BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G55500.2
Length=2322
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg337630 jgi|Araly1|337630|fgenesh1_pg.C_scaffold_1004195 2543 0.0
Ahg478733 jgi|Araly1|478733|fgenesh2_kg.3__1434__AT3G13460.1 1055 0.0
> Ahg337630 jgi|Araly1|337630|fgenesh1_pg.C_scaffold_1004195
Length=1761
Score = 2543 bits (1377), Expect = 0.0
Identities = 1623/1734 (94%), Gaps = 48/1734 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 303 AGACGGGTGTTTACCAGTATGGAGCTATGGATTCGAATGGTCAAGTTCCTTCTTTTGATC 362
|||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 20 AGACGGCTGTTTATCAGTATGGAGCTATGGATTCGAAGGGTCAAGTTCCTTCTTTTGATC 79
Query 363 GATCTTTGTCACCTATGCTACCCAGTGATGCCTTGGATCCTTCTGTTTTCTATGTTCCTA 422
||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 80 GATCTTTGTCACCAATGCTACCCAGCGATGCCCTGGATCCTTCTGTTTTCTATGTTCCTA 139
Query 423 ATGTGTATCAGCAGCCCTACTATTATGGTTATGGGAGTGACTACACAGGTTATACCAATT 482
| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 140 ACGTGTATCAGCAGCCCTACTTTTATGGTTATGGGAGTGACTACACAGGTTATACCAATT 199
Query 483 CCGAGAGTGTTGATATGACATCAGGAGCTTACGGAGAGAATGCATCTCTTGTTTATCCGC 542
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |
Sbjct 200 CCGAGAGTGTTGATATGACATCAGGAGCTTACGGAGAGAACGCATCTCTTGCTTATCCAC 259
Query 543 AGGGATACGGGTATGCTGCCTTTCCTTACTCACCAGCAACAAGCCCTGCTCCACAACTTG 602
||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 260 AGGGATATGGGTATGCTACCTATCCTTACTCACCAGCAACAAGCCCTGCTCCACAACTTG 319
Query 603 GTGGTGATGGACAGTTGTATGGTGCTCAGCAGTACCAGTATCCTTTTCCTCTCACAGCCA 662
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 320 GTGGTGATGGACAGTTGTATGGTGCTCAACAGTACCAGTATCCTTTTCCTCTAACAGCCA 379
Query 663 GTAGTGGGCCTTTCGCTTCGTCTGTTCCTGCCTCTACTCAGAGCAAGCTCTCTACAAACA 722
||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||
Sbjct 380 GTAGTGGGCCTTTCGTTTCATCTGTTCCTGCCTCTACCCAAAGTAAGCTCTCTACAAACA 439
Query 723 AAGCAGCCAACTCTGCATCTGCT-G-G--T---A--------TCCCTAAAGGAATGAATG 767
||||||||||||||||||||||| | | | | ||| ||||||||||||||
Sbjct 440 AAGCAGCCAACTCTGCATCTGCTGGTGCTTCGAAGGGTGGTTTCCATAAAGGAATGAATG 499
Query 768 GATCAGCTCCTGTTAAACCATTGAATCAGAGTGCACTGTATGGAAACAGTGCTCTTGGAG 827
| ||||||||||||||||||||| | | | | | | |||||||||||||
Sbjct 500 GTTCAGCTCCTGTTAAACCATTG----A-A-T---C---A--G----AGTGCTCTTGGAG 541
Query 828 GTGGTCTTGCTGCTGGTTATCAGGACCCCAGGTATAGCTATGATGGGTTTTACACTCCTG 887
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 542 GTGGTCTTGCTGCTGGTTATCAGGATCCCAGGTATACCTATGATGGGTTTTACAATCCCG 601
Query 888 TGTCATGGCACGATGGCTCTAACTTCTCAGATGTGCAGAGGTCTGTTTCTGGCAGTGGAG 947
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 602 TGTCATGGCACGATGGCTCTAACTTCTCAGATGTGCAGAGGTCTGTTTCTGCCAGTGGAG 661
Query 948 TTGCATCCTCATATTCTAAGGCTAACAACAATGTACCTGCGACTAGGAATCAAAACTC-T 1006
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |
Sbjct 662 TTGCATCCTCATATTCTAAGGCTAACAACAATGTACCTGCGTCTAGGAATCAAAAC-CAT 720
Query 1007 AGCTCCAATTCGCATTACACGAGTATGTACCAGCCTGCATCCATGACAGGTTATGCAGCT 1066
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CGCTCCAATTCGCATTACACAAGTATGTACCAGCCTGCATCCATGACAGGTTATGCAGCT 780
Query 1067 CAGGGTTACTACGACAGAGTGT-CTCCAAACAAGTCATATGGTCAGTATGGTAGCACGGT 1125
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CAGGGTTACTACGACAGAGTGTAC-CCAAACAAGTCATATGGTCAGTATGGTAGCACGGT 839
Query 1126 GAGGTCTGGTATGGGTTATGGTTCTTCTGGATATGGTTCAAGAACAAATGAAAGAGGATG 1185
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 840 GAGATCTGGTATGGGCTATGGTTCTTCTGGATATGATTCAAGAACAAACGAAAGAGGATG 899
Query 1186 GCTCAATACAGACAACAAATATAGAAGCCGGGGAAGGGGTAACAGTTACTTCTATGGAAA 1245
||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GCTGACTACGGAAAACAAATATAGAAGCCGGGGAAGGGGTAACAGTTACTTCTATGGAAA 959
Query 1246 TGAGAACATTGATGGCTTGAATGAACTAAACAGGGGCCCTAGAGCCAAGGGCACGAAG-G 1304
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TGAGAACATTGATGGCCTGAATGAACTAAACAGGGGCCCTAGAGCCAAGGGCACGAAGAA 1019
Query 1305 CC------ACA-GA-AGAGGTTAGCTCAGAGGAGGTGAAAAAGCAGACGTTTGATGAATC 1356
|| ||| | ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CCAAAAGGACACCATAGAGGTTAGCTTAGAGGAGGTGAAAGAGCAGACGTTTGATGAATC 1079
Query 1357 AAATACTGAGGAGACTGTAACATGCGTTCTTCCAGATAGAGAAGAGTGCAACAGAGACGA 1416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1080 AAATACTGAGGAGACTGTAACATGCGTTCTTCCAGATAGAGAAGAGTACAACAGAGACGA 1139
Query 1417 TTTTCCAGTTGAGTATAAAGATGCTAAGTTCTTTATCATCAAGTCGTACAGTGAAGATGA 1476
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TTTTCCAGTTGAGTATAAAGATGCTATGTTCTTTATCATCAAGTCGTACAGTGAAGATGA 1199
Query 1477 TGTGCATAAGAGCATCAAATATAATGTATGGGCTAGCACCCCAAATGGAAACAAGAAGCT 1536
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TGTGCATAAGAGCATCAAATATAATGTTTGGGCTAGCACCCCAAATGGAAACAAGAAGCT 1259
Query 1537 TGATGCTGCATATCAAGAGGCTCAGCAGAAATCTAGTGGCTGCCCTGTGTTTCTCTTCTT 1596
|| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1260 TGCTGCTGCATATCAGGAGGCTCAGCAGAAATCTGGTGGCTGCCCTGTGTTCCTCTTCTT 1319
Query 1597 CTCGGTCAACGCGAGTGGACAATTTATTGGCCTTGCGGAAATGAAAGGACCAGTTGATTT 1656
|||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 CTCGATCAACGCAAGTGGACAATTTGTTGGGCTTGCGGAAATGAAAGGACCAGTTGATTT 1379
Query 1657 CAACAAAAATATTGAGTACTGGCAACAGGATAAATGGACTGGCTCATTTCCCCTCAAGTG 1716
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CAACAATAATATTGAGTACTGGCAACAGGATAAGTGGACTGGCTCATTTCCCCTCAAGTG 1439
Query 1717 GCATATTCTGAAGGATGTTCCCAACAGTTTGCTTAAGCATATTACTCTAGAGTACAATGA 1776
||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1440 GCATATTGTGAAGGATGTGCCCAACAGTTTGCTTAAGCATATTACTCTAGAGAACAATGA 1499
Query 1777 GAATAAACCTGTTACTAACAGTAGAGACACACAAGAGGTTAAGTTGGAGCAGGGTTTGAA 1836
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 GAATAAACCTGTTACCAACAGTAGAGACACACAAGAGGTTAAGTTGGAGCAGGGTTTGAA 1559
Query 1837 GGTTGTAAAGATTTTCAAGGAGCATAACAGCAAGACATGCATTTTGGATGATTTCTCGTT 1896
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GGTTGTAAAGATTTTCAAGGAGCATACCAGCAAGACATGCATTTTGGATGATTTCTCGTT 1619
Query 1897 CTACGAGGCTCGACAAAAGACTATTTTGGAGAAGAAAGCTAAGCAGCAACAATCCCAGAA 1956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 CTACGAGGCTCGACAAAAGACTATTTTGGAGAAGAAAGCTAAGCAGCAACAATCCCAGAA 1679
Query 1957 GCAGGCAAGAGAAGAAAACGGTCTGGGAAGGAAAAACCAATGATGAGAAACCAG 2010
||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1680 GCAGGCAAGAGAAGAAA-CGGTTTGGGAAGGAAAAACCAATGATGAGAA-CCAG 1731
> Ahg478733 jgi|Araly1|478733|fgenesh2_kg.3__1434__AT3G13460.1
Length=2912
Score = 1055 bits (571), Expect = 0.0
Identities = 974/1162 (84%), Gaps = 54/1162 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 816 GTGCTCTTGGAGGTGGTCTT-GCTGCTGGTTATCAGGACCCCAGGTATAGCTATGATGGG 874
|||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||
Sbjct 993 GTGCTCCAGGAGGAGGT-TTCGCTGCTGGTTATCAGGAGCCTAGGTATGGCTATGATGGG 1051
Query 875 TTTTACACTCCTGTGTCATGGCACGATGGCTCTAACTTCTCAGATGTGCAGAGGTCTGTT 934
| ||| |||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||
Sbjct 1052 TATTATGCTCCTGTGCCGTGGCATGATGGCTCTAAGTACTCAGATGTGCAGAGACCTGTT 1111
Query 935 TCTGGCAGTGGAGTTGCATCCTCATATTCTAAGGCTAACAACAATGTACCTGCGA-CTAG 993
||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| | || ||||||| | | | ||
Sbjct 1112 TCTGGTAGTGGAGTTGCATCCTCCTATTCTAAGTCTAGC-AC--TGTACCTTC-ATCAAG 1167
Query 994 GAATCAAAACT-CTAGCTCCAATTCGCATTACACGAGTATGTACCAGCCTGCATCCA-TG 1051
||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||
Sbjct 1168 GAATCAAAACTAC-CGCTCTAATTCTCATTACACGAGTATGCACCAGCCTGCAT-CAGTG 1225
Query 1052 ACAGGTTAT-G--CAGCTCAGGGTTACTACGACA-GAGTGTCTCCAAACAAGTCATATGG 1107
|| || ||| | |||||||||| |||||| ||| || ||| || |||||||| |||||
Sbjct 1226 ACGGGCTATGGTACAGCTCAGGGATACTACAACAGGA-TGTATCAAAACAAGTTGTATGG 1284
Query 1108 TCAGTATGGTAGCAC-GGTGAGGTCTGGTATGGGTTATGGTTCTTCTGGATATGGTTCAA 1166
|||||||||||| || || ||| |||| | ||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 1285 TCAGTATGGTAGTACAGG-GAGATCTGCTTTGGGTTATGGTTCTTCTGGGTATGATTCAA 1343
Query 1167 GAACAAATGAAAGAGGATGGCTCAATACAGACAACAAATATAGAAGCCGGGGAAGGGGTA 1226
|||| |||| |||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 1344 GAACCAATGGAAGAGGATGGGTGGCCACAGACAACAAATACAGAAGCTGGGGAAGGGGTA 1403
Query 1227 ACAGTTACT-TCTATGGAAATGAGAAC-AT-T-GATGGCTTGAATGAACTAAACAGGGGC 1282
||||||||| | || |||||||||||| || | ||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1404 ACAGTTACTAT-TACGGAAATGAGAACAATGTAGATGGTTTGAATGAACTTAACAGGGGA 1462
Query 1283 CCTAGAGCCAAGGGCACGAAGGCCACAGAA--GAGGT-TAGCTCAGAG----GAGGTGAA 1335
|||||||| |||||||| ||| | ||||| || | ||| | | || ||||| ||
Sbjct 1463 CCTAGAGCTAAGGGCACAAAGAAC-CAGAAGGGAAATCTAGATGATAGCTTAGAGGTTAA 1521
Query 1336 AAAGCAGACGTTTGATGAATCAAA--T-A-C-----TGAGGAGACTG-T-A-ACATGCGT 1383
||||||| | || |||||||| | | | || |||| | | | | ||||| ||
Sbjct 1522 GGAGCAGAC--TGGA-GAATCAAATGTAACCGAGGTTGGGGAGGCAGATAACACATGTGT 1578
Query 1384 TCTTCCAGATAGAGAAGAGTGCAACAGAGACGATTTTCCAGTTGAGTAT-AAAGATGCTA 1442
| |||| || |||||| ||| ||| | ||| ||||| ||||| || ||| || |||| |
Sbjct 1579 TGTTCCTGACAGAGAACAGTACAATAAAGAAGATTTCCCAGTGGATTATGCAA-ATGCCA 1637
Query 1443 AGTTCTTTATCATCAAGTCGTACAGTGAAGATGATGTGCATAAGAGCATCAAATATAATG 1502
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1638 TGTTCTTTATCATCAAGTCGTACAGTGAAGATGATGTGCATAAGAGCATTAAATATAATG 1697
Query 1503 TATGGGCTAGCACCCCAAATGGAAACAAGAAGCTTGATGCTGCATATCAAGAGGCTCAGC 1562
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| || || ||||| |
Sbjct 1698 TTTGGGCTAGCACACCAAATGGAAACAAGAAGCTTGCTGCAGCATACCAGGAAGCTCAAC 1757
Query 1563 AGAAATCTAGTGGCTG-CCCTGTGTTTCTCTTCTTCTCGGTCAACGCGAGTGGACAATTT 1621
||||| || | ||||| ||| | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1758 AGAAAGCTGGGGGCTGTCCCA-TCTTTCTCTTTTTCTCGGTCAATGCAAGTGGACAATTT 1816
Query 1622 ATTGGCCTTGCGGAAATGAAAGGACCAGTTGATTTCAACAAAAATATTGAGTACTGGCAA 1681
|||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||
Sbjct 1817 GTTGGTCTTGCTGAAATGACAGGACCAGTTGATTTCAACACAAATGTGGAGTACTGGCAG 1876
Query 1682 CAGGATAAATGGACTGGCTCATTTCCCC-TCAAGTGGCATATTCTGAAGGATGTTCCCAA 1740
|| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 1877 CAAGATAAGTGGACTGGCTC-TTTCCCCCTCAAGTGGCATATTGTGAAGGATGTTCCAAA 1935
Query 1741 CAGTTTGCTTAAGCATATTACTCTAGAGTACAATGAGAATAAACCTGTTACTAACAGTAG 1800
||||||||| || |||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1936 CAGTTTGCTGAAACATATTACCCTTGAGAACAATGAGAACAAACCTGTTACCAACAGCAG 1995
Query 1801 AGACACACAAGAGGTTAAGTTGGAGCAGGGTTTGAAGGTTGT-AAAGATTTTCAAGGAGC 1859
||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||||
Sbjct 1996 AGACACACAAGAGGTTAAGCTGGAGCAAGGACTGAAGATTGTTAAA-ATTTTCAAGGAGC 2054
Query 1860 ATAACAGCAAGACATGCATTTTGGATGATTTCTCGTTCTACGAGGCTCGACAAAAGACTA 1919
||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 2055 ATAGCAGTAAGACTTGCATTTTGGATGATTTCTCATTCTACGAGGTTCGACAGAAGACTA 2114
Query 1920 TTTTGGAGAAGAAAGCTAAGCA 1941
| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2115 TCTTGGAGAAGAAAGCCAAGCA 2136
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87455202520
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5