BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G59540.1
Length=2648
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg925138 jgi|Araly1|925138|scaffold_200699.1 4043 0.0
Ahg942719 jgi|Araly1|942719|scaffold_603263.1 119 1e-25
> Ahg925138 jgi|Araly1|925138|scaffold_200699.1
Length=2535
Score = 4043 bits (2189), Expect = 0.0
Identities = 2424/2536 (96%), Gaps = 21/2536 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTTTCAGATCG-AGACGAAGATGGAAAAGATCTGTGTCGCAGTCAGGGTAAGACCGCCGG 59
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1 CTTTCAGATCGAAGACGAAGATGGAAAAGATCTGTGTCGCAGTCAGGGTAAGACCACCGG 60
Query 60 CGCCGGAA--A--A-CGG---A--G--CTTCACTCTGGAAAGTCGAAGATAATCGGATCT 107
|||||||| | | ||| | | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 61 CGCCGGAATTATCACCGGAAAATGGATCTTCTCTCTGGAAAGTTGAAGATAATCGGATCT 120
Query 108 CTCTTCATAAATCACTCGACACTCCAATCACAACCGCTTCTCACGCTTTTGATCATGTGT 167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 121 CTCTTCATAAATCACTCGACACTCCAATCACAACCGCTTCTTACGCTTTCGATCATGTGT 180
Query 168 TCGACGAAAGTTCTACGAATGCTAGTGTCTACGAGCTTCTTACTAAGGATATCATACATG 227
|||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 181 TCGACGAAAGTTCTACGAATGCTACTGTCTATGAACTTCTTACTAAGGATATTATTCATG 240
Query 228 CCGCTGTTGAGGGTTTTAATGGTACTGCATTTGCTTATGGGCAAACTAGTAGTGGGAAGA 287
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 241 CCGCCGTCGAGGGTTTTAATGGTACTGCATTTGCTTATGGGCAAACTAGTAGTGGAAAGA 300
Query 288 CGTTTACGATGACGGGCTCTGAAACTGATCCTGGAATTATTCGAAGATCTGTTCGAGATG 347
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 301 CGTTTACGATGACGGGTTCTGAAACTGATCCTGGAATTATTCGAAGATCTGTTAGAGATG 360
Query 348 TGTTTGAAAGAATACATATGATATCTGATCGTGAGTTTCTCATCCGGGTTTCGTACATGG 407
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TGTTTGAAAGAATTCATATGATATCTGATCGCGAGTTTCTCATCCGGGTTTCGTACATGG 420
Query 408 AAATTTACAACGAAGAAATTAATGATCTTTTAGCTGTTGAGAACCAGAGACTGCAAATTC 467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 421 AAATTTACAACGAAGAAATTAATGATCTTTTAGCTGTTGAGAATCAGAGACTGCAAATTC 480
Query 468 ATGAGCATTTGGAGCGTGGAGTGTTTGTTGCTGGTCTTAAGGAAGAAATTGTTAGTGATG 527
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 481 ATGAACATTTGGAGCGTGGAGTGTTTGTTGCTGGGCTTAAGGAAGAAATTGTTAGTGACG 540
Query 528 CTGAACAGATTCTAAAGCTTATAGATTCTGGAGAAGTTAATAGGCACTTTGGCGAGACAA 587
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTGAACAGATTCTAAAGCTTATAGATTCTGGAGAAGTTAATAGGCACTTTGGCGAGACAA 600
Query 588 ACATGAATGTTCATAGTAGCAGGTCTCACACCATATTCAGAATGGTGATTGAGAGCAGGG 647
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ACATGAATGTTCATAGTAGCAGATCTCACACCATCTTCAGAATGGTGATTGAGAGCAGGG 660
Query 648 GAAAAGATAATAGTTCTTCAGATGCTATTCGTGTCTCAGTCTTGAATTTGGTCGATTTAG 707
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |
Sbjct 661 GAAAAGATAATACTTCTTCAGATGCTATTCGTGTCTCAGTCTTGAATTTGGTTGACTTGG 720
Query 708 CTGGATCTGAGCGAATTGCTAAAACTGGTGCTGGTGGTGTACGCTTGCAAGAAGGGAAGT 767
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CTGGATCTGAGCGAATTGCTAAAACTGGTGCTGGTGGAGTACGCTTGCAAGAAGGGAAGT 780
Query 768 ACATTAATAAGAGCTTAATGATTCTTGGTAATGTCATCAATAAATTAAGTGACAGTACAA 827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||
Sbjct 781 ACATTAATAAGAGCTTAATGATTCTTGGTAATGTCATTAATAAACTAAGTGACAGTGCAA 840
Query 828 AGCTAAGGGCACATATTCCGTACCGAGATAGTAAGCTGACTCGAATTCTTCAGCCTGCAC 887
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AGCTAAGGGCACATATTCCGTACCGAGATAGTAAGCTGACTCGAATTCTTCAGCCTGCAC 900
Query 888 TTGGTGGTAATGCAAAGACCTGCATTATATGCACTATCGCACCAGAAGAGCATCATATTG 947
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TTGGTGGTAATGCAAAGACCTGCATTATATGCACTATCGCACCAGAAGAGCATCATATTG 960
Query 948 AGGAATCAAAAGGAACTCTCCAATTTGCAAGCAGAGCAAAGCGCATCACCAACTGTGCTC 1007
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AGGAATCGAAAGGAACTCTCCAATTTGCAAGCAGAGCAAAGCGCATCACCAACTGTGCTC 1020
Query 1008 AAGTGAATGAGATCTTGACTGATGCCGCTTTATTGAAGCGCCAAAAGTTGGAGATAGAAG 1067
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1021 AAGTGAATGAGATCTTGACCGATGCCGCTTTATTGAAGCGCCAAAAGTTAGAGATAGAAG 1080
Query 1068 AGCTACGCATGAAGCTTCAGGGATCTCATGCGGAAGTGTTGGAACAAGAGATCTTAAATT 1127
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1081 AGCTACGCATGAAGCTTCAGGGATCTCATGCCGAAGTGTTGGAACAAGAGATCTTAAAAT 1140
Query 1128 TAAGCAATCAGATGCTGAAGTATGAGTTGGAATGTGAAAGGCTAAAAACACAACTGGAAG 1187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TAAGCAATCAGATGCTGAAGTATGAGTTGGAATGTGAAAGGCTAAAAACACAACTGGAAG 1200
Query 1188 AAGAGAAAAGGAAGCAGAAGGAGCAGGAAAATTGCATCAAGGAGCAACAGATGAAAATTG 1247
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1201 AAGAGAGAAGGAAGCAGAAGGAGCAGGAAAATTGCATCAAGGAACAGCAGATGAAAATTG 1260
Query 1248 AGAACCTTAACAATTTTGTCACTAATTCTGACTTCAAGAGGAACCAGTCAGAGGACTTTA 1307
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AGAACCTTAACAATCTGGTCACTAATTCTGACTTCAAGAGGAACCAGTCAGAGGACTTTA 1320
Query 1308 TCATTTCAAGAAAGACTCCAGATGGGCTATGCAATGTCAATGACACT-AGCGATGTTCCT 1366
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||| ||||||||
Sbjct 1321 TCATTTCAAGAAAGACTCCAGATGGGCTATGCAATATCAATGATA-TCAGCAATGTTCCT 1379
Query 1367 GGAACCCCTTGCTTTAAATCAGCTTCCCGTTCCTTTGTGGTTGCTCGGTCAAATAATTAT 1426
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GGAACCCCTTGCTTTAAATCAGCTTCCCGTTCCTTTGTGGTTGCTCGGTCAAATAATTAT 1439
Query 1427 TCAGGACTATCTGATTTTAGTCCGATGGTTCATTCCCTGGGGGACGTGGCCGATGAAGAT 1486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1440 TCAGGACTATCTGATTTTAGTCCGATGGTTCATTCCCTGGGGGGCGTGGCCGATGAAGAC 1499
Query 1487 ACTTGGATGAAACTAAACAAGGGTTTTGTTGCAGACCTTGATCAAATCCAATTTACACCT 1546
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1500 ACTTGGATGAAACTAAACAAGGGTTTTGTTGCTGACCTTGATCAAATCCAGTTTACACCT 1559
Query 1547 GCTGTTAAATGTCAACCCACTCCTTTAAGTATTGCAACCACGGAGTGCCCGCGTGAAAAT 1606
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1560 GCTGTTAAATGTCAACCCACTCCGTTAAGTATTGCAACCACGGAATGCCCTCGTGAAAAT 1619
Query 1607 CAC-TCAGAGGTGGAAGATCTCAAAAGTCGGATTCAGTTGCTGACCAATGAGAATGACAG 1665
|| | ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1620 TACAT-AGAGGTGGAAGATCTCAAAAGTCAGATTGAGTTGCTGACCAATGATAAGGACAG 1678
Query 1666 TCTTCAGGTAAAATTTAATGAACAAGTACTCCTGAGCAACAATCTGATGCAAGAGATGTC 1725
||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1679 TCTTCAGGTAAAATTCAACGAACAAGTACTTCTGAGCAACAAACTGATGCAAGAGATGTC 1738
Query 1726 TGAGCTCAAACAAGAAACGCTTACTGTGAAAGAAATTCCGAATAGGTTATCTGAGTCAGT 1785
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 TGAGCTCAAACAAGAAACGCTTACCATGAAAGAAATTCCGAATAGGTTATCTGAGTCAGT 1798
Query 1786 TGCTAATTGCAAAGATGTCTACAAGGATGTCATAGTCACTATGAAGAGCTTAATCACTGA 1845
|||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1799 TGCTAACTGCAAGGATGTCTACAAGGATGTTATAGGCACAATGAAGAGCTTAATTGCTGA 1858
Query 1846 CAAGGAATCTCCAACGGCAAACCTGCTCCTGGGTACAACTGAAATCACAACGAGCCTACT 1905
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 CAAGGAATCTCCAACGGCGAACCTGCTCTTGGGTTCAACTGAAATCACAACGAGCCTACT 1918
Query 1906 GGCAACTCTAGAAACACAATTCTCAATGATAATGGATGGTCAGAAAACGGGTAGTAGCAT 1965
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 GTCAACTCTAGAAACACAATTCTCAATGATAATGGATGGTCAGAAAACGGGTAGTAGCAT 1978
Query 1966 AGATCATCCTTTATCTGACCATTGGGAAACACTTCGTGTGAATCTGAAGAACACAACGAC 2025
|||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||
Sbjct 1979 AGATCATCCTTTCTCTGACCAATGGGAAACACTTCGTGAGAGTCTGAAGAACACAACCAC 2038
Query 2026 GTTGTTGCTGTCAGACGCACAAGCAAAAGATGAATTT-TTGAACTCCCACAACAAGGGAC 2084
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||
Sbjct 2039 GTCGTTGCTGTCAGACGCACAAGCAAAAGATGAATTTCTT-AACTGCCACAACAAGGGAC 2097
Query 2085 AAGAAACAGCTGCTTTGGAGGAGAAGAAACTGAAGTCTGAGCTCATCATCATCAAGGAAA 2144
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2098 AAGAAACAGCTGCTTTAGAGGAGAGGAAACTGAAGTCTGAGCTCAGCATCATCAAGGAAA 2157
Query 2145 GATACAACGAGCTCGAGAAAGAGTTGTGTTT-GGATAAACAGCTTCTAGAAGCTTCAAGA 2203
||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2158 GATACAAAGAGCTCGAGAAAGAGTTGT-TTTCGGATAAACAACTTCTAGAAGCTTCAAGA 2216
Query 2204 GAAAGTCATGAGAAGCTGATAAAAGAGGTACAGTTCCTGAAGGAAGAAAGAGATTCTTTA 2263
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 GAAAGCCATGAGAAGCTGTTAAAAGAGGTACAGTTCCTGAAGGAAGAAAGAGATTCTTTA 2276
Query 2264 GATAGAAAAATCTCTCAATCAACTCAGAGATTGAGAGTGATTGCAAGTGATAAAGAGAAT 2323
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 GATAGAAAAATCTCTCAATCCACTCAGAGATTGAGAGTGATTGCAAGTGATAAAGAGAAT 2336
Query 2324 GCTTTGAAAGATCTTAATGTGGAAGTGAAGAGGAGGAAAGATATGGAGGAAGAGATTAAG 2383
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 GCTTTGAAAGATCTTAATGTGGAAGTGAAGCGGAGGAAAGATATGGAGGAAGAGATTAAG 2396
Query 2384 CACATCAGCATTGCTTTCGCTACCAGGCACAAATCTTTTGTGTCTTTTCACAGTGAAATC 2443
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 CACATCAGCATTGCTTTCGCTACCAGGCACAAATCTTTTGTGTCTTTTCACAGTGAAATC 2456
Query 2444 AAGTCCAAAATGCAGAAACTAACCACTCAAAACTCAAAAGCTCCTTAGCAAAAACAGTTA 2503
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2457 AAGTCCAAAATGCAGAAACTAACCACTCAAAACTCAAAAGCTCCGTAGCAAAAACAGTTA 2516
Query 2504 AGTTTGTTGAATTTGT 2519
||||| ||||||||||
Sbjct 2517 AGTTTATTGAATTTGT 2532
> Ahg942719 jgi|Araly1|942719|scaffold_603263.1
Length=309
Score = 119 bits (64), Expect = 1e-25
Identities = 80/87 (92%), Gaps = 4/87 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 560 GAAGTTAATAGGCACTTTGGCGAGACAAACATGAATGTTCATAGTAGCAGGTCTCACACC 619
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 129 GAA-TTAATAGGCACTTTGGCGAGACAAACATGAATGTTCATAGTAGCAGATCTCACACC 187
Query 620 ATATTCAGAATGGTGATTGAGAGCAGG 646
|| |||||||||| | | ||| |||||
Sbjct 188 ATCTTCAGAATGG-G-TGGAG-GCAGG 211
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 99872622390
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5