BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G53390.1
Length=3708
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg923889 jgi|Araly1|923889|scaffold_105170.1 5299 0.0
> Ahg923889 jgi|Araly1|923889|scaffold_105170.1
Length=3408
Score = 5299 bits (2869), Expect = 0.0
Identities = 3168/3313 (96%), Gaps = 17/3313 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 191 TCAAGATGAGTGTGGACCGGCGAAATTGGCTTAAACATGGATGTAATCTCAGATTGGTTA 250
||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 99 TCACGATGAGTGTGAACCGGCGAAATTGGCACAAACATGGATGTAATCTCAGATTGGTGA 158
Query 251 TCTTAGTTCTGTGGTTGGTTTGTTATGTTAGTAATGGTCAAACTATTGGGGACACCAGTG 310
||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 159 TCTTAATTATGTGGTTGGTTTGTTATGTTGGTAATGGTCAAACTATTGCGGACACCAGTG 218
Query 311 ACTTCAACAATCCAGCTGTTCTTCCGCTCGTTACTCAGATGGTTTACCGCAGTCTTTCTA 370
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 219 AGTTCAACAATCCAGCTGTTCTTCCGCTCGTTACACAGATGGTTTACCGCAGTCTTTCTA 278
Query 371 ATAGCACTGCTGCTCTTAATCGCGAGCTCGGTATCAGAGCAAAGTTTTGCGTCAAAGACC 430
||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 279 ATAGCACCGCTGCTCTCAATCGTGAGCTCGGTACCAGGGCAAAGTTTTGCGTCAAAGACC 338
Query 431 CGGATGCTGATTGGAATAGAGCTTTTAATTTCTCCTCCAACTTGAATTTCTTATCTTCTT 490
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 339 CGGATGCTGATTGGAATAGAGCTTTTAATTTCTCATCCAACTTGAAATTCCTATCTTCTT 398
Query 491 GCATTAAGAAAACCCAAGGTAG-TATTGGTAAGCGTATCTGTACAGCAGCAGAGATGAAG 549
||||| |||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 399 GCATTCAGAAAACCCAAGGT-GATATTGGTAGGCGTATCTGTACAGCAGCAGAGATGAAG 457
Query 550 TTCTATTTTAATGGTTTCTTCAATAAAACGAATAACCCGGGCTACTTGAAACCAAATGTA 609
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 458 TTCTATTTTAATGCTTTCTTCAATAAAACGAATAACCCGGGCTACTTGCGACCAAATGTT 517
Query 610 AACTGCAACTTGACTTCATGGGTCTCTGGTTGTGAACCTGGATGGGGCTGTAGTGTTGAT 669
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 518 AATTGCAACTTGACTTCATGGGTCTCTGGTTGTGAACCTGGATGGGGCTGTAGTGTTGAT 577
Query 670 CCAACCGAACAAGTCGATCTGCAAAACTCCAAAGATTTTCCTGAAAGAAGAAGAAAC-TG 728
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 578 TCAACCGAACAAGTCGACCTGCAAAACTCCAAAGATTTTCCTGAAAGAAGAAG-AACTTG 636
Query 729 TATGCCTTGCTGCGAAGGGTTTTTCTGCCCCCGTGGCCTCACTTGTATGATACCTTGCCC 788
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 637 TATGTCTTGCTGCGAAGGTTTTTTCTGCCCCCGTGGCCTCACTTGTATGATACCTTGCCC 696
Query 789 CCTTGGTGCTCATTGCCCCTTAGCTACCCTTAATAAAACTACAAGCTTATGTGAACCGTA 848
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 697 CCTTGGTGCTCATTGCCCTTTAGCTACCCTTAATAAAACTACAAGCTTATGTGAACCGTA 756
Query 849 TACTTATCAATTACCATCAGGACGACCAAACCACACTTGTGGAGGTGCAAATGTATGGGC 908
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 757 TACTTATCAATTACCATCAGGACGACCAAACCACACTTGTGGAGGTGCAAATGTATGGGC 816
Query 909 CGATATCAGATCCAGCGGTGAAGTATTCTGTTCCGCAGGATCATATTGTCCAACCACAAC 968
||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 817 CGACGTCCGATCCAGCGGTGAAGTATTCTGTTCCGCGGGATCATATTGTCCAACCACAAC 876
Query 969 CCAAAAAGTACCTTGTGATAGTGGGCACTACTGCAGGATGGGGTCTACTTCTGAGAAACC 1028
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 877 CCAAAAAGTACCTTGTGATAGTGGGCACTACTGCAGGATGGGGTCTACATCTGAGAAACC 936
Query 1029 CTGCTTTAAGTTGACGTCCTGCAATCCTAACACAGCAAATCAGAACATGCATGCATTTGG 1088
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 937 CTGCTTTAAGTTGACGTCCTGCAATCCCAACACAGCAAATCAGAACATGCAGGCATTTGG 996
Query 1089 GATTATGGTTATCGCTGCAGTGAGTACTATTCTACTCATTATCTACAATTGTTCCGATCA 1148
| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 997 GGTTATGGTTATTGCTGCAGTGAGTACTATGCTACTCATTATCTACAATTGTTCCGATCA 1056
Query 1149 AATCCTAACAACTAGGGAAAGGAGGCAGGCAAAATCAAGGGAAGCAGCGGTGAAGAAAGC 1208
|||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1057 AATCCTAACAACAAGGGAAAGGAGACAGGCTAAGTCAAGGGAAGCAGCGGTGAAGAAAGC 1116
Query 1209 GAGAGCTCATCATAGATGGAAAGCTGCTAGAGAGGCTGCTAAAAAGCATGTGAGTGGGAT 1268
|| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1117 GAAAGCTCATCAGAGATGGAAAGCTGCTAGAGAGGCTGCTAAAAAGCATGTGAGTGAGAT 1176
Query 1269 CCGTGCGCAAATAACTCGGACATTTTCAGGTAAAAGAGCCAATCAAGATGGGGATACCAA 1328
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| |||||||||||| |
Sbjct 1177 CCGTGCGCAAATAACTCGGACATTTTCAGGCAAAAAACCCAATCATGATGGGGATACCCA 1236
Query 1329 CAAGATGTTGGGTCGTGGGGACTCTTCAGAAATAGATGAAGCTATAGACATGTCCACATG 1388
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1237 CAAGATGTTGGGTCGTGGGGACTCTTCAGAGGTAGATGAAGATATAGACATGTCCAAATA 1296
Query 1389 TTCAAGTCCTGCGAGTTCCTCTGCTGCACAATCTAGTTATGAGAATGAGGATCATGCAGC 1448
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 1297 TTCAAGTCCTGCGAGTTCCTCTGCTGCACAATCTAGTTATGAGAATGAGGATGATGCCGC 1356
Query 1449 CGCTGGGAGTAATGGAAGAGCAAGTCTTGGCATAGAAGGAAAGAGAGTAAAAGGACAGAC 1508
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1357 CGCTGGGAGTAATGGAAGAGCAAGTCTTGACATAGAAGGAAAGAGAGTAAAAGGACAGAC 1416
Query 1509 TTTGGCCAAAATTAAGAAAACACAAAGCCAAATCTTCAAGTATGCTTATGATCGGATTGA 1568
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1417 TTTGGCCAAAACTAAGAAAACACGTAGCCAAATCTTCAAGTATGCGTATGATCGGATTGA 1476
Query 1569 AAAGGAGAAAGCCATGGAGCAAGAGAATAAAAATCTCACATTTTCAGGAATAGTCAAAAT 1628
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1477 GAAGGAGAAAGCCATGGAGCAAGAGAATAAAAATCTCACCTTTTCAGGAATAGTTAAAAT 1536
Query 1629 GGCTACCAATTCTGAGACGAGAAAGAGGCATCTCATGGAGCTTTCTTTCAAAGATTTAAC 1688
|||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1537 GGCTACTAATTCTGAGACGAGAAAGAGGCCTCTCATGGAGCTTTCTTTCAAAGATTTAAC 1596
Query 1689 TCTTACATTGAAATCCAATGGTAAGCAAGTGTTAAGATGTGTCACAGGAAGTATGAAACC 1748
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1597 TCTTACCTTGAAATCCAATGGTAAGCAAGTGTTGAGATGTGTCACAGGAAGTATGAAACC 1656
Query 1749 AGGTCGGATCACAGCTGTGATGGGTCCATCAGGAGCAGGAAAGACAAGTCTTCTTTCTGC 1808
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1657 AGGTCGGATCACAGCTGTGATGGGTCCATCAGGAACAGGAAAGACGAGTCTTCTTTCTGC 1716
Query 1809 TTTGGCTGGGAAAGCTGTCGGATGCAAATTAAGTGGTTTGATTCTTATAAATGGGAAGCA 1868
|||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1717 TTTGGCTGGGAAAGCTGTGGGGTGCAAATTGAGTGGTTTGATTCTTATAAACGGGAAGCA 1776
Query 1869 GGAATCAATCCACTCATATaaaaaaaTTATTGGCTTTGTGCCACAAGATGACGTTGTTCA 1928
|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1777 GGAATCAATCCATTCATATAAAAAAATTATTGGTTTTGTGCCTCAAGATGACGTTGTTCA 1836
Query 1929 TGGAAACTTAACAGTAGAGGAAAATCTTTGGTTCCATGCTAAATGCAGATTACCTGCGGA 1988
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1837 TGGAAACTTAACAGTAGAGGAAAATCTTTGGTTCCATGCTAAATGCAGATTACCTGCGGG 1896
Query 1989 TCTATCCAAAGCAGACAAAGTTCTTGTGGTTGAAAGAATCATTGACTCCTTGGGGCTACA 2048
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1897 TCTATCGAAAGCAGACAAAGTTCTTGTGGTTGAAAGAATCATCGACTCTTTGGGGCTACA 1956
Query 2049 AGCTGTGAGGAGTTCTTTAGTTGGTACTGTAGAGAAGCGGGGAATCTCAGGAGGGCAGAG 2108
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1957 AGCTGTGAGGAGTTCTTTAGTTGGTACGGTAGAGAAGCGGGGAATCTCAGGAGGGCAGAG 2016
Query 2109 GAAACGAGTGAATGTGGGTTTAGAGATGGTAATGGAGCCTTCGGTTTTATTCTTGGATGA 2168
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 2017 GAAACGAGTGAATGTGGGTTTAGAGATGGTAATGGAGCCTTCAGTTCTATTCTTGGATGA 2076
Query 2169 ACCTACTTCTGGCTTGGATAGTGCCTCATCACAGCTTCTTCTTAGAGCACTTCGGCATGA 2228
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2077 ACCTACTTCTGGCTTGGATAGTGCCTCATCACAGCTTCTTCTTAGAGCACTTCGGCATGA 2136
Query 2229 AGCTCTCGAGGGAGTAAATATTTGCATGGTTGTTCACCAACCAAGTTATACTTTGTTCAA 2288
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2137 AGCCCTCGAGGGAGTCAATATTTGCATGGTTGTTCACCAACCAAGTTATACTTTGTTCAA 2196
Query 2289 AACGTTCAATGATCTAGTACTTCTCGCGAAAGGTGGCCTTACTGTTTACCACGGATCAGT 2348
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2197 AACGTTCAATGATCTAGTACTTCTCGCAAAAGGTGGCCTTACCGTTTACCACGGATCAGT 2256
Query 2349 CAACAAAGTTGAGGAATACTTCTCGGGTCTGGGGATACATGTTCCAGACCGTATCAACCC 2408
||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2257 CAACAAAGTCGAGGAATACTTCTCGGGTTTGGGAATAGATGTTCCAGACCGTATCAACCC 2316
Query 2409 TCCTGACTATTACATCGATGTTCTGGAAGGAGTAGTGATTTCAA-TGGGAAATTCTGGTA 2467
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 2317 TCCCGACTATTACATTGATGTTCTGGAAGGAGTAGTGATTTCAATTGGG-AATTCTGGTG 2375
Query 2468 TTGGTTACAAAGAGCTTCCTCAAAGGTGGATGCTTCACAAAGGGTACTCGGTTCCATTAG 2527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2376 TTGGTTACAAAGAGCTTCCTCAAAGGTGGATGCTTCACAAAGGCTACTCGGTTCCATTAG 2435
Query 2528 ATATGCGGAACAACAGTGCTGCTGGACTTGAAACGAATCCAGAC-TTAGGTACTAATTCA 2586
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||
Sbjct 2436 ATATGCGG---AATAGTGCTGCTGGACTTGAAACGAATCCAGACACT-GGTAATAATTCA 2491
Query 2587 CCA-GATAATGCAGAACAAACATTTG-CGAGAGAGCTGTGGCGGGATGTGAAGAGTAATT 2644
|| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2492 -CATGATAATGCAGAACAAACATTTGCCG-GAGAGCTGTGGCGAGATGTGAAGAGTAATT 2549
Query 2645 TCAGGTTGCGTCGTGATAAAATACGGCATAACTTCTTAAAGTCTAGAGATTTATCCCACA 2704
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2550 TCAGGTTGCGTCGTGATAAAATACGGCATAACTTCTTAAAGTCTAGAGATTTATCCCACA 2609
Query 2705 GAAGAACCCCTAGTACGTGGCTGCAATACAAATATTTCCTTGGAAGGATAGCGAAGCAGC 2764
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2610 GAAGAACCCCTACTACGTGGCTGCAATACAAATATTTCCTTGGAAGGATAGCTAAGCAGC 2669
Query 2765 GAATGAGAGAAGCTCAATTACAAGCCACAGACTATTTGATATTGTTGCTTGCTGGAGCTT 2824
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2670 GAATGAGAGAAGCTCAATTACAAGCCACAGACTATTTGATCTTGTTGCTTGCTGGAGCTT 2729
Query 2825 GTTTAGGATCACT-GATTAAAGCAAGTGATGAGAGCTTTGGAGCTCCTGGTTATATTTAT 2883
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2730 GTTTAGGATCACTCG-TTAAAGCAAGTGATGAGAGCTTTGGAGCTCCTGGTTATACCTAT 2788
Query 2884 ACTATTATCGCAGTCTCTCTTCTTTGCAAAATAGCAGCTTTAAGATCATTCTCACTAGAC 2943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2789 ACTATTATCGCAGTCTCTCTTCTTTGCAAAATAGCAGCTTTAAGATCATTCTCACTAGAC 2848
Query 2944 AAGTTACATTACTGGAGAGAAAGTGCTTCAGGGATGAGTAGTTCGGCCTGCTTCCTTGCC 3003
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2849 AAGTTACATTACTGGAGAGAAAGTGCTTCAGGGATGAGTAGCTCGGCCTGCTTCCTTGCC 2908
Query 3004 AAAGATACAATAGACATTTTCAATATACTTGTCAAGCCATTGGTCTATCTCTCCATGTTC 3063
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2909 AAAGATACAATAGACTTTTTCAATATACTTGTCAAGCCATTGGTCTATCTCTCCATGTTC 2968
Query 3064 TATTTCTTCACGAACCCAAGATCCACATTTTTCGATAACTATATTGTTTTGGTCTGTCTC 3123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2969 TATTTCTTCACGAACCCAAGATCCACATTTTTCGATAACTATATTGTTTTGGTCTGTCTC 3028
Query 3124 GTATATTGTGTGACCGGTATTGCATATGCGTTGGCTATCTTTCTCCAACCGAGCACAGCC 3183
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3029 GTATATTGTGTGACCGGTATTGCATATGCGTTGGCTATCTTTCTCCAACCAAGCACAGCC 3088
Query 3184 CAGCTGTTTTCTGTTCTTCTTCCAGTCGTTTTAACACTTGTTGCAACCCAACCGAAGAAT 3243
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3089 CAGCTGTTTTCTGTTCTTCTTCCAGTTGTTTTAACACTTGTTGCAACCCAACCGAAGAAT 3148
Query 3244 AGTGAACTTATCAGGATCATAGCTGATTTGAGTTATCCAAAGTGGGCTTTGGAAGCATTT 3303
|||||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3149 AGTGAAGTTATTAAGATCATAGCTGATTTAAGTTATCCAAAGTGGGCTTTGGAAGCATTT 3208
Query 3304 GTGATAGGAAATGCTCAAAAGTACTATGGAGTATGGATGATTACTCGATGTGGATCGCTT 3363
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3209 GTGATAGGAAATGCTCAAAGGTACTATGGAGTATGGATGATTACTCGATGTGGATCGCTT 3268
Query 3364 ATGAAGAGTGGCTACGACATTAATAAATGGAGTCTGTGTATAATGATATTGCTTCTCGTA 3423
|||||||||||||||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3269 ATGAAGAGTGGCTACGACATTAATGAATGGAATTTATGTATAATGATATTGCTTCTCATA 3328
Query 3424 GGTTTGACCACTCGTGGAGTTGCCTTTGTGGGGATGCTCATACTTCAAAAGAAGTGAAGA 3483
||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3329 GGTGTGGCCACTCGTGGAATTGCCTTTGTGGGGATGGTCATACTTCAAAAGAAGTGAAGA 3388
Query 3484 AAGATCTTTCCTT 3496
||||| |||||||
Sbjct 3389 AAGATATTTCCTT 3401
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 140089926213
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5