BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G55930.1
Length=2239
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg914728 jgi|Araly1|914728|Al_scaffold_0001_4982 1940 0.0
Ahg474663 jgi|Araly1|474663|fgenesh2_kg.1__4617__AT1G55930.1 1832 0.0
Ahg478681 jgi|Araly1|478681|fgenesh2_kg.3__1382__AT3G13070.1 1720 0.0
> Ahg914728 jgi|Araly1|914728|Al_scaffold_0001_4982
Length=1230
Score = 1940 bits (1050), Expect = 0.0
Identities = 1145/1190 (96%), Gaps = 9/1190 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 951 CTCCGAAAAGTGTAGCGGTTCACAATGCTCAAGAGGTTGCCAGGATTGTGGTCAGACCAG 1010
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 50 CTCCAAAAAGTGTAGCGGTTCACAATGCTCAAGAGGTTGCAAGGATTGTGGTCAGACCAG 109
Query 1011 TGGCGTGGCTTTCCTTGATATTATATCCTGTTGGAAGAGTAGTAACATATCTTTCGATGG 1070
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 110 TGGCTTGGCTTTCCTTGATATTATATCCTGTTGGAAGAGTAGTGACATATCTTTCGATGG 169
Query 1071 GAATTCTGAAAATTCTTGGTTTGAAAGGACGGAGTGAACCATATGTTACTGAAGATGAAT 1130
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 170 GAATTCTGAAAATTCTTTGTTTGAAAGGACGGAGTGAGCCATATGTTACTGAAGATGAAT 229
Query 1131 TGAAACTAATGCTACGTGGTGCAGAATTAAGTGGGGCTATAGAAGAGGAAGAGCAGGATA 1190
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 230 TGAAACTAATGCTACGTGGTGCAGAATTAAGCGGGGCTATAGAAGAGGAAGAGCAGGATA 289
Query 1191 TGATTGAAAATGTGTTAGAGATAAAGGATACGCATGTTCGAGAGGTGATGACTCCTCTTG 1250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 290 TGATTGAAAATGTGTTAGAGATAAAGGATACGCATGTTCGAGAGGTGATGACTCCTCTTG 349
Query 1251 TTGATGTAGTTGCAATAGATGGCAGCGGCAGCCTGGTTGACTTCCATAACTTTTGGGTGA 1310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 350 TTGATGTAGTTGCAATAGATGGCAGCGGCAGCCTGGTTGACTTCCATAACTTTTGGGTGA 409
Query 1311 CCCATCAATACTCAAGGGTTCCTGTTTTTGAGCAGAGGATTGATAACATAGTTGGTATTG 1370
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 410 CCCATCAGTACTCGAGGGTTCCTGTTTTTGAGCAGAGGATTGATAACATAGTTGGTATTG 469
Query 1371 CATATGCTATGGATCTCCTAGATTATGTTCCAAAGGGTAAATTGCTTGAAAGTACCACTG 1430
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 470 CATATGCTATGGATCTCCTAGATTATGTTCCAAAGGGTAAATTGCTTGAAAGTACTACTG 529
Query 1431 TGGTGGACATGGCACATAAACCTGCATTCTTTGTCCCTGATTCGATGTCAGTTTGGAATC 1490
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 530 TGGTGGACATGGCACATAAACCTGCATTCTTTGTCCCTGATTCAATGTCAGTTTGGAATG 589
Query 1491 TTCTTAGAGAGTTTAGAATAAGAAAGGTTCACATGGCAGTTGTTCTTAATGAATATGGTG 1550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 590 TTCTTAGAGAGTTTAGAATAAGAAAGGTTCACATGGCAGTTGTTCTTAATGAATACGGTG 649
Query 1551 GAACCATCGGAATAGTAACTCTTGAAGATGTGGTCGAAGAGATTGTTGGTGAAATATTTG 1610
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 650 GAACCATTGGAATAATAACTCTTGAAGATGTGGTCGAACAGATTGTTGGTGAAATATTTG 709
Query 1611 ATGAAAACGATTCAAAGGAGGAAATTCAGAAGAAAACGGGTTATATCGTGATGAGAGCAG 1670
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 710 ATGAAAACGATTCAAAGGAGGAGATTCAGAAGAAAACGGGTTACATCGTGATGAGAGCAG 769
Query 1671 AGGGGATATATGATGTTGATGCCAACACTTCGATTGACCAGTTATCTGAAGAACTCAACA 1730
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 770 AAGGGATATATGATGTTGATGCCAACACTTCGATTGACCAGTTATCTGAAGAACTTAACA 829
Query 1731 TAAAGATGGCAGAGGGCCATCAGTATGAGACAGTCTCAGGTTTTGTCTGTGAGGCCTTTG 1790
|||||||| |||| | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 830 TAAAGATGTTAGAG-----T-A-T--GAGACAGTCTCAGGTTTTGTCTGTGAGGCCTTTG 880
Query 1791 GGTATATCCCAAAGACAGGTGAGAGTGTGACGGTAGTTCTTGAAAAGGAAAACTGGGAAG 1850
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 881 GGTATATCCCAAAGACATGTGAGAGTGTGACGGTAGTTCTTGAAAAGGAAAACTGGGAAG 940
Query 1851 AGAATGATGAACAAGACGAGGGTAAGCACGAGCGTCAAGATCAGAAGGAGAAGCACCAAA 1910
|||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 941 AGAATGATGAACAAGATGAGGGTAAACACGAGAGTCAAGATCAGAAGGAAAAGCACCAAG 1000
Query 1911 TTTATAGACTAGAGATACTAGCAGGGAATGCCAGAAAAGTGAGTGCAGTCCGGTTCGAAC 1970
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1001 TTTATAGACTAGAGATACTAGCAGGGAATGCCAGAAAAGTGAGTACAGTCCGGTTCGAAC 1060
Query 1971 GAGTTAGTGATATGGATCAAGTGTCAGAGGCCCGAGATGTAAAAAACATGGTTCCCAAAT 2030
|||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1061 GAGTTAATAATATGGATGAAGTGTCAGAGGCGCGAGATGTAAAAAACATGGTTCCCAAGT 1120
Query 2031 TCGTAAGAAAATGGAGCAGTGAGGAAGATTCCGATGGTAATCTCCAAGCCAAGAATGCCG 2090
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1121 TCGTAAGAAAATGGAGCAGTGAGGAAGATACCGATGGTAATCTCCAAGCCAAGAATGCCG 1180
Query 2091 TCTTTGATGAGCATCTAATTGCAGAAACTGAAAGTATGAAGAAAGAATAA 2140
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181 TCTTTGATGAGCATCTAATTGCTGAAACTGAAAGTATGAAGAAAGAATAA 1230
> Ahg474663 jgi|Araly1|474663|fgenesh2_kg.1__4617__AT1G55930.1
Length=2013
Score = 1832 bits (992), Expect = 0.0
Identities = 1116/1174 (95%), Gaps = 16/1174 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 115 TAAAAAGGGGAAGAAATTGGTAAACTCTATCGCCGGAGAATTTTCGGTTTATCCTCCTAT 174
|||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | | || | ||||
Sbjct 1 TAAAGAGGAGAAGAAATTGGTATACTCTATCGCCGGAG-A----C-----AT--TTCTAT 48
Query 175 TCGTATGGAACTTGATTTATCTGTTCTAGGTCGTTCTTTCATTGTCACCAGAAGGAACTC 234
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 49 TCATATGGAACTTGATTTATCTGTTCTAGGTCGTTCTTTCATTGCCACCAGGAGGAACTC 108
Query 235 AAGTATCACGAGACCATGTATCCAAAGCTCGAATTTTTCAGTAAGAGTTCTTCAGAGAAA 294
|||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 109 AAGTCTCACGCGACTATGTATCCAAAGTTCGAATTTTTCACTAAGACTTCTTCAGAGAAA 168
Query 295 CAAGCATCGCCCACTCTGTTTCTCCACTAATCCGTC-CAA-TTCCAGTTTTATTAGATTC 352
|||||| |||||||||||| ||| |||||| | || ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 169 CAAGCAGCGCCCACTCTGTATCTTGACTAAT-C-TCTCAAGTTCCAGTTTTATTAGATTC 226
Query 353 CAAAAAGGATGTGACTTTAGTCATAGATGTCAGTTTGTTGTGTTGAGTGCGACTGGAGAT 412
| ||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 227 CGAAAGGGATGTGACTTTAGCCATAGAAATCAGTTTGTTGTGTTGAGTGCGACTGAAGAT 286
Query 413 CATGTGGGTATTAGTCAGAAACATTCCGATTCCACCGAAAAAGTCGATTCGATTAGGATT 472
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 287 CATGTGGGTAGTAGTCAGAAACATTCCGATTCCAGCGAAAAACTCGATTCGATTAGGATT 346
Query 473 TTGCTGAAACGGGGAATCGTTTTAGGGGCAGTGGTGTGTGGAGTTTTGTTTTATGGATGT 532
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 347 TTGCTGAAACGGGGAATCGTTTTAGGGGCAGTGGTGTGTGGAGTTTTGTTGTATGGATGT 406
Query 533 GGGAAAGTATTAGCATCAACAAGTGTGGTGGATGTGGCTTTTAGTAAGAGTATATTGTTG 592
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 407 GGTAAAGTATTAGCATCAACAAATGTGGTGGATGTGGCTTTTAGTAAGAGTGTATTGTTG 466
Query 593 TTGAAGAATGCTTGGCCAAAAACTTCTCAGGTTCTTAAGGTTCTTAGAGAGCAAGGTCTA 652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 467 TTGAAGAATGCTTGGCCAAAAACTTCTCAGGTTCTTAAGGTTCTTAGAGAGCAAGGTCTA 526
Query 653 ATCTTAGCTGTGCTTCTCGGTTTATCAGCATTCTTCTCCATGGCAGAGACTTCCATCACC 712
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 527 ATATTAGCTGTGCTTCTCGGTTTATCAGCATTCTTCTCCATGGCAGAGACTTCCATCACC 586
Query 713 ACTCTCTGGCCCTGGAAGGTGCGCGAGTTGGCTGAAAAAGAGCCTGAAAATGGCGTTTTC 772
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 587 ACTCTCTGGCCGTGGAAGGTGCGCGAGTTGGCTGAAAAAGAGCCTGAAAATGGCGTTTTC 646
Query 773 AGGATGCTCCGCAGTGATGTTACCAGATTTTTGACAACCATACTTATTGGAACAACTGTT 832
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 647 AGGATGCTCCGCAGTGATGTTACCAGATTCTTGACAACCATACTTATTGGAACAACTGTT 706
Query 833 GTTAATATTGCGGCGACTGCCTTGGTCACTAAAGCGGCAACAGCTATTTTTGGTGAAGCT 892
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 707 GTGAATATTGCGGCGACTGCCTTGGTCACTAAAGCAGCAACAGCTATTTTTGGTGAAGCT 766
Query 893 GGTGTTAGTGCAGCCACAGGAGTGATGACGGTAGCCATATTACTCCTGACTGAAATAACT 952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 767 GGTGTTAGTGCAGCCACAGGAGTGATGACGGTAGCCATATTACTCCTGACTGAAATAACT 826
Query 953 CCGAAAAGTGTAGCGGTTCACAATGCTCAAGAGGTTGCCAGGATTGTGGTCAGACCAGTG 1012
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 827 CCGAAAAGTGTAGCGGTTCACAATGCTCAAGAGGTTGCAAGGATTGTGGTCAGACCAGTG 886
Query 1013 GCGTGGCTTTCCTTGATATTATATCCTGTTGGAAGAGTAGTAACATATCTTTCGATGGGA 1072
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 887 GCTTGGCTTTCCTTGATATTATATCCTGTTGGAAGAGTAGTGACATATCTTTCGATGGGA 946
Query 1073 ATTCTGAAAATTCTTGGTTTGAAAGGACGGAGTGAACCATATGTTACTGAAGATGAATTG 1132
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 947 ATTCTGAAAATTCTTGGTTTGAAAGGACGGAGTGAGCCATATGTTACTGAAGATGAATTG 1006
Query 1133 AAACTAATGCTACGTGGTGCAGAATTAAGTGGGGCTATAGAAGAGGAAGAGCAGGATATG 1192
|||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007 AAACTAATGCTACGCGGAGCAGAATTAAGTGGAGCTATAGAAGAGGAAGAGCAGGATATG 1066
Query 1193 ATTGAAAATGTGTTAGAGATAAAGGATACGCATGTTCGAGAGGTGATGACTCCTCTTGTT 1252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 ATTGAAAATGTGTTAGAGATAAAGGATACGCATGTTCGAGAGGTGATGACTCCTCTTGTT 1126
Query 1253 GATGTAGTTGCAATAGATGGCAGCGGCAGCCTGG 1286
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1127 GATGTAGTTGCAATAGATGGCAGCGGCAGCCTGG 1160
Score = 1373 bits (743), Expect = 0.0
Identities = 781/799 (98%), Gaps = 4/799 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1404 AGGGTAAATTGCTTGAAAGTACCACTGTGGTGGACATGGCACATAAACCTGCATTCTTTG 1463
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1215 AGGGTAAATTGCTTGAAAGTACCACTGTGGTGGACATGGCTCATAAACCTGCATTCTTTG 1274
Query 1464 TCCCTGATTCGATGTCAGTTTGGAATCTTCTTAGAGAGTTTAGAATAAGAAAGGTTCACA 1523
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275 TCCCTGATTCGATGTCAGTTTGGAATCTTCTTAGAGAGTTTAGAATAAGAAAGGTTCACA 1334
Query 1524 TGGCAGTTGTTCTTAATGAATATGGTGGAACCATCGGAATAGTAACTCTTGAAGATGTGG 1583
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1335 TGGCAGTTGTTCTTAATGAATACGGTGGAACCATCGGAATAGTAACTCTTGAAGATGTGG 1394
Query 1584 TCGAAGAGATTGTTGGTGAAATATTTGATGAAAACGATTCAAAGGAGGAAATTCAGAAGA 1643
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1395 TCGAAGAGATTGTTGGTGAAATATTTGATGAAAACGATTCAAAGGAGGAAATTCAGAAGA 1454
Query 1644 AAACGGGTTATATCGTGATGAGAGCAGAGGGGATATATGATGTTGATGCCAACACTTCGA 1703
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1455 AAACGGGTTATATCGTGATGAGAGCAGAGGGGATATATGATGTTGATGCCAACACTTCGA 1514
Query 1704 TTGACCAGTTATCTGAAGAACTCAACATAAAGATGGCAGAGGGCCATCAGTATGAGACAG 1763
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1515 TAGACCAGTTATCTGAAGAACTCAACATAAAGATGGCAGAGGGCCATCAGTATGAGACAG 1574
Query 1764 TCTCAGGTTTTGTCTGTGAGGCCTTTGGGTATATCCCAAAGACAGGTGAGAGTGTGACGG 1823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1575 TCTCAGGTTTTGTCTGTGAGGCCTTTGGGTATATCCCAAAGACAGGTGAGAGTGTGACGG 1634
Query 1824 TAGTTCTTGAAAAGGAAAACTGGGAAGAGAATGATGAACAAGACGAGGGTAAGCACGAGC 1883
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1635 TGGTTCTTGAAAAGGAAAACTGGGAAGAGAATGATGAACAAGACGAGGGTAAGCAGGAGC 1694
Query 1884 GTCAAGATCAGAAGGAGAAGCACCAAATTTATAGACTAGAGATACTAGCAGGGAATGCCA 1943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1695 GTCAAGATCAGAAGGAGAAGCACCAAATTTATAGACTAGAGGTACTAGCAGGGAATGCCA 1754
Query 1944 GAAAAGTGAGTGCAGTCCGGTTCGAACGAGTTAGTGATATGGATCAAGTGTCAGAGGCCC 2003
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1755 GAAAAGTGAGTGCAGTCCGGTTCGAACGAGTTAATGATATGGATCAAGTGTCAGAGGCCC 1814
Query 2004 GAGATGTAAAAAACATGGTTCCCAAATTCGTAAGAAAATGGAGCAGTGAGGAAGATTCCG 2063
| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1815 GGGATGTGAAAAACATGGTTCCCAAGTTCGTAAGAAAATGGAGCAGCGAGGAAGATTCCG 1874
Query 2064 ATGGTAATCTCCAAGCCAAGAATGCCGTCTTTGATGAGCATCTAATTGCAGAAACTGAAA 2123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1875 ATGGTAATCTCCAAGCCAAGAATGCCGTCTTTGATGAGCATCTAATTGCTGAAACTGAAA 1934
Query 2124 GTATGAAGAAAGAATAATGATAAAAGAGGA--AA-GAGGT-GTTGTAAGTTTAAATTGCA 2179
|||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1935 GTATGAAGAAAGAATAATGATAAAAGAGGAGGAAAGAGGCAGTTGTAAGTTTTAATTGCA 1994
Query 2180 TGTATAGAAAGACTCGTTA 2198
|||||||||||||||||||
Sbjct 1995 TGTATAGAAAGACTCGTTA 2013
> Ahg478681 jgi|Araly1|478681|fgenesh2_kg.3__1382__AT3G13070.1
Length=2133
Score = 1720 bits (931), Expect = 0.0
Identities = 1399/1623 (86%), Gaps = 39/1623 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 461 TCGATT-AGGATTTTGCTGAAACGGGGAATCGTTTTAGGG-GCAGTGGTGTGTGGAGTTT 518
|||||| ||| |||| |||||||| ||||| ||||| ||| || || ||||||||||| |
Sbjct 289 TCGATTAAGG-TTTTTCTGAAACGTGGAATTGTTTT-GGGAGCTGTAGTGTGTGGAGTGT 346
Query 519 TGTTTTATGGATGTGGGAAAGTATTAGCATCAACAAGTGTGGTGG-A--T-G---TG-GC 570
| || ||||| || ||||| || ||||| | ||||||||| | | | || |
Sbjct 347 TCTTGTATGGGTGCCAAAAAGTGTTGGCATCGGCTGGTGTGGTGGAAGCTGGCTATGAGG 406
Query 571 T-TTTAGTAAGAGTATATTGTTGTTGAAGAATGCTTGGCCAAAAACTT-CTCAGGTTCTT 628
| ||| || |||| || ||||||| |||||||||| ||| |||| || | |||||||||
Sbjct 407 TGTTTGGTCAGAGCGTAGTGTTGTTTAAGAATGCTTTGCCGAAAATTTAC-CAGGTTCTT 465
Query 629 AAGGTTCTTAGAGAGCAAGGTCTAATCTTAGCTGTGCTT-CTCGGTTTATCAGCATTCTT 687
| |||||||||||||||||||||||| || |||| | || ||| | | |||||||||||
Sbjct 466 AGGGTTCTTAGAGAGCAAGGTCTAATTTTGGCTGCG-TTGCTCAGCCTCTCAGCATTCTT 524
Query 688 CTCCATGGCAGAGACTTCCATCACCACTCTCTGGCCCTGGAAGGTGCGCGAGTTGGCTGA 747
||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 525 CTCTATGGCAGAGACGTCCATTACCACTCTGTGGCCGTGGAAGGTGCGTGAGTTGGCTGA 584
Query 748 AAAAGAGCCTGAAAATGGCGTTTTCAGGATGCTCCGCAGTGATGTTACCAGATTTTTGAC 807
||||| || || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 585 GAAAGAACCAGAGAATGGTGTATTCAGAATGCTCCGGAGTGATGTTACCAGATTCTTGAC 644
Query 808 AACCATACTTATTGGAACAACTGTTGTTAATATTGCGGCGACTGCCTTGGTCACTAAAGC 867
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| ||||
Sbjct 645 GACTATACTTATTGGAACAACTGTTGTGAATATTGCGGCAACTGCCCTGGTCACCGAAGC 704
Query 868 GGCAACAGCTATTTTTGGTGAAGCTGGTGTTAGTGCAGCCACAGGAGTGATGACGGTAGC 927
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||
Sbjct 705 AGCAACAGCTATATTTGGGGAAGCTGGTGTTAGTGCAGCCACTGGATTGATGACAGTGGC 764
Query 928 CATATTACTCCTGACTGAAATAACTCCGAAAAGTGTAGCGGTTCACAATGCTCAAGAGGT 987
|| |||||||||||||| || ||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||
Sbjct 765 TATTTTACTCCTGACTGAGATTACTCCAAAAAGTGTTGCTGTCCACAATGCTCAAGAAGT 824
Query 988 TGCCAGGATTGTGGTCAGACCAGTGGCGTGGCTTTCCTTGATATTATATCCTGT-TGGAA 1046
||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 825 TGCAAGGATTGTGGTCAGGCCAGTGGCATGGCTTTCCTTAATATTATATCCTGTCGGGAG 884
Query 1047 GAGTAGTAACATATCTTTCGATGGGAATTCTGAAAATTCTTGGTTTGAAAGGACGGAGTG 1106
|| | || |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 885 GA-TTGTCACATATCTGTCAATGGGAATACTGAAAATTCTTGGTTTGAAAGGACGGAGTG 943
Query 1107 AACCATATGTTACTGAAGATGAATTGAAACTAATGCTACGTGGTGCAGAATTAAGTGGGG 1166
|||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||| |
Sbjct 944 AACCATATGTTACTGAAGATGAGTTGAAACTGATGCTAAGAGGTGCAGAATTAAGTGGTG 1003
Query 1167 CTATAGAAGAGGAAGAGCAGGATATGATTGAAAATGTGTTAGAGATAAAGGATACGCATG 1226
| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||
Sbjct 1004 CCATTGAAGAAGAGGAGCAGGATATGATTGAAAATGTGTTGGAGATTAAGGATACCCATG 1063
Query 1227 TTCGAGAGGTGATGACTCCTCTTGTTGATGTAGTTGCAATAGATGGCAGCGGCAGCCTGG 1286
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||| || |
Sbjct 1064 TTCGAGAGGTGATGACTCCTCTTGTTGATGTAGTTGCAATTGACGCCAGCGCCAGTCTAG 1123
Query 1287 TTGACTTCCATAACTTTTGGGTGACCCATCAATACTCAAGGGTTCCTGTTTTTGAGCAGA 1346
| || ||||||| | | |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1124 TCGAGTTCCATAGCATGTGGGTGACCCATCAGTACTCAAGGGTGCCTGTTTTTGAGCAGC 1183
Query 1347 GGATTGATAACATAGTTGGTATTGCATATGCTATGGATCTCCTAGATTATGTTCCA-AAG 1405
| |||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 1184 GTATTGATAATATCGTGGGAATTGCATATGCTATGGATCTCCTAGATTATGTTC-AGAAG 1242
Query 1406 GGTAAAT-TGCTTGAAAGTACCACTGTGGTGGACATGGCACATAAACCTGCATTCTTTGT 1464
||| | | |||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 1243 GGTGA-TCTGCTCGAAAGTACTTCTGTGGGGGACATGGCACATAAACCTGCATACTTCGT 1301
Query 1465 CCCTGATTCGATGTCAGTTTGGAATCTTCTTAGAGAGTTTAGAATAAGAAAGGTTCACAT 1524
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1302 CCCTGATTCAATGTCTGTTTGGAATCTTCTTAGAGAATTTCGAATAAGAAAGGTTCACAT 1361
Query 1525 GGCAGTTGTTCTTAATGAATATGGTGGAACCATCGGAATAGTAACTCTTGAAGATGTGGT 1584
||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1362 GGCAGTTGTCCTTAATGAATATGGTGGAACGATTGGAATAGTAACTCTTGAAGATGTTGT 1421
Query 1585 CGAAGAGATTGTTGGTGAAATATTTGATGAAAACGATTC-AAAGGAGGAAATTCAGAAGA 1643
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||
Sbjct 1422 CGAAGAGATTGTTGGTGAAATTTTTGATGAAAATGATTCCAAAG-AGGAGATTCAGAAGA 1480
Query 1644 AAAC-GGGTTATATCGTGATGAGAGCA-GAGGGGATATATGATGTTGATGCCAACACTTC 1701
|||| |||| |||| || ||||||| | ||||| ||||||||||||||||| || || ||
Sbjct 1481 AAACAGGGT-ATATTGTCATGAGAG-ATGAGGGCATATATGATGTTGATGCTAATACATC 1538
Query 1702 GATTGACCAGTTATCTGAAGAACTCAACAT-AAAGATGGCAGAGGGCCAT-CAGTATGAG 1759
||||||||| ||||||||||||| || || ||| ||| |||||||| || ||||| |||
Sbjct 1539 AATTGACCAGCTATCTGAAGAACTGAATATGAAA-ATGCCAGAGGGC-ATTCAGTACGAG 1596
Query 1760 ACAGTCTCAGGTTTTGTCTGTGAGGCCTTTGGGTATATCCCAAAGACAGGTGAGAGTGTG 1819
||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || || || ||||||
Sbjct 1597 ACAGTCTCAGGCTTTGTGTGTGAAGCCTTTGGGTATATCCCAAAAACTGGAGAAAGTGTG 1656
Query 1820 ACGGTAGTTCTTGAAAAGGAAAACTGGGAAGAGAATGATGAACAAG-ACGA-GGGTAAGC 1877
| ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| | || | || ||| || |
Sbjct 1657 AAGGTTGTTCTTGAAAAGGAAAGCTGGGAAGAGGATGGTGA-CGAGGAGGAAGGGAAA-C 1714
Query 1878 ACGAGCGTCAAGATC-AGAAGGAGAAGCACCAAATTTATAGACTAGAGATACTAGCAGGG 1936
| ||| | ||||| | | ||||| ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1715 AGGAGAGGCAAGAGCCA-AAGGAAAAGAACCAAATCTATAGAGTAGAGATACTAGCAGGG 1773
Query 1937 AATGCCAGAAAAGTGAGTGCAGTCCGGTTCGAACGAGTTAGTGATATGGATCAAGTGTCA 1996
||||| |||||||| ||||| |||||||| ||| |||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1774 AATGCAAGAAAAGTTAGTGCTGTCCGGTTTGAAAGAGTGAACGATATGGATCAAGTGTCA 1833
Query 1997 GAGGCCCGAGATGTAAAAAACATGGTTCCCAAATTCGTAAGAAAATGGAGCAGTGAGGAA 2056
||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||
Sbjct 1834 GAGGCAAGGGATGTAAAAAGCATGGTTCCCAAATTCGTAAGGAAATGGAGCAGCGAAGAA 1893
Query 2057 GAT 2059
|||
Sbjct 1894 GAT 1896
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84293712185
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5