BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G53500.1
Length=2526
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474478 jgi|Araly1|474478|fgenesh2_kg.1__4432__AT1G53500.1 4034 0.0
> Ahg474478 jgi|Araly1|474478|fgenesh2_kg.1__4432__AT1G53500.1
Length=2520
Score = 4034 bits (2184), Expect = 0.0
Identities = 2430/2543 (96%), Gaps = 40/2543 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAGTTTAATGTCGGACGCTAGACTCACGAGAAATCCGTAATATCTAAGACG-ATCAAGGG 59
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||
Sbjct 1 GAGTTTAATGTCGGACGCTAGACTCACGAGAAATCCGTAATATCTAAGA-GAAGAAAGGG 59
Query 60 TAAATTAGTCAATTTCCTCCTACGGTTCTCCGTAACTGTCTCAGAATATAAGAGGCACAT 119
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 60 TAAATTAGTCAATTGGCTCCTACGGTTCTCCGTAACTGTCTCAGAATATAAGAGGCGCAT 119
Query 120 TGCTGAGAGAAGCTCCGTAGACCGTAGAttccctcttcttcttcttc--c-tcttcctct 176
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 120 TGTTGAGAGAAGCTCCGTAGACCGTAGATTCCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCT 179
Query 177 ctactgttttttcttttcatatttctctctctctctctctctatagttggtgaagtttct 236
||||||||||||||||||||| | | ||||||||| | || ||||||||||||||
Sbjct 180 CTACTGTTTTTTCTTTTCATA--T-T-TCTCTCTCTAT-TC-----TTGGTGAAGTTTCT 229
Query 237 atct-tta-t-ctctcttaagatc-tctttctctcttgggttatctgactctAACCAGAA 292
||| | | | |||||||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 230 CTCTCTAAGTACTCTCTTACGATCTTC-TTCTCTCTTGGGTTATCTGATTCTAACCTGAA 288
Query 293 TTGTGTCGATTTC-AA-GGATGGATGA-TACTACGTATAAGCCAAAGAACATTCTCATTA 349
|||||||| | | || |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 289 TTGTGTCG-GTACAAATGGAT-GAT-ACTACTACGTATAAGCCAAAGAACATTCTCATTA 345
Query 350 CTGGAGCTGCTGGATTTATTGCTTCTCATGTTGCCAACAGATTAATCCGTAACTATCCTG 409
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 346 CTGGAGCTGCTGGATTCATTGCTTCTCATGTTGCCAACAGATTAATCCGTAGCTATCCTG 405
Query 410 ATTACAAGATCGTTGTTCTT-GACAAGCTTGATTACTGTTCAGATCTGAAGAATCTTGAT 468
||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 406 ATTACAAGATCGTTG-TGTTGGACAAGCTTGATTACTGTTCAGATCTGAAGAATCTTGAT 464
Query 469 CCTTCTTTTTCTTCACCAAATTTCAAGTTTGTCAAAGGAGATATCGCGAGTGATGATCTC 528
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 465 CCTTCATTTTCTTCACCAAACTTCAAGTTTGTCAAAGGAGATATCGCTAGTGATGATCTC 524
Query 529 GTTAACTACCTTCTCATCACTGAAAACATTGATACGATAATGCATTTTGCTGCTCAAACT 588
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 525 GTTAACTACCTTCTCATTACTGAAAACATTGATACGATAATGCATTTTGCTGCTCAAACT 584
Query 589 CATGTTGATAACTCTTTTGGTAATAGCTTTGAGTTTACCAAGAACAATATTTATGGTACT 648
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 585 CATGTTGATAACTCTTTTGGTAATAGCTTTGAGTTTACCAAGAACAATATCTATGGTACT 644
Query 649 CATGTTCTTTTGGAAGCCTGTAAAGTTACAGGACAGATCAGGAGGTTTATCCATGTGAGT 708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 645 CATGTTCTTTTGGAAGCCTGTAAAGTTACAGGACAGATCAGGAGGTTTATCCATGTGAGT 704
Query 709 ACCGATGAAGTCTATGGAGAAACCGATGAGGATGCTGCTGTAGGAAACCATGAAGCTTCT 768
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 705 ACCGATGAAGTCTATGGAGAAACCGATGAGGATGCTGCTGTAGGAAACCATGAAGCTTCA 764
Query 769 CAGCTGTTACCGACGAATCCTTACTCTGCAACTAAGGCTGGTGCTGAGATGCTTGTGATG 828
||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 765 CAGCTCTTACCCACGAATCCCTACTCTGCCACTAAGGCTGGTGCTGAGATGCTTGTGATG 824
Query 829 GCTTATGGTAGATCATATGGATTGCCTGTTATTACGACTCGCGGGAACAATGTTTATGGG 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 GCTTATGGTAGATCATATGGATTGCCTGTTATTACCACTCGCGGGAACAATGTTTATGGG 884
Query 889 CCTAACCAGTTTCCTGAAAAAATGATTCCTAAGTTCATCTTGTTGGCTATGAGTGGGAAG 948
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 885 CCTAACCAGTTTCCTGAGAAAATGATTCCTAAGTTCATCTTGTTGGCTATGAGTGGGAAG 944
Query 949 CCGCTTCCCATCCATGGAGATGGATCTAATGTCCGGAGTTACTTGTACTGCGAAGACGTT 1008
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 945 CCGCTTCCCATCCATGGAGATGGATCTAATGTCCGGAGTTACTTGTACTGTGAAGACGTT 1004
Query 1009 GCTGAGGCTTTTGAGGTTGTTCTTCACAAAGGAGAAATCGGTCATGTCTACAATGTCGGC 1068
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1005 GCTGAGGCTTTTGAGGTTGTTCTTCACAAAGGAGAAATCGGCCATGTCTACAATATCGGT 1064
Query 1069 ACAAAAAGAGAAAGGAGAGTGATCGATGTGGCTAGAGACATCTGCAAACTTTTCGGGAAA 1128
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1065 ACAAAGAGAGAAAGGAGAGTGATCGATGTGGCTAGAGACATCTGCAAACTTTTCGGGAAA 1124
Query 1129 GACCCTGAGTCAAGCATTCAGTTTGTGGAGAACCGGCCCTTTAATGATCAAAGGTACTTC 1188
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1125 GACCCTGAGTCAAGCATTCAGTTTGTTGAGAACCGACCCTTTAATGATCAAAGGTACTTC 1184
Query 1189 CTTGATGATCAGAAGCTGAAGAAATTGGGGTGGCAAGAGCGAACAA-ATTGGGAAGATGG 1247
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1185 CTTGATGATCAGAAGCTGAAGAAATTGGGATGGCAAGAGCGAACAACAT-GGGAAGATGG 1243
Query 1248 ATTGAAGAAGACAATGGACTGGTACACTCAGAATCCTGAGTGGTGGGGTGATGTTTCTGG 1307
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 ACTGAAGAAGACAATGGACTGGTACACTCAGAATCCTGAGTGGTGGGGTGATGTTTCTGG 1303
Query 1308 AGCTTTGCTTCCTCATCCGAGAATGCTTATGATGCCCGGTGGAAGACTTTCTGATGGATC 1367
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1304 AGCTTTGCTTCCTCATCCAAGAATGCTTATGATGCCCGGTGGAAGACTTTCTGATGGATC 1363
Query 1368 TAGTGAGAAGAAAGACGTTTCAAGCAACACGGTCCAGACATTTACGGTTGTAACACCTAA 1427
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1364 TAGTGAGAAGAAAGACGCTGCAAGCAACACGGTCCAGACATTTACGGTTGTAACACCTAA 1423
Query 1428 GAATGGTGATTCTGGTGACAAAGCTTCGTTGAAGTTTTTGATCTATGGTAAGACTGGTTG 1487
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1424 GGGTGGTGGTTCTGGTGACAAAGCTTCGTTGAAGTTTTTGATCTATGGTAAGACCGGTTG 1483
Query 1488 GCTTGGTGGTCTTCTAGGGAAACTATGTGAGAAGCAAGGGATTACATATGAGTATGGGAA 1547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1484 GCTTGGTGGTCTTCTAGGGAAACTATGTGAGAAGCAAGGGATTACATATGAGTATGGGAA 1543
Query 1548 AGGACGTCTGGAGGATAGAGCTTCTCTTGTGGCGGATATTCGTAGCATCAAACCTACTCA 1607
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1544 AGGACGTTTGGAGGATAGAGCTTCTCTTGTGGCGGATATTCGTAGCATCAAACCTACTCA 1603
Query 1608 TGTGTTTAATGCTGCTGGTTTAACTGGCAGACCCAACGTTGACTGGTGTGAATCTCACAA 1667
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1604 TGTCTTTAATGCTGCTGGTTTAACTGGCAGACCCAACGTTGACTGGTGTGAATCTCACAA 1663
Query 1668 ACCAGAGACCATTCGTGTAAATGTCGCAGGTACTTTGACTCTAGCTGATGTTTGCAGAGA 1727
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1664 ACCAGAGACCATTCGCGTAAATGTCGCTGGTACTTTGACTCTAGCTGATGTTTGCAGAGA 1723
Query 1728 GAATGATCTCTTGATGATGAACTTCGCCACCGGTTGCATCTTTGAGTATGACGCTACACA 1787
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1724 GAATGATCTCTTGATGATGAACTTTGCCACCGGTTGCATCTTTGAGTATGATGCTGCACA 1783
Query 1788 TCCTGAGGGTTCGGGTATAGGTTTCAAGGAAGAAGACAAGCCAAATTTCTTTGGTTCTTT 1847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1784 TCCTGAGGGTTCGGGTATAGGTTTCAAGGAAGAAGACAAGCCAAATTTCTTTGGTTCTTT 1843
Query 1848 CTACTCGAAAACCAAAGCCATGGTTGAGGAGCTCTTGAGAGAATTTGACAATGTATGTAC 1907
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1844 CTACTCGAAAACCAAAGCCATGGTTGAGGAGCTCTTGAGAGAATATGACAATGTATGTAC 1903
Query 1908 CTTGAGAGTCCGGATGCCAATCTCCTCAGACCTAAACAACCCGAGAAACTTCATCACGAA 1967
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1904 CTTGAGAGTCCGGATGCCAATCTCCTCAGACCTAAACAACCCAAGAAACTTCATCACGAA 1963
Query 1968 GATCTCGCGCTACAACAAAGTGGTGGACATCCCGAACAGCATGACCGTACTAGACGAGCT 2027
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 1964 GATCTCACGCTACAACAAAGTGGTGGACATCCCGAACAGCATGACCATACTGGACGAGCT 2023
Query 2028 TCTCCCAATCTCTATCGAGATGGCGAAGAGAAACCTAAGAGGCATATGGAATTTCACCAA 2087
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2024 TCTCCCGATCTCCATCGAGATGGCGAAGAGAAACCTAAGAGGGATATGGAACTTCACCAA 2083
Query 2088 CCCAGGGGTGGTGAGCCACAACGAGATATTGGAGATGTACAAGAATTACATCGAGCCAGG 2147
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2084 CCCAGGGGTGGTGAGCCACAACGAGATACTGGAGATGTACAAGAATTACATCGAGCCAGG 2143
Query 2148 TTTTAAATGGTCCAACTTCACAGTGGAAGAACAAGCAAAGGTCATTGTTGCTGCTCGAAG 2207
|||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2144 TTTTAAATGGTCCAACTTTACATTGGAAGAACAAGCAAAGGTCATTGTTGCTGCGCGAAG 2203
Query 2208 CAACAACGAAATGGATGGATCTAAACTAAGCAAGGAGTTCCCAGAGATGCT-CTCCATCA 2266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 2204 CAACAACGAAATGGATGGATCTAAACTAAGCAAGGAGTTCCCAGAGATGCTAC-CCATCA 2262
Query 2267 AAGAGTCACTGCTCAAATACGTCTTTGAACCAAACAAGAGAACCTAAGCCTTCAATGAAC 2326
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2263 AAGAGTCACTGATCAAATACGTCTTTGAACCAAACAAGAGAACCTAAGCCTTCAATGAAC 2322
Query 2327 ATCACACTCTT-CCACAAGTGCTTACTTTAAACTGttttgttttg-ttttttttt-cttt 2383
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||
Sbjct 2323 ATCACACTCTTGCCACAAGTGCTTACTTTAAATTGTTTC-TTTTACTTTTTTTTTTCTTT 2381
Query 2384 ttgccttttcttccaacagatatatcttttttatatttACTCATCGTCTTATGATCCTTG 2443
|||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2382 TTGCCTTTTCTTTCAACAGAAATATCTTTTT-ATATTTACTCATCGTCTTATGATCCTTG 2440
Query 2444 TAGGTAGTTTCACTATATTGATTCTACTAAAATATGATTTACGATTATTAATATTTATAT 2503
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||
Sbjct 2441 TAGGTAGTTTCACTATATTGATTCTACTAAAATATGATTTACCATTA--A-TATTTATAT 2497
Query 2504 AGACGAGAGTTTTTCTTTTCCTC 2526
||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2498 AGACGAGAGTTTTTCTTTTTCTC 2520
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95225612500
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5