BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G55325.2
Length=6940
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg314757 jgi|Araly1|314757|fgenesh1_pm.C_scaffold_1003537 3513 0.0
> Ahg314757 jgi|Araly1|314757|fgenesh1_pm.C_scaffold_1003537
Length=7917
Score = 3513 bits (1902), Expect = 0.0
Identities = 2156/2275 (95%), Gaps = 32/2275 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1329 GGGCTGGTGATTTTGACTGCCTTGGTGCGTCTGAAAATAAGAGTGATGGGTTTTATGaaa 1388
|||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3290 GGGCTGGTGATTTTGACTTCCTTGGAGCGTCTGAAAATAAGAGTGATGGGTTTTATGAAA 3349
Query 1389 aaaaTGGTTACAATAGCAGTGGTAGTAGCCGTAATAGCAGCATTAGTTCAACAAGTAGCG 1448
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3350 AGAATGATTACAATAGCAGTGGTAGTAGCCGTAATAGCAGCATTAGTTCAACAAGTAGCG 3409
Query 1449 CTTCCAGCGGGAGCGGCTGGAGGATGACGTCAAGAACTGGTGATCTTGACGCTGATGCAG 1508
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3410 CTTCCAGCGGGAGTGGCTGGAGGATGACGTCAAGAACTGGTGACCTTGACGCTGATGCAG 3469
Query 1509 ATTCTTTGACGTGTAGGCAATCTGGTCTTACTTGTAATGATGATCGCCTAAAAATGGGTT 1568
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3470 ATTCTTTGACGTGTAGGCAATCTGGTCTTACTTCTAATGATGATCGCCCAAAAATGGGTT 3529
Query 1569 CCAAGCGGCCGCGAACAGGGATGGCAGAGTCATTCGGTCAAGTAGGCATTGAAAATGATC 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3530 CCAAGCGGCCGCGAACAGGGATGGCAGAGTCATTCGGTCAAGTAGGCATTGAAAATGATC 3589
Query 1629 AAATTGGTTGGGATTGGGATGCtgatgatgatgatgatgaCAGAGAAGTTGGCATGGATA 1688
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3590 AAATTGGTTGGGATTGGGATGCTGACGATGATGATGATGACAGAGAAGTTGGCATGGATA 3649
Query 1689 TCAAGGCACTTCTTTCAGAGTTTGGAGACTTTGGTGACTTCTTTGAGAACGATGCTTTAC 1748
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3650 TCAAGGCCCTTCTTTCAGAGTTTGGAGACTTTGGTGACTTCTTTGAGAACGATGCTTTGC 3709
Query 1749 CTTTCGGGGAGCCACCGGGAACTGCAGAGTCGCATGTGCTCGTTTTTCCTCCAGATTCTG 1808
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||
Sbjct 3710 CTTTCGGGGAGCCACCGGGAACTGCAGAGTCGCATGCGCTCATTTTCCCTCCAGATTCTG 3769
Query 1809 CTGATGTAGGTTCCAGTCCCGTGGATATGATGGATGTATCAGACCAAATCGTTTTGCCTG 1868
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3770 CTGATGTAGGTTCCAGTCCAGTGGATATGATGGATGTATCAGACCAAATCGTTTTGCCTG 3829
Query 1869 TTGGGTTTTCCTCTTTTGAGAGCTTTAATCCTGTTCCCCCAATCATTGATGAGTGCCTTA 1928
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3830 TCGGGTTTTCCTCTTTTGAGAGCTTTAATCCTGTTCCCCCTATCATTGATGAGTGCCTTA 3889
Query 1929 TTAAAAGTCAAGAAGTTCTCCACAGCAGTATCACTTCAGTTCCTTCAAATCAAATGTCGA 1988
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3890 TTAAAAGTCAAGAAGTTCTCAACAGCAGTATCACTTCAGTTCCTTCATATCAAATGTCGA 3949
Query 1989 TCTCTTCGACTGGTGAGTTTGATCATTTACTAAAAGCAGAAGCAATGATGACCTTTGCTC 2048
||||||| ||| ||||||| ||||||||| | |||||||| || ||||||||||| ||||
Sbjct 3950 TCTCTTCCACTAGTGAGTTCGATCATTTAATGAAAGCAGAGGCGATGATGACCTTCGCTC 4009
Query 2049 CTGAGTATGGAGCTGTAGAAGCACCTATGAGCGAGATTTCCTCGACGTTTTTCAAAAGCC 2108
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4010 CTGAGTATGGAGCTGTAGAAGCACCTATGAGCGAGATTTCCTCGACGTATTTCAAAAGCC 4069
Query 2109 CATATCTTCCCAAATCTCATAAAGTGGAGAGTTCAAATTCAAGAACGAGTAATTATGTCT 2168
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4070 CATATCTTCCCAAATCTCATAAAGTGGAGAGTTCAAATTCAAGAACGAGTAATTATGTTT 4129
Query 2169 ATGGAGCCACACCACCGACCACTGATTCTGATGGAGCAGGCGATATGATTTTGTTCGGAT 2228
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||
Sbjct 4130 ATGGAGCCACGCCACCTACCACTGATTCTGATGGAGCGGGCAATAAGATTTTGTTTGGAT 4189
Query 2229 CAAAATCATGCATTGGAAACAATGCTGGCAGAACTCTGTATCATTCGAGGGAGCATTACA 2288
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4190 CAAAATCATGCATTGGTAACAATGATGGCAGAACTTTGTTTCATTCGAGGGAGCATTACA 4249
Query 2289 CTCAAGTAGAAGGTAGAAAGGGCCGACATGATAAGCTACCTACAGTTATCAGTGACAACA 2348
|||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 4250 CTCAAGTAGAGGGTAGAAATGACCAACATGATAAGCTACCTACTGTTGTCAGTGACAACA 4309
Query 2349 GTAGTACAAAGGAGGGTGTCTCTCAATCAATACACTCAAAACATAGTGCTGCGAATGCTG 2408
|||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4310 ATAGTACAAAGGAGGGTGTCTCTCATTCAAAACACTCAAAACATAGTGCTGCGAATGCTG 4369
Query 2409 TTAAGGTCGTACAGGGaaaaaaaaCTGATGGTATATCTGCTGTTGTTAGTACCTTATTAT 2468
|||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4370 TTAAGGTCGTGCAGGGGAAAAAGACTGATGGTATATCTGCTGTTGTTAGAACCTTATTAT 4429
Query 2469 CTTCAAAGACCCTGCTGGCAACAGACGTGGGAAGTGTTATGTTCCAAGCTTTCATGTGTA 2528
|||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4430 CTTCGAAGACCTTGCTGGCAACAGACGTGGGAAACGTTATGTTCCAAGCTTTCATGTGTA 4489
Query 2529 GGATGCGGCACATAATCACTTCTTCAAAGCACAGTTCACCTGTTAGTCTGACTAGGCTTA 2588
|| ||||| | | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4490 GGGTGCGG--C---A-CACTTCTTTAAAGCACAGTTCACCTGTTAGTCTGACTAGGCTTA 4543
Query 2589 GCGGAAACTTTTTCCTTAACCAGCTGTCAAATGAGCCTAGTACTCTGACAGACAACATAT 2648
||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4544 GCGGAAATTTTTTCCTGAACCAGCTGCCAAATGAGCCTAGTACTCTGACAGACAACATAT 4603
Query 2649 CTGCAAGGAACGAGATATATAAGAAAGATATACCTACCAGAATAGCTGGAGATTTTGACG 2708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4604 CTGCAAGGAACGAGATATATAAGAAAGATATACCTACCAGAATTGCTGGAGATTTTGACG 4663
Query 2709 GAGGAATGTTGGATAGCCACATGAGTGCACCAGTTGGCGTATGGCGGACTGTTTCAGTCC 2768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4664 GAGGAATGTTGGATAGCCACATGAGTGCACCAGTTGGTGTATGGCGGACTGTTTCAGTCC 4723
Query 2769 CAAAAACAGCAAAACCTGCTAGTTCGCCAAATATTGAAGCAGGGTCATCCTTGCCCCATA 2828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4724 CAAAAACAGCAAAACCTGCTAGTTCGCCAAATATTGAAGCAGGGTCATCCTTGCCCCATA 4783
Query 2829 GTTCATTTAGCGAAGACAGCTTACTTTCTTATGGTCAAAGGCAACCACTGCAGGATCTCC 2888
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||
Sbjct 4784 GTTCATTTAGCGAAGACAGCTTACTTTCTTATGGTCAAAGGCAACCTCTGCATGAGCTCC 4843
Query 2889 TAGATGGAATAGCGCTACTTGTACAGCAAGCTACCTCTTTTGTTGATTTAGCTCTGGATT 2948
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4844 TAGATGGAATATCGCTACTTGTACAGCAAGCTACCTCTTTTGTTGATTTAGCTCTGGATT 4903
Query 2949 CAGATTGTGGAGATGGACCTTATGGCTGGCTTGCATTGGAAGAGTTATGGAGACGGGAAT 3008
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4904 CAGATTGTGGAGATGGACCGTATGGCTGGCTTGCATTGGAAGAGTTATGGAGACGGGAAT 4963
Query 3009 TGTCGTGTGGTCCCTCTGCTGGCCATGCAGGTTGTGGGGGAACTTTGGCTTCCTGCCATT 3068
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4964 TGTCGTGTGGACCCTCTGCTGGCCATGCAGGTTGTGGGGGAACTTTGGCTTCCTGCCATT 5023
Query 3069 CTCTGGACATTGCTGGTGTCAAGCTTGTTGATCCACTCTCTGCTGAGGTTTTTCCTTCGT 3128
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 5024 CTCTGGACATTGCTGGTGTCAAGCTAGTTGATCCACTCTCTGCTGAGGTTTTCCCTTCGT 5083
Query 3129 CTGTCATTACTCTTCTGCAATCTGACATCAAAACAGCTCTGAAATCTGCATTTGGTCAGT 3188
|||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5084 CTGTCACTACTCTACTGCAATCTGACATCAAAACAGCTCTGAAATCTGCATTTGGTCAGT 5143
Query 3189 CAGATGGTCCATTATCTGTTACAGATTGGTGCAAGGGCCGAAATCAATCGGGGGATGGAG 3248
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 5144 CAGATGGTCCATTATCTGTGACAGATTGGTGCAAGGGCCGAAATCAATCGGGCGATGGAG 5203
Query 3249 GATCTATTTCTGAGGGATTTACTGCTGAGTCAGCCCTGAGTGAAGT---------C---- 3295
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 5204 GATCTATTTCTGAGGGATCTACTTCTGAGTCAGCCCTGAGTGAAGTGAATGGTGTCAAAA 5263
Query 3296 TC----A------AA-TGCAATAGATGGTGGGAAAGGAGATGAGACGGCTCAGAGCCAAG 3344
|| | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 5264 TCTCTGATGTGTCAAATGCAATAGATGGTGGGAAAGGAGAGGAGACGGCTCAGAGCCTAG 5323
Query 3345 ACATATACAGTTCAGAATTACTCCGACCGACACTT-TTTGTTCTTCCATCACCTGCTATA 3403
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5324 ACATATACAGTTCAGAATTACTCCGACCGACA-TTGTTTGTTCTTCCATCACCTGCTATA 5382
Query 3404 CTTGTCGGGTACCAAGATGACTGGCTTAAGATATCAACAAACTCCTTGACACATTGGGAA 3463
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5383 CTTGTCGGGTACCAAGATGACTGGCTTAAGATATCTACAAACTCCTTGCCACATTGGGAA 5442
Query 3464 AAGGCCCCCTTTGAGCCATATGCTCTGCCAAAAAGTATTAATTATGCTGTTGTATGCCCG 3523
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 5443 AAGGCCCCGTTTGAGCCATATGCTCTGCCAAAAAGTATTAACTATACTGTTGTATGCCCA 5502
Query 3524 GATATTGATCCTTTAACTTGTGCTGCTACTGATTTCTTCCAGCAGCTTGGAACTG 3578
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 5503 GATATTGATCCTTTAACTTGTGCTGCTGCTGATTTCTTCCAGCAACTTGGAACTG 5557
Score = 1945 bits (1053), Expect = 0.0
Identities = 1129/1167 (97%), Gaps = 0/1167 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3594 GGCTGGGAACACATTTGCCACAGAGCCTGGGAAATCAAATGGAAAAGGACGTTGGGAGAT 3653
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||
Sbjct 5615 GGCTGGGAACCCATTTGCCACAGAGCCTGGGAAATCAAATGGATACGGACGCTGGAAGAT 5674
Query 3654 TATCCTCATCTGGATTTGTTCTGCTTGATTGCCCTCAATCAATGAAGATTGAAAGCAATA 3713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5675 TATCCTCATCTGGATTTGTTCTGCTTGATTGCCCTCAATCAATGAAGATTGAAAGCAATA 5734
Query 3714 ACACATCGCTTCTGGGATCTCTCAGCGATTATTTTCTATCTTTATCAAATGGGTGGAATG 3773
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 5735 ACACATCGCTTCTGGGATCTCTCAGCGATTATTTTCTATCTTTGTCAAATGGGTGGAATG 5794
Query 3774 TGAATAGCTATCTGAAGTCTTTATCAAAAGCGCTGAAAGGTCTAAAGCTTGGATCAGGCC 3833
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 5795 TGAGTAGCTATCTGAAGTCTTTATCAAAAGCGCTGAAAGGTCTAAAGCTTGGATCTTCCC 5854
Query 3834 TTTACACAAACCAAAAAGAAGGATCAGGAAGTCCTTGTGTGGTAGTGTACATAGTGTGTC 3893
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 5855 TTTACACAAACCAGAAAGAAGGATCAGGAAGTCCTTGTATGGTAGTGTACATAGTGTGTC 5914
Query 3894 CATTTCCTGACCCTTCGGCAGTTTTAAGAACGATCGTCGAATCGTCTATAGCACTTGGAT 3953
|||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5915 CATTTCCTGATCCTTCAGCAGTTTTAAGGACGATCGTCGAATCGTCTATAGCACTTGGAT 5974
Query 3954 CAGTAATACAGTCAGATAGAGACAGGAGATCAATACTCAACAGTCAAGTTGCAAGGGCGT 4013
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5975 CAGTAATACAGTCAGATAGAGAGAGGAGATCAATACTCAACAGTCAGGTTGCAAGGGCGT 6034
Query 4014 TTAGTAGTTCTACTGCTGTTGACGAAGCATCAATATCTCACATTCCAGTGCTCTCAGGGT 4073
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 6035 TTGGTAGTTCTACTGCTGTTGACGAAGCATCAATATCTCACATTCCAGTGCTTTCAGGGT 6094
Query 4074 TTAGTGTCCCCAAATTAGTTCTACAAGTGGTGTCTGTTGATTCAATTTTCCGGATAACAA 4133
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 6095 TTAGTGTCCCCAAATTAGTTCTACAAGTGGTGTCGGTTGATTCTATTTTCCGGATAACAA 6154
Query 4134 GTCCAAGCTTTAATGAGCTTGTCATTCTCAAGGATACTGCTTTTTCTGTATACAATAAAG 4193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6155 GTCCAAGCTTTAATGAGCTTGTCATTCTCAAGGATACTGCTTTTTCTGTATACAATAAAG 6214
Query 4194 CTAGGAGAATTTCACGAGGAATGCCTAATGATGCATTTTTCTCATCATCTTTACCAAGCA 4253
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 6215 CTCGGAGAATTTCACGAGGAATGCCTAATGATGCAATTTTCTCATCATCTTTATCAAGCA 6274
Query 4254 GATCGTCTTCAGCGTTGACACCAATGAACTCTATTTCAGGAATCTGGAAAGACTGCGGTG 4313
|||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6275 GATCCTCTTCAGCGTTGACATCAATGAGCTCTATTTCAGGAATCTGGAAAGACTGCGGTG 6334
Query 4314 GTTCTCGAATGACAGGTTCTACACATCCAAGAGATGGTGAAATTGATGTTAGTTTGAGAA 4373
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 6335 GTTCTCGAATGACAGGTTCTACACATCCAAGAGATGGTGACATTGATGTTAGCTTGAGAA 6394
Query 4374 CGAGTGGTTGGGATACCTCTACTTCCTGGCAGATACCAAGATCTGGAGGATTAAGCTGCG 4433
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 6395 CGAGTGGTTGGGATACCTCTACTTCCTGGCAAATACCAAGATCTGGAGGACTAAGTTGCG 6454
Query 4434 ACCCAAACAGAAATGGAGATTTTTACCTTAATGATGAAATTTTCTATTTATTTGAACCAC 4493
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6455 ACCCAAGCAGAAATGGAGATTTTTACCTTAATGATGAAATTTTCTATTTATTTGAACCAC 6514
Query 4494 TTTTCATTCTTTCCGAGCCTGGTTCTGTGGAGCGTGGAGTTTCACCTACTTTCACCAGCT 4553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 6515 TTTTCATTCTTTCCGAGCCTGGTTCTGTGGAGCGTGGAGTTTCACCTACTTTCGGCAGCT 6574
Query 4554 TGGGTTCTGAGTCTTCCAAGCCAATACCCGAGGATGGTGGCAGAGGTTCTGGACCTGGCA 4613
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6575 TGGGTTCTGAGTCTTCCAAGCCAATTCCCGAGGATGGTGGCAGAGGTTCTGGACCTGGCA 6634
Query 4614 TGAATTCAATGGAAGGTATAACATCGGGATCAAGCTCCCAGGGGGATGTATCCCAGCTTG 4673
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 6635 TGAATTCAATGGAAGGTATAACATCGGGATCAAGCTCCCAGGGGGATGCATCCCAGCTTG 6694
Query 4674 AAGGAAAGGCTATTCCAAGTTTACATTGCTGCTACGGTTGGACAGAGGACTGGAGATGGC 4733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 6695 AAGGAAAGGCTATTCCAAGTTTACATTGCTGCTACGGTTGGACTGAGGACTGGAGATGGC 6754
Query 4734 TTGTAAGCATCTGGACGGATGCCAGGG 4760
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6755 TTGTAAGCATCTGGACGGATGCCAGGG 6781
Score = 987 bits (534), Expect = 0.0
Identities = 558/570 (98%), Gaps = 0/570 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 5333 GGTGGCCAGAGCAGTACTGGTATGAGTTCCGTTAATTACATTGAAGGTTTCACTCCTGTC 5392
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7303 GGTGGCCAGAGCAGTACTGGTATGAGTTCTGTTAATTACATTGAAGGTTTCACTCCTGTC 7362
Query 5393 AAGTCTCTTGGTTCTACCGCTTTCTCTTACATGATGATACCATCACCCAACATGCGCTTT 5452
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7363 AAGTCTCTTGGGTCGACCGCTTTCTCTTACATGATGATACCATCACCCAACATGCGCTTT 7422
Query 5453 CTTCACCCAAGTCCTCTTCAGCTTCCGACATGTTTAACTGCCGAGTCACCTCCACTTGCT 5512
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7423 CTTCACCCAAGTCCTCTTCAGCTTCCTACATGTTTAACTGCCGAGTCACCTCCACTTGCT 7482
Query 5513 CACCTCCTTCACAGCAAAGGCTATGCAATCCCCTTGTCTACTGGATTTGTTGTTTCAAAA 5572
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7483 CACCTCCTTCACAGCAAAGGCTGTGCAATCCCCTTGTCTACTGGATTTGTTGTTTCAAAA 7542
Query 5573 GCTGTGCCTTCCATGAGAAAAGACTCAAGGATAAACGTGAAAGAAGAATGGCCATCAGTT 5632
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 7543 GCTGTGCCTTCCATGAGAAAAGACTCAAGAATAAACATGAAAGAAGAATGGCCATCAGTT 7602
Query 5633 CTTTCTGTAAGTCTCATAGACTATTATGGTGGTTATGACAACGCTCATGACAAAATTCTT 5692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 7603 CTTTCTGTAAGTCTCATAGACTATTATGGTGGTTATGACAATGCTCATGACAGAATTCTT 7662
Query 5693 CAGGGAATCGTGAAGCAGGGAGGAGGGACCAAAGAAACTAGAGATTTTGAGGTTGAAAGC 5752
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7663 CAGGGAATCATGAAGCAGGGAGGAGGGACCAAAGAAACTAGAGATTTTGAGGTTGAAAGC 7722
Query 5753 CATCTTATCCTTGAGTCAATTGCGGCAGAACTCCATGCTCTATCATGGATGACTGTTAGT 5812
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7723 CATCTTATCCTTGAGTCAATTGCGGCAGAACTCCATGCTCTATCATGGATGACTGTTAGT 7782
Query 5813 CCAGCATATCTGGACAGGCGGACGGCATTGCCGTTTCACTGTGATATGGTTCTGAGATTG 5872
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 7783 CCAGCATATCTGGACAGGCGGACGGCATTGCCGTTTCACTGTGATATGGTTTTGAGATTG 7842
Query 5873 AGACGTCTTCTTCACTTTGCGGACAAAGAA 5902
|||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 7843 AGACGTCTGCTTCACTTTGCGGACAAAGAA 7872
Score = 933 bits (505), Expect = 0.0
Identities = 611/656 (93%), Gaps = 32/656 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 239 GGTGGTCTACATAATGTTTCTTGGTTTCAGTTTCTTCCAAGTGAAACTGAGCTGAATCCT 298
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2122 GGTGGTCTACATAATGTTTCTTGGTTTCAGTTACTTCCGAGTGAAACTGAGCTGAATCCT 2181
Query 299 GGCTT-TGATAGAAGTTCAAGAGCTGAGCAGAATGAAGTTGCAACATATCTTGTACTTTC 357
|| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2182 GG-TTCTGATAGAAGTTCAAGAGCTGAGCAGAATGATGTTGCAACATATCTTGTGCTTTC 2240
Query 358 CTCTCATCTACGGTTGCAGAAGGAAGGGTTTCTTACCACTTGGACCAATTCTTTTGTTGG 417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2241 CTCTCATCTACGGTTGCAGAAGGAAGGGTTTCTTACCACTTGGACCAATTCTTTTGTTGG 2300
Query 418 ACCTTGGGATCCATCTCAAGGTTTATACAACCCTGATGAAAAGATTAAGCTTTGGCTTTT 477
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2301 ACCTTGGGATCCATCTCAAGGTTTATATAACCCTGATGAAAAGATTAAGCTTTGGCTTTT 2360
Query 478 TCTACCTGGGCGTCA-T--TC-AT--C-----AA--T-A---T-CTG-AT-AAAGC-T-C 515
||||||||||||||| | || || | || | | | ||| | ||||| |
Sbjct 2361 TCTACCTGGGCGTCATTCATCAATCACTGATAAAGCTCAGGCTGCTGTGTCAAAGCTTAG 2420
Query 516 AG-G--C-TG-CTG-TGTCAAAGCTTA--GAGTTGTTGCGTCAGGAATTTGGGTAGCACC 567
|| | | || ||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2421 AGTGAACATGCCTGTTGTCTATGCTTATCTTGTTGTTGCGTCAGGAATTTGGGTAGCACC 2480
Query 568 TGGGGACTCTGAAGAGATATCAGTTGCCTTTTCACAGTCTTTACGTAATTGCATCGAAAG 627
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2481 TGGGGACTCTGAAGAGATATCAGTTGCCTTTTCACAGTCTTTACGTAATTGCATTGAAAG 2540
Query 628 AGCATTATCTGGAATTTCCTACATGAGATTTGGAGATGTGTTTTCAAAATTCAGCCCTCA 687
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2541 AGCATTATCTGGACTTTCCTACATGAGATTTGGAGATGTGTTTTCAAAATTCAGCCCTCA 2600
Query 688 AAGCGAAGAATATTTGAGGAGGGGACAGCCTACTGTTGAATTCATCTTTGCTGCTACCGA 747
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2601 AAGCGAAGAATATTTGAGGAGGGGACAGCCTACTGTTGAATTCATCTTTGCTGCTACCGA 2660
Query 748 AGAGGCAGTTTTTGTCCATGTCATTATATCTGCCAAGAATGTCCGCACACTTTCAAGTGG 807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2661 AGAGGCAGTTTTTGTCCATGTCATTATATCTGCCAAGAATGTCCGCACACTTTCAAGTGG 2720
Query 808 CGATGCTGAAAGAATGTTAAGGAGTTCTTTGAAAAACTCCAGTTATAGGCTTCCAG 863
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2721 CGATGCTGAAAGAATGTTAAGGAGTTCTTTGAAAAACTCCAGTTATAGGCTTCCAG 2776
Score = 800 bits (433), Expect = 0.0
Identities = 467/484 (96%), Gaps = 0/484 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4847 GTTCTGCAGCAGGGATGTCAAATACTACAGGCGTGCTCCTCCCCTGACAATGGATCTTTC 4906
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6781 GTTCTGCAGCAGGGATGTCAAATACTACAGGCGTGTTCCTCCCCTGACAATGGATCTTTC 6840
Query 4907 AAACCCAGGGATTTTGTCATTACACGCATTGGGAATTTCTTCGAGCTTGAATACCAAGAG 4966
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6841 AAACCCAGGGATTTTGTCATTACACGCATTGGGAATTTCTTCGAGCTTGAATACCAAGAG 6900
Query 4967 TGGCAAAAGGCAATTTACTCAGCTGGAGGTCCTGAGATTAAAAAGTGGCCTATTCAACTG 5026
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 6901 TGGCAAAAGGCTATTTACTCAGCTGGAGGTCCTGAGGTTAAAAAGTGGCCTATTCAACTG 6960
Query 5027 CGACGTTCTGCGCCTTCTGGCATAGCCACCAACAGCAACGGATCTTCCTTGCAACAGCAG 5086
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6961 CGACGTTCTGCGCCTTCTGGCATAGCCACCAACAGCAACGGATCTTCCTTGCAACAGCAG 7020
Query 5087 GATCTGAGTCTGATTCAAGAGAGAGCCTCATCAACTAGCACACTCTACAGCTCTCATTCA 5146
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 7021 GATCTTAGTCTGATTCAAGAGAGAGCCTCATCAACTAGCACACTTTACAGCTCTCATTCA 7080
Query 5147 AAACAATCCACCTTTGTGAAAGGCAGTATGGGGCAATCCGCTGGAAGAAAGCAGATAATG 5206
|||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 7081 AAACCATCCACCTTTGTGAAAGGCAGTATTGGGCAATCTGCTGGAAGAAAGCAGATAATG 7140
Query 5207 GGTGGGCAGACCATTTCTGGTACTCCAAGGGGATTGTTTCAGTGGGTTCACAGCATCAGT 5266
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 7141 GGTGGGCAAACCATATCTGGTACTCCAAGGGGATTGTTTCAGTGGGTTCATAGCATCAGT 7200
Query 5267 TTTGCTTCTATTTCACTTGACCATTCCCTGCATTTTGTTCTTCCAGCTGAGTTGGTATCC 5326
||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 7201 TTTGCTTCTGTTTCACTTGATCACTCCCTACATTTTGTTCTTCCAGCTGAGTTGGTGTCT 7260
Query 5327 GCTG 5330
||||
Sbjct 7261 GCTG 7264
Score = 508 bits (275), Expect = 2e-142
Identities = 378/422 (90%), Gaps = 30/422 (7%)
Strand=Plus/Plus
Query 860 CCAGTTATTGTTTCTCCTCATGGAATGCGGGGCAGCCTTACTGGATTCTGTCCCAATGAC 919
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 CCAGTGATTGTTTCTCCTCATGGAATGCGGGGCAGCCTCACTGGATTCTGTCCCAATGAC 2946
Query 920 CTTGTCAAGCAAGTCTACTTCAGTTCTGGAAACTTAAAAACTTCGACTGGATATGTTGGT 979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | |
Sbjct 2947 CTTGTCAAGCAAGTCTACTTCAGTTCTGGAAACTTAAGGACTTCGAGTGGATA---T-G- 3001
Query 980 CTCCCTTCTCATATTGGTCGTGGGTCCCGTCTGATAAATGGCAATCATTGCTACGTGGAA 1039
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3002 -------------TTGGTCGTGGGTCCCGTCTGATAAACGGCAATCATTGCTACGTGGAA 3048
Query 1040 GTTACACTTGGTTGCTGCCAAAAT----A-G-------AAATGACAACACAAGTCAAGCT 1087
|||| ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3049 GTTAGACTTGGTTGCTGCCAAAATAAAAATGACAATAAAAATGACAACACAAGTCAAGCT 3108
Query 1088 AATTCGACCTTTGCAGTTAACTTGCCCCATAACCAGTGTCCTGAACCTTCAGTTGGGAGT 1147
||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 AATTCGAACTTTGCAGTTAACTTGCCCCATAATCAGTGTCCTGAACCTTCAGTTGGGAGT 3168
Query 1148 AAAGATCACCGTAAAGGACAATCAGATCTTTCATCAGTTTGTGaaaaaaaGTTCATCTAT 1207
||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3169 AAAGATCACCGTAAAGGACAACCAGATCTTTTATCAGTTTGTGAAAAAAAGTTCATTTAT 3228
Query 1208 CCAGCTGAGGCAGTGCTTGTACCAATCTTACAGTCGGCATTTGCGAAATTTTCTTTGAAA 1267
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3229 CCAGCTGAGGCAGTGCTTGTGCCAATCTTACAGTCGGCATTTGCTAAATTTTCTTTGAAA 3288
Query 1268 AG 1269
||
Sbjct 3289 AG 3290
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 263092002149
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5