BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G53750.1
Length=1630
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg923937 jgi|Araly1|923937|scaffold_105218.1 2213 0.0
Ahg336830 jgi|Araly1|336830|fgenesh1_pg.C_scaffold_1003395 1267 0.0
> Ahg923937 jgi|Araly1|923937|scaffold_105218.1
Length=1321
Score = 2213 bits (1198), Expect = 0.0
Identities = 1267/1301 (97%), Gaps = 2/1301 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 129 GAAATCCGGCGACAATGGTGAGAGATATTGAAGATGAGATTAGAGACGAGAAGAATCCTC 188
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 7 GAAATCCGGCGAAAATGGTGAGAGATATTGAAGATGAGATCAGAGACGAGAAGAATCCTC 66
Query 189 GTCCTCTTGATGAAGATGATATCGCTCTCCTCAAGACTTATGGGTTAGGGCCTTACTCTG 248
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 67 GTCCGCTTGACGAAGATGATATCGCTCTCCTCAAGACTTATGGGTTAGGGCCTTACTCTG 126
Query 249 CACCTATCAAGAAAGTGGAGAAAGAAATTAAGGATCTCGCCAAGAAGATCAACGATCTAT 308
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 127 CACCTATCAAGAAAGTGGAGAAAGAAATTAAGGATCTCGCCAAGAAGATCAACGATCTAT 186
Query 309 GTGGTATCAAGGAGTCTGATACTGGTTTAGCTCCTCCCAGTCAATGGGATCTTGTATCTG 368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 187 GTGGTATCAAGGAGTCTGATACTGGTTTAGCTCCTCCCAGTCAATGGGATCTTGTATCTG 246
Query 369 ATAAGCAAATGATGCAAGAAGAGCAACCTCTGCAGGTTGCGAGATGCACAAAGATTATAA 428
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 247 ATAAGCAAATGATGCAAGAGGAGCAACCTCTGCAGGTTGCGAGATGCACAAAGATAATAA 306
Query 429 GTCCAAACACTGAAGACGCCAAATACGTCATAAATGTCAAACAAATTGCTAAGTTTGTTG 488
|||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 307 GTCCAAACACCGAAGATGCAAAATACGTCATTAATGTCAAACAAATTGCTAAGTTTGTTG 366
Query 489 TTGGACTTGGCGATAAAGTTTCTCCCACTGATATTGAGGAAGGCATGCGTGTTGGAGTTG 548
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 367 TTGGACTTGGCGATAAAGTTTCTCCCACTGATATTGAAGAAGGCATGCGTGTGGGAGTTG 426
Query 549 ATCGGAATAAATATCAGATTCAGATTCCTCTACCTCCCAAAATCGATCCTAGCGTGACCA 608
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 427 ATCGGAATAAATATCAGATTCAGATTCCTCTACCTCCGAAAATCGATCCTAGCGTGACCA 486
Query 609 TGATGACTGTCGAAGAGAAACCTGATGTAACTTACAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGC 668
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 487 TGATGACAGTCGAAGAGAAACCTGATGTAACTTACAATGATGTTGGTGGCTGTAAGGAGC 546
Query 669 AGATTGAGAAGATGCGAGAGGTTGTTGAACTGCCAATGCTTCATCCAGAGAAATTTGTGA 728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 547 AGATTGAGAAGATGCGAGAGGTTGTTGAACTGCCAATGCTTCATCCAGAGAAATTTGTGA 606
Query 729 AGCTTGGAATAGATCCTCCCAAGGGTGTTCTCTGCTACGGACCTCCTGGTACTGGTAAAA 788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 607 AGCTTGGAATAGATCCTCCCAAGGGTGTTCTCTGCTATGGTCCTCCTGGTACTGGTAAAA 666
Query 789 CTCTTCTGGCTAGAGCTGTGGCCAACAGAACCGATGCTTGCTTTATCAGGGTTATTGGAA 848
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 667 CCCTTCTGGCTAGAGCTGTGGCCAACAGAACCGATGCTTGCTTTATCAGGGTTATCGGCA 726
Query 849 GTGAGCTTGTTCAGAAGTATGTTGGTGAAGGAGCTAGGATGGTTCGTGAACTGTTTCAGA 908
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 727 GTGAGCTTGTTCAGAAGTATGTTGGTGAAGGAGCTAGGATGGTTCGTGAACTGTTTCAGA 786
Query 909 TGGCACGGTCCAAGAAAGCCTGCATTGTGTTCTTTGACGAAGTTGATGCCATTGGTGGTG 968
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 787 TGGCACGGTCCAAGAAAGCTTGCATTGTATTCTTTGATGAAGTTGATGCCATTGGTGGTG 846
Query 969 CAAGATTTGATGATGGTGTTGGTGGTGATAACGAAGTCCAACGTACTATGCTTGAGATTG 1028
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 847 CAAGATTTGATGACGGTGTTGGTGGTGATAATGAAGTCCAACGTACTATGCTTGAGATTG 906
Query 1029 TGAATCAGCTTGATGGGTTTGACGCACGTGGTAACATCAAGGTTCTTATGGCAACAAACA 1088
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 907 TGAATCAGCTTGATGGGTTCGACGCACGTGGTAACATCAAGGTTCTTATGGCAACAAACA 966
Query 1089 GGCCTGACACACTAGACCCAGCTCTTTTACGTCCTGGACGTCTTGACCGTAAGGTTGAGT 1148
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 967 GGCCTGACACACTAGACCCAGCTCTTTTACGTCCTGGACGTCTTGACCGTAAGGTTGAGT 1026
Query 1149 TTGGTCTACCTGACCTGGAGAGCAGAACACAGATCTTCAAGATTCACACAAGAACCATGA 1208
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1027 TTGGTCTTCCTGACCTGGAGAGCAGAACACAGATCTTCAAGATTCACACACGAACCATGA 1086
Query 1209 ACTGCGAAAGAGACATCCGTTTCGAACTCCTTGCTCGCCTCTGCCCAAACTCAACGGGAG 1268
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1087 ACTGCGAAAGAGACATCCGTTTCGAACTCCTTGCTCGCCTCTGCCCAAACTCAACCGGAG 1146
Query 1269 CTGATATTC-GAAGTGTATGCACTGAAGCAGGAATGTACGCAATCAGAGCTAGGAGAAAG 1327
||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1147 CTGATAT-CAGAAGTGTATGCACTGAAGCAGGAATGTACGCAATCAGAGCTAGGAGAAAG 1205
Query 1328 ACTGTGACTGAGAAAGACTTTCTAGACGCAGTGAACAAAGTCATTAAAGGTTACCAAAAG 1387
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1206 ACTGTGACTGAGAAAGACTTTCTGGACGCAGTGAACAAAGTCATTAAAGGTTACCAAAAG 1265
Query 1388 TTCAGTGCCACTCCCAAGTATATGGTCTACAATTAGAGAGA 1428
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1266 TTCAGTGCCACTCCCAAGTACATGGTCTACAATTAGAGAGA 1306
> Ahg336830 jgi|Araly1|336830|fgenesh1_pg.C_scaffold_1003395
Length=2094
Score = 1267 bits (686), Expect = 0.0
Identities = 975/1111 (88%), Gaps = 34/1111 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 327 ATACTGGTTTAGCTCCTCCCAGTCAATGGGATCTTGTATCTGATAAGCAAATGA-TGCAA 385
||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| || ||||||| || |||| ||
Sbjct 989 ATACTGGGTTATCTCTTCCCAGTCAATGGGATCTCATAGCTGATAAACAGATGATTG-TT 1047
Query 386 GAAGAGCAACCTCTGCAGGTTGCGAGATGCACAAAGATTATAAGTCCAAACACTGAAGAC 445
|| ||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| || |||||||| |||||||||
Sbjct 1048 GACGAGCAGCCTCTGCATGTTGCGACATGCACACAGATAATCAGTCCAAATACTGAAGAC 1107
Query 446 GCCAAA-TACGTC-AT-AAATGTCAAACAAAT-TGCTAAGTTTGTTGTTGGACTTGGCGA 501
| |||| || ||| | | ||| ||| | || || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1108 G-CAAAGTATGTCGTTGATATG-GAAA-AGATAGGC-AAGTTTGTTGTTGGACTTGGCGA 1163
Query 502 TAAAGT-TTCTCCCACTGATATTGAGGAAGGCATGCGTGTTGGAGTTGATCGGAATAAAT 560
|||| | |||||||||||| || || | ||| |||||||| ||||||||| |||| ||||
Sbjct 1164 TAAA-TCTTCTCCCACTGAGATAGAAGTAGGAATGCGTGTGGGAGTTGATAGGAAGAAAT 1222
Query 561 ATCAGATTCAGATTCCTCTACCTCCCAAA-ATC-GATCCTAGCGTG--ACCATGATGACT 616
||||||| ||||||||||||||| ||||| | | |||||| |||| | |||||||||
Sbjct 1223 ATCAGATACAGATTCCTCTACCT-CCAAAGA-CTGATCCT--CGTGCTATCATGATGACG 1278
Query 617 GTCGAAGAGAAACCTGATGTAACTTACAATGATGTTGGTGG--ATGCAAGGAGCAGATTG 674
|| ||||||||||| || |||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1279 GTTGAAGAGAAACCGGACATAACTTACTGTGATATCGGTGGCTGTGCAAGGAGCAGATTG 1338
Query 675 AGAAGA-T-GCGA-G-AGGTTGTTGAACTGCCAATGCTTCATCCAGAGAAATTTGTGAAG 730
|||||| | | || | | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339 AGAAGATTAGAGAGGTATGTTGTTGAACTACCAATGCTTCATCCAGAGAAATTTGTGAAG 1398
Query 731 CTTGGAATAGATCCTCCCAAGGGTGTTCTCTGCTACGGACCTCCTGGTACTGGTAAAACT 790
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||
Sbjct 1399 CTTGGAATAGATCCTCCCAAGGGCGTTCTTTGCTATGGTCCTCCGGGTACTGGAAAAACC 1458
Query 791 CTTCTGGCTAGAGCTGTGGCCAACAGAACCGATGCTTGCTTTATCAGGGTTATTGGAAGT 850
||| ||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1459 CTTGTGGCTAGAGCTGTAGCTAATAGAACCGGTGCTTGCTTTATCAGGATTATTGGCAGT 1518
Query 851 GAGCTTGTTCAGAAGTATGTTGGTGAAGGAGCTAGGATGGTTCGTGAACTGTTTCAGATG 910
||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1519 GAGCTCGTTCAGAAGTACATCGGTGAAGGAGCAAGGATGGTTCGTGAACTGTTTCAGATG 1578
Query 911 GCACGGTCCAAGAAAGCCTGCATTGTGTTCTTTGACGAAGTTGATGCCATTGGTGGTGCA 970
||||| || |||||||| |||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1579 GCACGCTCAAAGAAAGCTTGCATTTTGTTCATTGACGAAATCGATGCCATTGGTGGTGCA 1638
Query 971 AGATTTGATGATGGTGTTGGTGGTGATAACGAAGTCCAACGTACTATGCTTGAGATTGTG 1030
||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1639 AGATTTGATGACGGTGTAGGCGGTGATAATGAAGTCCAACGTACTATGCTTGAGATTGTG 1698
Query 1031 AATCAGCTTGATGGGTTTGACGCACGTGGTAACATCAAGGTTCTTATGGCAACAAACAGG 1090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 AATCAGCTTGATGGGTTTGACGCACGTGGTAACATCAAGGTTCTTATGGCAACAAACAGG 1758
Query 1091 CCTGACACACTAGACCCAGCTCTTTTACGTCCTGGACGTCTTGACCGTAAGGTTGAGTTT 1150
||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1759 CCTGACATACTGGACCCTGCTCTTTTACGTCCTGGACGTCTTGACCGCAAGATTGAGTTT 1818
Query 1151 GGTCTACCTGACCTGGAGAGCAGAACACAGATCTTCAAGATTCACACAAGAACCATGAAC 1210
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1819 TGTCTGCCTGATCTGGAGAGCAGAACACAGATCTTCAAGATTCACACACGAACCATGAAC 1878
Query 1211 TGCGAAAGAGACATCCG-TTTCGAACTCCTTGCTCGCCTCTGCCCAAACTCAACGGGAGC 1269
||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1879 TGCGAAAGAGACATCCGGTTT-GAACTCCTTGCTGGTCTCTGCCCAAATTCAACAGGAGC 1937
Query 1270 TGATATTC-GAAGTGTATGCACT-GAAGCAGGAATGTACGCAATCAG-AGCTAGGAGAAA 1326
|||||| | ||||||| |||| | ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||
Sbjct 1938 TGATAT-CAGAAGTGTGTGCA-TAGAAGCCGGAATGTATGCAAT-AGGAGCTAGGAGAAA 1994
Query 1327 GACTGTGACTGAGAAAGACTTTCTAGACGCAGTGAACAAAGTCATTAAAGGTTACCAAAA 1386
| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || |||||
Sbjct 1995 GGCTGTGAGTGAGAAAGACTTTCTGGACGCAGTGAACAAAGTGGTTAAAGGCTATCAAAA 2054
Query 1387 GTTCAGTGCCACTCCCAAGTATATGGTCTAC 1417
||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 2055 GTTCAGTGCAACTCCCAAGTATATGGCCTAC 2085
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 61096752980
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5