BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G55970.1
Length=4693
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg337685 jgi|Araly1|337685|fgenesh1_pg.C_scaffold_1004250 2902 0.0
Ahg929022 jgi|Araly1|929022|scaffold_301479.1 826 0.0
> Ahg337685 jgi|Araly1|337685|fgenesh1_pg.C_scaffold_1004250
Length=4692
Score = 2902 bits (1571), Expect = 0.0
Identities = 1658/1701 (97%), Gaps = 2/1701 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1220 CAAGTAAACAGGTTAATGAAGATTGTGGTCAAACGTCTTCGAACACCGTTCTGCGGTGGA 1279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 CAAGTAAACAGGTTAATGAAGATTGTGGTCAAACGTCTTCGAACACCGTTCTGCGGTGGA 1552
Query 1280 TTCCGTTTATGTTCCATGCACGTCATTGCAAGGCTAAGAAAGATAAGTGTGCGAGCAAGT 1339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553 TTCCGTTTATGTTCCATGCACGTCATTGCAAGGCTAAGAAAGATAAGTGTGCGAGCAAGT 1612
Query 1340 TTTGCTTTCAAGCCAGAAAGATAGTGAAACATATAGACTGCTGCAAGGTCCCTAACTGCA 1399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 TTTGCTTTCAAGCCAGAAAGATAGTGAAACATATAGACTGCTGCAAGGTCCCTAACTGCA 1672
Query 1400 AATATAGGTATTGTCTTGGTACTCGGATGTGGTTAGATCATTTCAAGCAATGCAAAAGCA 1459
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1673 AATATAGATATTGTCTTGGTACTCGGATGTGGTTAGATCATTTCAAGCAGTGCAAAAGCA 1732
Query 1460 TATCGTGCCGTACCTGTGTAGCTGTCAGAGAATACATGGAAAAGAATAAATACACAATTG 1519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 TATCGTGCCGTACCTGTGTAGCTGTCAGAGAATACATGGAAAAGAATAAATACACAATTG 1792
Query 1520 TACCTCTCCGTAGAGCTAAGTGTAGCTCAGCTAGTTCAAAATGTCAACCCAAGAAATCCT 1579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 TACCTCTCCGTAGAGCTAAGTGTAGCTCAGCTAGTTCGAAATGTCAACCCAAGAAATCCT 1852
Query 1580 CAAAATCCAGGCAAGCATATAAAAAAGGAGGTGCTGAAGCTCCATCTGTTGATGCTGATC 1639
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1853 CAAAATCCAGGAAAGCATATAAAAAAGGAGGTGCTGAAGCTCCATCTGTTGATGCTGATC 1912
Query 1640 TGCAACGCTCAATCAAGCGCCCGAAACTACATCGACCCTCCCAAAATATCACTCCCGAGA 1699
|||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 TGCAACGCTCAATCAAGCGCCCAAAATTACAGCGACCCTCCCAAAATATCACTCCCGAGA 1972
Query 1700 CAAAGAGCATTTCGGTGACAGGATGTGGTGTTGTCTGTAAACCTCATTCCTTAATGAATA 1759
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1973 CGAAGAGCATTTCGGTGACAGGATGTGGTGTTGTTTGTAAACCTCATTCCTTAATGAATA 2032
Query 1760 TGCAAGAGAAAGATGGTTTGCAAAGCCTCAAAGTTGAGGCTATGCCTATGGACATTGATG 1819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2033 TGCAAGAGAAAGATGGTTTGCAAAGCCTCAAAGTTGAGGCTATGCCTATGGACATAGATG 2092
Query 1820 TTCCTGGTGCTTCTGAGATTCCCGTTACCAGGGAGCTGGTGAAACATGTTGCTGAAGATA 1879
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 TTCCTGATGCTTCTGAGATTCCCGTTACCAGGGAGCTGGTGAAACATGTTGCTGAAGATA 2152
Query 1880 CTCCCAAGGGTAATAATTGTGGTGGTTTTGCTATGGTTGAAAAAACTAGTTGCTTATTGG 1939
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 CTCCCAAGGGTAATAATTGTGGTGGTTTTGTTATGGATGAAAAAACTAGTTGCTTATTGG 2212
Query 1940 CACAAGGGAAATCCAAATGTATGAATGAAATGAGTGCACCAAAGGAAGAGAATGTGAAAC 1999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2213 CACAAGGGAAATCCAAATGTATGAATGAAATGAGTGCACCAAAGGAAGAGAATGTGAAAC 2272
Query 2000 AGTCTGTGGAAGTTGTAGATGCGTCTAAGATGGAAATCTCCTCACTTGTTGAATTGTTTA 2059
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 AGTCTGTGGAAGTTGTAGATGCGTCTAAGATGGAAATCTCCTCACTTGTTGAATTGTTTA 2332
Query 2060 CTCCTGAGCAAGTAAAGGAGCATATCCGCAGTCTTCGTCAGTGGGTAGGACAGAGTAAAA 2119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2333 CTCCTGAGCAAGTAAAGGAGCATATCCGCAGTCTTCGTCAGTGGGTAGGACAGAGTAAAA 2392
Query 2120 CCAAGGCAGaaaaaaaCAAAGCAATGGGGTGCTCCATGTCTGTGAATTCTTGTCAGTTAT 2179
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 CCAAGGCAGACAAAAACAAAGCAATGGGGTGCTCCATGTCTGTGAATTCTTGTCAGTTAT 2452
Query 2180 GTGCTGTTGAGTGGCTTGTATTTGAGCCAGTACCTATTTACTGCTCACCTTGTGGTATAC 2239
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 GTGCTGTTGAGTGGCTTGTATTTGAGCCAGTACCTCTCTACTGCTCACCTTGTGGTATAC 2512
Query 2240 GCATCAAGAAAAATGCCTTGCACTATAGTATTGCGGTTGGTGAGTCAAGGCACTATGTCT 2299
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2513 GCATCAAGAAAAATGCCTTGCACTATAGTATTGCGGCTGGTGAGTCAAGGCATTATGTAT 2572
Query 2300 GTGCACCTTGCTACAATGAAGCGCGTGAAAAATTGGTTTTTCTTGATGGAACTTCTATAC 2359
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2573 GTGCACCTTGCTACAATGAAGCGCGTGAAAACTTGGTTTTTCTTGATGGAACTTCTATAC 2632
Query 2360 CGAAAACAAGGCTTCAGAAAAAGAAAAATGATGAACAAGTTCCGGAAGGGTGGGTGCAAT 2419
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2633 CGAAAACAAGGCTTGAGAAAAAGAAAAATGATGAACAAGTTCCGGAAGGGTGGGTGCAAT 2692
Query 2420 GTGATAAGTGTGAAGCATGGCAGCAT-ATAATTTGTGCTTTGTTCAACAGCCGAAGAAAT 2478
||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2693 GTGATAAGTGTCAAGCATGGCAGCATCA-AATTTGTGCTTTGTTCAACAGCCGAAGAAAT 2751
Query 2479 CATGGAGAATCCACCAAGTACACTTGCCCTAGTTGCTATATACAAGAGGTGGAACAAAGA 2538
||||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2752 CATGGCGAAGCCACCAAGTACACTTGTCCTAATTGCTATATACAAGAGGTGGAACAAGGA 2811
Query 2539 GAAAGAAGACCATTACCACTAAGTGCTGTTCCGGGGGCAACAAGTTTACCAGTTACTTCT 2598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 2812 GAAAGAAGACCATTACCACTAAGTGCTGTTCCGGGGGCAACAAATTTACCAGTTACTGCT 2871
Query 2599 CTTAGCAAGCATCTAGAGGAGCGGTTATTCAAAAAGTTGAAGGAGGAAAGACAAGAGAGG 2658
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2872 CTTAGCAACCATCTAGAGGAGCGGTTATTCAAAAAGTTGAGGGAGGAAAGACAAGAGAGG 2931
Query 2659 GCTAGACTTCAAGGAAAAACTTATGAGGAGGTCCCAGGAGCTGAATCACTTACTGTCAGA 2718
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2932 GCTAGACTTCAAGGAAAAACTTATGAGGAGGTCCCTGGAGCTGAATCACTTACTGTCAGA 2991
Query 2719 GTTGTGGCATCGGTTGATAAAGTATTAGAAGTAAAGGAACGTTTCCTTGAGCTTTTCCGT 2778
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2992 GTTGTGGCATCGGTTGATAAAGTATTAGAAGTAAAGCAACGTTTCCTTGAGCTTTTCCGA 3051
Query 2779 GAAGAAAATTATCCATCTGAATTCCCTTATAAGTCCAAGGCCATTTTTCTGTTTCAGAAG 2838
||| ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3052 GAAAAAAATTATCCAACTGAGTTCCCTTATAAATCCAAGGCCATTTTGCTGTTTCAGAAG 3111
Query 2839 ATTGAAAATGTGGAAGTATGCTTGTTTGGTATGTTCGTTCAGGAATTTGGGACAGACTCT 2898
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3112 ATTGAAAATGTGGAAGTATGCTTATTTGGTATGTTCGTCCAGGAATTTGGGACAGACTCT 3171
Query 2899 GGACCTCCCAATGAGCGGCGG 2919
|||||||||||||||||||||
Sbjct 3172 GGACCTCCCAATGAGCGGCGG 3192
Score = 2200 bits (1191), Expect = 0.0
Identities = 1373/1459 (94%), Gaps = 20/1459 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2924 TTCGAACTGTGTCTGGAGAAGCCCTTCGCACCTTTGTGTACCATGAAATTCTGATTGGTT 2983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3239 TTCGAACTGTGTCTGGAGAAGCCCTTCGCACCTTTGTGTACCATGAAATTCTGATTGGTT 3298
Query 2984 ATCTCGATTATTGTAAGAAACGTGGTTTTACAAGCTGCTATATATGGGCATGTCCTCCAC 3043
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3299 ATCTCGATTATTGTAAGAAACGTGGTTTTACAAGCTGCTATATATGGGCATGTCCTCCAC 3358
Query 3044 TTAAGGGTGACGATTACATTCTTTACTGTCATCCTGAAATCCAGAAGACTCCAAAGACCG 3103
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3359 TTAAGGGTGAAGATTACATTCTTTATTGTCATCCTGAAATCCAGAAGACTCCAAAGACTG 3418
Query 3104 ACAAACTAAGGGAATGGTATTTGGCAATGTTAAGAAAAGCTTCAAAAGAAGATGTGGTCG 3163
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3419 ACAAACTAAGGGAATGGTATTTGGCAATGTTAAGAAAAGCTTCAAAAGAAGATGTGGTCG 3478
Query 3164 TTGAATGCACAAACCTCTACAATCAtttttttGTCCAGTCTGGTGAATGTAGAGCTAATG 3223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479 TTGAATGCACAAACCTCTACAATCATTTTTTTGTCCAGTCTGGTGAATGTAGAGCTAATG 3538
Query 3224 TAACTGCTGCAAGGTTGCCATATTTTGATGGAGATTACTGGCCAAGTGCTGCTGAGGATT 3283
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3539 TAACTGCTGCAAGGTTGCCATATTTTGATGGAGACTACTGGCCAAGTGCTGCTGAGGATT 3598
Query 3284 TACTACGCCAAATGAACCAAGAAGATGATGGTGAGACAAAGTTACATAGAAAAGGATTGA 3343
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3599 TACTACGCCAAATGAACCAAGAAGATGATGGTGAGACAAAGTTAAATAGAAAAGGATTGA 3658
Query 3344 CCAAAAAGGTCATATCGAAAAGAGCCCTAAAAGCCGTTGGCCAGTTGGACCTTTCTCTTA 3403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3659 CCAAAAAGGTCATATCGAAAAGAGCCCTAAAAGCCGTTGGCCAGTTGGACCTTTCTCTTA 3718
Query 3404 ATGCCTCCAAGGATCGACTTATGATGCAAAAACTCGGTGAGACCATTTGTCCGATGAAGG 3463
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3719 ATGCCTCCAAGGATCGACTTATGATGCAAAAACTCGGTGAGACCATTTGTCCGATGAAGG 3778
Query 3464 AAGATTTTATAATGGTTCATTTGCAACATTGCTGCAAGCATTGTACCACTCTCATGGTAT 3523
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3779 AAGATTTTATAATGGTTCATTTGCAACATTGCTGCAAGCATTGTACCACTCTCATGGTAT 3838
Query 3524 CTGGAAACCGGTGGGTCTGCAATCACTGCAAGAATTTTCAGATCTGTGACAAGTGTTACG 3583
|||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 3839 CTGGAAACCGGTGGGTGTGCAATGAGTGCAAGAATTTTCAGATCTGTGACAAGTGTAATG 3898
Query 3584 AAGTGGAACAGAACCGCATAAATATAGAGAGACATCCGATTAATCAGAAAGAGAAACACG 3643
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3899 AAGTGGAACAGAACCGCATAAATATAGAGAGACATCCGATTAATCAGAAAGAGAAACACG 3958
Query 3644 CGCTATTTCCTGTGGCCATCAAAGACGTTCCCACCAAGATTGAAGACAAAGATAACAACC 3703
|||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| ||||||
Sbjct 3959 CGCTATTTCCCGTGGCCATCAAAGACGTTCCCGTCAAGATTGAGGACACAGATGACAACC 4018
Query 3704 TCGAGAGCGAATT-TTTCCATAATAGACAAGCTTTCCTGAATCTTTGCCAAGGAAATAAC 3762
| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4019 TGGAGAGCGAATTCTTTG-ATAACAGACAAGCTTTCTTGAATCTTTGCCAAGGAAATAAC 4077
Query 3763 TATCAGTACGAGACTCTCAGGCGGGCGAAACATTCTTCCATGATGATTCTCTATCATCTC 3822
||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4078 TATCAGTACGACACTCTAAGGTGGGCCAAACATTCTTCCATGATGATTCTCTATCATCTT 4137
Query 3823 CACAACCCCACTGCCCCTGCATTTGCGACGGTTTGCACCATCTGCCAACAAGAAGTTGAA 3882
|||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4138 CACAACCCAACTGCCCCTGCATTTGCTACATTTTGCACCATCTGCCAACAAGAAGTTGAA 4197
Query 3883 AACTCTCAAGGCTGGCACTGTGAAGTTTGTCCGGGCTATGATGTCTGCAGTGCCTGTTAC 3942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4198 AACTCTCAAGGCTGGCACTGTGAAGTTTGTCCGGGCTATGATGTCTGCAGTGCCTGTTAC 4257
Query 3943 TCAAAGGAC-TCTATAAACCATTCACATAAACTGACAAGCCGTTCATCTTCTACGGATAG 4001
|| |||| | ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| || ||
Sbjct 4258 TCGAAGG-CGTCTATCAACCATTCACATAACCTGATAAACCGTTCATCTTCTACCGAGAG 4316
Query 4002 TACTGTTGTACAACAGAACGGGCAAGCTAGTCAGAGTTATCAAGTCAAGCTTGAGAAGTT 4061
| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 4317 TCCTGTTGTACAAGAGAACAGGCAAGCTAGTCAAAATTATCAAGTCCAGCTAGAGAAGTT 4376
Query 4062 aaaaaaaCTGCTAGTACATGCAGCTACATGCCGCTCTACACAGTGCCAATATCAAGGTTG 4121
|||| || |||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4377 AAAAGAAGTGCTGGTACATGTAGCTGCATGCCGCTCTACACTGTGCCAATATCAAGGTTG 4436
Query 4122 TCGTAAGAGTAAGATGCT-CTTCAGACATTGTATAG-ACTGTACGACTGGA---G-A--T 4173
||||||| ||||| || ||||||||||||||||| | |||| |||||| | | |
Sbjct 4437 TCGTAAGTTTAAGAC-CTTCTTCAGACATTGTATAGCA-TGTAAGACTGGTCCTGGACGT 4494
Query 4174 TGCCCC-ATTTGTAAGGGA-TTGTGGAGTCTCCTCAAACTCCATGCCCGCAACTGTAGAG 4231
|||||| ||| ||||| || || |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4495 TGCCCCCATT-GTAAGAGAGTT-TGGAATCTCCTCAGACTCCATGCCCGCAGCTGTAGAG 4552
Query 4232 ATTCC-AAGTGCACTGTCCCCAAATGCAGCGGTTTGAGAGCGATTAGTAGAAGGAAGCAG 4290
||||| || |||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||| ||| |||||
Sbjct 4553 ATTCCCAA-TGCACTGTCCCCAAATGCAGAGATTTCAGAGAGATTAGTAGTAGGCAGCAG 4611
Query 4291 CAGCAGGCAGACAAAAGGCGTAGAGCTGCTGTAATGGAGATGATGCGGGAAAGGGCCGCT 4350
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4612 CAGCAGTCGGACAAAAGGCGTAGAGCTGCTGTAATGGAGATGATGCGGGAAAGGGCCGCT 4671
Query 4351 GAAGCCACCCGCACTGGCT 4369
|||||||||||||||||||
Sbjct 4672 GAAGCCACCCGCACTGGCT 4690
Score = 1421 bits (769), Expect = 0.0
Identities = 1015/1122 (90%), Gaps = 63/1122 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 111 GAGACGCACTGCTTTAAGAAATAGAATTTATGCTATCGTAAGACACAAGCAG-A--AGCA 167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||
Sbjct 39 GAGACGCACTGCTTTAAGAAATAGAATTTATGCTATCGTAAAACACAAGCAGCAGCAGCA 98
Query 168 GCATCAAATCTTTCTAGACAAGAAGAATCAGCAGCAACAGCAGCGTGTTGATGATGCCAC 227
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || | | ||
Sbjct 99 GCATCAAATCTTTCTACACAAGAAGAATCAGCAGC--C--CA-C-----------G-CAA 141
Query 228 GCAACGTGCTCTCTTAGAGAAGCAGGATCAACAGTGTATTGCGGCAACAAGAATGATTGA 287
| | |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 142 G--A--TGCTATCTTAGAGAAGCAGGATCAAAAGTGTATTGCCGCAACAAGAATGATTGA 197
Query 288 GGAAGAACTCCTCAAGTCTTCTCGATCATTTGAGGAGTACTTCGATTTAAGAACTTTTGA 347
|||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 198 GGAAAAACTCCTCAAGTCTTCCCGATCATTTGATGAGTACTCCGATTTAACAACTTTTGA 257
Query 348 CGCCCGTGTACGAACTATATTGCAACAGCTTGGAACAATGCTTTCTCAGCGGCGTGCTGC 407
||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || | ||
Sbjct 258 CGCTCGTGTACAAACTATGTTGCAACAGCTTGGAACAATCCTTTCTCA---GC--G--GC 310
Query 408 TGCTGCTGCCATGAATAACGGAGAGGCTCAATGTATTACATCTACCCGAGCGGTCCATAC 467
| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 311 -G-TGCTGCCATGAATAATGGAGGGGCTCAATGTATTACACCTACCCGCGCGGTCCATAC 368
Query 468 TTCCATAAGCGTTAGT---AACTCTTTCCAATGCGGAAGAAGCCTTGTGCCAATTAATTG 524
||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 369 TTCCACGAGCGTTAGTAACAACTCTTTCCAATCCGGAAGAAGCCTTGTGCCAATTAATTG 428
Query 525 CACCACTGCAACAGCTGGA-G--CATTTTCTATTGGGCCTGACATGCAGACACACCATTC 581
|||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 429 CACCACTGCAGCAGCTGGAGGATTATTTTCTATTGGGCCTGACATGCACACACACCATTC 488
Query 582 TACTGGTGCTAATCACCAGATGGTTGAAGTTAATAGGCCGAATATGAACCAAATTACTTG 641
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 489 TACTGGTGCTAATCACCAGATGGTTGAAGTTAATAGGCCAAATATGAACCAAATTACTTG 548
Query 642 TGGGATCTCTAGTCCTCTGATTACTGGATTTAACGGCAACTGTGTACCAGTTTCTGCTAA 701
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 549 TGGGATCTCTAGTCCTCTGATTACTGGATTTAACGGCAACTGTGTACCAGTTTCTGCTAA 608
Query 702 TATACCCATGACTTCTCAAGACCTCTTCAATGCTACACATTTTTCAACTTTACCTCAACC 761
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || || ||||| |
Sbjct 609 TATACCCATGACTTCTCAAGACCTCTTCAATGCT----A-----C-AC-TT--CTCAA-C 654
Query 762 TTTTCTGCAACCACCACCTGATCAGTCACACATGCATAGATACTCAATGAGCAACGTTGC 821
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 ---TGTG----TACCACCTGATCAGTCACACATGCATAGATACTCAATGAGCAACGTTGC 707
Query 822 TTCTTTTGGTCAAAGTAATCCATATCCCTGTGGAGTTGTTATGTCATCTGGCTCAATGGC 881
||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 708 TTCTTTTGGTCAAAGTAATCCCTATCCCTGTGGAATTGTTGTGTCATCTAGCTCAATGGC 767
Query 882 AGTTGCTCAGAATTCAATTCCATGGAACAACCCCAATCCTATGCAGGGACTTGACCCTAC 941
|||| |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 768 AGTTTCTCAGAATTCAACTCCATGGAAC--CCC-AATCCTATGCAGGGACTTGACGCTAC 824
Query 942 CGTCACAAGTTATCACTCAAACCTGCAACCAATGCAACAAACCCCATTGCCTAAACGTCA 1001
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 825 CGTCACAAGTTATCACTCAAACCTGCAACCAATGCAACAAACCCCATTGCCAAAACGTCA 884
Query 1002 ACTACATCATCCCCTGTGGAATACCAATTTCCAATCTGCTCCCAATAACAGAGACAATTT 1061
|||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 885 ACTACATCATCCGCTTTGGAATACTAATTTCCAATCTGCTCCCAATAACAGAGAAAACTT 944
Query 1062 GCCTCAGGTCAGTCAACAACTCTCAAATCATGGGTCTCGCCAGCACCGAGGACAACACTC 1121
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 945 GCCTCAGGTCAGTCAACAACTCTTAAATCATGGGTCTCACCAGCACCGAGGACAACACTC 1004
Query 1122 CCAAAATCTTTATCCTGGCCAACTCCAGAACCAAGATCGTTTACTTCCCAATCTGACTCA 1181
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 CCAAAATCTTTATCCTGGCCAACTCCAGAACCAAGATCATTTACTTCCCAATCTGACTCA 1064
Query 1182 GCAAGCTATGGCTTTAGCTGCTCCTGTCATGCATGTACCAAG 1223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1065 GCAAGCTATGGCTTTAGCTGCTCCTGTCATGCATGTACCAAG 1106
> Ahg929022 jgi|Araly1|929022|scaffold_301479.1
Length=5017
Score = 826 bits (447), Expect = 0.0
Identities = 829/1006 (82%), Gaps = 55/1006 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 1948 AAATCCAAA-TGTATGAATGAAATGAGTGCA-CCAAAGGAAGAGAATGTGAAACAGTCTG 2005
||| ||||| |||||| |||||| || ||| ||||| |||||||||| | ||||||||
Sbjct 2531 AAAACCAAAGCGTATGACTGAAATAAGCGCACCCAAA-GAAGAGAATGCGGAACAGTCTT 2589
Query 2006 T-GGAAGTTGTAGATGCGTCTAAGA-TGGAAA-TC-----TC--------CTCACTTG-T 2048
| || | ||||| ||||||||| | ||||| || || ||||| || |
Sbjct 2590 TAGGCA-TTGTATCTGCGTCTAATAGCGGAAAGTCAAAGATCAAAGGAGTCTCAC-TGAT 2647
Query 2049 TGAATTGTTTACTCCTGAGCAAGTAAAGGAGCATATCCGCAGTCTTCGTCAGTGGGTAGG 2108
||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2648 TGAGTTGTTCACTCCAGAGCAAGTAGAGGAGCATATCCGCGGTCTTCGTCAGTGGGTAGG 2707
Query 2109 ACAGAGTAAAACCAAGGCAGaaaaaaaCAAAGCAATGGG-GTGCTCCATGTCTGTGAATT 2167
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||
Sbjct 2708 CCAGAGTAAAACCAAGGCAGAAAAAAATAAAGCAATGGGACT-CTCCATGTCTGAGAATT 2766
Query 2168 CTTGTCAGTTATGTGCTGTTGAGTGGCTTGTATTTGAGCCAGTACCTATTTACTGCTCAC 2227
|||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 2767 CTTGCCAGTTATGTGCTGTTGAGAGGCTTGCATTTGAGCCAACACCTATTTACTGCACAC 2826
Query 2228 CTTGTGGTATACGCATCAAGAAAAATGCCT-TGCACTATA--GTATTGCGGTTGGTGAGT 2284
||||||| ||| |||||| ||||| || ||||||||| ||| | || ||||||||
Sbjct 2827 CTTGTGGGGCACGTGTCAAGAGAAATG-CTATGCACTATACGGTA--GTGGCTGGTGAGT 2883
Query 2285 CAAGGCACTATGTCTGTGCACCTTGCTACAATGAAGCGCGTG-AAAAATTGGTTTTTCTT 2343
|| |||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||| | | |||| | ||
Sbjct 2884 CACGGCATTATGTCTGTATTCCTTGTTACAACGAAGCGCGTGCAAACACT-GTTTCTGTT 2942
Query 2344 GATGGAACTTCTATACCGAAAACAAGGCTTCAGAAAAAGAAAAATGATGAACAAGTTCCG 2403
||||| ||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 2943 GATGGTGCTTCTGTACCGAAGTCAAGGTTTGAGAAAAAGAAAAATGATGAAGAGGTTGAA 3002
Query 2404 GAAGGGTGGGTGCAATGTGATAAGTGTGAAGCATGGCAGCAT-ATAATTTGTGCTTTGTT 2462
||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 3003 GAATCGTGGGTGCAATGTGATAAATGTCAAGCATGGCAGCATCA-AATTTGTGCTTTGTT 3061
Query 2463 CAACAGCCGAAGAAATCATGGAGAATCCA-CCAAGTACACTTGCCCTAGTTGCTATATAC 2521
|||| |||| || |||||||| | | | || ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3062 CAACGGCCGTAGGAATCATGG-G---CAAGCCGAGTACACTTGCCCTAATTGCTATATAC 3117
Query 2522 AAGAGGTGGAACAAAGAGAAA-GAAGACCATTACCACTAAGTGCTGTTCCGGGGGC-AAC 2579
|||| ||||||||| |||||| ||| ||| || ||| ||||| | ||| |||||| ||
Sbjct 3118 AAGAAGTGGAACAAGGAGAAAGGAA-ACCGGTATCACAAAGTGTTATTCTGGGGGCTAA- 3175
Query 2580 AAGTTTACCAGTTACTTCTCTTAGCAAGCATCTAGAGGAGCGGTTATTCAA-AAAGTTGA 2638
|||||| |||| | | |||||||||| ||| |||| ||||||| ||||| ||| ||||
Sbjct 3176 AAGTTTGCCAGCCAGTACTCTTAGCAACCATTTAGAACAGCGGTTGTTCAAGAAA-TTGA 3234
Query 2639 AGGAGGAAAGACAAGAGAGGGCTAGACTTCAAGGAAAAA-CTTATGAGGAGGTCCCAGGA 2697
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| |||
Sbjct 3235 AGCAGGAAAGACAAGAGAGGGCTAGACTTCAAGGAAAAAGCT-ACGAGGAGGTCCCGGGA 3293
Query 2698 GCTGAATCACTTACTGTCAGAGTTGTGGCATCGGTTGATAAAGTATTAGAAGTAAAGGAA 2757
|| || || ||| | |||||||||| ||||| || || ||| |||||||||| ||| |
Sbjct 3294 GCCGACTCGCTTGTTATCAGAGTTGTAGCATCTGTCGACAAAATATTAGAAGTTAAGCCA 3353
Query 2758 CGTTTCCTTGAGC-TTTTCCGTGAAGAAAATTA-TCCATCTGAATTCCCTTATAAGTCCA 2815
||||||||||| | ||||||| ||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 3354 CGTTTCCTTGA-CATTTTCCGAGAAGATAATTACTC-ATCAGAATTCCCTTATAAGTCTA 3411
Query 2816 AGGCCATTTT-TCTGTTTCAGAAGATTGAAAATGTGGAAGTATGCTTGTTTGGTATGT-T 2873
|||||||| | | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||| |
Sbjct 3412 AGGCCATTCTGT-TGTTTCAGAAGATTGAAGGTGTTGAAGTATGCTTATTTGGCATGTAT 3470
Query 2874 CGTTCAGGAATTTGGGACAGACTCTGGACCTCCCAATGAGCGGCGG 2919
|| ||||||||||| ||||| |||| | |||||||| |||| |||
Sbjct 3471 -GTCCAGGAATTTGGAACAGATTCTGCATCTCCCAATCAGCGCCGG 3515
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 177576635618
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5