BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G54310.2
Length=1365
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg924164 jgi|Araly1|924164|scaffold_105445.1 2244 0.0
> Ahg924164 jgi|Araly1|924164|scaffold_105445.1
Length=1361
Score = 2244 bits (1215), Expect = 0.0
Identities = 1297/1338 (97%), Gaps = 0/1338 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 28 GCTGCAGCCAAGAAATGCGGGACGATGGTGATGCTCGGTGTGCTCCAGCTTCCCTGCCGC 87
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GCTGTAGCCAAGAAATGCGCGACGATGGTGATGCTCGGTGTGCTCCAGCTTCCCTGCCGC 60
Query 88 CTCCATCACTCTCTCTTTTACTCCTCTTCCCAAATTGCTTCTTCTCGCCCTCAAGGTGTT 147
|||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTCCGTCACTCCCTCTTTTTCTCCTCTTCCCAAATCGCTTCTTCTCGCCCTCAAGGTGTT 120
Query 148 GCTAAAGTGGTTCTGAAAAAAGGCAAGACACAGCTCTTCAAAGACGGAAGTCCAATGGTG 207
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCTAAAGTGGTTCTTAAAAAGGGCAAGACACAGCTCTTCAAAGACGGAAGTCCAATGGTG 180
Query 208 TACAGTGGAGCTGTCGACAGGATCATCGGAAAACCACCTCCTCAGACAGGAGATGTTGTC 267
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 181 TACAGTGGAGCTGTAGACAGGATCATTGGAAAACCTCCTCCTCAGACCGGAGATGTTGTC 240
Query 268 ATTGTAGCTGATGGCACTGAGAATCCCATTGGTTGGGGTTTGTATAACTCTGTTTCTATG 327
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATTGTCGCTGATGGCACTGAGAATCCCATTGGTTGGGGTTTGTATAACTCTGTTTCTATG 300
Query 328 TTCTGTGTTCGCCTTATGCAGCTTCAACACGAATCCACCAGAGATCCTTCTTGTGCATTG 387
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTCTGTGTTCGCCTTATGCAGCTTCAACACGAATCCTCCAGAGATCCTTCTTGTGCATTG 360
Query 388 AACATTGAGAAGCTTCTCCAAACAAGAATCGCTGAAGCAGTTCAGTTGCGAAAGAGTTTG 447
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AACATTGAGAAGCTTCTCCAAACTAGAATCGCTGAAGCACTTCAGTTGCGAAAGAGTTTG 420
Query 448 GCACTTCCCTCGGCTAATACTAATGCTTATCGTCTTGTCAACAGTGAAGGAGATAGATTG 507
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GCACTTCCCTCTGCTAATACTAATGCTTATCGTCTTGTCAACAGTGAAGGAGATAGATTG 480
Query 508 TCTGGATTGATTGTGGATGTGTTTGGAGATATAGCTGTGGTAGCATCCTCTGCTGCTTGG 567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TCTGGATTGATTGTGGATGTGTTTGGAGATATAGCTGTGGTAGCATCCTCTGCTGCTTGG 540
Query 568 CTTGAAAAGTACAGGATTGAAGTGGAGAGTTGCTTAAGATCAATTGACGGAATTAATCAT 627
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTTGAAAAGTACAGGATTGAAGTAGAGAGTTGCTTAAGATCAATTGACGGAATTAATCAT 600
Query 628 ATAAACTGGAGACCTTCTCTTGATGTTCTTAAAGAAGATGGTTTTGACATCTCAAGTCTG 687
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 601 ATAAACTGGAGACCGTCTCTTGATGTTCTTAAAGAAGATGGATTTGATATCTCAAGTCTG 660
Query 688 AAACAGACACAATCATCTACTCTCCCACAGAGATCAATGGTTGTGGAAAATGGGATCTCA 747
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AAACAAACACAATCATCTACTCTCCCACAGAGATCAATGGTTGTGGAAAATGGGATCTCC 720
Query 748 TACGCAATTTCGCTAGAGGGACAGAAGACAGGGTTCTACACGGATCAGCGCGAAAACCGT 807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 721 TACGCAATTTCGCTAGAGGGACAGAAGACAGGGTTCTACACAGATCAGCGCGAAAACCGT 780
Query 808 CACTTCATATCAACCATCTCTGCTGGTAAAAGAGTTCTTGATCTTTGCTGCTATAGTGGT 867
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CACTTCGTATCAACCATCTCTGCTGGTAAAAGAGTTCTTGATCTTTGCTGCTATAGTGGT 840
Query 868 GGATTTGCACTGAATGCAGCGAGAGGAGGTGCTACCAGTGTTATCGGAATTGATTCATCT 927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GGATTTGCACTGAATGCAGCGAGAGGAGGTGCTACCAGTGTTATCGGAATTGATTCATCT 900
Query 928 TTACCTGCTTTGGAGCTCGCCAGAGAGAATGTAATCCTCAACAATATGGATCCAGAGAAG 987
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GTACCTGCTTTGGAGCTCGCCAGAGAGAATGTTATCCTTAACAATATGGATCCAGAGAAG 960
Query 988 GTTGTTTTCTTTAAACAAGATTCAACAGAATTCATGAAGGGTGCACTGTCAAGAGAAGAG 1047
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 961 GTTGTTTTCTTTAAACAAGATTCAACAGAATTCATGAAGGGTGCTCTGTCAAGAGAAGAG 1020
Query 1048 ACATGGGACATCGTGATCCTAGACCCTCCTAAGCTAGCTCCGCGGAAAAAGGTTTTGCAC 1107
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ACATGGGACATCGTGATCCTAGACCCTCCTAAGCTAGCTCCGCGGAAAAAGGTTTTGCAC 1080
Query 1108 AACGCTTCAGGAATGTACAGAAATCTCAACTCGTTGGCAATGCGATTGACAAGGAGTGGC 1167
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1081 AACGCAGCAGGAATGTACAGAAATCTCAACTCGTTGGCAATGCGATTGACAACGAGTGGC 1140
Query 1168 GGTCTTATGATGACATGCTCATGTTCAGGGGCAATGACACAGAGCGGGAAGTTCTTGGGG 1227
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1141 GGTCTTATGATGACATGCTCATGTTCAGGGGCTATGACACAGAGTGGGAAGTTCTTGGGG 1200
Query 1228 ATACTTCAGAGTGCTGCAGCAATGTCAGGAAGGAAGATCACAGTGGTGCGGGAGGCAGGA 1287
|| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1201 ATTCTTCAGAGCGCTGCAGCAATGGCGGGAAGGAAGATCACAGTGGTGAGGGAGGCAGGA 1260
Query 1288 GCTGCGTCTGACCACCCACTCGACCCATCTTACCCTCAAGGCCAATATCTCTCCAACCTT 1347
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1261 GCTGCGTCTGACCACCCACTCGACCCATCTTACCCTCAAGGCCAATATCTCTCCAATCTT 1320
Query 1348 CTGCTTCGGGTGCTGTGA 1365
|||||||||||||| |||
Sbjct 1321 CTGCTTCGGGTGCTTTGA 1338
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 51084708780
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5