BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G51720.1
Length=2469
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474290 jgi|Araly1|474290|fgenesh2_kg.1__4244__AT1G51720.1 3980 0.0
> Ahg474290 jgi|Araly1|474290|fgenesh2_kg.1__4244__AT1G51720.1
Length=2451
Score = 3980 bits (2155), Expect = 0.0
Identities = 2362/2459 (96%), Gaps = 26/2459 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 tctctttttgttggttttttattattttgCGTCTGCAATACCAATCGCTTTGGTCGATTT 75
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1 TCTCTTTTTGTTGGTTTCTTATTATTTTGCGTCTGCAAT---AATCGCTCTGGTCGATTT 57
Query 76 ATCTTTAT--CCCCGCTCAAAGCTCTCATCAGAATCTGCGAAGACACCA-AAATTATCAA 132
|||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||
Sbjct 58 ATCTTTATCCCCCCGCTCAAAGCTCCCATCAGAATCGGCGAAGACA-CATAAATTATCAA 116
Query 133 CAAGTTCGAGCCGAACAGACTTTATGTCTCTTTAGTCTTAAGCGACAATTGTCTTTGTGG 192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 117 CAAGTTCGAGCCGAACAGACTTTATGTCTCTTTAGTCTTTAGCGACAATTGTCTTTGTGG 176
Query 193 GTTTCTCTTTTTCGGCGACCCGTCGCTACAGGCAAAGTTGTCATTTCGAGCATCGTACCA 252
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||
Sbjct 177 GTTTCTCTTTTTCGGCGACCCGTCGCTACAGGCAAAGTCGTCATTTAGAGCACCGTACCA 236
Query 253 AGTGTAAG----ATACAGTTGCTGGTAGTCAGCAAAAGTGAAGCTAAGGGGGAGTTAAAA 308
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 237 AGTGTAAGATACATACAGTTGCTGGTAGTCAGCAAAAGAGAAGCTAAGGGGGAGTTAAAA 296
Query 309 CTGTGATGCTGAATGTTTGGACCAACAGGTGGGTTGGGGATGAATCCCTCAATGGATGAT 368
|||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 CTGTGATGCTGAATGTTTGGGCCAACAGGTGGGCTGGGGATGAATCCCTCAATGGATGAT 356
Query 369 ATGAACTTAATCCAGCAAGCACAAAGGCATCAGCTTGTTGTAAGTAATCTTGGGGAAGAG 428
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 ATGAACTTAATCCAGCAGGCACAAAGACATCAGCTTGTTGTAAGTAATCTTGGGGAAGAG 416
Query 429 ATTGATTTGGAAATTGGACCTGGAGAGGATGATGCTGCTTTTGCTAACAATTCATTGATT 488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 ATTGATTTGGAAATTGGACCTGGAGAGGATGATGCTGCTTTTGCTAACAATTCATTGATT 476
Query 489 GGCGGGCCTCCACGGGAGCCCTCCACTGGGGAACATGATGAAACAAAGCATATGGTTTTG 548
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 GGCGGGCCTCCACGGGAACCCTCCACTGGGGAACATGATGAAACAAAGCATATGGTTTTG 536
Query 549 GTATCTGACCTTCCCAGTGAGGATCAGGATATTTCAAAGGGTAC-ACCGGCGAAGAGAAA 607
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||
Sbjct 537 GTATCTGACCTGCCCAGTGAGGATCAGGATATGTCAAAAGGT-CAACCGGCGAAGAGAAA 595
Query 608 GAAAAAAGTTGTCAAACGGTGGAGAGAGGAATGGGCTGACACGTACAAGTGGGCTTATGT 667
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 596 GAAAAAAGTTGTTAAACGGTGGAGAGAGGAATGGGCTGACACGTACAAGTGGGCGTATGT 655
Query 668 TGATATGAAGGATGGTACAGCTAGGATATTCTGCTCTATTTGCAGAGAATATGGTAGAAA 727
|||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 656 TGATCTGAAGGATGGAACAGCTAGGATATTCTGCTCTATTTGCAGAGAGTATGGTAGAAA 715
Query 728 ACATCGAAGAAATCCTTACGGAAATGAAGGAAGTAGAAACATGCAGATGAGTGCTTTAGA 787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 716 ACATCGAAGAAATCCTTACGGAAATGAAGGAAGTAGAAACATGCAGATGAGTGCTCTAGA 775
Query 788 GGAACACAACAATAGTTTGCTACACAAAGAGGCTCTGCGTCTCCAAACGGCTTCCAAAGA 847
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 AGAACACAACAATAGTTTGCTACACAAAGAGGCTTTGCGTCTCCAAACGGCTTCCAAAGA 835
Query 848 TAAGATTGTTGTTGACAAGCCCATTTATGTGAAGACTGTCATGTCAAAGAGTGCTGGTTC 907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 836 TAAGATTGTTGTTGACAAGCCCATTTATGTGAAGACTCTTATGTCAAAGAGTGCTGGTTC 895
Query 908 AATTGTTGAGGGTGCCCTGAAACGAGATCCTAATGAAATTGAGTTTGTTCAATCTGTACA 967
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 896 AATTGTTGAGGGTGCCCTGAAACGAGATCCTAATGAGATTGAATTTGTTCAATCTGTTCA 955
Query 968 AGAATCTGTGCATGCTCTAGAGCGGGTGATTGCAAAAAATTCTCATTATGTCAATATCAT 1027
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 956 AGAATCAGTGCATGCTCTAGAGCGGGTAATTGCAAAAAATTCTCATTATGTAAATATCAT 1015
Query 1028 GGAGCGGCTACTAGAACCTGAACGTATGATAGTCTTTCGAGTTCCATGGATTGATGACCG 1087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 GGAGCGGCTACTAGAACCTGAACGTATGATAGTCTTTCGAGTTCCATGGATTGATGACCG 1075
Query 1088 TGGTGAAACACATGTAAACCGTGGCTTTAGAGTTCAGTTCAACCAAGCTCTGGGTCCATG 1147
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1076 TGGTGAAACACATGTAAACCGCGGCTTTAGAGTTCAGTTCAATCAAGCACTGGGTCCATG 1135
Query 1148 TAGGGGAGGTATCCGATTTCACCCATCCATGAACTTAAGCATTGCCAAATTTCTTGGCTT 1207
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 TAGGGGAGGTATCCGATTTCATCCATCCATGAACTTAAGCATTGCCAAATTTCTTGGCTT 1195
Query 1208 TCAGCAGACGTTGAAGAATGCTCTGTCACCATATAAACTGGGAGGGGCTTCTGGTGGAAG 1267
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 TCAGCAGACGTTGAAAAATGCTCTGTCACCATATAAACTGGGAGGGGCTTCTGGTGGAAG 1255
Query 1268 CGACTTTGATCCTAAAGGAAAAAGTGACAATGAGATTATGAGATTTTGCCAAAGTTTCAT 1327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 CGACTTTGATCCTAAAGGAAAAAGTGACAATGAGATTATGAGATTTTGCCAAAGTTTCAT 1315
Query 1328 GAATGAGATGTACAGATATATGGGTCCTGACAAAGATCTTCCGTCAGAGGAGGTTGGTGT 1387
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1316 GAATGAGATGTACAGATATATGGGTCCTGACAAAGATCTTCCTTCAGAGGAGGTTGGTGT 1375
Query 1388 TGGTACTCGGGAAATGGGATATCTTTTTGGACAATATAGACGACTTGCTGGTCAGTTTCA 1447
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 TGGAACTCGGGAAATGGGATATCTTTTTGGACAATACAGACGACTTGCTGGTCAGTTTCA 1435
Query 1448 GGGAAGTTTTACAGGACCGCGGATATATTGGGCTGCTTCTAGCCTCAGAACTGAAGCTAG 1507
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 GGGAAGTTTTACAGGACCGCGGATATATTGGGCTGCTTCTAGCCTCAGAACTGAAGCTAG 1495
Query 1508 TGGCTATGGCGTGGTGTACTTTGCACGACTTATACTTGCAGATATGAATAAGGAAATAAA 1567
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 TGGCTATGGCGTGGTGTACTTTGCACGACTTATGCTTGCAGATATGAATAAGGAAATAAA 1555
Query 1568 GGGACTAAGATGTGTCGTGAGTGGTTGCGGGAAGATTGCGATGCATGTTGTAGAGAAGCT 1627
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 GGGACTAAGATGTGTCGTGAGTGGTTGTGGGAAGATTGCGATGCATGTTGTAGAGAAGCT 1615
Query 1628 AATTGCTTGTGGAGCCCATCCGGTTACTGTTTCAGATTCAAAAGGATATTTGGTGGACGA 1687
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 AATTGCTTGTGGAGCCCATCCGGTTACAGTTTCAGATTCAAAAGGATATTTGGTGGACGA 1675
Query 1688 TGATGGATTTGATTATATGAAACTTGCATTCTTGAGAGATATAAAATCTCAACAGAGAAG 1747
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1676 TGACGGATTTGATTATATGAAACTTGCATTCTTGAGAGATATAAAATCCCAACAGAGAAG 1735
Query 1748 TCTGAGAGACTATTCCAAGACCTATGCAAGGGCGAAATACTTTGATGAATTAAAGCCTTG 1807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 1736 TCTGAGAGACTATTCCAAGACCTATGCAAGGGCGAAATACTTTGATGAAGTAAAGCCGTG 1795
Query 1808 GAATGAAAGGTGTGATGTGGCATTTCCTTGTGCTTCTCAGAATGAAGTTGATCAAGCGGA 1867
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1796 GAATGAAAGGTGTGACGTGGCATTTCCTTGTGCTTCTCAGAATGAGGTTGATCAAGCAGA 1855
Query 1868 TGCCATTAATCTGGTCAATGCAGGATGCCGTTTACTGGTAGAAGGTTCAAACATGCCGTG 1927
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 TGCCATTAATCTGGTCAATGCAGGCTGCCGCTTACTGGTAGAAGGTTCAAACATGCCGTG 1915
Query 1928 TACAGCTGAAGCAGTCGATGTTTTCAGAAAGGCGAATGTTCTGATTGCTCCTGCCATTGC 1987
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1916 TACAGCTGAAGCAGTCGATGTTTTCAGAAAGGCGAATGTTCTGATTGCTCCTGCTATTGC 1975
Query 1988 TGCTGGAGCTGGAGGAGTTGCTGCTGGTGAAATCGAAGTACTCCGTGAATCTAATTCAAT 2047
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1976 TGCTGGAGCTGGAGGAGTTGCTGCTGGTGAAATCGAAGTACTCCGTGAATCGAATTCAAT 2035
Query 2048 GCAATGGTCAGCAGAAGATTTTGAGTCTAGATTACAGGAAGCACTGAAGCAGACTTATGA 2107
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 GCAGTGGTCAGCAGAAGATTTTGAGTCTAGATTACAGGAAGCACTGAAGCAGACTTATGA 2095
Query 2108 AAAAGCTCTTAAAGCAGCAAATGATTTCGGTTATCAAAAAGAAAGTCCTGAGGCACTACT 2167
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2096 AAAAGCTCTTAAAGCAGCAAATGATTTCGGTTATCAGAAAGAAAGTCCTGAGGCACTTCT 2155
Query 2168 TCATGGAGCAACGATTGCAGCATTTTTGAACATAGCTCAAGCCATGACGGACCAAGGTTG 2227
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2156 TCATGGAGCAACGATTGCAGCATTTTTGAACATAGCTCAAGCTATGACAGACCAAGGTTG 2215
Query 2228 TGTCTAGC-AAAA--TGGCCCTGCATCTTAAGTACCGGCAGGAGTTCTGT---AAA-CGT 2280
|||||||| |||| |||||||||||| | |||||| ||||||||||||| ||| |||
Sbjct 2216 TGTCTAGCTAAAAAATGGCCCTGCATCATGAGTACCAGCAGGAGTTCTGTTTGAAAACGT 2275
Query 2281 AATGAAGTAACATTGGACTCTCTGTAACATATTAGATGGAAATCTATATCATTATTTAGA 2340
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||
Sbjct 2276 AATGAAGTAACAGTGGACTCTCTGTAACATATTAGACGCATATCTATATCATTATTTAGA 2335
Query 2341 AATTACATACTCTGATAGGAATAA-ACCTTTT-TCAGCCATAGTATGTTAACTTAAGTTA 2398
|||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2336 AATTACATACTCTGATAGGAATAATA--TTTTATCAGCCATAGTATGTTAACTTGAGTTA 2393
Query 2399 TGTGAC-TAACAAAGATGGAAGAAACTGATAACGCAGAGCTTAAACAAGGTTGCAAGGG 2456
|||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2394 TGTGACCTG-CAAAGATGGAAGATACTGATAACGCAGAGCTTAAACAAGGTTACAAGGG 2451
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93054468535
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5