BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G52620.1
Length=2477
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg923786 jgi|Araly1|923786|scaffold_105067.1 3866 0.0
> Ahg923786 jgi|Araly1|923786|scaffold_105067.1
Length=2512
Score = 3866 bits (2093), Expect = 0.0
Identities = 2348/2473 (95%), Gaps = 10/2473 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 TCACCGTCGTCTGTAATGTCTAAAACCCTTCTCTCTCGCATCAAACCTCTCTCCAATCCT 62
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 6 TCACCGTCGTCTGTAATGTCTAAAACCCTTCTCTCTCGCATCAAACCTCTCACCAATCCT 65
Query 63 CATGCATCTAATTCCTTCCGATCTCATCTTCCGATTACTCCCCGTATCAAGAAACTAGTC 122
| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 66 CCTCCATCTAATTCCTTCCGATCTCATTTTCCGATCACTCCCCGTATCAAGAAACTAGTC 125
Query 123 AGCGACACTGTATCCATCCTCAAAACCCAACAAAACTGGTCTCAAATTCTCGACGATTGC 182
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 126 AGCGACACTGTTTCCATCCTCAAAACCCAACAAAACTGGTCTCAAATTCTCGACGATTGC 185
Query 183 TTCGCTGATGAAGAAGTCCGCTTTGTCGACATTTCACCTTTCGTATTCGATCGAATCCAG 242
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 186 TTCGCTGATGAAGAAGTACGCTTCGTCGACATTTCCCCTTTCGTATTCGATCGAATCCAG 245
Query 243 GATGTTGAAATCGGCGTTAAGCTTTTTGATTGGCTATCGAGTGAGAAGAAAGATGAGTTC 302
|| || ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 246 GACGTCGAAATTGGCGTTAAACTGTTTGATTGGCTTTCGAGTGAGAAGAAAGATGAGTTC 305
Query 303 TTTTCTAATGGGTTCGCTTGTTCTTCGTTTCTGAAGCTCTTAGCGAGGTATAGGATCTTC 362
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 306 TTTTCAAATGGGTTTGCTTGTTCTTCGTTTCTGAAGCTTTTAGCGAGGCATAGGATCTTC 365
Query 363 AATGAGATTGAAGATGTGTTGGGTAATCTCAGAAACGAAAATGTGAAGCTTACACATGAA 422
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 366 AATGAGATTGAAGATGTGCTGGGTAATCTCAGAAACGAAAATGTGAAGCTTACACATGAA 425
Query 423 GCATTGAGTCATGTTCTTCACGCTTATGCTGAATCTGGAAGTTTAAGTAAAGCAGTGGAG 482
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 426 GCGTTGAGTCATGTTCTTCACGCTTATGCTGAATCAGGGTTTTTAAGTAAAGCAGTGGAG 485
Query 483 ATTTATGATTATGTTGTTGAGTTATATGATTCTGTGCCTGATGTTATTGCTTGTAACTCG 542
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 486 ATTTATGATTATGTTGTTGAGTTATATAATTCTGTGCCTGATGTTATTGCTTGTAACTCG 545
Query 543 TTGTTGAGTTTATTGGTGAAAAGTAGGAGACTTGGAGATGCACGGAAGGTGTATGACGAA 602
|||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 546 TTGTTGAGTTTAGTAGTGAAAAGTAGGAGACTTGAAGATGCACGGAAGGTGTATGACGAA 605
Query 603 ATGTGTGATAGAGGT-GATAGTGTTGATAATTACAGTACTTGTATATTGGTCAAGGGTAT 661
|||||||| |||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 606 ATGTGTGAGAGAGGTGGCT-GTGTTGATAATTACAGTACTTGTATATTGGTCAAGGGTAT 664
Query 662 GTGTAATGAAGGAAAGGTAGAAGTAGGTAGAAAGCTGATTGAAGGTCGATGGGGTAAAGG 721
||||| |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 665 GTGTAGTGAAGGTAAGGTAGAAGAAGGTAGAAAGTTGATTGAAGATCGATGGGGTAAAGG 724
Query 722 TTGTATTCCGAATATTGTGTTCTACAACACAATCATTGGTGGATACTGCAAGCTGGGCGA 781
|||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 725 TTGTGTTCCGAATATTGTGTTTTACAACACAATTATTGGTGGATACTGCAAGCTGGGCGA 784
Query 782 TATCGAAAATGCGTATTTAGTTTTCAAGGAGTTGAAGTTGAAGGGATTTATGCCTACTTT 841
||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 785 TATCGAAAATGCGAAACTAGTTTTTAAGGAGTTGAAGTTGAAGGGATTTATGCCGACTTT 844
Query 842 GGAAACTTTTGGTACAATGATTAACGGGTTCTGCAAGGAAGGGGATTTTGTGGCGAGTGA 901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 845 GGAAACTTTTGGTACAATGATTAACGGGTTCTGCAAGAAAGGGGATTTCGTGGCGAGTGA 904
Query 902 TCGACTTTTG-AGTGAAGTGAAAGAAAGGGGTTTAAGGGTTAGTGTTTGGTTCCTTAATA 960
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 905 TCGACTTTTGAAG-GAAGTGAAAGAAAGGGGTTTAAGGGTTTGTGTTTGGTTCCTTAATA 963
Query 961 ATATCATTGATGCTAAGTATAGGCACGGTTATAAGGTTGATCCTGCTGAGAGTATAGGAT 1020
| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| || ||| |||
Sbjct 964 ACATCATTGATGCTAAGTATAGGCACGGTTTTAAGGTTGACCCAGCTGAAAGCATACGAT 1023
Query 1021 GGATAATAGCTAATGACTGCAAGCCTGATGTAGCAACATATAACATTTTGATTAATCGCT 1080
||||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1024 GGATAGTAGCTAATGATTGCAAGCCGGATATAGCAACATATAACATTTTGATTAATCGTT 1083
Query 1081 TGTGTAAAGAAGGGAAAAAGG-AGGTCGCTGTTGGGTTTTTGGATGAAGCATCAAAGAAA 1139
|||||| |||||||||||||| || | |||| |||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1084 TGTGTAGAGAAGGGAAAAAGGAAGAT-GCTGCTGGGCTTTTGGATGAAGCATCGAAGAAA 1142
Query 1140 GGGTTGATTCCAAACAATTTAAGCTATGCCCCTCTGATACAAGCCTATTGCAAAAGTAAA 1199
||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1143 GGGTTGATTCCGAGCAATTTAAGCTATGCCCCTCTAATACTAGCCTATTGCAAAAGTAAA 1202
Query 1200 GAGTATGATATTGCTTCTAAGTTGCTTCTACAGATGGCTGAAAGAGGATGCAAACCAGAT 1259
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 GAGTATGATATTGCATCTAAGTTGCTTCTACAGATGGCTGAAAGAGGATGCAAACCAGAT 1262
Query 1260 ATAGTTACGTATGGAATTCTTATCCATGGTCTTGTTGTTTCAGGCCATATGGATGATGCA 1319
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 ATAGTTACATATGGAATTCTTATCCATGGTCTTGTTGTTTCAGGCCATATGGATGATGCA 1322
Query 1320 GTTAATATGAAAGTTAAATTGATAGATAGAGGAGTTTCACCGGATGCCGCCATCTACAAT 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 GTTAATATGAAAGTTAAATTGATAGATAGAGGAGTTTCACCGGATGCCGCCATCTACAAT 1382
Query 1380 ATGTTGATGAGTGGATTGTGCAAGACCGGTAGGTTTTTACCTGCCAAACTCCTCTTCTCG 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383 ATGTTGATGAGTGGATTGTGCAAGACCGGTAGGTTTTTACCTGCCAAACTCCTCTTCTCG 1442
Query 1440 GAGATGCTTGACCGGAATATCTTACCAGATGCTTATGTTTATGCCACGCTCATAGATGGA 1499
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1443 GAGATGCTAGACCGGAATATCTTACCAGATGCTTATGTGTATGCCACGCTCATTGATGGA 1502
Query 1500 TTCATCAGAAGTGGTGATTTTGATGAGGCAAGGAAAGTTTTCAGTCTCTCAGTCGAAAAG 1559
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 1503 TTCATCAGAAGTGGTGATTTTGATGAGGCACGGAAAGTTTTCACTCTCTCAGTTGAAAAG 1562
Query 1560 GGTGTGAAGGTTGATGTCGTGCACCACAATGCTATGATAAAAGGGTTTTGCAGATCTGGA 1619
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1563 GGTGTCAAGGTTGATGTCGTGCACCACAATGCTATGATAAAGGGGTTTTGCAGATCTGGA 1622
Query 1620 ATGTTGGATGAGGCATTGGCGTGCATGAATAGGATGAATGAAGAACACCTTGTACCCGAT 1679
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1623 ATGTTGGATGAGGCATTGGCGTGCATGAACAGGATGAATGAAGAACACCTTGTACCCGAC 1682
Query 1680 AAGTTTACTTATTCCACAATTATTGACGGATATGTAAAGCAACAGGATATGGCTACTGCC 1739
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1683 AAGTTTACTTATTCCACAATCATCGACGGATATGTAAAACAACAGGATATGGCTACTGCC 1742
Query 1740 ATAAAGATTTTTCGATACATGGAGAAGAATAAATGTAAGCCAAACGTTGTAACATACACA 1799
|| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1743 ATTAAGATTTTTCGAGACATGGAGAAGAATAAATGTAAGCCAAACGTCGTAACATACACT 1802
Query 1800 TCACTTATCAATGGTTTTTGTTGCCAAGGAGACTTCAAAATGGCTGAAGAGACTTTCAAA 1859
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1803 TCACTTATCAATGGTTTTTGTTGCCAAGGGGACTTCAGTTTGGCTGAAGAGACTTTCAAA 1862
Query 1860 GAGATGCAATTGCGGGACCTTGTGCCTAACGTTGTCACCTACACAACACTTATTCGAAGT 1919
|||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1863 GAGATGCAATCGCGTGACCTTGTGCCTAACGTTGTCACCTACACAACACTTATACGGAGT 1922
Query 1920 CTTGCTAAAGAGAGTAGTACCCTTGAAAAAGCAGTTTACTATTGGGAGCTAATGATGACA 1979
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1923 TTTGCTAAAGAGAGTAGTACCCTTGAAAAAGCAGTTTACTATTGGGAGCTAATGATGACA 1982
Query 1980 AACAAATGTGTTCCTAATGAAGTTACCTTCAATTGTCTACTTCAGGGATTTGTGAAGAAA 2039
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1983 AACAAATGTGTTCCTAATGAAGTTACCTTCAATTGTTTACTTCAGGGATTTGTGAAAAAA 2042
Query 2040 ACATCTGGAAAAGTTCTTGCTGAACCGGATGGTTCTAATCATGGACAAAGTTCTCTGTTT 2099
|||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2043 ACATCTGGAAGATTTCTTGGTGAACCGGATGGTTTTAATCATGGACAAAGTTTTCTGTTT 2102
Query 2100 TCTGAGTTTTTCCATAGAATGAAATCAGATGGGTGGTCGGACCACGCTGCTGCTTACAAT 2159
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 TTTGAGTTTTTCCATAGAATGAAATCAGATGGGTGGTCGGACCACGCTGCTGCTTACAAT 2162
Query 2160 TCTGCCCTTGTTTGTCTCTGTGTACATGGAATGGTGAAGACCGCATGCATGTTTCAGGAT 2219
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163 TCTGTCCTTGTTTGTCTCTGTGTACATGGAATGGTGAAGACCGCATGCATGTTTCAGGAT 2222
Query 2220 AAGATGGTGAAGAAAGGCTTCTCTCCTGATCCTGTTTCATTTGCTGCTATTTTACATGGT 2279
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2223 AGGATGATGAAGAAAGGCTTCTCTCCTGATCCTGTTTCATTTGCTGCTATTTTACATGGT 2282
Query 2280 TTTTGTGTGGTTGGGAACTCAAAGCAATGGAGGAACATGGACTT-CTGCAATCTGGGTGA 2338
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||| |||
Sbjct 2283 TTTTGTGTGGTTGGGAACTCAAAGCAATGGAGAAACATGGACTTTC-GTAATCTGGATGA 2341
Query 2339 GAAGGGTCTTGAAGTAGCTGTTAGGTATTCGCAGGTTTTAGAGCAACACTTACCTCAACC 2398
||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2342 AAAGGGTCTTGAGGTAGCTGTTAGGTATTCGCGGGTTTTAGAGCAACACTTACCTAAAGC 2401
Query 2399 AGTGATATGCGAGGCTTCAACTATTTTGCATGCAATGGTTGAAAAAGCTGACACCAAAGA 2458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2402 AGTGATATGCGAGGCTTCAACTATTTTGCATGCAATGGTTGAAAAAGCTGACACCAAAGA 2461
Query 2459 ACCGGTAGAATCT 2471
||||| ||| |||
Sbjct 2462 ACCGG-AGA-TCT 2472
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93359190495
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5