGAAAGAGATGAAGCAGCTCTACGAGAGGA 1026
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 AGAAAGGGTTAAGTTTATAATTGAGGAGATTGAAAGAGATGAAGCAGCTCTACGAGAGGA 898
Query 1027 CCTGTACTCGGCTGACAGGAAGTTTGCTGAATATTACAATGTCCTGGAACAAATACTCGG 1086
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 CCTCTACTCGGCTGACAGGAAGTTTGCTGAATATTACAATGTCCTGGAACAAATACTCGG 958
Query 1087 GGTACTTATAAAGCTTGTGAAGGATCTAAAGTTAGAACATCAACACAAATATAATGAGAT 1146
||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 GGTGCTTATTAAGCTTGTGAAAGATCTAAAGTTAGAACATCAACACAAATATAATGAGAT 1018
Query 1147 GCAGAAGACTTGGTTGTGTAAAAGGTGTGAGACCATGAATGCAAAATTAAGGGTTTTGGA 1206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1019 GCAGAAGACTTGGTTGTGTAAAAGGTGTGAGACCATGAATGCAAAATTAAGGGTTCTGGA 1078
Query 1207 AAATGTTCTCCTCCTTGAGACATACACCCCTGACTCCATATCAGCTCTGCACAACATCAG 1266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 AAATGTTCTCCTCCTTGAGACATACACCCCTGACTCCATATCAGCTCTGCACAACATCAG 1138
Query 1267 GAATTATCTAGTCGAGGCTACCGAGGAAGCTTCAGCTGCATACAACAAAGCGGTTACTCG 1326
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1139 GAATTATCTAGTCGAGGCTACCGAGGAAGCTTCAGCTGCATACAACAAAGCGGTTACACG 1198
Query 1327 GCTTAGAGAATATCAAGGAGTAGATCCGCATTTTGATACAATTGCCAGACAGTACCATGA 1386
||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1199 GCTTAGAGAATATCAAGGAGTGGATCCACATTTTGATACAATTGCCAGACAGTATCATGA 1258
Query 1387 CATTGTTAAGAAACTGGAAAATATGCAGTGGACCATTCATCAAGTAGAAATGGACCTTAA 1446
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1259 CATTGTAAAGAAACTGGAAAATATGCAGTGGACCATTCATCAAGTAGAAATGGACCTCAA 1318
Query 1447 GTCTCATGACTGATCACTAGATTTGTTAACACTTGTGA-T----A--TATGTATTAGCAA 1499
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||
Sbjct 1319 GTCTCATGACTGATCACTAGATTTGTTAACACTTGTGAGTTGTGACATATGTATTAGCAA 1378
Query 1500 ATCTAATCCTCCAAGAAA-GATTGAACTGGGAGAAAAAATCAGTATAATTT 1549
|||| |||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1379 ATCTGATCCTCGAAGAAAAGATTGAACTGAGA-AAAAAATCAGTATAATTT 1428
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 62582272535
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5