BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G55250.1
Length=2779
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg314752 jgi|Araly1|314752|fgenesh1_pm.C_scaffold_1003532 4157 0.0
> Ahg314752 jgi|Araly1|314752|fgenesh1_pm.C_scaffold_1003532
Length=2640
Score = 4157 bits (2251), Expect = 0.0
Identities = 2435/2527 (96%), Gaps = 0/2527 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 177 TGTTGATGCCACTGTTCTACAGTTACAGAATCAGAAACTGGTTCAGCAATTAGACCTGCA 236
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 114 TGTTGATGCCACTGTTCTACAGTTACAGAATCAGAAACTGGTTCAGCAGTTAGACCTTCA 173
Query 237 GAAGAAACAGCTGTACGATGTTGAAAGCAAGATCCAAGAGTTGCAGCTCAACCAAACGTC 296
||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 174 GAAGAAACACCTGTACGATGTTGAAACCAAGATCCAAGAGTTGCAAATCAAACAAACGTC 233
Query 297 TTATGATGATGAACTTATATCAGTGAACCAGCTTTGGAATCAGTTGGTAGATGACCTGAT 356
|||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 234 TTATGATGATGAACTTATCTCAGTTAACCAGCTTTGGAATCAGTTGGTAGATGATCTGAT 293
Query 357 TTTGCTTGGTGTTCGTGCCGGGGCTAATCAAGAGGCTCTAAACTACTTGGACATTGTAGA 416
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 294 ATTGCTTGGAGTTCGTGCTGGGGCTAATCAAGAGGCTCTAAAATACTTGGACATTGTAGA 353
Query 417 TAAAAAGCGAGTTCCACCATGCGCTGCTGATGAAACGTTTCTATGTAGACTTCTGCAAGT 476
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 354 TAAACAGCGAGTTCCACCATGCGCTGCTGATGAAATGTTTCTGTGTAGACTTCTGCAAGT 413
Query 477 AGATTCCTTAGATACTAGTAAGAGTGATGAGGTAGTAAGAAAGGTTGAAGAAGCTCTTGC 536
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 414 TGATTCCTTAGATACTAGTAATAGTGATGAGGTAGTAGGAAAGGTTGAAGAAGCTCTTGC 473
Query 537 TTTGCGTCATTCCTCTACAATGGAGTTGATGGGACTCTTTGAGAACACCATTGATACACA 596
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 474 TTTGCGTCATTCCTCTACAATGGAATTGATGGGACTCTTTGAGAACACCATTGCTACACA 533
Query 597 GAAGACGAAAGCTGAAAGCATTTCACAAAGTTTACATGCTGTAAAATCGACAGAAGATGC 656
|| | ||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 534 GAGGGCGAAAGCTGAAAGTATTTCTCAAAATTTACATGCTGTGAAATCGGCAGAAGATGC 593
Query 657 CACCATCCAGTTATCTAGCATTAATGATTTGATGAAAGAGGAGTCCAAAAACTTGCGTGA 716
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 594 CACCATCCAGTTATCTAGCATTAATGATTTGATGAAAGAGGAGGCCAAAAACTTGCGTGA 653
Query 717 GATGATTGATGCTTTACATGTGAGGCACAAAGAACATTCCGAGCAGATTCAGGCGTACAT 776
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||
Sbjct 654 GATGATTGATACTTTACATGTGAGGCACAAAGAACACACCGAGCAGATTCATGCATACAT 713
Query 777 AAGCAGCCATTCAACAGATCAATCCGAGCTTAAACACCTTAAAGGTCAATTGGAAGAGAT 836
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 714 AAGCAGCCATTCGACAGATCAATCCGAGCTTAAACACCTCAAAGGTCAATTGGAAGAGAT 773
Query 837 CAAGGCTGAGCTTGAAGAAAATAGAAGAAAATTGATAACTCTGAAAATGCAGAAGGATGC 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 CAAGGCTGAGCTTGAAGAAAATAGAAGAAAATTGATAACTCTGAAAATGCAGAAGGATGC 833
Query 897 TGCATGTGAAGGTCATGTAACATCACCGGCAATAGCAAATGGAAGTCTTTCTCCTGAGAA 956
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 834 TGCATGTGAAGGTCATGTAACATCACCAGCAATAGCAAATGGAAGCCTTTCTCCTGAGAA 893
Query 957 GCCTGTAGATAAAACGAAGTTGCGTGAATTGAAGGACTCCATTGATGAGATAAAGATAAT 1016
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 894 GCCTATAGATAAAACGAAGTTGCGTGAATTGAAGGACTCCATTGATGAAATAAAGATAAT 953
Query 1017 GGCAGAAGGTCGTCTGTCTGAGCTTCAAGCTTCACAAGAGTATAATCTTTCCTTGTCAAG 1076
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 GGCAGAAGGTCGTCTGTCTGAGCTTCAAGCTGCACAAGAGTATAATCTTTCCTTGTCAAG 1013
Query 1077 ACAATGTCAAGATATTGAGAATGAACTAAAGGATGACCAGTATATATACTCGTCTAGACT 1136
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1014 ACAATGTCAAGATATTGAGAATGAACTAACGGATGACCAGCATATATACTCGTCTAGACT 1073
Query 1137 GTATAGTTTGATCAATGATCGAATTCATCACTGGAATGCTGAACTGGACCGGTACAAAAT 1196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 GTATAGTTTGATCAATGATCGAATTCATCACTGGAATGCTGAACTGGACCGGTACAAAAT 1133
Query 1197 TCTGACTGAGGCCATTCAGGCTGAAAGGTCCTTTGTAATGAGACGGGATAAGGAACTAAA 1256
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1134 TCTGACTGAGGCCATTCAGGCTGAAAGGTCCTTTGTAATGAGACGGGAGAAGGAACTAAA 1193
Query 1257 TCTGAGGGCAGAATCTCTAGAGGCAGCCAACCATAAGACTACCACTGTTGGTTCTAGAAT 1316
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194 TCTAAGGGCAGAATCCCTAGAGGCAGCCAACCATAAGACTACCACTGTTGGTTCTAGAAT 1253
Query 1317 TGAAGTGCTGGAAAAGAAGCTGCAGAGTTGTATAATTGAAAAGAATGGATTAGAGCTTGA 1376
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254 TGAAGTTCTGGAAAAGAAGCTGCAGAGTTGTATAGTTGAAAAGAATGGATTAGAGCTTGA 1313
Query 1377 AACGGAAGAAGCTATTCAAGATTCTGAACGGCAAGATATTAAAAGCGAGTTTATTGCAAT 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1314 AACGGAAGAAGCTATTCAAGATTCTGAACGGCAAGATATTAAAAGTGAGTTTATTGCAAT 1373
Query 1437 GGCATCAACCTTATCTAAAGAGATGGAAATGATGGAAGCACAGTTGAAACGGTGGAAGGA 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 GGCATCAACCTTATCTAAAGAGATGGAAATGATGGAAGCACAGTTGAAACGGTGGAAGGA 1433
Query 1497 CACTGCACAAGATGCTCTTTACCTGCGTGAACAAGCTCAATCGTTGAGAGTTTCGTTAAG 1556
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1434 CACTGCACATGATGCTCTTTACCTGCGTGAACAAGCTCAATCGCTGAGAGTTTCGTTAAG 1493
Query 1557 TAACAAGGCAGACGAACAGAAGGGTTTGGAGGATAAATGTGCTAAACAGATGGCGGAAAT 1616
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 TAACAAGGCAGACGAACAGAAGGGTTTAGAGGATAAATGTGCTAAACAGATGGCGGAAAT 1553
Query 1617 TAAATCTCTCAAGGCTCTAATTGAGAAACTACTCAAAGAAAAACTACAGCTGCAAAATCT 1676
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1554 TAAATCTCTCAAGGCTCTAATTGAGAAACTTCTGAAAGAAAAATTAGAGCTGCAAAATCT 1613
Query 1677 AGCAAGCATCTGTACGCGTGAATGTAATGATGACAGGGGACTGGCAGAAATCAAGGATTC 1736
||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1614 AGCAAGCATCTGTACGCGTGAGTGTAATGATGAAAGAGGACTGGCAGAAATCAAGGAATC 1673
Query 1737 ACAACGGAAAGCCCAAGCTCAGGCTGAAGAGCTGAAAAACGTTTTGGATGAACACTTTCT 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 ACAACGGAAAGCCCAAGCTCAGGCTGAAGAGCTGAAAAACGTTTTGGATGAACACTTTCT 1733
Query 1797 TGAATTGAGAGTGAAAGCGGCTCATGAGACTGAGAGTGCTTGCCAAGAAAGGCTTGCTAC 1856
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1734 TGAATTGAGAGTGAAAGCGGCTCATGAGACTGAAACTGCTTGCCAAGAAAGGCTTGCAAC 1793
Query 1857 CGCCAAGGCTGAAATTGCTGAATTGAGGACTCAGTTAGATCTTTCTGAGAGGGAGGTTTT 1916
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1794 CGCGAAGGCTGAAATTGCTGAATTGAGGACTCAGTTAGATCTTTCTGAGAGGGAGGTTTT 1853
Query 1917 GGAACTTAAGGAGGGTATTAAAGTTAAAGAGCAGGAGGCAGAGGCATCCATTGCTGAAAT 1976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1854 GGAACTTAAGGAGGGTATTAAAGTTAAAGAGCAGGAGGCAGAGGCATCCATTGCTGAAAT 1913
Query 1977 GGAGACTATAGGTCAAGCCTATGAAGACATGCAGACACAGAACCAACATTTGTTGCAGCA 2036
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914 GGAGACTATTGGTCAAGCCTATGAAGACATGCAGACACAGAACCAACATTTGTTGCAGCA 1973
Query 2037 GGTGGCTGAGCGGGACGATTATAATATCAAGCTTGTTTCCGAAAGTGTCAAGACAAAGCA 2096
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1974 GGTGGCTGAGCGGGACGATTCTAATATCAAGCTTGTTTCCGAGAGTGTCAAGACAAAGCA 2033
Query 2097 TGCTTACAACACTCACTTATCTGAGAAGCAAGTAATGGAAAAGCAGCTCCATCAGGTTAA 2156
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2034 TGCTTACAACACTCACTTATCTGAGAAGCAAGTTATGGAAAAGCAGCTACAACAGGTTAA 2093
Query 2157 TGCATCCGTAGAGAATTTTAAAGCAAGGATTGCACATAATGAGGAACAGATGAAAGGCTG 2216
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 2094 TGCATCCGTAGAGAATTTTAAAGCAAGGATTGCACATAGTGAGGAACAGATGAGAGGCTG 2153
Query 2217 TTTTTCTGAGGCTTATAAATTGATTCAAGAAGATCGTCACCTCGTTATCAGCCTCGAAAC 2276
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2154 TTTTTCTGAGGCTTATAAATTGATTCAAGAAGATCGTCACCTCGCTATCAGCCTCGAAAC 2213
Query 2277 CACCAAATGGGAAGTAGCTGATGCTGACAAGGAATTCAGATGGCTCAAGTCGGCCGTGTC 2336
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||
Sbjct 2214 CACCAAGTGGGAAGTAGCTGATGCTGACAAGGAATTCAGATGGCTCAAGTCTGCTGTTTC 2273
Query 2337 TTCATCCGAAAAGGAATATGAACAGATCAGTAGGAGGACAGACGACATCAAACTGGAACT 2396
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 2274 TTCATCCGAAAAGGAATATGAACAGATCAGTAGGAGGACAAACGACATCAAACTGGAATT 2333
Query 2397 GGATGATGAAAGGAGGGAGAAGAAGAAGCTTGAGGAAGAGCTTATGGAGTTGAACAAAGA 2456
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2334 GGATGATGAAAGGAGGGAGAAGAAGAAGCTTGAGGAAGAGCTGATGGAGTTGAACAAGGA 2393
Query 2457 GCTTGAAGAGTTGGGTTCTGAGAGTGTAGAAGCTGCAATTGTGAGGCTCCAGGAAGAAGT 2516
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2394 GCTTGGAGAGTTGGGTTCTGAGAGTGTAGAAGCTGCCATAGTGAGACTCCAGGAAGAAGT 2453
Query 2517 TAAGAATTGCAAAAACATCCTCAAATGTGGTGTATGTTTTGATCGGCCTAAAGAGGTGGT 2576
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2454 TAAGAATTGCAAAAACATCCTCAAATGTGGCGTTTGTTTTGATCGGCCTAAAGAGGTGGT 2513
Query 2577 AATTGTGAAATGTTATCATCTGTTCTGCCAGCAATGCATCCAACGTAGCTTAGAGATCCG 2636
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2514 AATTGTGAAATGTTATCATCTCTTCTGCCAGCAATGCATCCAACGTAGCTTAGAGATCCG 2573
Query 2637 ACACCGGAAATGTCCAGGCTGCGGTACCGCCTTTGGCCAGAATGACGTCCGGCTTGTCAA 2696
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2574 ACACCGGAAATGTCCAGGCTGCGGTACCGCCTTTGGTCAGAACGACGTCCGACTTGTCAA 2633
Query 2697 AATGTAA 2703
|||||||
Sbjct 2634 AATGTAA 2640
Score = 187 bits (101), Expect = 3e-46
Identities = 111/116 (96%), Gaps = 0/116 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGAATCAGGAATCGGACGAGCCGATGCAGAAGAAGCCTCATCTTTTAGACTCCGTT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGAATCAGGAATCGGACGAGCCGATGCAGAAGAAGCCTCATCTTTTAGACTCCGTC 60
Query 61 TCTCCGAATTCCATGGCTCGTAACTCTTCACCTTCTCACCCTATAGCTAAAAGTGT 116
||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 61 TCTCCGACTTCCATGGCCCGTAATTCTTCACCTTCTCACCCTATTGCTAAAAGTGT 116
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104862444485
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5