BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G56070.1
Length=2958
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg924144 jgi|Araly1|924144|scaffold_105425.1 4242 0.0
Ahg318060 jgi|Araly1|318060|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001076 1640 0.0
Ahg359025 jgi|Araly1|359025|fgenesh1_pg.C_scaffold_9000065 361 2e-98
> Ahg924144 jgi|Araly1|924144|scaffold_105425.1
Length=2607
Score = 4242 bits (2297), Expect = 0.0
Identities = 2501/2600 (96%), Gaps = 12/2600 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 63 atctttctctctAAGAGATTTTGTAGGTGACAATCAAAAGTTTGACAAAATGGTGAAGTT 122
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 10 ATCTTTCTCTCT---AGATTTTGTAGGTGACAATCAAAAGTTTGACAAAATGGTGAAGTT 66
Query 123 TACAGCTGATGAGCTTCGAAGGATTATGGACTACAAACACAACATCCGTAATATGTCTGT 182
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 67 TACAGCTGATGAGCTTCGAAGGATTATGGACTACAAACACAACATCCGTAATATGTCCGT 126
Query 183 TATTGCTCATGTCGACCACGGGAAATCCACTCTTACTGATTCTTTGGTTGCTGCTGCTGG 242
|||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 127 TATTGCCCATGTTGACCACGGGAAATCCACTCTCACTGATTCCTTGGTTGCTGCTGCGGG 186
Query 243 TATCATTGCCCAAGAGGTTGCTGGTGATGTTCGTATGACTGATACCAGAGCTGATGAGGC 302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 187 TATCATTGCCCAAGAGGTTGCTGGTGATGTTCGTATGACTGATACCAGAGCTGATGAGGC 246
Query 303 TGAACGTGGTATCACTATCAAGTCCACTGGTATTTCTCTCTACTACGAGATGACTGATGA 362
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 247 TGAACGTGGTATTACTATCAAGTCCACTGGTATTTCTCTCTACTACGAGATGACGGATGC 306
Query 363 ATCCTTGAAGAGTTTCACTGGAGCCAGAGACGGAAACGAGTACCTCATCAATCTTATTGA 422
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||
Sbjct 307 GTCCTTGAAGAGTTTCACTGGAGCCAGAGATGGCAACGAATACCTTATCAACCTTATCGA 366
Query 423 TTCACCTGGGCACGTTGACTTTTCTTCTGAGGTTACTGCTGCTCTCCGTATTACTGATGG 482
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 367 TTCTCCTGGGCACGTTGACTTTTCTTCTGAGGTTACTGCTGCTCTCCGTATTACTGATGG 426
Query 483 TGCTCTTGTGGTGGTCGACTGCATTGAGGGTGTGTGTGTTCAGACTGAGACTGTTCTACG 542
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 427 TGCTCTTGTGGTGGTCGACTGTATTGAGGGTGTGTGTGTTCAGACTGAGACTGTTCTACG 486
Query 543 TCAGGCTCTTGGTGAGAGGATTCGACCTGTCTTGACTGTCAACAAGATGGACAGGTGTTT 602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 487 TCAGGCTCTTGGTGAGAGGATTCGACCTGTCTTGACTGTTAACAAGATGGACAGGTGTTT 546
Query 603 CCTTGAGCTTCAGGTTGATGGTGAGGAGGCTTACCAGACTTTCTCGAGGGTTATTGAGAA 662
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 547 CCTTGAGCTTCAGGTTGATGGTGAGGAGGCTTACCAGACTTTCTCCAGGGTCATTGAGAA 606
Query 663 CGCTAATGTCATCATGGCTACATACGAGGATCCTCTCCTTGGTGATGTTCAGGTTTACCC 722
|| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 607 TGCCAACGTTATCATGGCTACCTATGAGGATCCTCTCCTTGGTGATGTTCAGGTATACCC 666
Query 723 AGAGAAGGGAACTGTGGCGTTTTCTGCTGGTCTCCATGGATGGGCGTTTACACTGACCAA 782
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 667 AGAGAAGGGAACTGTGGCGTTTTCTGCTGGTCTCCACGGTTGGGCGTTTACACTGACCAA 726
Query 783 CTTCGCCAAGATGTATGCTTCCAAGTTCGGTGTTGTTGAATCTAAGATGATGGAGAGGCT 842
||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 727 CTTTGCCAAGATGTATGCTTCCAAGTTCGGTGTCGATGAAACTAAGATGATGGAGAGGCT 786
Query 843 CTGGGGTGAGAATTTCTTTGACCCTGCCACCAGGAAGTGGAGTGGCAAAAACACTGGTTC 902
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 787 CTGGGGTGAGAATTTCTTTGACCCTGCCACCAGGAAATGGAGTGGCAAAAACACTGGTTC 846
Query 903 CCCGACCTGCAAGCGTGGGTTTGTTCAGTTCTGCTATGAACCCATCAAGCAAATTATTGC 962
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 847 CCCGACCTGCAAGCGTGGGTTTGTCCAGTTCTGCTATGAACCCATCAAGCAAATCATCGC 906
Query 963 TACTTGCATGAATGACCAGAAGGATAAGTTGTGGCCTATGTTGGC-GAAGCTTGGTGTCT 1021
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||
Sbjct 907 TACTTGCATGAATGACCAGAAGGACAAGTTGTGGCCCATGTT-GCAGAAGCTTGGTGTCA 965
Query 1022 CAATGAAGAATGATGAGAAGGAGCTTATGGGTAAACCTCTAATGAAGCGTGTTATGCAGA 1081
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 966 CAATGAAGAATGATGAGAAAGAGCTTATGGGTAAACCTCTAATGAAGCGTGTTATGCAGA 1025
Query 1082 CTTGGCTCCCTGCAAGTACTGCACTACTTGAGATGATGATCTTTCATTTGCCATCTCCCC 1141
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1026 CTTGGCTCCCTGCAAGTACTGCACTACTTGAGATGATGATCTATCATTTGCCATCTCCCC 1085
Query 1142 ACACTGCCCAGAGGTACCGTGTTGAGAATCTGTATGAAGGTCCTCTTGATGATCAGTATG 1201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1086 ACACTGCCCAGAGGTACCGTGTTGAGAATCTGTATGAAGGTCCTCTTGATGATCAGTATG 1145
Query 1202 CAAATGCCATCAGGAACTGTGACCCCAATGGACCTCTCATGCTCTACGTATCCAAGATGA 1261
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1146 CAAATGCCATCAGGAACTGTGACCCCAATGGACCTCTCATGCTCTACGTATCTAAGATGA 1205
Query 1262 TTCCAGCCTCTGACAAGGGTAGATTCTTTGCCTTCGGTCGTGTCTTTGCTGGTAAGGTTT 1321
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1206 TTCCAGCCTCTGACAAGGGTAGGTTCTTTGCCTTTGGTCGTGTCTTTGCTGGTAAGGTTT 1265
Query 1322 CTACTGGTATGAAGGTCAGAATCATGGGTCCCAACTATATCCCTGGTGAGAAGAAGGATC 1381
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1266 CTACTGGTATGAAGGTCAGAATCATGGGTCCCAACTATGTCCCTGGTGAGAAGAAGGATC 1325
Query 1382 TGTACACTAAGAGTGTTCAGAGGACTGTCATTTGGATGGGTAAGAGGCAAGAGACAGTGG 1441
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1326 TGTATACTAAGAGTGTTCAGAGGACTGTTATTTGGATGGGTAAGAGGCAAGAGACGGTGG 1385
Query 1442 AGGATGTCCCTTGTGGTAACACTGTTGCTATGGTTGGGCTGGATCAGTTCATCACCAAGA 1501
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 AGGATGTCCCTTGTGGTAACACTGTTGCTATGGTTGGGCTGGATCAGTTCATCACCAAGA 1445
Query 1502 ATGCTACATTGACTAATGAGAAGGAAGTTGATGCTCACCCCATTCGTGCTATGAAGTTTT 1561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1446 ATGCTACATTGACTAATGAGAAGGAAGTTGATGCTCACCCCATTCGTGCCATGAAGTTTT 1505
Query 1562 CTGTGTCTCCTGTTGTTCGTGTTGCTGTTCAGTGTAAGGTTGCGTCTGACCTTCCCAAGT 1621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1506 CTGTGTCTCCTGTTGTTCGTGTTGCTGTTCAGTGTAAGGTTGCATCTGACCTTCCCAAGC 1565
Query 1622 TGGTTGAGGGTCTCAAGAGGTTGGCCAAGTCTGATCCTATGGTTGTGTGTACAATGGAGG 1681
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1566 TGGTTGAGGGTCTCAAGAGGCTGGCCAAGTCTGATCCTATGGTTGTGTGCACAATGGAAG 1625
Query 1682 AATCAGGTGAGCACATTGTTGCTGGTGCAGGAGAACTCCATCTTGAGATTTGTCTTAAGG 1741
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1626 AATCAGGTGAGCACATTGTTGCTGGTGCAGGAGAGCTCCATCTTGAGATTTGTCTGAAGG 1685
Query 1742 ATCTTCAGGATGATTTCATGGGTGGTGCTGAAATTATCAAGTCAGACCCTGTGGTCTCCT 1801
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1686 ATCTGCAGGATGATTTCATGGGTGGTGCTGAAATTATCAAGTCAGACCCTGTGGTCTCCT 1745
Query 1802 TCCGTGAGACAGTTTGTGATAGATCTACTCGCACAGTTATGAGTAAGTCTCCTAACAAGC 1861
|||||||||||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1746 TCCGTGAGACAGTTAGTGATAGGTCTATTCGCACTGTTATGAGTAAGTCTCCTAACAAGC 1805
Query 1862 ATAACCGTCTGTACATGGAAGCAAGACCCATGGAGGAAGGTCTAGCTGAGGCTATTGATG 1921
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1806 ATAACCGTCTCTACATGGAAGCAAGACCCATGGAAGATGGTCTAGCTGAGGCGATTGATG 1865
Query 1922 ATGGACGTATTGGCCCAAGGGATGACCCTAAGATCAGATCCAAGATCTTGGCTGAGGAGT 1981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1866 ATGGACGTATTGGCCCAAGGGATGACCCTAAGATCAGGTCCAAGATCTTGGCTGAGGAGT 1925
Query 1982 TTGGATGGGACAAGGATCTTGCAAAGAAGATCTGGGCTTTTGGACCTGAAACCACAGGGC 2041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1926 TTGGATGGGACAAGGATCTTGCAAAGAAGATCTGGGCTTTTGGACCTGAAACCACAGGGC 1985
Query 2042 CTAACATGGTTGTCGATATGTGTAAGGGAGTTCAGTACCTTAACGAAATCAAGGATTCAG 2101
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1986 CTAACATGGTTGTTGATATGTGTAAAGGAGTTCAGTACCTTAATGAAATCAAGGACTCAG 2045
Query 2102 TTGTTGCTGGTTTCCAGTGGGCGTCCAAGGAAGGTCCTCT-TGCTGAAGAGAACATGAGA 2160
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 2046 TGGTGGCTGGTTTCCAGTGGGCGTCCAAGGAAGGTCCTCTATG-TGAAGAGAACATGAGA 2104
Query 2161 GGTATCTGTTTTGAGGTATGTGATGTGGTGCTTCACTCTGATGCCATCCACAGAGGAGGT 2220
|| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2105 GGCATCTGTTTCGAGGTTTGTGATGTGGTGCTTCACTCTGATGCCATCCACAGAGGAGGT 2164
Query 2221 GGTCAGGTTATCCCCACAGCCAGAAGGGTCATATACGCTTCCCAGATCACAGCTAAGCCC 2280
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2165 GGTCAGGTTATCCCAACAGCCAGAAGGGTCATATACGCTGCCCAGATCACAGCTAAGCCC 2224
Query 2281 AGACTTTTGGAGCCGGTTTACATGGTTGAGATCCAGGCACCAGAGGGAGCTCTTGGAGGA 2340
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2225 AGGCTTTTGGAGCCAGTTTACATGGTTGAGATCCAGGCACCAGAGGGAGCTCTTGGAGGA 2284
Query 2341 ATCTACAGTGTGCTGAATCAGAAGCGTGGACACGTGTTCGAGGAGATGCAGAGGCCAGGA 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2285 ATCTACAGTGTGCTGAATCAGAAGCGTGGACACGTCTTCGAGGAGATGCAGAGGCCAGGA 2344
Query 2401 ACTCC-CTTGTACAACATCAAGGCATACCTGCCTGTTGTGGAGTCTTTCGGATTCTCAAG 2459
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2345 ACTCCGCT-GTACAACATCAAGGCATACCTGCCTGTTGTGGAGTCTTTCGGATTCTCGAG 2403
Query 2460 TCAGCTTAGGGCAGCAACCTCAGGACAGGCATTCCCACAGTGTGTGTTTGATCATTGGGA 2519
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2404 TCAGCTTAGGGCAGCAACCTCAGGACAGGCTTTCCCACAGTGTGTGTTTGATCATTGGGA 2463
Query 2520 AATGATGTCTTCTGACCCTCTTGAGCCAGGTACTCAGGCTTCAGTTTTGGTGGCTGATAT 2579
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2464 AATGATGTCTTCTGACCCTCTTGAGCCAGGTACTCAGGCTTCAGTTCTGGTGGCTGATAT 2523
Query 2580 CAGGAAGAGGAAGGGATTGAAGGAAGC-GATGACTCCACTATCTGAGTTCGAAGACAAGC 2638
||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2524 CAGGAAGAGGAAGGGATTGAAGGAA-CAGATGACTCCACTATCTGATTTTGAAGACAAGC 2582
Query 2639 TTTAAGCTT-CACCAAGACT 2657
||||||||| ||||||||||
Sbjct 2583 TTTAAGCTTTCACCAAGACT 2602
> Ahg318060 jgi|Araly1|318060|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001076
Length=2499
Score = 1640 bits (888), Expect = 0.0
Identities = 1438/1699 (85%), Gaps = 55/1699 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 964 ACTTGCATGAATGACCAGAAGGATAAGTTGTGGCCTATGTTGGCGAAGCTTGGTGTCTCA 1023
||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| | |||
Sbjct 823 ACTTGTATGAATGACCAGAAGGATAAGCTGTGGCCGATGTTGGAGAAGCTTGGTAT-TCA 881
Query 1024 -ATGAAGAATGATGAGAAGGAGCTT-ATGGGTAAACCTCTAATGAAGCGTGTTATGCAGA 1081
|||||| |||||||| ||| || |||||||||||| | ||||||||||| ||||||
Sbjct 882 GATGAAGCCCGATGAGAAAGAG-TTGATGGGTAAACCTTTGATGAAGCGTGTCATGCAGG 940
Query 1082 CTTGGCTCCCTGCAAGTACTGCACTACTTGAGATGATGATCTTTCATTTGCCATCTCCCC 1141
| ||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||
Sbjct 941 CATGGCTCCCTGCGAGTACTGCTCTGCTTGAAATGATGATATTTCACTTACCATCACCCT 1000
Query 1142 ACACTGCCCAGAGGTACCGTGTTGAGAATC-TGTATGAAGGTCCTCTTGATGATCAGTAT 1200
||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1001 ACACTGCGCAGAGGTACCGTGTTGAGAA-CTTGTATGAAGGTCCCCTTGATGATAAGTAT 1059
Query 1201 GC-AAATGCCATCAGGAACTGTGACCCCA-ATGGACCTCTCATGCTCTACGTATCCAAGA 1258
|| | || ||||| |||||||| ||| | || ||| | ||||||||||| || ||||
Sbjct 1060 GCTGCA-GCTATCAGAAACTGTGA-TCCAGAAGGTCCTTTGATGCTCTACGTCTCTAAGA 1117
Query 1259 TGATTCCAGCCTCTGACAAGGGTAGATTCTTTGCCTTCGGTCGTGTCTTTGCTGGTA-AG 1317
||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| |
Sbjct 1118 TGATTCCTGCATCTGACAAGGGTAGGTTCTTTGCCTTGGGTCGTGTCTTTTCTGGTACA- 1176
Query 1318 GTTTCTACTGGTATGAAGGTCAGAATCATGGGTCCCAACTATATCCCTGGTGAGAAGAAG 1377
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 1177 GTTTCTACTGGTATGAAAGTCAGGATCATGGGTCCCAACTATGTCCCTGGTGAAAAGAAA 1236
Query 1378 GATCTGTACACT-AAGAGTGTTCAGAGGACTGTCATTTGGATGGGTAAGAGGCAAGAGAC 1436
|||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1237 GATCTGTA-TGTCAAGAGTGTGCAGAGGACTGTCATTTGGATGGGTAAGAAGCAAGAGAC 1295
Query 1437 AGTGGAGGATGTCCCTTGTGGTAACACTGTTGCTATGGTTGGGCTGGATCAGTTCATCAC 1496
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1296 AGTGGAGGATGTTCCTTGTGGTAACACTGTTGCTATGGTTGGGCTAGATCAGTTCATCAC 1355
Query 1497 CAAGAATGCTACATTGACTAATGAGAAGGAAGTTGATGCTCACCC-CATTCGTGCTATGA 1555
|||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||| | ||||||| ||||
Sbjct 1356 CAAGAACGCTACCTTGACGAATGAGAAGGAAGTGGACGCACACCCGC-TTCGTGCCATGA 1414
Query 1556 AGTTTTCTGTGTCTCCTGTTGTTCGTGTTGCTGTTCAGTGTAAGGTTGCGTCTGACCTTC 1615
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | || ||| | |||||||||||||
Sbjct 1415 AGTTTTCTGTCTCTCCCGTTGTTCGTGTTGCTGTAAAATGCAAGCTAGCGTCTGACCTTC 1474
Query 1616 CCAAG-TTGGTTGAGGGTCTCAAGAGGTTGGCCAAGTCTGATCCTATGGTTGTGTGTACA 1674
||||| || || || ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| | || |||
Sbjct 1475 CCAAGCTT-GTAGAAGGTCTTAAGAGGCTGGCCAAGTCTGACCCTATGGTTTTATGCACA 1533
Query 1675 ATGGAGGAATCAGGTGAGCACATTGTTGCTGGTGCAGGAGAACTCCATC-TTGAGATTTG 1733
||||| || || ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| | |||| |||||
Sbjct 1534 ATGGAAGAGTCTGGTGAGCACATTGGTGCAGGTGCTGGAGAACTCCA-CATTGAAATTTG 1592
Query 1734 TCTTAAGGATCTTCAGGATGATTTCATGGGTGGTGCTGAAATTATCA-AGTCAGACCCTG 1792
| | ||||||||||| | ||||| ||||||||||| || || || | |||||| ||||
Sbjct 1593 TGTCAAGGATCTTCA--A-GATTTTATGGGTGGTGCGGAGATCAT-AGTGTCAGATCCTG 1648
Query 1793 TGGTCTCCTTCCGTGAGACAGT-TTGTGATAGATC-TACTCGCACAGTTATGAGTAAGTC 1850
| || || || || |||||||| || ||| || || | | ||||| || |||||||||||
Sbjct 1649 TTGTTTCGTTGCGAGAGACAGTCTT-TGAGAGGTCTTGC-CGCACTGTGATGAGTAAGTC 1706
Query 1851 TCCTAACAAGCATAACCGTCTGTACATGGAAGCAAGACCCATGGAGGAAGGTCTAGCTGA 1910
|| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||
Sbjct 1707 CCCAAACAAGCACAACCGTCTTTACATGGAAGCCAGACCAATGGAGGATGGTCTAGCAGA 1766
Query 1911 GGCTATTGATGATGGACGTATTGGCCCAAGGGATGA-CCCTAAGATCAGATCCAAGAT-C 1968
||||||| |||| || || || || ||| ||||| ||| |||||| |||||||||| |
Sbjct 1767 GGCTATTAATGAAGGTCGCATCGGTCCATCTGATGATCCC-AAGATCCGATCCAAGATCC 1825
Query 1969 TTGGCTGAGGAGTTTGGATGGGACAAGGATCTTGCAAAGAAGATCTGGGCTTTTGGACCT 2028
|| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||
Sbjct 1826 TT-GCAGAAGAGTTTGGATGGGACAAGGATCTTGCCAAGAAAATATGGGCATTTGGACCT 1884
Query 2029 GAAACCACAGGGCCTAACATGGTTGTCGATATGTGTAAGGGAGTTCAGTACCTT-AACGA 2087
|| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||| || ||
Sbjct 1885 GACACCACAGGGCCCAACATGGTGGTTGATATGTGTAAGGGAGTGCAGTA-CTTGAATGA 1943
Query 2088 AATCAAGGATTCAGTTGTTGCTGGTTTCCAGTGGGCGTCCAAGGAAGGTCCTCTT-GCTG 2146
||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||| || || |
Sbjct 1944 AATCAAGGACTCAGTGGTTGCTGGTTTCCAATGGGCTTCAAAGGAAGGCCCT-TTAGCAG 2002
Query 2147 AAGAGAACATGAGAGGTATCTGTTTTGAGGTATGTGATGTGGTGCTTCACT-CTGATGCC 2205
|||| ||||||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||| || | ||||||
Sbjct 2003 AAGAAAACATGAGAGGGGTCTGTTATGAGGTGTGTGATGTTGTGCTCCA-TGTTGATGCA 2061
Query 2206 ATCCACAGAGGAGGTGGTCAGGTTATCCCCACAGCCAGAAGGGTCATATACGCTTCCCAG 2265
||||||||||||||||||||| | || | ||||| ||||| | ||| || || || |||
Sbjct 2062 ATCCACAGAGGAGGTGGTCAGATGATTTCAACAGCAAGAAGAGCCATCTATGCATCACAG 2121
Query 2266 ATCACAGCTAAGCCCAGACTT-TTGGAGCCGGTTTACATGGTTGAGATCCAGGCACCAGA 2324
|||| || ||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||
Sbjct 2122 CTCACGGCCAAGCCAAGACTTCTT-GAGCCGGTTTACATGGTCGAGATACAAGCACCTGA 2180
Query 2325 GGGAGCTCTT-GGAGGAATCTACAGTGTGCTGAATCAGAAGCGTGGACACGTGTTCGAGG 2383
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |
Sbjct 2181 GGGAGCT-TTGGGAGGAATCTACAGTGTGCTGAATCAGAAGCGTGGACATGTGTTTGAAG 2239
Query 2384 AGATGCAGAGGCCAGGAACTCC-CTTGTACAACATCAAGGCATACCTGCCTGTTGTGGAG 2442
| ||||| ||||||||||| || || ||||||||||| || ||||| ||||| || |||
Sbjct 2240 AAATGCAAAGGCCAGGAACACCTCTC-TACAACATCAAAGCCTACCTTCCTGTGGTCGAG 2298
Query 2443 TC-TTTCGGATT-CTCAAGTCAGCTTAGGGCAGCAACCTCAGGACAGGCATTCCCACAGT 2500
|| ||| ||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||||| || || || ||||
Sbjct 2299 TCGTTTA--ATTTCTCAGGTCAGCTAAGGGCTGCAACCTCAGGACAAGCCTTTCCTCAGT 2356
Query 2501 GTGTGTTTGATCATTGGGAAATGATGTCTTCTGACCCTCTTGAGCCAGG-TACTCAGGCT 2559
|||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||| | || | | ||||||
Sbjct 2357 GTGTGTTTGACCATTGGGACATGATGTCTTCTGATCCGCTGGAGGCTGGCT-CACAGGCT 2415
Query 2560 TC-AGTTTTGGTGGCTGATATCAGGAAGAGGAAGGGATTGAAGGAAGC-GATGACTCCAC 2617
| | || ||| ||||||||||||||||| || || |||||| | | |||||||||||
Sbjct 2416 GCTACATT-GGTAGCTGATATCAGGAAGAGAAAAGGTTTGAAGCTA-CAGATGACTCCAC 2473
Query 2618 TATCTGAGTTCGAAGACAA 2636
| ||||| |||||||||||
Sbjct 2474 TCTCTGATTTCGAAGACAA 2492
Score = 887 bits (480), Expect = 0.0
Identities = 712/822 (87%), Gaps = 24/822 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 112 ATGGTGAAGTTTACAGCTGATGAGCTTC-GAAGGATTATGGACTAC--AAACACAACATC 168
||||||||||| |||| ||| |||| | ||| |||||||| | | ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTGAAGTTCACAGTTGAAGAGCAACGGAA-AATTATGGA-T-CGTAAACACAACATC 57
Query 169 CGTAATATGTCTGTTATTGCTCATGTCGACCACGGGAAATCCACTCTTACTGATTC-TTT 227
||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||
Sbjct 58 CGTAACATGTCTGTTATTGCCCATGTCGATCATGGGAAATCTACTCTTACGGATTCACTT 117
Query 228 GGTTGCTGCTGCTGGTATCATTGCCCAAGAGGT-TGCTGGTGATGTTCGTATGACTGATA 286
||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 -GTTGCTGCTGCTGGTATTATTGCACAAGA-ATCTGCTGGTGATGTTCGTATGACTGATA 175
Query 287 C-CAGAGCTGATGAGGCTGAACGTGGTATCACTATCAAGTCCACTGGTATTTCTCTCTAC 345
| | |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 176 CGC-GAGCTGATGAAGCAGAACGTGGTATCACCATCAAGTCCACTGGTATCTCTCTCTAC 234
Query 346 TACGAGATGACTGATGAATCCTTGAAGAGTTTCACTGGAGCCAGAGACGGAAACGAGTAC 405
|| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||
Sbjct 235 TATGAGATGACTGATGAGTCTTTGAAGAGTTTCACTGGAGCTAGAGATGGCAATGAGTAC 294
Query 406 CTCATCAATCTTATTGATTCACCTGGGCACGTTGACTTTTCTTCTGAGGTTACTGCTGCT 465
|| ||||| || ||||| || ||||| |||||||||||||| || || || |||||||||
Sbjct 295 CTGATCAACCTCATTGACTCTCCTGGACACGTTGACTTTTCATCAGAAGTCACTGCTGCT 354
Query 466 CTCCGTATTACTGATGGTGCTCTTGTGGTGGTCGACTGCATTGAGGGTGTGTGTGTTCAG 525
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || || ||||| |||
Sbjct 355 CTCCGTATTACTGATGGTGCTCTTGTGGTTGTTGACTGCATTGAAGGCGTTTGTGTGCAG 414
Query 526 ACTGAGACTGTTCT-ACGTCAGGCTCTTGGTGAGAGGATTCGACCTGTCTTGACTGTCAA 584
|| |||||||| || | | || |||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||
Sbjct 415 ACCGAGACTGTGCTCAGG-CAATCTCTTGGTGAAAGGATAAGGCCTGTTTTGACTGTCAA 473
Query 585 CAAGATGGACAGGTGTTTCCTTGAGCTTCAGGTTGATGGTGAGGAGGCTTACCAGACTTT 644
||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| |||
Sbjct 474 CAAAATGGACAGGTGTTTCCTTGAGCTTAAGGTTGATGGTGAAGAGGCTTATCAGAATTT 533
Query 645 CTC-GAGGGTTATTGAGAACGCTAATGTCATCATGGCTACATACGAGGATCCTCTCCTTG 703
| | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||
Sbjct 534 C-CAGAGGGTCATTGAGAATGCTAATGTCATCATGGCGACGTATGAGGATCCTCTCCTTG 592
Query 704 GTGATGTTCAGGTTTACCCAGAGAAGGGAACTGTGGCGTTT-TCTGCTGGTCTCCATGGA 762
||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||| |||||||||||||| |||
Sbjct 593 GTGATGTTCAGGTTTACCCTGAAAAGGGGACAGTGGC-TTTCTCTGCTGGTCTCCACGGA 651
Query 763 TGGGCGTTT-ACACTGACCAACTTCGCCAAGATGTATGCTTCCAAGTTCGGTGTTGT-TG 820
||||| ||| || || ||||| || || |||||| ||||||||||||| |||||| | ||
Sbjct 652 TGGGC-TTTCACTCTTACCAATTTTGCTAAGATGCATGCTTCCAAGTTTGGTGTT-TCTG 709
Query 821 AATCTAAGATGATGGAGAGGCTCTGGGGTGAGAATTTCTTTGACCCTGCCACCAGGAAGT 880
||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || |
Sbjct 710 AATCTAAAATGATGGAGAGGCTGTGGGGTGAGAACTTCTTTGATCCTGCAACCAGAAAAT 769
Query 881 GGAGTGGC-AAAAACACTGGTTCCCCGACCTGCAAGCGTGGG 921
||| | | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 770 GGAC-GACCAAAAACACTGGCTCCGCGACCTGCAAGCGTGGG 810
> Ahg359025 jgi|Araly1|359025|fgenesh1_pg.C_scaffold_9000065
Length=1179
Score = 361 bits (195), Expect = 2e-98
Identities = 286/330 (87%), Gaps = 6/330 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1278 GGGTAGATTCTTTGCCTTCGGTCGTGTCTT-TGCTGGTAAGGTTTCTACTGGTATGAAGG 1336
||| || ||||||||||| ||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||| |
Sbjct 567 GGGCAGGTTCTTTGCCTTTGGTCGTGTCTTCT-CTGGAAAGGTGGCTACTGGTATGAAAG 625
Query 1337 TCAGAATCATGGGTCCCAACTATATCCCTGGTGAGAAGAAGGATCTGTACA-CT-AAGAG 1394
|||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| | || | | |||||
Sbjct 626 TCAGGATCATGGGTCCCAACTTTGTCCCTGGTGAGAAGAAGGAT-T-TATATGTCAAGAG 683
Query 1395 TGTTCAGAGGACTGTCATTTGGATGGGTAAGAGGCAAGAGACAGTGGAGGATGTCCCTTG 1454
||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||
Sbjct 684 TGTGCAGAGGACTGTCATTTGGATGGGTAAGAAACATGAGACAGTGGAAGATGTTCCGTG 743
Query 1455 TGGTAACACTGTTGCTATGGTTGGGCTGGATCAGTTCATCACCAAGAATGCTACATTGAC 1514
|||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 744 TGGTAATACAGTTGCTATGGTTGGGCTAGACCAGTTCATCACCAAGAATGCTACCTTGAC 803
Query 1515 TAATGAGAAGGAAGTTGATGCTCACCCCATTCGTGCTATGAAGTTTTCTGTGTCTCCTGT 1574
||||| |||||||| | || ||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 804 GAATGAAAAGGAAGTCAAAGCCCACCCGATCCGTGCCATGAGGTTTTCTGTCTCTCCTGT 863
Query 1575 TGTTCGTGTTGCTGTTCAGTGTAAGGTTGC 1604
||| || |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 864 TGTCCGAGTTGCTGTTCAGTGCAAGGTTGC 893
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111680598340
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5