BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G51610.1
Length=2045
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg923649 jgi|Araly1|923649|scaffold_104930.1 2167 0.0
> Ahg923649 jgi|Araly1|923649|scaffold_104930.1
Length=1396
Score = 2167 bits (1173), Expect = 0.0
Identities = 1340/1417 (95%), Gaps = 25/1417 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 355 CATGCTCTTAAGACTCTGAAATGCAATCATCGCATCGAATTTTGTCTCGCCTCCTTCATT 414
|||||||| |||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CATGCTCTGAAGACTCTGAAATGCAATCAACACATCGGGTTTTGTCTCGCCTCCTTCATT 60
Query 415 CTCCTA-GAAAAGGTTACATCAGAGCAAGTGTCGGTGGCTCTGTTCACTTTTTGGCGCTA 473
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTCC-AGGAAAAGGTTACATCAGAGCAAGTGTCGGTGGCTCAGTTCACTTTTTGGCGCTA 119
Query 474 TTCGACGAGAAAGACAATGGATTTGTAGATACTACTCATCGGAGTTTTAGTTCTCTTATC 533
||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TTCGACGAGAATGACAATGGATTTGTAG--A-TACTCATCGGAGTTTTAGTTCTCTTATC 176
Query 534 CGTTCCAGTTCTCACGTAAGAGGGCTTATCTCCACCAATTGTTTAAATAAAGGTCTTGGT 593
| ||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 177 CATTCCAATTCTCACTTAAGAAGGTTTATCTCCACCAATTGTTCAAACAAAGGTCTTGGT 236
Query 594 GTGCGATGTTCTGTTTCGCTTGATAGGGAAACACCTTTAATTGATACCTACTCCTCTCAC 653
|| ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 GTTCGATGTTCTGTTT--C-------GGAAACACCCTTAATTGATACCTACTCCTCTCAC 287
Query 654 CGGAATTTCTTCACTCGGGCGAAACAAGTGAAGAGAATTGAGATCAATGATCAACACAGT 713
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 288 CGGAATTTCTTCACTCGAGCGAAACAAGTGAAGAGAATTGAGATTAATGATCAACACAGT 347
Query 714 CAAAGAGCTGTCACTACTGCACTATGGTGCAACTTCCTCGTGTTTTCACTCAAGTTTGGG 773
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 348 CAAAGAGCTGTCACCACTGCACTATGGTGCAACTTCCTCGTATTTTCACTTAAGTTTGGG 407
Query 774 GTTTGGTGGACAAGTTCTAGCCATGTCATAATGGCTGAAGTAGTTCACTCCGTAGCTGAT 833
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 408 GTTTGGTGGACAAGTTCTAGCCATGTCATAATGGCTGAAGTAGTTCACTCCGTCGCTGAT 467
Query 834 TTTGCTAACCAGGCACTTCTTGCTTATGGGCTCAGTAGCTCAAGGCGTGCCCCAGATGCT 893
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 468 TTTGCTAACCAGGCACTTCTTGCTTATGGGCTTAGTAGCTCAAGGCGTGCACCAGATGCC 527
Query 894 CTTCATCCCTATGGCTACTCAAAAGAAAGATTTGTATGGTCTTTGATATCTGCTGTTGGC 953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 528 CTTCATCCCTATGGCTACTCAAAAGAAAGATTTGTATGGTCCTTGATATCTGCTGTTGGC 587
Query 954 ATCTTTTGCCTTGGGTCTGGTGCTACCATAGTTAATGGAGTACAGAACTTGTGGACTTCT 1013
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 588 ATCTTTTGCCTTGGGTCTGGTGCTACCATAGTCAATGGAGTTCAGAACTTGTGGACTTCT 647
Query 1014 TCGCCACCTCCGAATATGGAATTA-GCTGCTGTGGTAATTGGTGGTTCTTTTCTAATTGA 1072
||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 648 TCGCCACCTCCGAATATGGAA-TATGCTGCTTTGGTAATTGGTGGTTCTTTTATAATTGA 706
Query 1073 AGGCGCTTC-CTTACTCGTTGCAATTCAATCTGTCAAAAAAGGAGCTGCTCAAGAAGGCA 1131
||| || || ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 707 AGGTGCCTCGCTT-CTCGTTGCGATTCAATCTGTCAAAAAAGGAGCTGCTCAAGAAGGGA 765
Query 1132 TGACCATAAGAGATTATATATGGCGTGGTCATGATCCTACTTCTGTTGCTGTTATGACTG 1191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 TGACCATAAGAGATTATATATGGCGTGGTCATGATCCTACTTCTGTTGCTGTTATGACTG 825
Query 1192 AGGATGGCGCTGCAGTGGCAGGTTTGGCAATTGCTGCCGCATCTCTTGTCGCTGTTAGGA 1251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 826 AGGATGGCGCTGCAGTGGCAGGTTTGGCAATTGCTGCCGCATCTCTTGTTGCTGTTAGGA 885
Query 1252 TGACAGGAAATCCTATCTATGATCCTATAGGATCAATTGTAGTCGGAAATTTACTTGGAA 1311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 TGACAGGAAATCCTATCTATGATCCTATAGGATCAATTGTAGTCGGAAATTTACTTGGAA 945
Query 1312 TGGTTGCTATATTTCTAATTCAACGAAACCGACATGCCTTGATTGGAAGAGCAATGGATG 1371
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 TGGTCGCTATATTTCTCATTCAACGAAACCGACATGCCTTGATTGGAAGAGCAATGGATG 1005
Query 1372 ATCAAGACATGAGTAAAGTTCTTAAATTTTTGAGAAATGACTCGGTTGTAGATTCTTTAT 1431
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1006 ATCAAGACATGAGTAAAGTTCTTAAATTTTTGAGGAATGACACGGTTGTAGATGCTTTAT 1065
Query 1432 ATGACTGCAAAAGTGAAGTGATTGGTCCTGGATCCTTCAGATTTAAAGCTGAAATAGATT 1491
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1066 ATGACTGCAAAAGTGAAGTGATTGGTCCTGGATCCTTCAGATTTAAAGCTGAAATAGATT 1125
Query 1492 TCAACGGGCAGATGGTTGTCCAAAACTATTTGAAGAGAACTGGGCGTGAAGAGTGGGCAA 1551
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1126 TCAACGGGCAGATGGTTGTCCAAAACTATCTGAAGAGAACTGGGCGTGAAGAGTGGGCGA 1185
Query 1552 AAATGTTTCGCGAGGCTGCAAAGAACGGAGATGATTCTGCAATGCTCAATATTATGTCAA 1611
|| ||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1186 AACTGTTTCGGGAGGCCGCAAAGAAAGGGGATGATTCTGCAATGCTCAAGATTATGTCAA 1245
Query 1612 ACTACGGTGAGGAAGTTGTCACGGCTTTAGGAAGCGAAGTAGACCGGTTAGAGAAAGAGA 1671
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 ACTACGGTGAGGAAGTTGTCACGGCTTTAGGAAGTGAAGTAGACCGGTTAGAGAAAGAGA 1305
Query 1672 TCCAAGAGCTTGTCCCAGGAATCCAGCATGTTGACATTGAAGCACACAACCCCACACCCA 1731
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1306 TTCAAGAGCTTGTCCCAGGAATCCAGCATGTTGACATTGAAGCACACAACCCCACA---- 1361
Query 1732 CAGACCCATCTCTTTGATCT-AATAAAGAAACTCGCT 1767
||||||||||| |||||| || |||||||||||||
Sbjct 1362 --GACCCATCTCTATGATCTGAAAAAAGAAACTCGCT 1396
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76904204655
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5