BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G55540.2
Length=5736
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg337635 jgi|Araly1|337635|fgenesh1_pg.C_scaffold_1004200 8283 0.0
> Ahg337635 jgi|Araly1|337635|fgenesh1_pg.C_scaffold_1004200
Length=5478
Score = 8283 bits (4485), Expect = 0.0
Identities = 5173/5501 (94%), Gaps = 64/5501 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 126 ATGAGCAGAGTTGAGATTGAAGAAGATACGGAAGGAGATCGCATCTCAACGAACGATTAC 185
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGCAAAGTTGAGATTGAAGAAGATATGGAAGGAGATCGCATCTCAACGAACGATTAC 60
Query 186 TACTTCGAG-AGAATCGGCGAACCTATCAGTATCAAAGAAGATGATGCTCAATACGATCT 244
||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |
Sbjct 61 TACTTCGAGAAG-ATCGGCGTACCTATCAGTATCAAAGAGGATGACGCTCAATACGATAT 119
Query 245 CGAAAACCCTCCGTCACAGCCTCTCGCTATCTCAGAACGCCACGCCGTCCTCTTTGTCGC 304
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||| |||||
Sbjct 120 CGAAAACCCTCCGTCACAGCCTCTCGCTATCTCCGAACGTCACGGCGTCGTCTTCGTCGC 179
Query 305 ACATTCCTCCGGGTTTTTTGTTGGGAGGACTAATGATGTAATTTCTGCATCGAAGAACAG 364
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CCATTCCTCCGGGTTTTTCGTTGGGAGGACTAAGGATGTAATTTCTGCATCGAAGAACAG 239
Query 365 TAACGGGAACGGTGATAAGGTTTTTATCCAGGATTTGAGCCTCGTCGATGTTCCTGTTGG 424
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 240 TAACGGGAACGGTGATAAGGTTTATATCCAGGATTTGAGCCTCGTTGATGTTCCTGTTGG 299
Query 425 GGACGTTCGTATATTGTCTCTCTCAGCGGATGATTCGATTCTCGCTGTCACCGTTGCTGC 484
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 300 GGACGTTCGTATATTGTCTCTCTCGGCGGATGATTCGATTCTGGCTGTCACCGTTGCTGC 359
Query 485 TGATATTCATTTCTTCTCTGTGGATTCACTTCTTAAGAAGGATGCAAAACCTTCTTTTTC 544
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 CGATATTCATTTCTTCTCTGTGGATTCACTTCTTAAGAAGGATGCAAAACCTTCTTTTTC 419
Query 545 TTATTCACCTGATGAGTCAGGCTTCGTTAAGGATTTTCGGTGGAGAAGGAATGATAAGCA 604
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 420 TTATTCACCTGATGAGTCAGGCTTTGTTAAGGATTTTCGGTGGATAAGGAAAGATAAGCA 479
Query 605 TTCTTATCTTGTTCTTTCGAATACTGGGAAGCTCTTTCATGGAATTGATAATGCACCCCC 664
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 480 TTCTTATCTTGTTCTTTCGAATACTGGGAAGCTCTTTCATGGAATTGACAATGCACCCCC 539
Query 665 TAGACATGTTATGGATGCTGTTGACGCCGTTGAATGGAGTTCAAAAGGGAGTTATATCGC 724
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TAGACATGTTATGGATGCTGTTGACGCCGTTGAATGGAGTTCAAAAGGGAGTTATATCGC 599
Query 725 TGTAGCTCAAGATAACAGCCTTCGGATTTTTTCGTCAAAATTTAATGAGAAGCGGTGCAT 784
||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 600 TGTGGCCCAAGATAACAGCCTGCGGATTTTATCGTCAAAATTTAACGAGAAGCGGTGCAT 659
Query 785 AGCACTATCATTTGACTCTTGGATTGGTGATTCCGATGAAGACTGTTTC-GTGAAAGTTG 843
|||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 660 AGCACTATCATTTGACGCCTGGATTGGTGATTCTGATGAAGACTG-TTCAGTGAAAGTTG 718
Query 844 ATTCTATCAGATGGGTACGCAACAACTGTATTCTTCTTGGATGCTTTCAGCTGATTGAAG 903
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |
Sbjct 719 ATTCTATCAGATGGGTACGCAACAACTGTATCCTTCTCGGATTCTTTCAGCTGATTGATG 778
Query 904 GCAGGGAAGAAAATTACCTTGTTCAGGTTATCAGGAGTCCAGATGGGAAGATTTCTGATG 963
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 GCAGGGAAGAAAATTACCTTGTTCAGGTTATTAGGAGTCCAGATGGGAAGATTTCTGATG 838
Query 964 GTTCAACCAATCTGGTTGCTTTATCCTTCTCCGATTTGTTTCCATGTTCTATGGATGATC 1023
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 GTTCATCCAATCTGGTTGCTTTATCCTTCTCCGATTTGTTTCCATGTTCTATGGATGATA 898
Query 1024 TTGTCCCGGTCGGTGTTGGACCTCATTTACTCTTTAGCTACATAGACCAATGCAAACTGG 1083
|||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TTGTTCCAGTTGGTGTTGGACCTCATTTGCTCTTTAGCTACATAGACCAATGCAAACTGG 958
Query 1084 CGGTCACAGCAAACAGAAAGAGCATAGATGAGCATATTGTTTTACTGGATTGGTCATCTG 1143
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 959 CGGTCACAGCAAACAGAAAGAGCATAGATGAGCATATTGTTTTGCTGGATTGGTCACCTG 1018
Query 1144 GTGATGATAAAAGTGCAGTTTCCGTTGTTGATATTGATCGTGAGACCTTTTTGCCAAGGA 1203
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1019 GTGATAATAAAACTGCAGTTTCCGTTGTTGATATTGACCGAGAGACCTTTTTGCCAAGGA 1078
Query 1204 TTGGGCTCCAAGAAAACAACGATGACAATACGGTCATGGGACTCTGTATCGATAGGGTTT 1263
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TTGGGCTCCAAGAAAATGGCGATGACAATACGATCATGGGACTCTGTATCGATAGGGTTT 1138
Query 1264 CTATAG-AGGGGACTGTTAATGTCCGTTCCGG-AGATGATGAACTTAAAGAACTTCAACC 1321
|| | | | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1139 CTGTTGCA-GGGACTGTTAATGTCCGTTCCGGAAG-TGATGAACTTAAAGAACTCCTGCC 1196
Query 1322 ATATTTTGTTCTTGTGTGCCTCACTTTGGAAGGGAAGCTGGTCATGTTTAATGTTGCTAG 1381
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1197 ATATTTTGTTCTTGTGTGCCTCACTTTGGAAGGAAAGCTGGTCATGTTTAATGTCGCTAG 1256
Query 1382 TGTTGCAGGACGGCCAGCTTCATCTGATACTGATTTGGCCTCTTCTTCTGATATAGAAGA 1441
||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TGTTGCAGGACCCCCAGCTTCATCTGATGCTGATTTGGCCTCTTCTTCTGATATAGAAGA 1316
Query 1442 TGCTTATACCCCTTTGATTGAAGATGACCTTTCTAAACAATCTTCT---GA-----AA-A 1492
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |
Sbjct 1317 TGCTTATACCCCTTTGATTGAAGATGACCTTTCTAAACAATCTTCTGAAGAGCCTGAAGA 1376
Query 1493 ACATCAACAGTTGAATATTGCAGTACAAAATGATCAGAAACACCTCAACACAGAGAAGTT 1552
|||||| ||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1377 ACATCAGCAGTTGAATGTTTCAGTACAAAATGAACAGAAGCACCTCAACGCAGAGAAGTT 1436
Query 1553 CTCTACTGAACAAAGGTTGCCAAATGAAAACATTTTTAGCAAGGAATTCGAGTCTGTGAA 1612
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||
Sbjct 1437 CTCTACTGAACAAAGTTTCCCAAATGAAAACATTTTTAGTAAGGAATTTGAGTCTGTAAA 1496
Query 1613 AAGCTCAGTGTCTGGGGACAACAACAAGAAGCAAGAACCGTATGCTGAAAAACCGTTACA 1672
||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 AAGTTCAGTGTCTGAAGACAACAAGAAGAAGCAAGAACCATATGCTGAAAAACCGTTACA 1556
Query 1673 AGTTGAAGATGCTCAACAAAGCATGATTCCTAGGTTGTCCGGAACAAGTTTTGGGCAACT 1732
||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |
Sbjct 1557 AGTAGAAGATGGTCAACAAAGCATGATTCCTAGGCAGTTCGGAACAAGTTTTGGGCAA-T 1615
Query 1733 -ACCCATGTCCTTAGGATATGACACCAACAAATTTGCAGGATTCGGTCCTGCTCTCCCTG 1791
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||
Sbjct 1616 CACCTGTGTCCTTAGGATATGACACCAACAAATTTTCAGGTTTCGGTCCTGCCCTCTCTG 1675
Query 1792 TTTCCGAAAAGCTTCAAAAAGACATATTTGCGCAGTCCAATTCTATGCATTTGCAGGCCA 1851
||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1676 TTTCCGATAAGCTTCAGAAAGATGTATCTGCGCAGTCCAAGTCTATGCATTTGCAGGCCA 1735
Query 1852 ATGTGGAGTCAAAGAGTACAGCAGCtttttttGGATCTCCTGGCCTGCAGAACGCAATTT 1911
|||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1736 ATGTTGAGTCAAAGAGTACACCAGCTTTATTTGGATCTCCTGGCCTGCAGAACTCAATTT 1795
Query 1912 TGCAGTCACCGCAAAATACGTCATCTCAGCCATGGTCAAGTGGGAAAAGCGTCTCACCTC 1971
| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1796 TTCAGTCACCACTAAATACGTCATCTCAGCCATGGTCAAGTGGGAAAGGCGTCTCACCTC 1855
Query 1972 CAGATTTTGTATCTGGTCCCTTTCCTTCTATGAGAGATACTCAGCATAAGCAATCTGTAC 2031
||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 CAGATTTTGTACCTGGTCCCTTTCCTTCTGTGAAAGATACTCAGCATAAGCAATCTGTAC 1915
Query 2032 AGTCTGGAACTGGTTATGTAAACCCTCCTATGAGCATC-AAAGATAA-ATCTGTACAAGT 2089
||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | ||||| || | |||| |||||
Sbjct 1916 AGTCTGGAACTGGTTATGTGAATCCTCCTATGAGCA-CTAAAGA-AACACCTGTTCAAGT 1973
Query 2090 TATTGAGACTGGTAGAGTATCAGCGCTGAGCAATTTAAGTCCTCTGCTAGGCCAAAATCA 2149
||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1974 TATTGAGACTGGTAGAGCATCAGCTCTGAGCAATTTAAGTCCTCCGCTAGGCCAAAATTG 2033
Query 2150 GGACACTAATGAAGGGGTAGAGAAAATTGAGCCAATACCTTCTATCCGTGCCTCTCAATT 2209
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2034 GGACACTAATGAAGGGGTGGAGAAAATTGAGCCAATACCTTCTATCCGTGCCTCTCAATT 2093
Query 2210 GTCACAACAGGTGAAATCTTCCTTCGAAAAATCAGCCAGTCATCAGCAGCACAAAACTCC 2269
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2094 GTCACAACAGGTGAAATCTTCCTTCGAAAAATCGGCTAGTCATCAGCAGCACAAAACTCC 2153
Query 2270 GCTCAGTACTGGACCTCTGAGACTTGAGCATAACATGTCAAACCAACCCAGTAATATAAA 2329
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2154 GCTCAGTGCTGGACCTCTGAGACTTGAGCATAACATGTCAAAGCAACCCAGTAATATAAA 2213
Query 2330 TGAGATGGCCCGAGAAATGGATACACTTTTACAGTCCATTGAAGGACCGGGTGGTTTCAA 2389
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2214 TGAGATGGCCAGAGAAATGAATACACTTTTACAGTCCATTGAAGGACCGGGTGGTTTCAA 2273
Query 2390 GGATTCTTGCG-CGTTTATACTGAAAAGCAATGTTGAAGAACTGGAGCAAGGACTTGAAA 2448
||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2274 GGATTCTTGCGAAGTTT-TACTGAAAAGCCATGTTGAAGAACTGGAGCAAGGACTTGAAA 2332
Query 2449 GTCTTGCTGGCAAGTGCCAAACGTGGAAGAGCACAATTCACGAGCAGCAAGCAGAGATCC 2508
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2333 GTCTTGCTGGCAGGTGCCAAACGTGGAAGAGCACAATTCACGAGCAGCAAGCAGAGATCC 2392
Query 2509 AACATCTTCTTGACAAAACAATTCAAGTTTTGGCAAAAAAGACATACATGGAAGGTATGT 2568
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 AACATCTTCTTGACAAAACAATTCAAGTTTTGGCAAAAAAGACATACATGGAAGGTATGT 2452
Query 2569 ATAAGCAAACTGCTGATAACCAGTACTGGCAACTTTGGAACCGCCAGAAGTTGAATCCTG 2628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 ATAAGCAAACTGCTGATAACCAGTACTGGCAACTTTGGAACCGCCAGAAGTTGAATCCTG 2512
Query 2629 AGCTTGAGGCCAAGCGGCAGCATATAATGAAACTAAATAAGGATTTGACTCATCAACTGA 2688
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 AGCTTGAGGCCAAGCGGCAGCATATTATGAAACTAAACAAGGATTTGACTCATCAACTGA 2572
Query 2689 TTGAACTAGAGAGATATTTTAATCGGCTTGAACTCGATCGCTACAATGAGGATGGTGGAC 2748
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2573 TTGAACTAGAGAGATATTTTAATCGGCTTGAACTCGATCGCTACCATGAGGATGGTGGAC 2632
Query 2749 ATCCTGTGGCACGAAGAGGCGTGCCAAATAGGTCTGCTCCTTCAAGACGTGTGCAATCCC 2808
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2633 ATCCTGTGGCACGAAGAGGCGTGCCAAGTAGGTCTGCTCCTTCAAGACGTGTGCAATCCC 2692
Query 2809 TTCACAGCCTTCATAACACAATGAGTTCCCAATTGGCTGCTGCTGAGCAACTCTCTGAGT 2868
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2693 TTCACAGCCTTCATAACACAATGAGTTCCCAATTGGCAGCTTCTGAGCAACTCTCTGAGT 2752
Query 2869 GTCTCTCAAAACAAATGACATATTTGAAAATCGATTCACCTGTAAAAAAGAATGTGAAGC 2928
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2753 GTCTCTCAAAACAAATGACATATTTGAAAATCGATTCACCTGTAAAAAAGAATGTGAAGC 2812
Query 2929 AGGAGTTGTTCGAGACAATTGGGATCCCTTACGATGCTTCTTTCAGCTCACCAGATGCGG 2988
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 AGGAGTTGTTTGAGACAATTGGGATCCCTTACGATGCTTCTTTCAGCTCACCAGATGCGG 2872
Query 2989 TAAAAGCTAAAAATGCATCTTCAGCAAAAAACCTATTACTCTCTTCTATCCCCGCAAGTA 3048
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 2873 TAAAAGCTAAAAATGCATCTTCAGCAAAAAACCTATTACTGTCTTCTATTCCCGCAAGTA 2932
Query 3049 TAAAT-CAACAGTCAAGACAACGTCAGTCATCTGCTATGAAAAATTCTGACCCTGAAACT 3107
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2933 TAAATGC-ACAGTCAAGACAACGTCAGTCATCTGCTATGAAAAATTCTGACCCTGAAACT 2991
Query 3108 GCTAGGAGGAGAAGAGAATCACTAGACAGGGTAATTTTTAATTGGGCTGCTTTTGAGCCT 3167
|| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 2992 GCCAGGAGGAGAAGAGAATCACTAGACA-GG--------AATTGGGCTGCTTTTGAGCCT 3042
Query 3168 CCAAAAACAACTGTCAAAAGGATGCTTCTGCAGGAGCAACAGAAGACGGGTATGAACCAA 3227
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3043 CCAAAAACAACTGTCAAAAGGATGCTTCTGCAGGAGCAACAGAAGACGGGTATGAACCAA 3102
Query 3228 CAGACTGTCTTGAGTGAGAGACTACGGTCTGCGAATAATACACAAGATCGATCACTGCTT 3287
|||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3103 CAGATTGTCTTAAGTGAGAGACTACGGTCTGTGAATAATACACAAGAGCGATCACTGCTT 3162
Query 3288 CACGTGAAAGATCATGCATCACCTGTAGTCTCCTCGAATAAGGGTATTATGGAATCATTC 3347
| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3163 CGCCTGAAAAATCATGCATCACCTGTAGTCTCCTCAAATAAGGGCATTATGGAATCATTC 3222
Query 3348 CAACAAGACACATCTGAAGCTCAATCAACCCCATTCAAAACGAGGCCACCTATGCCACAA 3407
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3223 CAACAAGACACATCTGAAGCTCAATCAACCCTATTCAAAACGAGGCCACCTATGCCCCAA 3282
Query 3408 TCTAACAGTCCCTTTACCATCTCTCCAATCTCTGCGTCAAAACCAAGTTTCAATTGGTCT 3467
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3283 TCTAACAGTCCCTTTACCATCTCTCCAATCTCTGCCTCAAAACCAAGTTTCAATTGGTCT 3342
Query 3468 GGAAATAAGTCTAGCAATACAACTTCTTATGCTGAGGAATCTGCCCCATCGCAGATTAAG 3527
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||
Sbjct 3343 GGAAATAAGTCTAGCAGTACAACTTCTTATGCTGAGGAGTCTGCCCCGTCGCAGAATAAG 3402
Query 3528 GATACAAGGACAGTTTCACAACCAGGGGGATCAAGTTTTCTTCCGAAACGACCAGTGGCC 3587
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3403 GATACAAGGACAGTTTCACAACCAGGAGGATCAAATTTTCTTCTGAAACGACCAGTGGCC 3462
Query 3588 TCGACTGTACTTGAACAGACAGAAAAGAAGGCTGGAGAATTCAAATTTTCCGAAGCTAAG 3647
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3463 TCGACTGTATTTGAACAGACAGAAAAGAAGGCTGGAGAATTCAAATTTTCTGAAGCTAAG 3522
Query 3648 GCCAATGCGTTTGTTGAAACAGCTGCTGGAAGTGTGCAGCGGCTTTCTACCACATCATCA 3707
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3523 GCCAATGCTTTTGTTGAAACAGCTGCTGGAAGTGTGCAGCATCTTTCTACCACATCATCA 3582
Query 3708 GGATCTGATTTTGAATCTAGCAAAGGTTTTGGTGCTCAATTTTCAACCATGTCGTCTGGT 3767
|||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||
Sbjct 3583 GGATCTGATTATGAATTTAGCAAAGGTTTTGGCGCTCAACTTTCACCCATGTCTTCTGGT 3642
Query 3768 GCACCAGCATCTAGTTTTTCTTCAAAATCGTTGTTTGGTTTCAATTCCAGTAGCAGTATC 3827
| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3643 GGACCAGCATCTAGTTTCCCTTCCAAATCGTTGTTTGGTTTCAAAACCAGTAGCAGTATC 3702
Query 3828 CCTGGTGATAAATTTACTTTTCCTGCTGTAAC-G-----G---------CACCTTTGTCT 3872
|||||||||| ||||||||||||||| ||| | | |||||||||||
Sbjct 3703 TATGGTGATAAAGTTACTTTTCCTGCTGCAACGGTATCAGTTTCTTCTTCACCTTTGTCT 3762
Query 3873 GGTACTCCGCTTGATTCCACTTCCACCTTATTTACAGCATCATCAGCTCCAGTGTCATCC 3932
| || || ||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 3763 AGCACGCCACTTGATTCCACTTCCACTTTATCTACACCATCATCACCTCCAATGTCATCC 3822
Query 3933 TCTTCCCAAGATCCAGTTCCAGCATCTATACCCATTAGCTCAGCACCAGTCCCGCAAACG 3992
||| | |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3823 TCTACACAAGATTCAGTTCCAGCATCTATTCCCATTAGCTCAGCACCAGTCATGCAAACG 3882
Query 3993 TTTTCAGTCACATCTACATCCACTGTTTCAGCTACGGGGTTCAATGTTCCATTTGGTAAA 4052
||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3883 TTTTCAGTCGCATCTACATCTACAGTTTCTGCTACGGGGTTCAATGTTCCATTTGGTAAA 3942
Query 4053 CCTTTGACCAGTGTCAAAGTAGATCTCAATCAAGCAGCTCCGTCAACACCTTCTCCATCA 4112
|| |||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3943 CCGTTGACCAGTGCCAATGTAGATCTCAGTCAAGCAGCTCCGTCAACACCTTCTCCATCA 4002
Query 4113 CCTGGTCCCACAGCTGGTTTCACTTTTAATTTACCAGCTTTGTCTCCATCATCCCCTGAG 4172
|||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4003 CCTGGTCCCACAACTGGTTTCTCTTTTATTTTACCAGCTTTATCTCCATCATCCCCTGAA 4062
Query 4173 ATGGTCTCATCCTCAACAGGCCAGTCTTCATTATTTCCACCATCTGCTCCAACATCGCAA 4232
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||
Sbjct 4063 ATGGTCTCATCCTCAACAGGCCAATCTTCATTATTTCCACTATCTTCTCCAGCGTCGCAA 4122
Query 4233 GTGTCATCTGATCAGGCCTCTGCAACCAGTTCCCTAACAGATAGTAGTCGTTTGTTCTCA 4292
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4123 GTGTCATCTGATCAGGCCTCTGCAACCAGTTCCCTAACAGATAGTAGTCGTTTGTTCTCA 4182
Query 4293 TCAACTTCCTTATCTTCGACTCCCCCTA-TT--ACTCCTCCTGATGCGTTTCAGTCACCT 4349
|||| |||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4183 TCAAATTCCTTATCTTCGACTCCTATTACTTCAACCCCTCCTGATGCGTTTCAGTCTCCT 4242
Query 4350 CAAG-TTTCCACCCCGTCATCTGCTGTCCCCATTACAGAGCCAGTCTCAGAACCTAAAAA 4408
|||| ||| |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 4243 CAAGCTTT-CACCCCATCCTCTGCTGTGCCCATTACAGAGCCAGTCTCGGAACCCAAAAA 4301
Query 4409 ACCAGAGGCTCAAAGTTCGTCAATTCTAAGTACGCAAAGTACTGTAGATTCTGTAGCAAA 4468
|||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4302 ACCAGAGGTTCAAAGTTCATCAATTCTGAGTACGCAAAGTACTGTAGATTCTGTAGCAAA 4361
Query 4469 TGCAACAAAAACACAGAATGAGCCACTGCCGGTGAAAAGTGAAATTTCAAACCCAGG-GA 4527
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || || ||
Sbjct 4362 TGCAACAAAAACACAGAATGAGCCACGGCCGGTGAAAAGTGAAATTTCAAA-CCTGGAGA 4420
Query 4528 CTACAGTAACCCCTGTCAGTTCATCTGGGTTCCTGTCTGGATTTTCATCAGGAACACAGT 4587
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4421 CTACAGTAACCCCTGTCAGTTCATCTGGGTTCCTGTCTGGATTTTCATCAGGAACAGAGT 4480
Query 4588 CTAGTCTTGCAAGCATGGCGGCTCCTTCATTCAGTTGGCCAGGGAGTTCTCAGCCACAAC 4647
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4481 CTAGTCTTGCAAGCATGGCGGCTCCTTCATTCAGCTGGCCAGGTAGTTCTCAGCCACAAC 4540
Query 4648 AGCTATCTTCTACACCTGCCCCTTTCCCTGCATCCTCACCAACTTCAGCAAGTCCATTTG 4707
||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||
Sbjct 4541 AGCAATCGTCTACACCTGTCCCTTTCCCTGCATCCTTACCAACTTCGGCGAGTCCATTTG 4600
Query 4708 GTGAGAAAAAAGATATTGTAGATACACAGGAAGATGAAATGGACGAAGAAGCTCCAGAGG 4767
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4601 GTGAGAAAAAAGATACTGTAGATACACAGGAAGATGAAATGGACGAAGAAGCTCCAGAGG 4660
Query 4768 CTAGTCAGACAACTGAACTTAGTATGGGAAGTTTTGGAGGTTTCGGGCTTGGGTCAACTC 4827
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4661 CTAGCCAGACAACTGAACTTAGTATGGGAAGTTTTGGAGGTTTCGGGCTTGGGTCAACTC 4720
Query 4828 CAAACCCGGGTGCCCCCAAAACAAATCCATTTGGTGGTCCCTTTGGTAATGCT---ACAA 4884
||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 4721 CAAACCCGGCTGCCCCCAAATCTAATCCATTTGGTGGTCCCTTCGGTAATGCTACAACAA 4780
Query 4885 CAACAACAAGTAATCCATTCAATATGACAGTTCCTAGTGGCGAGCTATTCAAACCTGCCT 4944
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4781 CAACAACAAGTAATCCATTCAATATGACAGTCCCGAGTGGCGAGCTATTCAAACCTGCAT 4840
Query 4945 CGTTCAATTTTCAAAATCCTCAACCATCTCAACCAGCAGGTTTTGGTTCGTTCTCTGTAA 5004
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4841 CGTTCAACTTTCAAAATCCTCAACCATCTCAACCGGCAGGTTTTGGTGCGTTCTCTGTAA 4900
Query 5005 CACCTTCTCAGACACCTGCTCAGAGTGGATTTGGCCAACCGTCACAGATTGGTGGGGGAC 5064
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4901 CACCTTCGCAGACACCTGCTCAGAGTGGATTTGGCCAACCGTCACAGATTGGTGGGGGAC 4960
Query 5065 AGCAAGCTCTAGGGTCGGTTCTTGGCTCCTTTGGGCAGTCGAGACAGATTGGTGCTGGGC 5124
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4961 AGCAAGCTCTAGGGTCGGTTCTTGGCTCCTTTGGGCAGTCGAGACAGATTGGTGCTGGTC 5020
Query 5125 TCCCAGGAGCTACGTTTGGTTCTCCTACAGGATTTGGTGGCTCTAACCCAGGAAGTGGTC 5184
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5021 TCCCAGGGGCTACGTTTGGTTCTCCTACAGGATTTGGTGGCTCTAACCCAGGAAGTGGTC 5080
Query 5185 TGCCAAATGCACCAGCATCTGGTGGTTTTGCTGCTGCTGGTTCTAGTGCCACTGGTGGCT 5244
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5081 TGCCAAATGCACCAACATCCGGTGGTTTTGCTGCTGCTGGTTCTAGTGCCACTGGTGGCT 5140
Query 5245 TTGCGGCCATGGCTTCAGCTGGTAGAGGCTTTGCTGGTGCTTCTTCTACTCCCACTGGTG 5304
|||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5141 TTGCCGCCATGGCTTCAGCAGGTCGAGGCTTTGCTGGTGCTTCTTCTACTCCCACTGGTG 5200
Query 5305 GCTTCGCTGCGTTAGCCTCAGGTAGTGGAGGCTTTGCTGGTGCTGCTCCAGGAGGAGGAG 5364
|||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5201 GCTTTGCTGCCTTGGCCTCAGGTAGTGGAGGCTTTGCTGGTGCTGCTCCAGGAGGAGGAG 5260
Query 5365 GCGGTGGATTTGGTGGACTTGGTTCAGGCACCGGAGGTTTCGGAGGCTTTGCTCCTCAGG 5424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5261 GCGGTGGATTTGGTGGACTTGGTTCAGGCACCGGAGGTTTCGGAGGCTTTGCTCCTCAGG 5320
Query 5425 GTAGTAGTGGAGGTTTCGCGGGAGCAGCAGGAGGTGGCGGTTTTGGTGGTTTCGGCGGAC 5484
||||| | | ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 5321 GTAGT-G-G-AGGTTTCGCCGGAGCAGGAGGAGGTGGTGGTTTTGGTGGTTTCGGCGGCC 5377
Query 5485 AAGCGCAAGGCCAAGCGGGTGGTGGTGGATTCTCAGCCTTTGGTGGCAACTCGGGAGCAA 5544
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 5378 AAGCGCAAGGCCAAGCAGGTGGTGGTGGATTCTCAGCCTTTGGCGGCAACTCCGGAGCAA 5437
Query 5545 CAGGAAAGCCCTCGGAACTCTTCACACAGATGAGAAAATGA 5585
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5438 CAGGAAAGCCATCGGAACTCTTCACACAGATGAGAAAATGA 5478
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 217270684257
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5