BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G56570.1
Length=1836
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg314930 jgi|Araly1|314930|fgenesh1_pm.C_scaffold_1003710 2778 0.0
> Ahg314930 jgi|Araly1|314930|fgenesh1_pm.C_scaffold_1003710
Length=1836
Score = 2778 bits (1504), Expect = 0.0
Identities = 1727/1837 (94%), Gaps = 6/1837 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGCATAACCAAACTTGCACGCTCCAATGCGTTTAAACCAATCCCAAACTTTGTCAGA 60
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGCATAACGAAATTTGCACGCTCCAATGCGTTTAAACCAATCCCAAACTTTGTCAGA 60
Query 61 AGCTCTCTACGCAACGCCGGCGTCGAATCAAGTCAAAACACAGAGTATCCTCCATATAAA 120
||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 AGCTCTCTACGCAACGCTTGCGTCGAGTCAAGTCAAAACACAGAGTCTCCTCCATATAAA 120
Query 121 CCCAAGAAGCATCACATTTTAGCAACAAATCTAATCGTTTCATATTTCGAAAAAGGTTTA 180
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CCCAAGAAGCATCACATTTTAGCAACAAATCTCATCGTTTCATATTTCGAAAAAGGTTTA 180
Query 181 GTCGAAGAAGCACGCTCACTGTTCGACGAAATGCCTGATAGAGACGTAGTAGCTTGGACC 240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 181 GTCGAAGAAGCACGCTCACTGTTCGACGAAATGCCTGAGAGAGACGTAGTTGCTTGGACT 240
Query 241 GCAATGATCACTGGTTACGCTTCTTCCAACTACAATGCTCGTGCTTGGGAGTGTTTTCAC 300
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GCAATGATTACTGGTTACGCTTCTTCCAACTACAATTCTTGTGCTTGGGAGTGTTTTCAC 300
Query 301 GAGATGGTTAAGCAAGGAACAAGCCCGAATGAGTTCACGCTCTCGAGTGTTCTCAAGTCT 360
|||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 301 GAGATGTTTAAGCAAGGAAGGAGTCCGAATGAGTTCACGCTCTCGAGTGTTTTGAAGTCT 360
Query 361 TGTAGAAACATGAAGGTTTTGGCTTATGGTGCTTTGGTTCATGGAGTTGTGGTTAAACTT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TGTAGAAACATGAAGGTTTTGGCTTATGGTGCTTTGGTTCATGGAGTTGTGGTTAAACTT 420
Query 421 GGCATGGAAGGTTCTCTT-TATGTTGACAATGCGATGATGAATATGTACGCCACTTGTTC 479
|| |||||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 421 GGTATGGAAGGTTCT-TTGTATGTTGACAATGCGTTAATGAATATGTACGCTACTTGTTC 479
Query 480 TGTAACAATGGAGGCTGCTTGTTTGATTTTTCGGGATATTAAGGTGAAAAATGATGTTAC 539
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 480 GGTAACAATGGAGGCGGCTTTTTTGATTTTTCGGGATATTAAAGTTAAAAATGATGTTAC 539
Query 540 TTGGACTACTCTAATCACCGGGTTTACGCATTTGGGTGATGGCATTGGCGGTTTAAAGAT 599
||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 540 ATGGACTACTTTAATCACCGGGTTTACACATTTGGGTGATGGCATTGGTGGTTTGAAGAT 599
Query 600 GTACAAGCAAATGTTGCTGGAGAATGCTGAAGTGACGCCTTACTGTATAACAATAGCGGT 659
||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 600 GTATAAGCAAATGTTGCTGGAGAATGCAGATGTGACACCTTACTGTATAACGATAGCGGT 659
Query 660 TAGAGCTTCCGCTTCGATTGATTCAGTTACAACCGGCAAGCAAATTCATGCGTCTGTGAT 719
||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 660 TAGAGCTTCTGCTTCGATTGATTCTGTTACAACCGGCAAGCAAATTCATGCGTCGGTGGT 719
Query 720 TAAACGTGGGTTTCAGTCTAACCTCCCGGTGATGAACTCTATATTGGACTTGTATTGCAG 779
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 720 TAAACGCGGGTTTCAGTCTAACCTTCCGGTGATGAACTCTATATTAGACTTTTATTGCAG 779
Query 780 GTGTGGTTATTTATCAGAAGCGAAACACTATTTCCATGAGATGGAAGATAAAGATTTAAT 839
|||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GTGTGGTTATTTATCAGAGGCGAAACGCTATTTCCATGAGATGGAAGATAAAGATTTAAT 839
Query 840 CACATGGAACACTTTAATATCCGAGCTTGAGCGATCAGATAGTAGTGAAGCTCTGCTTAT 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CACATGGAACACTTTAATATCCGAGCTTGAGCGATCAGATAGTAGTGAAGCTCTGCTTAT 899
Query 900 GTTTCAGCGGTTTGAATCGCAAGGCTTTGTGCCAAATTGTTACACTTTCACGAGTTTAGT 959
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 900 GTTTCAGCGGTTTGAATCGCAAGGCTTTGTTCCGAATTGTTACACTTTCACAAGTTTAGT 959
Query 960 TGCTGCTTGTGCCAATATAGCGGCATTGAACTGTGGTCAGCAACTTCATGGAAGGATTTT 1019
|||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TGCTGCCAGCGCCAATATAGCGGCATTGAACTGTGGCCAGCAACTTCATGGAAGGATTTA 1019
Query 1020 TAGAAGAGGGTTTAACAAGAACGTTGAGTTAGCTAATGCTTTGATCGATATGTATGCTAA 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TAGAAGAGGGTTTAACAAGAACGTTGAGTTAGCTAATGCTTTGATCGATATGTATGCTAA 1079
Query 1080 ATGCGGAAATATACCGGACTCTCAAAGAGTATTTGGTGAAATTGTAGATAGGAGGAATTT 1139
|||||| ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||
Sbjct 1080 ATGCGGTGATATACCAGACTCTGAAAGAGTATTTGGCGAAATCGAAGAGAGGAGGAATTT 1139
Query 1140 GGTGTCTTGGACTTCAATGATGATTGGGTATGGATCACATGGTTATGGAGCAGAAGCTGT 1199
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GGTTTCTTGGACTTCAATGATGATTGGGTATGGGTCACATGGTTATGGAGCAGAAGCTGT 1199
Query 1200 TGAGCTTTTTGATAAAATGGTTAGTTCGGGTATTAGACCTGACCGGATTGTGTTCATGGC 1259
|||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TGAGCTTTTTGACAAAATGGTTTGTTCGGGTATTAGACCTGACCGGATTGTGTTCATGGC 1259
Query 1260 GGTTTTAAGTGCGTGTCGCCATGCTGGTTTAGTGGAGAAAGGATTGAAGTACTTTAATGT 1319
||| | || ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1260 AGTTCTGAGCGCGTGCCGCCATGCTGGTCTAGTGGAGAAAGGATTAAAGTACTTTAATGT 1319
Query 1320 GATGGAAAGTGAGTATGGTATAAATCCAGATCGAGATATCTACAACTGTGTGGTGGATTT 1379
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 1320 GATGGAAAGTGAGTATGGCATAAATCCAGACCGAGATATTTACAACTGTGTGGTGGATGT 1379
Query 1380 GCTTGGAAGAGCTGGGAAAATAGGTGAGGCTTATGAATTAGTTGAGAGAATGCCGTTTAA 1439
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||
Sbjct 1380 GCTTGGAAGAGCTGGGAAAATAGGCGAGGCTTATGAATTGGTTGAGAGGATGCCATTTAA 1439
Query 1440 GCCAGACGAATCCACGTGGGGAGCGATTCTTGGGG-CTTGTAAAGCGCATAAGCACA-AT 1497
||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1440 GCCAGACGAATCCACTTGGGGAGCGATT-TTGGGGGCTTGTAAAGCGCATAAACACACA- 1497
Query 1498 GGATTGATAAGTAGATTAGCTGCAAGAAAAGTTATGGAGTTGAAACCAAAAATGGTGGGG 1557
||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 1498 GGATTGATAAGCAGATTAGCTGCAAAAAAAGTTATGGAGTTGAAACCGAGAATGGTGGGG 1557
Query 1558 ACTTATGTGATGCTTTCATACATCTATGCAGCAGAAGGGAAGTGGGTCGATTTCGCGAGA 1617
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1558 ACTTATGTGATGCTTTCATACATCTATGCAGCAGAAGGGAAGTGGGTCGAATTCGCGAGA 1617
Query 1618 GTGAGGAAGATGATGAGGATGATGGGGAACAAAAAAGAAGCCGGTATGAGCTGGATCCTG 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1618 GTGAGGAAGATGATGAGGATGATGGGGAACAAAAAAGAAGCCGGTATGAGCTGGATCGAG 1677
Query 1678 GTGGAAAATCAAGTTTTTAGCTTTGCCGTTAGCGATAAAATGTGTCCTAATGCGAGTTCC 1737
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1678 GTGGAAAATCAAGTTTTTAGTTTTGCCGTGAGCGATAAAATGTGTCCTAACGCGACTTCT 1737
Query 1738 GTGTATTCAGTCTTGGGGTTACTGATAGAAGAGACTAGAGAAGCTGGATATGTTCCTGAA 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1738 GTGTATTCAGTCTTGGGGTTACTGATAGAAGAGACCAAAGATGCTGGCTATGTTCCTGAC 1797
Query 1798 TTAGACTCCTTAGTTAATGATCAAGAAGTCGGAACTT 1834
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 TTAGACTCCCTAGTTCATGATCAAGAAGTCGGAACTT 1834
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 68943343450
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5