BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G55150.1
Length=1839
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474570 jgi|Araly1|474570|fgenesh2_kg.1__4524__AT1G55150.1 2700 0.0
> Ahg474570 jgi|Araly1|474570|fgenesh2_kg.1__4524__AT1G55150.1
Length=1761
Score = 2700 bits (1462), Expect = 0.0
Identities = 1639/1722 (95%), Gaps = 21/1722 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 34 CTCTCACCTTTCGTCGTCCCAATTTGTAAAACCCTAACGACTAGATTTCAGTACCTGCAA 93
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1 CTCTCACCTTTCGTCGTCCCAATTGGTAAAACCCTAACGACTAGATTTC---A---G--- 51
Query 94 CTCCTTTTTCTCAACTTTCCGATCATATTTCTCAATCGGAGAAACTGATTCGACGAACAT 153
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 52 -------TTCTCAACTTTCCGATCATATTTCTCAATCGGAGAAACTGAGTCGACGAACAT 104
Query 154 CATGAGTCGCTACGATAGCCGGACCGGCGATTCCACCTCGTACCGTGACCGTCGAAGTGA 213
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 105 CATGAGTCGTTACGATAGCCGGACCGGCGACTCCACCTCGTTCCGTGACCGTCGAAGTGA 164
Query 214 CTCAGGGTTTGGTGGGACTTCATCATATGGAAGCTCAGGTAGTCATACATCTAGCAAAAA 273
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 165 CTCAGGGTTTGGTGGGACTTCAGCATATGGAAGCTCAGGTAGTCATACATCTAGCAAAAA 224
Query 274 GGATAACGATGGCAATGAATCTCCAAGGAAGCTAGATTTAGATGGTTTGACTCCTTTTGA 333
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 225 GGATAATGATGGCAATGAATCTCCAAGGAAGCTAGATTTGGATGGTTTGACTCCTTTTGA 284
Query 334 GAAGAATTTTTATGTCGAGTCTCCCGCTGTGGCGGCTATGACAGACACAGAAGTAGAGGA 393
||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 285 GAAGAATTTCTATGTCGAGTCACCTGCTGTAGCGGCTATGACTGACACAGAAGTGGAGGA 344
Query 394 ATATCGAAAGCTAAGGGAAATTACTGTTGAAGGCAAAGATATTCCAAAACCTGTCAAGAG 453
|||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 345 ATATCGAAAGTTGAGGGAGATTACTGTTGAAGGCAAAGATATTCCAAAACCCGTCAAGAG 404
Query 454 TTTTCGTGATGTTGGCTTTCCTGATTATGTTTTGGAAGAGGTTAAGAAGGCTGGTTTTAC 513
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 405 TTTTCGTGATGTTGGCTTTCCTGATTATGTTTTGGAAGAGATTAAGAAGGCTGGTTTTAC 464
Query 514 TGAACCTACGCCTATACAATCTCAGGGGTGGCCAATGGCTATGAAGGGACGTGATCTTAT 573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 465 TGAACCTACGCCTATACAATCTCAGGGGTGGCCAATGGCAATGAAGGGACGTGATCTCAT 524
Query 574 CGGCATTGCTGAAACTGGTTCTGGAAAGACTCTTTCTTACTTACTACCTGCTATTGTCCA 633
||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 525 CGGCATTGCGGAAACTGGCTCTGGAAAGACTATTTCCTACTTACTACCTGCTATTGTACA 584
Query 634 TGTTAATGCCCAACCAATGTTAGCTCATGGTGACGGCCCAATCGTCTTGGTTCTTGCTCC 693
|||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 TGTTAATGCCCAACCAATTTTAGCTCCTGGGGACGGCCCAATCGTCTTGGTTCTTGCTCC 644
Query 694 CACTCGTGAACTGGCTGTGCAGATACAGCAAGAGGCATCTAAATTTGGTTCATCCTCAAA 753
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 645 GACTCGTGAACTGGCTGTGCAGATACAGCAAGAGGCATCTAAATTTGGTTCATCGTCAAA 704
Query 754 AATTAAGACCACTTGCATTTATGGTGGGGTTCCAAAAGGGCCTCAAGTGCGTGATCTCCA 813
|||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 705 AATTAAGAGCACTTGCATTTATGGTGGAGTTCCAAAAGGGCCCCAAGTGCGTGATCTCCA 764
Query 814 GAAAGGTGTGGAGATCGTTATAGCTACTCCTGGGAGGTTAATAGACATGATGGAGTCGAA 873
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 765 GAAAGGTGTGGAAATTGTTATAGCTACTCCTGGGAGGTTAATAGACATGATGGAGTCAAA 824
Query 874 CAACACAAACCTACGAAGGGTTACTTATCTTGTTTTGGATGAGGCTGATCGAATGCTTGA 933
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 825 CAACACAAACCTGCGAAGGGTTACTTATCTTGTTTTGGATGAGGCTGATCGAATGCTGGA 884
Query 934 TATGGGGTTTGACCCTCAGATCCGGAAAATTGTTTCACATATTCGGCCAGACCGTCAAAC 993
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 885 TATGGGGTTTGACCCTCAGATCCGGAAAATTGTTTCACATATTCGGCCAGATCGTCAAAC 944
Query 994 TTTGTACTGGAGTGCCACTTGGCCTAAGGAGGTGGAACAACTATCGAAGAAGTTTCTTTA 1053
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 945 TTTGTACTGGAGTGCTACTTGGCCTAAGGAGGTGGAACAACTATCTAAGAAGTTTCTTTA 1004
Query 1054 TAACCCATACAAAGTGATAATAGGATCTTCTGATTTGAAAGCTAACCGTGCAATTCGTCA 1113
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1005 TAACCCATACAAAGTGATAATAGGATCTTCTGATTTAAAAGCAAACCGTGCAATCCGTCA 1064
Query 1114 AATTGTTGATGTCATTTCCGAAAGCCAAAAGTATAACAAGTTGGTGAAACTGCTTGAGGA 1173
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 1065 AATTGTTGATGTCATTTCCGAAAGCCAGAAGTATAACAAGTTGGTGAAGTTGCTTGAAGA 1124
Query 1174 CATAATGGATGGAAGCAGAATTCTTGTCTTCCTCGATACAAAAAAGGGCTGTGACCAAAT 1233
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1125 CATAATGGATGGAAGCAGAATTCTTGTTTTCCTAGATACAAAAAAGGGCTGTGACCAAAT 1184
Query 1234 CACTCGTCAGCTTCGCATGGATGGTTGGCCTGCTTTGTCAATACATGGAGATAAAAGTCA 1293
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1185 CACTCGTCAGCTCCGCATGGATGGTTGGCCTGCTTTGTCAATACATGGTGATAAAAGTCA 1244
Query 1294 AGCGGAAAGAGATTGGGTTCTCTCGGAGTTTAGATCAGGCAAAAGCCCTATAATGACTGC 1353
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245 AGCCGAAAGAGATTGGGTTCTCTCGGAGTTTAGATCAGGCAAAAGCCCTATAATGACTGC 1304
Query 1354 TACAGACGTTGCAGCTCGTGGATTAGACGTGAAAGATGTGAAGTATGTGATAAACTATGA 1413
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 TACAGATGTTGCAGCTCGTGGATTAGACGTGAAAGATGTGAAGTATGTGATAAACTATGA 1364
Query 1414 CTTCCCTGGATCACTGGAGGATTATGTTCACAGGATTGGACGAACAGGTAGAGCCGGGGC 1473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1365 CTTCCCTGGATCACTGGAGGATTATGTTCACAGGATTGGACGAACAGGTAGAGCCGGAGC 1424
Query 1474 TAAAGGAACAGCTTACACTTTCTTCACAGTTGCAAATGCGAGATTCGCCAAGGAACTTAC 1533
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1425 TAAAGGAACAGCTTACACTTTCTTCACAGTTGCAAACGCGAGATTCGCCAAGGAACTTAG 1484
Query 1534 CAACATACTACAAGAAGCTGGACAGAAAGTGAGTCCCGAATTGGCTTCAATGGGTCGCAG 1593
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485 CAACATACTAGAAGAAGCTGGACAGAAAGTGAGCCCCGAATTGGCTTCAATGGGTCGCAG 1544
Query 1594 TACCGCTCCTCCTCCTCCAGGGCTTGGAGGATTCAGAGACCGTGGGAGCAGAAGAGGGTG 1653
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 CACCGCTCCTCCTCCTCCAGGGCTTGGAGGATTCAGAGACCGTGGGAGCAGAAGAGGGTG 1604
Query 1654 GAGCTGATCACTGATTTTGTATCTTGTTATGGCTTTAGGGCTCAGTGATTTTCTTTCTCC 1713
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1605 GAGCTGATCACTGATTTTGTATCTTGTTATGGCTTTAGGGCTCAGTGATTTTCTCTCTCC 1664
Query 1714 ATTTATATCT-C-TTGTTTACTATTTTGTTCCTCAAACATTT 1753
|||| ||| | | || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1665 ATTT-TAT-TACCTT-TTTACTATTTTGTTCCTCAAACATTT 1703
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69057614185
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5