BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G50730.1 Length=2928 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg923526 jgi|Araly1|923526|scaffold_104807.1 4120 0.0 > Ahg923526 jgi|Araly1|923526|scaffold_104807.1 Length=2872 Score = 4120 bits (2231), Expect = 0.0 Identities = 2530/2672 (95%), Gaps = 29/2672 (1%) Strand=Plus/Plus Query 46 ACAACGAGAATCACAAAGCCATGGAGTTGGAATTCCGGCGTCGCGACTATGGAGCTACAC 105 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ACAACGAGAAGCACAAAGCCATGGAGTTGGAATTCCGGCGTCGCGACTATGGAGCTACAC 60 Query 106 ATAAATCTCAATTTCTTCCTCGGTCACAAACTCAAAAGCATCCTCTTTCCTCTACACTTG 165 || ||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 ATGAATCTCAATTTCTTCCTCGGTCAGAAGCTCTAAAGCATCCTCTTTCCTCTACACTTG 120 Query 166 CTTCTCGTGACCAACAGGCTAAAACTGTCAGAGGTCGCGATCTTCACTTCTTTGATCCAT 225 |||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | Sbjct 121 CTTCCCGTCAACAACAGGCTAAAACTGTCAGAGGTAGCGATCTTGACTTCTTTGATCCGT 180 Query 226 TGAGGGGCTTGGATGTGAATGCTTCTGCTGAAGAGAATGTTGAAGATACTTGTATATCCA 285 || |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| Sbjct 181 TGCGGGGATTGGATGTGAATGCTTCTGCAGAAGAGAAGGTTGAAGATACTTCTATATCCA 240 Query 286 TTGAAGCTGTAACTCAGGATCTGATAAAGGAGTGGAAATCACTTAAAAGAATCTTAATGC 345 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 241 TTGAAGCTGTAACTCAGGATCTGATTAAGGAGTGGAAATCACTTAAAAGAGTCTTAATGC 300 Query 346 AGCGGTTTCCTGTCTCCAAACTTCTGCTTTGCTTTACTCAATCAGCAGTTGAGTCCCCTT 405 ||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||| |||||| Sbjct 301 AGCGGTTTCCTGTCTCCAAACTTATACTTTACTTTACTCAATCAACAGTTGAGGCCCCTT 360 Query 406 CTGCTCTTTCCCATCCGGAGGAAACTGGCAGCGAACAAACTTCTCTGGAAGAGCCGGCCA 465 |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CTGCTCTTTCCCATTCGGAGGAAACCGGTAGCGAACAAACTTCTCTGGAAGAGCCGGCCA 420 Query 466 AAATAATCAGCCAACATGAATATATAGCCAAAGTACATGAGCTAAGAGATGGAA-TAAAT 524 ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 421 AAATAATCAACCAACAGGAATACATAGCCAAAGTGCATGAGCTAAGAGATGGAATTAAAT 480 Query 525 AGCGCTTGGCAGGCTGAAGATCGAGTAACATCGTTGAAGTTATCAATAAAGGTCACAAAG 584 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 -GCGCTTGGCAGGCTGAAGATCGAGTAACATCGTTGAAGTTATCAATAAAGGTCACAAAA 539 Query 585 CTTCTGATGGATACAACAGTTTTGCGGTTTTATCCTACAGTCTTTGTCATTGTCACTGAC 644 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 CTTCTGATGGATACAACAGTTTTGCAGTTTTATCCTACAGTCTTTGTCATTGTCACTGAC 599 Query 645 ATGCTAGATATGCTTGGGGATATGGTGTGGGAGCGGATCAAACAGAAAGCAGAACTTGAT 704 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 ATGCTAGATATGCTTGGGGATATGGTGTGGGAACGGATCAAACAGAAAGCAGAACTTGAT 659 Query 705 ATAGATGGAACAGTGATCTGCGCCTTACCGATGATATCTGCCTTGAAGCAAGAGAGACTT 764 |||||||||||||||||| | | | || | || || | | |||||||| Sbjct 660 GTAGATGGAACAGTGATCT--G-C-T-CC--T--TA----CC-----G--A-AGAGACTT 698 Query 765 GCTATAACTGGTTTTGCAAAGTTGGTTCTGTTCGAGAACTTCTCCCTCGCATGTAAAGCC 824 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 699 GCTATAACTGGTTTTGCAAAGTTGGTTCTGTTCGAGAACTTCTCCCTCGCATGTAAAACC 758 Query 825 -CCATCAATTATTATTTTTCTTATTCTCCCTACCTTCCTCTGCCTTAGCATTGGCCTTTC 883 | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| Sbjct 759 TCTATCAATTATTA-TTTTCTTATTCTCCCTACCTTCCTCTGCCTTAGCTTTGGCTTTTC 817 Query 884 TTTGTATGCCCATAGTTATCTGGAGCTTGCGATCTTGCCTTGCTGGCGTTTCCTCATTAA 943 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 818 TTTGTATGCCCATAGTTATCTGGAGCTTGCGATCTTGCCTTGCTGGCGTTTCCTCATTAA 877 Query 944 TCAACCCATGGAAGTTCTGGATCGTTTAGTCATGATGGTGAGAGGTCTCGCAGATCCACT 1003 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 878 TCAACCCATGGAAGTTCTGGATCGTTTAGTCATGATGGTGAGAGGTCTCGCAGATCCACT 937 Query 1004 GACATCTTTGTATTGTCGTCTTTATATGGTGCATCGCATGCAGAAGTTTGGGTTCTGCAG 1063 | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| Sbjct 938 GGCATCTTTGTATTGTCGCCTTTATATGGTGCATCGCATGCAGAAGTTCGGCTTCTGCAA 997 Query 1064 TTCAGGATATTTAATCAAATGCATCAAGGATATTGAAGATGTATTGGCGCCTGTTTTAGT 1123 ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| Sbjct 998 TTCTGGATATTTAATAAAATGCATCAAGGATATTGAAGATGTATTAACACCTGTTTTAGT 1057 Query 1124 GGACAAGGAGGGGTATTCCTATATTACAGACGACAAAAAGTTACTTTTTAGTTTGGTGGA 1183 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| Sbjct 1058 GGACAAGGAGGGGTATTCCTATATTACAGACGACAAAAAGTTGCTTTTTAGTTTGATGGA 1117 Query 1184 ACCAGCCATCGAGTATATAATGAAATGCTTATTTCTGACTGGACGTCAGGAGAACAATGT 1243 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1118 ACCAGCCATCGAGTATATAGTGAAATGCTTATTTCTAACTGGACGTCAGGAGAACAATGT 1177 Query 1244 CTTGGGCATACTTGAGGAGCTTGGATTTGGACGGAACAAATTTCAGTCATCTTACAACTC 1303 |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1178 CTTGAGCATGCTTGAGGAGCTTGGATTTGGAAGGAACAAATTTCAGTCATCTTGCAACTC 1237 Query 1304 TTCGCATGTGTCCATTTTACTTCATTATTTACTCAAGGAACTTCCGTCTGAATTAGTTAG 1363 ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1238 TTCGCATGTGTCCATTTTACTTCATCATCTACTCAAGGAACTTCCATCTGAATTAGTTAT 1297 Query 1364 TTCACTAGCAATGGAGATCTTGGATATGATTAGATGCAGCAATGATTGTTCCTTTAGTCA 1423 ||||||| | | ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1298 TTCACTAACTACGGAGATCCTGGATATGATTAAATGCAGCAATGATTGTTCCTTTAGTCA 1357 Query 1424 GGTTTTGAATTATAGGTTACTTGG-AAATAGATTGTCTGAAGGGAAATCTCAAGAAGGTT 1482 ||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1358 GGTTTTGAATTATAGGTTA-TTGGGAAATAAACTGTCTGAAGGGAAATCTCAAGAAGGTT 1416 Query 1483 TTCTCAGTTCACTCATTGATGAAGTTATTCAGGCTGCTTCTCAGTATCAGTCACTTTATG 1542 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| Sbjct 1417 TTCTCAGTTCACTCATTGATGAAGTTATTCAGGCCGCTTCCCAGTATCAGTCACTGTATG 1476 Query 1543 ACTACTTAAGAATTATGGACGCATATGTGGATCTTATGTTGCAGAACAAGATGGAAAATC 1602 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1477 ACTACTTAAGAATTATGGACGCATATGTGGATCTTATGTTGCAGAACAAGATGGAAAATC 1536 Query 1603 ATCTGGATGCTCTCTTGGATGATATTGTAAGCCTAGCTCGCGACAAGTTTCTTTCTGAAG 1662 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1537 ATCTGGATGCTCTCTTGGATGATATTGTAAATCTAGCTCGCGAAAAGTTTCTTTCTGAAG 1596 Query 1663 AAGAACAAGCAAGTTTGCAATCCATAATTTTGAAGCTGCTCTCTCATTTCGAGAACTTGC 1722 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1597 AAGAACAAGCAAGTTTGCAATCCATAATTTTGAAGCTGCTCGCTCATTTCGAGAACTTGC 1656 Query 1723 AAGAAGTACTTCCTCTGAATCATTTCATCGAGATTCTGGATCTTATGTCTGGGACTTCAA 1782 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1657 AAGAAGTACTTCCTCTGAATCATTTCATCGAGATTCTGGATCTTATGTCTGGGACTTCAA 1716 Query 1783 AGAGCAGTGTAAACATGCATCTTCTTAACATGGGTACAAGGAATGGCTGCATTTGTGATT 1842 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1717 AGAGCAGTGTAAACATGCATCTTCTTAACATGGGTACAAGGAATGGCTGCATTTGTGATT 1776 Query 1843 CAACAACAGTGCAATTGCTTTTTGAAGTTTCTCAGGCTCTTTATGATGCTACAGATTTCG 1902 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1777 CAACAACAGTGCAATTTCTTTTTGAAGTTTCTCAGGCTCTTTATGATGCTACAGATTTCG 1836 Query 1903 TTAACATAAAGGATGATGACAATAGACAGACATCACATTTAATTTCTCGTTTTGTTGAGA 1962 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1837 TTCACATAAAGGATGATGACAATAGACAGACATCACATTTAATTTCTCGTTTTGTGGAGA 1896 Query 1963 TGGTTGACTATGGGGCAGAAATGGAACGCCATTT-ATTGTTTTTGGCGGAGTGTCGTGAG 2021 |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| Sbjct 1897 TGGTTGACTATGGGGCAGAAATGGAACGCCATTTGAT-GTTTTTGGCAGAGTGTCGTGAG 1955 Query 2022 GCCTTTAATGGGATACATGAACTTAAGGAGACACTTGTTCGTTCAAGCAACACCTTGGCA 2081 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| Sbjct 1956 GCCTTTAATGGGATACATGAACTTAAGGAGACACTTGTCCGTTCAAGCAACACCTTAGCA 2015 Query 2082 GTAAAAGCACTGAAAGCAGGAAAGAAGCATATCAACTTTGTTAAATCTTGCCTAGCATTT 2141 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2016 GTAAAAGCACTGAAAGCAGGAAAGAAGCATACCAACTTTGTAAAATCTTGCCTAGCATTT 2075 Query 2142 AGCGAAGTGACCATCCCATCTATTTCATCTCCCACGAAACACTTAAATCTTTATCTTGAA 2201 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2076 AGCGAAGTGACCGTCCCATCTATTTCATCTCCCACGAAACACTTAAATCTTTATCTTGAA 2135 Query 2202 ACTGCTGAGGTTGCACTTTTAGGTGGTTTGATTTCTCATTCAGATGAACTGGTCATGTCA 2261 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| Sbjct 2136 ACTGCTGAGGTTGCTCTTTTAGGTGGTTTGATTTCTCATTCAGACGGACTGGTCATGTCA 2195 Query 2262 GCTGTTGAGTATCTAGAGAATGTAGTGCTGACAGATGGTTTAAAATCAATTGATATAGAT 2321 ||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2196 GCTGTTGAGTATCTAGAGAATGTAGCGGTAACAGATGGTTTAAAATCAATTGACGTAGAT 2255 Query 2322 AGTATGGCCTCGGTTATATGCAAATTGTGCAGCCTCTTGGTAATGATCCCAGGTAATCCC 2381 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| Sbjct 2256 AGTATGGCCTCGGTTGTATGCAAATTGTGCAGCCTCTTGGTAATGGTCCCAGGTCATCCC 2315 Query 2382 GAGAAAGGCGTGATGGAGATCCTTAAAAGTATCTTCTCTGCTACTCGCTCTAGTTCATGG 2441 |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| Sbjct 2316 GAGAAAGGAGTGATGGAGATCCTTAAAAGTATTTTCTCTGCTACTTGTTCTAGTTCATGG 2375 Query 2442 GCAACACTGAGAGTAAAGGTGAAGATTTTCTGTGCTATAATGTCACTGTTGTCGACACTT 2501 ||||| | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2376 GCAACGCCGAGATTAAAGGTGAAGATATTCTGTGCTATAATGTCACTGTTGTCAACACTT 2435 Query 2502 TCTCAGGACAATCTGCCTTACCATTCTGCCAATCCAGAGATAATTGGAAATGAATTGCTG 2561 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || Sbjct 2436 TCTCAGGACAATCTGCCTTACCATTCTGCCAATCCAGAGATAATTGGAAATGATTTGTTG 2495 Query 2562 TTCTTTGGTGATTCATCATACAAGCAGGAACTTGTCTCGTGTACTCAGTTAGTTCTAAGT 2621 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||| Sbjct 2496 TTCTTTGGTGATTCATCATACAAGCAGAAACTTGTCTCGTGTAGTCAGTTCGTTCTAAGT 2555 Query 2622 GAACTATTAGATGCTATTGAGCAAGAGTCTTCACAGATTTCTCGGGGGAACATGGCGCTT 2681 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| Sbjct 2556 GAGCTATTAGATGCTATTGAGCAAGAGTCTTCACAGATTGCTCGGGGGAATATGGCCCTT 2615 Query 2682 GAAGCTTGCAATTGCATATCATCAGCACTAGT 2713 |||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2616 GAAGCTTGCAATTGCATATCATTAGCACTAGT 2647 Score = 196 bits (106), Expect = 6e-49 Identities = 122/130 (94%), Gaps = 0/130 (0%) Strand=Plus/Plus Query 2714 GATGAATGAGAAAGTCAAAGAACTTTGCTTGAGACTGCTGGAAACAGCAAAAGGTTGTTT 2773 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2741 GATGAATGAGAAAGTCACAGAACTTTGCTTGAGACTGCTGGAAACAGCAAAAGATTGTTT 2800 Query 2774 GGGTGCCAATGACAGGTACATCGAATCGACTAAGAAATCACTCCAGCTAAGATACACCGA 2833 ||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| Sbjct 2801 GGGTGCCAACGACAGGTACACCGAGTCGACTAAGAAATCACTCCAACTATGATACACCGA 2860 Query 2834 GTGAATGTTA 2843 || ||||||| Sbjct 2861 GTCAATGTTA 2870 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 110537890990 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5