BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G53440.1
Length=3108
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474473 jgi|Araly1|474473|fgenesh2_kg.1__4427__AT1G53440.1 4743 0.0
Ahg474474 jgi|Araly1|474474|fgenesh2_kg.1__4428__AT1G53450.2 730 0.0
> Ahg474473 jgi|Araly1|474473|fgenesh2_kg.1__4427__AT1G53440.1
Length=3114
Score = 4743 bits (2568), Expect = 0.0
Identities = 2942/3123 (94%), Gaps = 24/3123 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGGTTTCTTTTTCTCGACC-CGGAA--AG-G--TCTTCTTC-TCATCATCTTCATTTG 53
||||||||| | ||||||||| |||| | | | |||||| || ||||||||||| |
Sbjct 1 ATGGGTTTCATCTTCTCGACCAAGGAAGTTGTGTATGTTCTTCTTC-TCATCTTCATTGG 59
Query 54 CTTGGATATTTTCGGATCAAATGCTCAACTTTTGCCAGAAGATGAAGTTCAAACATTGCG 113
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 60 CTTGGATATTTTCGGATCAAATGCTCAACTGTTGCCAGATGATGAAGTTCAAACACTGCG 119
Query 114 AACGATCTTTAGAAAGCTTCAAAACCAAACAGTGAACATCGAAAGAACTTCTTGTTTGGA 173
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 120 AACGATTTTTAGAAAGCTTCAAAACCAAACAGTGAACATCGAAAGAACTTCTTGTTCGGA 179
Query 174 CAGAAAA-TGGAACTTTGTTGCCGAG-TCAAC-CTCCAA-GCTACCAACCAGTAACATTA 229
| ||||| |||||||||||||||| | ||| | | |||| ||| |||||||||||| |
Sbjct 180 C-GAAAACTGGAACTTTGTTGCCG-GTTCATCGC-CCAACGCT-GTAACCAGTAACATCA 235
Query 230 CCTGCGACTGTACTTTCAACGCCAGCTCAGTCTGTCGTGTCACAAACATACAGCTTAGAG 289
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 236 CCTGCGACTGTACTTTTAACGCCAGCTCAGTCTGTCGTGTCACAAGCATACAGCTTAGAG 295
Query 290 GTTTCAATTTGCGAGGAATTATACCGCCTGAATTCGGGAACCTCACACGTCTTACAGAGA 349
|||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 296 GTTTCAATTTGCGAGGAATTTTCCCGCCTGAATTCGGGAACCTCACGCGTCTTACAGAGA 355
Query 350 TAGATCTTGTGCTGAACTTTCTCAGTGGAACAATACCTACAACATTGTCTCAAATTCCGC 409
|||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 356 TAGATCTTATGCTGAACTTTCTCAGTGGGACAATACCTACGACATTGTCCCAAATTCCGC 415
Query 410 TTGAAATCTTGGCTGTAACCGGAAACCGACTCTCTGGACCATTTCCTCCTCAGCTCGGAC 469
| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 416 TAGAAATCTTGGCAGTAACCGGAAACCGTCTCTCTGGACCATTTCCTCCTCAACTCGGAG 475
Query 470 AGATTACTACACTTACTGATGTGATTATGGAAAGTAATTTATTCACAGGACAACTTCCTC 529
||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 AGATTACTACACTTACTGATGTGGTTATGGAAACTAATTTATTCACAGGACAACTTCCTT 535
Query 530 CAAACCTAGGGAACTTAAGAAGCTTGAAAAGATTGCTAATCTCTTCAAATAACATCACGG 589
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 536 CAAACCTAGGGAACTTAAGAAGCTTGAAAAGATTGTTAATCTCTTCAAACAACATCACGG 595
Query 590 GTCGGATCCCTGAGTCCTTGAGCAATCTCAAGAATTTGACTAATTTTCGGATTGATGGAA 649
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 596 GTCGGATCCCTGAGTCCTTGAGCAATCTCAAGAATTTGACTGATTTTCGGATTGATGGAA 655
Query 650 ACTCTC-TATCTGGGAAGATACCTGATTTTATTGGAAACTGGACTCGGCTCGTTAGGCTA 708
||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 656 ACTATCTTA-CTGGGAAGATACCTGATTTTATTGGAAACTGGACTCGCCTCGATAGGCTA 714
Query 709 GACCTCCAAGGCACATCAATGGAAGGTCCTATTCCAGCTTCGATTTCAAACTTGAAAAAC 768
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 715 GACCTCCAAGGCACATCAATGGAAGGTCCAATTCCAGCTTCGATATCAAACTTGAAAAAC 774
Query 769 CTGACTGAATTGAGGATAACAGATTTGCGTGGACCAACTTCTCCTTTTCCAGACCTT-CA 827
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||
Sbjct 775 CTGACTGAATTGAGGATAACAGATTTGCGTGGACCAACCTCTCCTTTTCCAGA-CTTGCA 833
Query 828 AAATATGACGAATATGGAAAGATTGGTACTAAGAAACTGTTTGATAAGGGAACCTATACC 887
||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 834 AAATATGACAAATATGGAACGATTGGTACTAAGAAATTGTTTGATAAGGGAACCTATACC 893
Query 888 GGAGTACATCGGTACTTCCATGACTATGTTGAAGTTACTAGATTTAAGCTCAAACATGTT 947
||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 GGAATACATCGGTACTTCCATGAGTAAGCTGAAGTTACTAGATTTAAGCTCAAACATGTT 953
Query 948 AAATGGTACAATTCCAGACACATTTCGGAGTCTGAAC-GCATTCAACTTTATGTATCTGA 1006
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |
Sbjct 954 AAATGGTACAATTCCAGACACATTTCGGAGTCTG-ACGGCATTCAATTTTATGTATCTTA 1012
Query 1007 ATAATAACTCATTGACTGGTCCAGTTCCTCAGTTCATTC-TTGATAGTAAACAAAACATA 1065
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || | | |||||| ||||| |
Sbjct 1013 ATAATAACTCGTTGACTGGTCCAGTTCCTCAGTTCA-TCATCAACAGTAAAGAAAACCTC 1071
Query 1066 GATTTATCTTACAACAATTTCACTCAGCCACCTACTTTAAGCTGTAATCAGCTTGATGTT 1125
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 GATTTATCTGACAACAATTTCACTCAGCCACCTACTTTAAGCTGTAATCAGCTTGATGTG 1131
Query 1126 AACTTGATCTCCAGCTACCCCTCAGTAACCAATAACTCTGTCCAATGGTGCTTAAGAAAG 1185
|||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1132 AACTTGATCTCCAGCTACCCGTCAGTAACCGATAACTCTGTTCAATGGTGCTTGAGAAAG 1191
Query 1186 GATCTTCCGTGTCCTGGAGACGCACACCATTCTTCCTTGTTCATTAACTGTGGAGGAAAC 1245
|||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1192 GATCTTTCGTGCCCTGCAGACGCACACCATTCTTCCTTGTTCATCAACTGTGGAGGAAAC 1251
Query 1246 CGACTCAAGGTTGATAAAGACGAGTATGCGGATGACTTAAACAAAAGAGGAGCATCAACA 1305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 CGACTCAAGGTTGATAAAGACGAGTATGCGGATGACTTAAACAAAAGAGGAGCATCAACA 1311
Query 1306 TTCTCTTCTGTCTCTGAAAGATGGGGATACAGTAGTTCTGGAGCTTGGTTAGGCAATGAC 1365
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 TTCTCTTCTGTCTCTGAAAGATGGGGATACAGCAGTTCTGGAGCTTGGTTAGGCAATGAC 1371
Query 1366 GGTGCCACTTACTTAGCAACAGATACGTTTAACTTGATCAATGAATCAACTCCAGAGTAT 1425
|||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 GGTGCCACCTACTTAGCAACAGACACATTTAACTTGATCAATGAATCAACTCCAGAGTAT 1431
Query 1426 TACAAAACAGCCCGTCTCGCTTCACAATCACTCAAGTACTATGGACTATGCATGAGAAGA 1485
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1432 TACAAAACAGCCCGTCTCTCTTCACAATCACTCAAGTACTATGGATTATGCATGAGAAGA 1491
Query 1486 GGAAGTTACAAAGTTCAGCTCTATTTTGCAGAGATAATGTTCTCAAATGATCAGACTTAT 1545
|||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || || |||||||||
Sbjct 1492 GGAAGTTACAAAGTGCAGCTCCATTTTGCAGAGATAATGTTCTCGAACGACCAGACTTAT 1551
Query 1546 AGTAGCTTAGGGCGGCGACTATTCGACATTTATGTTCAAGGGATTTTGTTGGAGAGGGAC 1605
|||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1552 AGTAGCTTAGGGCGACGAGTATTCGACATTTATGTCCAAGGGACTTTGTTGGAGAGGGAC 1611
Query 1606 TTTAACATAGCACAGAGAGCAGGTGGAGTTGGTAAACCGTTCCTAAGGCAAGTTGATGAA 1665
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 1612 TTTAACATAGCAGAGAGAGCAGGTGGAGTTGGTAAACCGTTCCTAAGACAAATTGATGAT 1671
Query 1666 GTTCAAGTGAATGGAAGTACGTTGGAGATTCATTTGAAGTGGACAGGAAAAGGCACAAAC 1725
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 1672 GTTCAAGTGAATGGAAGTACGCTGGAGATTCATTTGAAGTGGTTAGGGAAAGGCACAAAC 1731
Query 1726 GTAATACCAACAAGAGGTGTTTACGGGCCTCTCATATCCGCTATAACCGTCACACCGAAT 1785
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1732 GTAATACCAACACGAGGTGTTTACGGGCCTCTCATATCCGCTATAACAATCACACCGAAT 1791
Query 1786 TTCAAGGTTGATACCGGAAAACCATTGTCCAATGGAGTAGTTGCAGGCATTGTAATCGCA 1845
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 TTCAAGGTTGATACCGGAAAACCATTGTCCAATAAAGCAGTTGCAGGCATTGTAATCGCA 1851
Query 1846 GCGTGTGTAGCTTTCGGGTTGCTGGTACTTGTAATCCTCAGGCTAACAGGTTACTTAGGT 1905
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 1852 GCGTGTGCGGCTTTCGGGTTGCTGGTACTTGTAATCCTCTGGCTTACAGGTTACTTAGGT 1911
Query 1906 GGAAAAGAAGTGGATGAAAATGAAGAGCTTCGGGGACTCGATTTGCAGACAGGATCGTTC 1965
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 GGAAAAGAAGTGGATGAAAATGAAGAGCTTCGGGGACTTGATTTGCAGACAGGATCGTTT 1971
Query 1966 ACATTGAAGCAAATCAAACGTGCTACTAACAACTTTGATCCAGAAAACAAGATTGGAGAA 2025
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1972 ACATTGAAACAAATCAAACGTGCGACTAACAACTTTGATCCAGAAAACAAGATTGGCGAA 2031
Query 2026 GGAGGATTTGGACCGGTTTATAAGGGTGTTCTCGCTGATGGGATGACCATAGCGGTGAAG 2085
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 2032 GGAGGATTTGGACCGGTTTATAAGGGTGTTCTCGCTGATGGAATGACCATCGCGGTGAAG 2091
Query 2086 CAGCTTTCATCGAAATCTAAGCAAGGAAACCGAGAATTTGTGACTGAGATCGGTATGATA 2145
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2092 CAGCTTTCATCAAAATCTAAGCAAGGAAACAGAGAATTTGTGACTGAGATCGGGATGATC 2151
Query 2146 TCTGCGTTGCAACACCCTAATCTTGTGAAACTTTATGGTTGTTGCATCGAAGGGAAAGAG 2205
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2152 TCTGCGTTGCAACACCCAAATCTTGTGAAGCTTTATGGTTGTTGCATTGAAGGGAAAGAG 2211
Query 2206 CTTTTGCTTGTGTATGAATACTTAGAGAACAACAGTCTCGCTCGCGCACTCTTTGGCACA 2265
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 CTTTTGCTTGTGTATGAGTACTTAGAGAACAACAGTCTCGCTCGCGCACTCTTTGGCACA 2271
Query 2266 GAGAAACAAAGACTTCACTTGGATTGGTCCACGAGGAACAAGGTATGCATAGGGATTGCG 2325
|||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2272 GAGAAACAGAGACTGCACTTGGATTGGTCAACAAGGAACAAGATATGCTTAGGGATTGCC 2331
Query 2326 AAAGGATTGGCTTATCTACACGAGGAATCAAGGCTGAAGATTGTGCACAGAGACATTAAA 2385
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2332 AAAGGATTGGCTTATCTACACGAGGAATCAAGGCTGAAGATTGTGCACAGAGACATAAAA 2391
Query 2386 GCGACAAATGTGCTTCTTGATCTGTCTCTAAATGCTAAGATCTCTGATTTTGGTCTAGCG 2445
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2392 GCGACAAATGTGCTTCTTGATCAGTCTCTAAATGCTAAGATCTCTGATTTTGGTCTAGCT 2451
Query 2446 AAACTCGATGAAGAAGAGAATACACATATCAGCACAAGGATTGCAGGAACAATAGGTTAC 2505
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2452 AAACTCGACGAAGAAGAGAATACACATATCAGCACAAGGATTGCAGGAACAATAGGTTAC 2511
Query 2506 ATGGCTCCAGAGTATGCAATGAGAGGTTACTTAACAGACAAAGCAGATGTTTATAGCTTC 2565
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 2512 ATGGCTCCTGAGTATGCAATGAGAGGTTACTTAACAGACAAGGCAGATGTTTACAGCTTC 2571
Query 2566 GGTGTAGTCTGTTTAGAGATTGTTAGCGGAAAGAGCAACACAAATTACAGACCAAAAGAA 2625
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2572 GGTGTTGTCTGTTTAGAGATTGTTAGCGGAAAGAGCAACACAAATTACAGACCAAAAGAA 2631
Query 2626 GAGTTTATTTACCTTCTTGACTGGGCATATGTCTTGCAAGAACAAGGGAGTCTTCTAGAA 2685
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2632 GAGTTTATTTACCTTCTTGATTGGGCATATGTCTTGCAAGAACAAGGGAGTCTTCTAGAA 2691
Query 2686 CTCGTGGATCCAGATCTCGGTACAAGCTTTTCGAAGAAAGAAGCAATGAGGATGTTGAAC 2745
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2692 CTCATGGATCCAGATCTCGGTACAAGCTTTTCGAAGAAAGAAGCGATGAGGATGTTGAAC 2751
Query 2746 ATAGCTTTACTCTGTACAAACCCATCTCCAACATTGAGACCACCGATGTCATCTGTTGTA 2805
||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 2752 ATAGCTTTACTCTGTACGAACCCATCTCCGACATTGAGACCACCAATGTCATCTGTCGTA 2811
Query 2806 AGTATGCTACAAGGAAAAATCAAAGTCCAACCACCACTGGTGAAACGTGAAGCTGATCCA 2865
|| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2812 AGAATGTTGGAAGGAAAAATCAAAGTCCAACCACCACTGGTGAAACGTGAAGCTGATCCA 2871
Query 2866 AGTGGTTCAGCCGCAATGAGGTTTAAGGCCTTAGAGCATTTGTCACAAGACAGCGAGTCA 2925
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2872 AGTGGTTCAGCTGCAATGAGGTTTAAGGCCTTTGAGCTTTTGTCACAAGACAGCGAGTCA 2931
Query 2926 CAAGTCTCAACCTATACAAGAAACAAAGAACACAAAAGCTCCTCCTCGATGGACGGTCCT 2985
|| || || ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2932 CAGGTTTCGACCCATACAAGCAACAGAGAACACAAAAGCTCCTCATCGATGGACGGTCCT 2991
Query 2986 TGGGTCGATTCTTCCTTCTCTGATCCGAGCAAAGATGTTAGCCTATTACAGCAAGAAGAA 3045
||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2992 TGGGTTGATTCTTCCTTCTCTGAGCCTAGCAAAGATGTTAGCCTACAACAGCAAGAAGAA 3051
Query 3046 GGAAATTCATCATCTTCGTCGAGGAGACTGTTAGATGATCTTACTGATGTGGAGATTGAG 3105
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3052 GGAAATTCATCATCTTCGTCGAGGAGACTGTTAGATGATCTTACCGATGTGGAGATTGAG 3111
Query 3106 TAA 3108
|||
Sbjct 3112 TAA 3114
> Ahg474474 jgi|Araly1|474474|fgenesh2_kg.1__4428__AT1G53450.2
Length=2086
Score = 730 bits (395), Expect = 0.0
Identities = 447/473 (95%), Gaps = 0/473 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 2560 AGCTTCGGTGTAGTCTGTTTAGAGATTGTTAGCGGAAAGAGCAACACAAATTACAGACCA 2619
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2086 AGCTTCGGTGTTGTCTGTTTAGAGATTGTTAGCGGAAAGAGCAACACAAATTACAGACCA 2027
Query 2620 AAAGAAGAGTTTATTTACCTTCTTGACTGGGCATATGTCTTGCAAGAACAAGGGAGTCTT 2679
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2026 AAAGAAGAGTTTATTTACCTTCTTGATTGGGCATATGTCTTGCAAGAACAAGGGAGTCTT 1967
Query 2680 CTAGAACTCGTGGATCCAGATCTCGGTACAAGCTTTTCGAAGAAAGAAGCAATGAGGATG 2739
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1966 CTAGAACTCATGGATCCAGATCTCGGTACAAGCTTTTCGAAGAAAGAAGCGATGAGGATG 1907
Query 2740 TTGAACATAGCTTTACTCTGTACAAACCCATCTCCAACATTGAGACCACCGATGTCATCT 2799
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1906 TTGAACATAGCTTTACTCTGTACGAACCCATCTCCGACATTGAGACCACCAATGTCATCT 1847
Query 2800 GTTGTAAGTATGCTACAAGGAAAAATCAAAGTCCAACCACCACTGGTGAAACGTGAAGCT 2859
|| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846 GTCGTAAGAATGTTGGAAGGAAAAATCAAAGTCCAACCACCACTGGTGAAACGTGAAGCT 1787
Query 2860 GATCCAAGTGGTTCAGCCGCAATGAGGTTTAAGGCCTTAGAGCATTTGTCACAAGACAGC 2919
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 1786 GATCCAAGTGGTTCAGCTGCAATGAGGTTTAAGGCCTTTGAGCTTTTGTCACAAGACAGC 1727
Query 2920 GAGTCACAAGTCTCAACCTATACAAGAAACAAAGAACACAAAAGCTCCTCCTCGATGGAC 2979
|||||||| || || ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1726 GAGTCACAGGTTTCGACCCATACAAGCAACAGAGAACACAAAAGCTCCTCATCGATGGAC 1667
Query 2980 GGTCCTTGGGTCGATTCTTCCTTCTCTGATCCGAGCAAAGATGTTAGCCTATT 3032
||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||
Sbjct 1666 GGTCCTTGGGTTGATTCTTCCTTCTCTGAGCCTAGCAAAGATGTTAGCTTATT 1614
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117394135090
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5