BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G50730.1
Length=2928
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg923526 jgi|Araly1|923526|scaffold_104807.1 4120 0.0
> Ahg923526 jgi|Araly1|923526|scaffold_104807.1
Length=2872
Score = 4120 bits (2231), Expect = 0.0
Identities = 2530/2672 (95%), Gaps = 29/2672 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 46 ACAACGAGAATCACAAAGCCATGGAGTTGGAATTCCGGCGTCGCGACTATGGAGCTACAC 105
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ACAACGAGAAGCACAAAGCCATGGAGTTGGAATTCCGGCGTCGCGACTATGGAGCTACAC 60
Query 106 ATAAATCTCAATTTCTTCCTCGGTCACAAACTCAAAAGCATCCTCTTTCCTCTACACTTG 165
|| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATGAATCTCAATTTCTTCCTCGGTCAGAAGCTCTAAAGCATCCTCTTTCCTCTACACTTG 120
Query 166 CTTCTCGTGACCAACAGGCTAAAACTGTCAGAGGTCGCGATCTTCACTTCTTTGATCCAT 225
|||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 121 CTTCCCGTCAACAACAGGCTAAAACTGTCAGAGGTAGCGATCTTGACTTCTTTGATCCGT 180
Query 226 TGAGGGGCTTGGATGTGAATGCTTCTGCTGAAGAGAATGTTGAAGATACTTGTATATCCA 285
|| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 181 TGCGGGGATTGGATGTGAATGCTTCTGCAGAAGAGAAGGTTGAAGATACTTCTATATCCA 240
Query 286 TTGAAGCTGTAACTCAGGATCTGATAAAGGAGTGGAAATCACTTAAAAGAATCTTAATGC 345
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 241 TTGAAGCTGTAACTCAGGATCTGATTAAGGAGTGGAAATCACTTAAAAGAGTCTTAATGC 300
Query 346 AGCGGTTTCCTGTCTCCAAACTTCTGCTTTGCTTTACTCAATCAGCAGTTGAGTCCCCTT 405
||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 301 AGCGGTTTCCTGTCTCCAAACTTATACTTTACTTTACTCAATCAACAGTTGAGGCCCCTT 360
Query 406 CTGCTCTTTCCCATCCGGAGGAAACTGGCAGCGAACAAACTTCTCTGGAAGAGCCGGCCA 465
|||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTGCTCTTTCCCATTCGGAGGAAACCGGTAGCGAACAAACTTCTCTGGAAGAGCCGGCCA 420
Query 466 AAATAATCAGCCAACATGAATATATAGCCAAAGTACATGAGCTAAGAGATGGAA-TAAAT 524
||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 421 AAATAATCAACCAACAGGAATACATAGCCAAAGTGCATGAGCTAAGAGATGGAATTAAAT 480
Query 525 AGCGCTTGGCAGGCTGAAGATCGAGTAACATCGTTGAAGTTATCAATAAAGGTCACAAAG 584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 -GCGCTTGGCAGGCTGAAGATCGAGTAACATCGTTGAAGTTATCAATAAAGGTCACAAAA 539
Query 585 CTTCTGATGGATACAACAGTTTTGCGGTTTTATCCTACAGTCTTTGTCATTGTCACTGAC 644
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CTTCTGATGGATACAACAGTTTTGCAGTTTTATCCTACAGTCTTTGTCATTGTCACTGAC 599
Query 645 ATGCTAGATATGCTTGGGGATATGGTGTGGGAGCGGATCAAACAGAAAGCAGAACTTGAT 704
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 ATGCTAGATATGCTTGGGGATATGGTGTGGGAACGGATCAAACAGAAAGCAGAACTTGAT 659
Query 705 ATAGATGGAACAGTGATCTGCGCCTTACCGATGATATCTGCCTTGAAGCAAGAGAGACTT 764
|||||||||||||||||| | | | || | || || | | ||||||||
Sbjct 660 GTAGATGGAACAGTGATCT--G-C-T-CC--T--TA----CC-----G--A-AGAGACTT 698
Query 765 GCTATAACTGGTTTTGCAAAGTTGGTTCTGTTCGAGAACTTCTCCCTCGCATGTAAAGCC 824
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 699 GCTATAACTGGTTTTGCAAAGTTGGTTCTGTTCGAGAACTTCTCCCTCGCATGTAAAACC 758
Query 825 -CCATCAATTATTATTTTTCTTATTCTCCCTACCTTCCTCTGCCTTAGCATTGGCCTTTC 883
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 759 TCTATCAATTATTA-TTTTCTTATTCTCCCTACCTTCCTCTGCCTTAGCTTTGGCTTTTC 817
Query 884 TTTGTATGCCCATAGTTATCTGGAGCTTGCGATCTTGCCTTGCTGGCGTTTCCTCATTAA 943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 818 TTTGTATGCCCATAGTTATCTGGAGCTTGCGATCTTGCCTTGCTGGCGTTTCCTCATTAA 877
Query 944 TCAACCCATGGAAGTTCTGGATCGTTTAGTCATGATGGTGAGAGGTCTCGCAGATCCACT 1003
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 878 TCAACCCATGGAAGTTCTGGATCGTTTAGTCATGATGGTGAGAGGTCTCGCAGATCCACT 937
Query 1004 GACATCTTTGTATTGTCGTCTTTATATGGTGCATCGCATGCAGAAGTTTGGGTTCTGCAG 1063
| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 938 GGCATCTTTGTATTGTCGCCTTTATATGGTGCATCGCATGCAGAAGTTCGGCTTCTGCAA 997
Query 1064 TTCAGGATATTTAATCAAATGCATCAAGGATATTGAAGATGTATTGGCGCCTGTTTTAGT 1123
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 998 TTCTGGATATTTAATAAAATGCATCAAGGATATTGAAGATGTATTAACACCTGTTTTAGT 1057
Query 1124 GGACAAGGAGGGGTATTCCTATATTACAGACGACAAAAAGTTACTTTTTAGTTTGGTGGA 1183
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1058 GGACAAGGAGGGGTATTCCTATATTACAGACGACAAAAAGTTGCTTTTTAGTTTGATGGA 1117
Query 1184 ACCAGCCATCGAGTATATAATGAAATGCTTATTTCTGACTGGACGTCAGGAGAACAATGT 1243
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1118 ACCAGCCATCGAGTATATAGTGAAATGCTTATTTCTAACTGGACGTCAGGAGAACAATGT 1177
Query 1244 CTTGGGCATACTTGAGGAGCTTGGATTTGGACGGAACAAATTTCAGTCATCTTACAACTC 1303
|||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1178 CTTGAGCATGCTTGAGGAGCTTGGATTTGGAAGGAACAAATTTCAGTCATCTTGCAACTC 1237
Query 1304 TTCGCATGTGTCCATTTTACTTCATTATTTACTCAAGGAACTTCCGTCTGAATTAGTTAG 1363
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1238 TTCGCATGTGTCCATTTTACTTCATCATCTACTCAAGGAACTTCCATCTGAATTAGTTAT 1297
Query 1364 TTCACTAGCAATGGAGATCTTGGATATGATTAGATGCAGCAATGATTGTTCCTTTAGTCA 1423
||||||| | | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1298 TTCACTAACTACGGAGATCCTGGATATGATTAAATGCAGCAATGATTGTTCCTTTAGTCA 1357
Query 1424 GGTTTTGAATTATAGGTTACTTGG-AAATAGATTGTCTGAAGGGAAATCTCAAGAAGGTT 1482
||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1358 GGTTTTGAATTATAGGTTA-TTGGGAAATAAACTGTCTGAAGGGAAATCTCAAGAAGGTT 1416
Query 1483 TTCTCAGTTCACTCATTGATGAAGTTATTCAGGCTGCTTCTCAGTATCAGTCACTTTATG 1542
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1417 TTCTCAGTTCACTCATTGATGAAGTTATTCAGGCCGCTTCCCAGTATCAGTCACTGTATG 1476
Query 1543 ACTACTTAAGAATTATGGACGCATATGTGGATCTTATGTTGCAGAACAAGATGGAAAATC 1602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1477 ACTACTTAAGAATTATGGACGCATATGTGGATCTTATGTTGCAGAACAAGATGGAAAATC 1536
Query 1603 ATCTGGATGCTCTCTTGGATGATATTGTAAGCCTAGCTCGCGACAAGTTTCTTTCTGAAG 1662
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1537 ATCTGGATGCTCTCTTGGATGATATTGTAAATCTAGCTCGCGAAAAGTTTCTTTCTGAAG 1596
Query 1663 AAGAACAAGCAAGTTTGCAATCCATAATTTTGAAGCTGCTCTCTCATTTCGAGAACTTGC 1722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1597 AAGAACAAGCAAGTTTGCAATCCATAATTTTGAAGCTGCTCGCTCATTTCGAGAACTTGC 1656
Query 1723 AAGAAGTACTTCCTCTGAATCATTTCATCGAGATTCTGGATCTTATGTCTGGGACTTCAA 1782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1657 AAGAAGTACTTCCTCTGAATCATTTCATCGAGATTCTGGATCTTATGTCTGGGACTTCAA 1716
Query 1783 AGAGCAGTGTAAACATGCATCTTCTTAACATGGGTACAAGGAATGGCTGCATTTGTGATT 1842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1717 AGAGCAGTGTAAACATGCATCTTCTTAACATGGGTACAAGGAATGGCTGCATTTGTGATT 1776
Query 1843 CAACAACAGTGCAATTGCTTTTTGAAGTTTCTCAGGCTCTTTATGATGCTACAGATTTCG 1902
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 CAACAACAGTGCAATTTCTTTTTGAAGTTTCTCAGGCTCTTTATGATGCTACAGATTTCG 1836
Query 1903 TTAACATAAAGGATGATGACAATAGACAGACATCACATTTAATTTCTCGTTTTGTTGAGA 1962
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1837 TTCACATAAAGGATGATGACAATAGACAGACATCACATTTAATTTCTCGTTTTGTGGAGA 1896
Query 1963 TGGTTGACTATGGGGCAGAAATGGAACGCCATTT-ATTGTTTTTGGCGGAGTGTCGTGAG 2021
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1897 TGGTTGACTATGGGGCAGAAATGGAACGCCATTTGAT-GTTTTTGGCAGAGTGTCGTGAG 1955
Query 2022 GCCTTTAATGGGATACATGAACTTAAGGAGACACTTGTTCGTTCAAGCAACACCTTGGCA 2081
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1956 GCCTTTAATGGGATACATGAACTTAAGGAGACACTTGTCCGTTCAAGCAACACCTTAGCA 2015
Query 2082 GTAAAAGCACTGAAAGCAGGAAAGAAGCATATCAACTTTGTTAAATCTTGCCTAGCATTT 2141
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2016 GTAAAAGCACTGAAAGCAGGAAAGAAGCATACCAACTTTGTAAAATCTTGCCTAGCATTT 2075
Query 2142 AGCGAAGTGACCATCCCATCTATTTCATCTCCCACGAAACACTTAAATCTTTATCTTGAA 2201
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2076 AGCGAAGTGACCGTCCCATCTATTTCATCTCCCACGAAACACTTAAATCTTTATCTTGAA 2135
Query 2202 ACTGCTGAGGTTGCACTTTTAGGTGGTTTGATTTCTCATTCAGATGAACTGGTCATGTCA 2261
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 2136 ACTGCTGAGGTTGCTCTTTTAGGTGGTTTGATTTCTCATTCAGACGGACTGGTCATGTCA 2195
Query 2262 GCTGTTGAGTATCTAGAGAATGTAGTGCTGACAGATGGTTTAAAATCAATTGATATAGAT 2321
||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2196 GCTGTTGAGTATCTAGAGAATGTAGCGGTAACAGATGGTTTAAAATCAATTGACGTAGAT 2255
Query 2322 AGTATGGCCTCGGTTATATGCAAATTGTGCAGCCTCTTGGTAATGATCCCAGGTAATCCC 2381
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 2256 AGTATGGCCTCGGTTGTATGCAAATTGTGCAGCCTCTTGGTAATGGTCCCAGGTCATCCC 2315
Query 2382 GAGAAAGGCGTGATGGAGATCCTTAAAAGTATCTTCTCTGCTACTCGCTCTAGTTCATGG 2441
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 2316 GAGAAAGGAGTGATGGAGATCCTTAAAAGTATTTTCTCTGCTACTTGTTCTAGTTCATGG 2375
Query 2442 GCAACACTGAGAGTAAAGGTGAAGATTTTCTGTGCTATAATGTCACTGTTGTCGACACTT 2501
||||| | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2376 GCAACGCCGAGATTAAAGGTGAAGATATTCTGTGCTATAATGTCACTGTTGTCAACACTT 2435
Query 2502 TCTCAGGACAATCTGCCTTACCATTCTGCCAATCCAGAGATAATTGGAAATGAATTGCTG 2561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2436 TCTCAGGACAATCTGCCTTACCATTCTGCCAATCCAGAGATAATTGGAAATGATTTGTTG 2495
Query 2562 TTCTTTGGTGATTCATCATACAAGCAGGAACTTGTCTCGTGTACTCAGTTAGTTCTAAGT 2621
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 2496 TTCTTTGGTGATTCATCATACAAGCAGAAACTTGTCTCGTGTAGTCAGTTCGTTCTAAGT 2555
Query 2622 GAACTATTAGATGCTATTGAGCAAGAGTCTTCACAGATTTCTCGGGGGAACATGGCGCTT 2681
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||
Sbjct 2556 GAGCTATTAGATGCTATTGAGCAAGAGTCTTCACAGATTGCTCGGGGGAATATGGCCCTT 2615
Query 2682 GAAGCTTGCAATTGCATATCATCAGCACTAGT 2713
|||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2616 GAAGCTTGCAATTGCATATCATTAGCACTAGT 2647
Score = 196 bits (106), Expect = 6e-49
Identities = 122/130 (94%), Gaps = 0/130 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2714 GATGAATGAGAAAGTCAAAGAACTTTGCTTGAGACTGCTGGAAACAGCAAAAGGTTGTTT 2773
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2741 GATGAATGAGAAAGTCACAGAACTTTGCTTGAGACTGCTGGAAACAGCAAAAGATTGTTT 2800
Query 2774 GGGTGCCAATGACAGGTACATCGAATCGACTAAGAAATCACTCCAGCTAAGATACACCGA 2833
||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 2801 GGGTGCCAACGACAGGTACACCGAGTCGACTAAGAAATCACTCCAACTATGATACACCGA 2860
Query 2834 GTGAATGTTA 2843
|| |||||||
Sbjct 2861 GTCAATGTTA 2870
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 110537890990
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5