BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G52150.2
Length=3433
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg314555 jgi|Araly1|314555|fgenesh1_pm.C_scaffold_1003335 4255 0.0
> Ahg314555 jgi|Araly1|314555|fgenesh1_pm.C_scaffold_1003335
Length=2514
Score = 4255 bits (2304), Expect = 0.0
Identities = 2444/2514 (97%), Gaps = 0/2514 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 718 ATGGCAATGTCTTGCAAGGATGGTAAGTTGGGATGTTTGGATAATGGGAAGTATGTGAGG 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCAATGTCTTGCAAGGATGGTAAGTTGGGATGTTTGGATAATGGCAAGTATGTGAGG 60
Query 778 TATACACCTGAACAAGTTGAAGCACTTGAGAGGCTTTATCATGACTGTCCTAAACCGAGT 837
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 TATACACCTGAACAAGTTGAAGCACTTGAGAGGGTTTATCATGAATGTCCTAAACCGAGT 120
Query 838 TCTATTCGCCGTCAGCAGTTGATCAGAGAGTGTCCTATTCTCTCTAACATTGAGCCTAAA 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCTATTCGCCGTCAGCAGTTGATCAGAGAGTGTCCTATTCTCTCTAACATTGAGCCTAAA 180
Query 898 CAGATCAAAGTGTGGTTTCAGAACCGAAGATGTAGAGAGAAACAAAGGAAAGAGGCTTCA 957
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CAGATCAAAGTGTGGTTTCAGAACCGAAGATGCAGAGAGAAACAAAGGAAAGAGGCTTCA 240
Query 958 CGGCTTCAAGCTGTGAATCGGAAGTTGACGGCAATGAACAAGCTCTTGATGGAGGAGAAT 1017
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 241 CGGCTTCAAGCTGTGAATAGGAAGTTGACGGCAATGAACAAACTCTTGATGGAGGAGAAT 300
Query 1018 GACAGGTTGCAGAAGCAAGTGTCACAGCTGGTCCATGAAAACAGCTACTTCCGTCAACAT 1077
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GATAGGTTGCAGAAGCAAGTGTCACAGCTGGTCCATGAAAACAGCTACTTCCGTCAACAT 360
Query 1078 ACTCCAAATCCTTCACTCCCAGCTAAAGACACAAGCTGTGAATCGGTGGTGACGAGTGGT 1137
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 361 ACTCCCAATCCTTCACTCCCAGCTAAAGACACAAGCTGTGAGTCGGTGGTGATGAGTGGT 420
Query 1138 CAGCACCAATTGGCATCTCAAAATCCTCAGAGAGATGCTAGTCCTGCAGGACTTTTGTCC 1197
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 421 CAGCACCAATTGGCATCTCAAAATCCTCAGAGAGATGCTAGTCCTGCAGGGCTTTTGTCC 480
Query 1198 ATTGCAGAAGAAACTTTAGCAGAGTTTCTTTCAAAGGCAACTGGAACCGCTGTTGAGTGG 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATTGCAGAAGAAACTTTAGCAGAGTTTCTTTCAAAGGCAACTGGAACCGCTGTTGAGTGG 540
Query 1258 GTTCAGATGCCTGGAATGAAGCCTGGTCCGGATTCCATTGGAATCATCGCTATTTCTCAT 1317
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 541 GTTCAGATGCCTGGAATGAAGCCTGGTCCGGATTCCATTGGAATCATCGCAATTTCTCAT 600
Query 1318 GGTTGCACTGGTGTGGCAGCACGCGCCTGTGGCCTAGTGGGTCTTGAGCCTACAAGGGTT 1377
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GGTTGCACTGGTGTGGCAGCACGCGCCTGTGGCCTAGTGGGTCTTGAGCCTACAAGGGTA 660
Query 1378 GCAGAGATTGTCAAGGATCGTCCTTCGTGGTTCCGCGAATGTCGAGCTGTTGAAGTTATG 1437
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 661 GCAGAGATCGTCAAGGATCGTCCTTCGTGGTTCCGCGAATGTCGAGCTGTTGATGTTATG 720
Query 1438 AACGTGTTGCCAACTGCCAATGGTGGAACCGTTGAGCTGCTTTATATGCAGCTCTATGCA 1497
|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AACGTGTTGCCAACAGCCAATGGTGGAACCATTGAGCTGCTTTATATGCAGCTCTATGCA 780
Query 1498 CCAACTACATTGGCCCCACCACGCGATTTCTGGCTGTTACGTTACACCTCTGTTTTAGAA 1557
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CCAACTACGTTGGCCCCACCCCGCGATTTCTGGCTGTTGCGTTACACCTCTGTTTTAGAA 840
Query 1558 GATGGCAGCCTTGTGGTGTGCGAGAGATCTCTTAAGAGCACTCAAAATGGTCCTAGTATG 1617
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 841 GATGGCAGCCTTGTGGTGTGTGAGAGATCTCTGAAGATCACCCAAAATGGTCCTAGTATG 900
Query 1618 CCACTGGTTCAGAATTTTGTGAGAGCAGAGATGCTTTCCAGTGGGTACTTGATACGGCCT 1677
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CCACTGGTTCAGAATTTTGTGAGAGCAGAGATGCTTCCCAGTGGGTACTTGATACGGCCT 960
Query 1678 TGTGATGGTGGTGGCTCAATCATACACATAGTGGATCATATGGATTTGGAGGCTTGTAGC 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TGTGATGGTGGTGGCTCAATCATACACATAGTGGATCATATGGATTTGGAGGCTTGTAGC 1020
Query 1738 GTGCCTGAGGTCTTGCGCCCGCTCTATGAGTCACCCAAAGTACTTGCACAGAAGACAACA 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1021 GTGCCTGAGGTCTTGCGCCCGCTCTATGAGTCACCAAAAGTACTTGCGCAGAAGACAACA 1080
Query 1798 ATGGCGGCACTGCGTCAGCTCAAGCAAATAGCTCAGGAGGTTACTCAGACTAATAGTAGT 1857
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ATGGCAGCACTGCGTCAACTCAAGCAAATAGCTCAAGAGGTTACTCAGACTAATAGTAGT 1140
Query 1858 GTTAATGGGTGGGGACGGCGTCCTGCTGCCTTAAGAGCTCTCAGCCAGAGGCTAAGCAGA 1917
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1141 GTTAATGGGTGGGGACGACGTCCTGCTGCCTTAAGAGCTCTCAGTCAGAGGCTAAGCAGA 1200
Query 1918 GGCTTCAATGAAGCTGTAAATGGTTTCACTGATGAAGGATGGTCAGTGATAGGAGATAGC 1977
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GGCTTCAATGAAGCTGTGAATGGTTTTACTGATGAAGGATGGTCAGTGATAGGAGATAGC 1260
Query 1978 ATGGATGATGTCACAATCACTGTAAACTCTTCTCCAGACAAGCTAATGGGTCTAAATCTT 2037
||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 ATGGACGATGTTACAATCACTGTGAACTCTTCTCCAGACAAGCTAATGGGTCTAAATCTT 1320
Query 2038 ACATTTGCCAATGGCTTTGCTCCTGTAAGCAATGTTGTTTTATGCGCAAAAGCATCAATG 2097
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 ACATTTTCCAATGGCTTTGCTCCTGTAAGCAATGTTGTTTTATGCGCAAAAGCATCAATG 1380
Query 2098 CTTTTACAGAATGTTCCTCCGGCGATCCTGCTTCGGTTTCTGAGGGAGCATAGGTCAGAA 2157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1381 CTTTTACAGAATGTTCCTCCGGCGATCCTGCTTCGGTTTCTGAGGGAGCATAGATCAGAA 1440
Query 2158 TGGGCTGACAACAACATTGATGCGTATCTAGCAGCAGCAGTTAAAGTAGGGCCTTGTAGT 2217
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1441 TGGGCTGACAACAACATTGATGCGTATTTAGCAGCAGCAGTTAAAGTGGGGCCTTGTAGT 1500
Query 2218 GCCCGAGTTGGAGGATTTGGAGGGCAGGTTATACTTCCACTTGCTCATACTATTGAGCAT 2277
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GCCCGAGTTGGAGGATTTGGAGGGCAAGTTATACTTCCACTCGCTCATACTATTGAGCAT 1560
Query 2278 GAAGAGTTTATGGAAGTCATCAAATTGGAAGGTCTTGGTCATTCCCCTGAAGATGCAATC 2337
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 GAAGAGTTCATGGAAGTCATCAAATTGGAAGGTCTTGGTCATTCCCCTGAAGATGCAATC 1620
Query 2338 GTTCCAAGAGATATCTTCCTTCTTCAACTTTGTAGCGGAATGGATGAAAATGCTGTAGGA 2397
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1621 GTTCCAAGAGACATCTTCCTTCTTCAACTTTGTAGCGGAATGGATGAAAATGCCGTAGGA 1680
Query 2398 ACCTGTGCGGAACTTATATTTGCTCCAATCGATGCTTCGTTTGCGGATGATGCACCTCTG 2457
|| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 ACATGTGCTGAACTTATATTTGCTCCAATCGACGCTTCTTTTGCGGATGATGCACCTCTG 1740
Query 2458 CTTCCTTCTGGTTTTCGTATTATCCCTCTTGATTCCGCAAAGCAGGAAGTATCTAGCCCA 2517
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1741 CTTCCTTCTGGTTTTCGTATTATCCCTCTTGATTCCGCGAAGCAGGAAGTATCTAGTCCA 1800
Query 2518 AACCGAACCTTGGATCTTGCTTCGGCACTGGAAATTGGTTCAGCTGGAACAAAAGCCTCA 2577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 AACCGAACCTTGGATCTTGCTTCGGCACTGGAAATTGGTTCAGCTGGAACAAAAGCCTCA 1860
Query 2578 ACTGATCAATCAGGAAACTCCACATGTGCAAGATCTGTGATGACAATAGCATTTGAGTTT 2637
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GCTGATCAATCAGGAAACTCCACATGTGCAAGATCTGTGATGACAATAGCATTTGAGTTT 1920
Query 2638 GGTATCGAGAGCCATATGCAAGAACATGTAGCATCCATGGCTAGGCAGTATGTTCGAGGT 2697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1921 GGTATCGAGAGCCATATGCAAGAACATGTAGCATCCATGGCTAGGCAGTATGTCCGAGGT 1980
Query 2698 ATCATATCATCGGTGCAGAGAGTAGCATTGGCTCTTTCTCCTTCTCATATCAGCTCACAA 2757
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1981 ATCATAGCATCAGTGCAGAGAGTAGCATTGGCTCTTTCTCCTTCTCATATCAGTTCACAA 2040
Query 2758 GTTGGTCTACGCACTCCTTTGGGTACTCCTGAAGCCCAAACACTTGCTCGTTGGATTTGC 2817
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2041 GTTGGTCTACGCACTCCTTTGGGTACTCCTGAAGCCCAAACACTTGCTCGTTGGATCTGC 2100
Query 2818 CAGAGTTACAGGGGCTACATGGGTGTTGAGCTACTTAAATCAAACAGTGACGGCAATGAA 2877
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2101 CAAAGTTACAGGGGCTACATGGGTGTTGAGCTACTTAAATCAAACAGCGATTGCAATGAA 2160
Query 2878 TCTATTCTTAAGAATCTTTGGCATCACACTGATGCTATAATCTGCTGCTCAATGAAGGCC 2937
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 AGTATTCTAAAGAATCTTTGGCATCACACTGATGCTATAATCTGCTGCTCAATGAAGGCC 2220
Query 2938 TTGCCCGTCTTCACATTTGCAAACCAGGCGGGACTTGACATGCTGGAGACTACATTAGTT 2997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2221 TTGCCCGTCTTCACATTTGCAAACCAGGCGGGACTTGACATGCTGGAGACTACGTTAGTT 2280
Query 2998 GCTCTTCAAGACATCTCTTTAGAGAAGATATTTGATGACAATGGAAGAAAGACTCTTTGC 3057
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2281 GCTCTTCAAGACATCTCTTTAGAGAAGATATTTGATGACAATGGAAGAAAAACTCTTTGC 2340
Query 3058 TCTGAGTTCCCACAGATCATGCAACAGGGCTTCGCGTGCCTTCAAGGCGGGATATGTCTC 3117
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 TCTGAGTTCCCACAGATCATGCAACAGGGTTTCGCCTGCCTTCAAGGCGGGATATGTCTC 2400
Query 3118 TCAAGCATGGGGAGACCAGTTTCGTATGAGAGAGCAGTTGCTTGGAAAGTACTCAATGAA 3177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2401 TCAAGCATGGGGAGACCAGTTTCGTATGAGAGAGCAGTTGCTTGGAAAGTACTGAATGAA 2460
Query 3178 GAAGAAAATGCTCATTGCATCTGCTTTGTGTTCATCAATTGGTCCTTTGTGTGA 3231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 GAAGAAAATGCTCATTGCATCTGCTTTGTGTTCATCAATTGGTCCTTTGTGTGA 2514
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 129624093638
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5