BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G59750.1
Length=2484
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475338 jgi|Araly1|475338|fgenesh2_kg.2__468__AT1G59750.1 4056 0.0
> Ahg475338 jgi|Araly1|475338|fgenesh2_kg.2__468__AT1G59750.1
Length=2468
Score = 4056 bits (2196), Expect = 0.0
Identities = 2395/2488 (96%), Gaps = 25/2488 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TAGCCAAAGGGTTCGTGTCGGCTTCAACCAAACACTGACGGTGTGTGTATACACCTTTAC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TAGCCAAAGGGTTCGTGTCGGCTTCAACCAAACACTGACGGTGTGTGTATACACCTTTAC 60
Query 61 ATACACACCTTTAtctctctctctctcACATCTTTGTTACAAATCAATCTTCTACTGTTT 120
||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATACACACCTTTA--------TCTCTCACATC--T-TCCCAAATCAATCTTCTACTGTTT 109
Query 121 TC-TTTTTCCTCTTCTTACATTATTTTTTGACAGCAATTCTTAGTTTCTCTTCTATCCCC 179
|| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 110 TCTTTTTTCCTCTTCTTACATTA-TTTTTGACACCAATTCTCAGTTTCTC-TCTATCCCC 167
Query 180 TTTCTGGGTTTTGTTTGAACCCTAGCTCGCTTTGGATCCAGTGGTTTTAAGTTAAAGGTA 239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 168 TTTCTGGGTTTTGTTTGAACCCTAGCTCGCTTTGGATCCAGTGGTTTTAAGTTAAAGGTA 227
Query 240 AATTTATCGAAAG-TAAGTAGATTCCTAATGGCAGCTTCCAATCATTCATCTGGT-AAAC 297
||||||||| | | |||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||| || ||||
Sbjct 228 AATTTATCG-AGGTTAAG--GATTCCAAATGGCAGCTACCACTCATTCATCT-GTAAAAC 283
Query 298 CTGGAGGAGTTTTAAGTGATGCTTTATGTAGGGAGCTCTGGCATGCCTGTGCTGGACCTC 357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 284 CTGGAGGAGTTTTAAGTGATGCTTTATGTAGGGAGCTCTGGCATGCCTGTGCTGGACCTC 343
Query 358 TTGTAACCCTACCTCGTGAAGGGGAACGAGTTTATTATTTCCCTGAAGGCCACATGGAGC 417
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 344 TTGTAACGCTACCTCGTGAAGGGGAACGAGTTTATTATTTCCCTGAAGGCCACATGGAGC 403
Query 418 AGCTCGAGGCATCAATGCACCAAGGTTTGGAGCAACAGATGCCTTCCTTCAACCTCCCAT 477
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 404 AGCTCGAGGCATCAATGCACCAAGGTTTGGAGCAACAGATGCCTTCCTTCAATCTCCCAT 463
Query 478 CTAAGATCCTCTGTAAAGTTATCAACATCCAGCGCAGGGCAGAGCCCGAGACTGACGAAG 537
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 464 CTAAGATTCTCTGTAAAGTGATCAACATCCAGCGCAGGGCAGAGCCCGAGACTGATGAAG 523
Query 538 TATATGCGCAAATAACCTTATTGCCAGAACTGGATCAAAGCGAACCCACTAGCCCAGATG 597
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 524 TATACGCGCAAATAACCTTATTGCCAGAACTGGATCAAAGCGAACCAACCAGCCCAGATG 583
Query 598 CCCCTGTTCAAGAACCTGAAAAGTGCACCGTACATTCATTTTGCAAGACACTAACTGCTT 657
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 584 CCCCTGTTCAAGAACCTGAAAAGTGTACCGTACATTCATTTTGCAAGACACTAACTGCTT 643
Query 658 CAGACACAAGCACACATGGTGGCTTCTCGGTGCTACGGAGACATGCAGATGATTGTCTCC 717
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 644 CAGACACAAGCACACATGGTGGATTCTCTGTGCTACGGCGACACGCAGATGATTGTCTCC 703
Query 718 CACCCTTGGATATGTCCCAACAACCACCGTGGCAAGAATTGGTTGCAACTGATTTGCACA 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 704 CACCCTTGGATATGTCCCAACAACCACCGTGGCAAGAATTGGTTGCAACTGATCTCCACA 763
Query 778 ATAGTGAATGGCATTTTAGGCACATTTTCCGAGGCCAACCAAGGCGTCATTTGCTAACAA 837
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 764 ATAATGAATGGCATTTTAGGCACATTTTCCGAGGCCAACCAAGGCGCCATTTGCTAACAA 823
Query 838 CTGGATGGAGTGTTTTTGTTAGCTCGAAGAAACTAGTGGCTGGTGATGCTTTCATATTCT 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 824 CTGGATGGAGTGTTTTTGTTAGCTCGAAGAAACTAGTGGCTGGTGATGCTTTCATATTCT 883
Query 898 TAAGGGGTGAGAATGAAGAGCTCCGAGTAGGTGTTAGGCGGCACATGAGACAACAGACTA 957
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 884 TAAGGGGTGAGAATGAAGAGCTCCGAGTTGGTGTTAGGCGGCACATGAGACAACAGACTA 943
Query 958 ATATCCCGTCATCTGTCATTTCAAGTCATAGCATGCATATTGGGGTCCTTGCAACAGCAG 1017
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 944 ATATCCCGTCATCTGTCATTTCAAGTCATAGCATGCATATTGGGGTCCTTGCGACTGCAG 1003
Query 1018 CTCATGCCATTACAACAGGAACAATCTTTTCTGTCTTCTACAAGCCAAGGACAAGTAGGT 1077
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1004 CTCATGCCATTACAACAGGGACAATCTTTTCTGTCTTCTACAAGCCCAGGACAAGTAGGT 1063
Query 1078 CAGAGTTTATTGTGAGCGTCAATAGGTATCTCGAAGCTAAGACCCAGAAGCTGTCTGTAG 1137
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1064 CAGAGTTTATTGTGAGCGTCAATAGATATCTCGAAGCTAAGACCCAGAAGCTGTCTGTAG 1123
Query 1138 GCATGCGTTTCAAGATGAGATTCGAGGGGGAAGAAGCTCCCGAGAAAAGGTTCAGTGGCA 1197
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124 GCATGCGTTTCAAGATGAGATTCGAGGGTGAAGAAGCTCCCGAGAAAAGGTTCAGTGGCA 1183
Query 1198 CAATAGTTGGTGTTCAGGAAAATAAGTCTTCGGTCTGGCATGATTCTGAATGGAGATCGC 1257
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184 CAATAGTTGGTGTTCAGGAAAACAAGTCTTCGGTCTGGCATGATTCTGAATGGAGATCGC 1243
Query 1258 TAAAGGTTCAATGGGACGAACCCTCATCTGTATTTCGTCCTGAAAGAGTTTCACCTTGGG 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 TAAAGGTTCAATGGGACGAACCCTCATCTGTATTTCGTCCTGAAAGAGTTTCACCTTGGG 1303
Query 1318 AACTTGAGCCCCTAGTTGCAAATAGTACTCCGTCTTCACAACCTCAGCCTCCGCAAAGGA 1377
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1304 AACTTGAGCCCCTAGTTGCAAATAGTACTCCTTCTTCACAACCTCAGCCTCCACAAAGGA 1363
Query 1378 ACAAACGACCAAGACCTCCTGGTTTACCTTCACCAGCCACTGGTCCATCTGGTCCTGTTA 1437
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 1364 ACAAACGACCGAGACCTCCCGGTTTACCTTCACCAACCACCGGTCCATCTGCTCCTGTTA 1423
Query 1438 CTCCAGATGGTGTGTGGAAATCCCCGGCAGACACTCCTTCCTCAGTGCCATTATTCTCTC 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1424 CTCCAGATGGTGTGTGGAAATCCCCGGCAGACACTCCTTCCTCAGTGCCATTATTCTCTC 1483
Query 1498 CTCCTGCCAAAGCTGCTACGTTTGGTCATGGTGGGAACAAATCATTTGGAGTATCTATTG 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1484 CTCCTGCCAAAGCTGCTACGTTTGGTCATGGTGGGAACAAATCATTTGGAGTATCTATTG 1543
Query 1558 GATCAGCCTTTTGGCCCA-CCAATGCAGATAGTGCAGCTGAATCCTTTGCTTCAGCGTTT 1616
|||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1544 GATCAGCCTTTTGGCCCAGCCA-TGCAGATAGTGCAGCTGAATCCTTTGCTTCAGCGTTT 1602
Query 1617 AACAATGAATCTACTGAAAAGAAACAAACTAATGGAAATGTCTGTAGGCTTTTTGGGTTT 1676
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1603 AACAATGAATCTACTGAAAAGAAGCAAACTAATGGAAATGTCTGTAGGCTTTTTGGGTTT 1662
Query 1677 GAGCTAGTTGAAAATGTTAATGTGGATGAATGTTTCTCTGCTGCCTCTGTGTCTGGTGCT 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1663 GAGCTAGTTGAAAATGTTAATGTGGATGAATGTTTCTCTGCTGCCTCTGTGTCCGGTGCT 1722
Query 1737 GTCGCTGTAGATCAACCTGTCCCATCCAACGAGTTTGACTCTGGCCAGCAATCTGAGCCA 1796
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1723 GTCGCTGTAGATCAACCTGTCCCATCCAATGAGTTTGACTCTGGTCAGCAGTCTGAGCCG 1782
Query 1797 TTAAACATCAACCAATCTGATATTCCTTCGGGGAGTGGTGACCCTGAGAAATCCTCTTTG 1856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1783 TTAAACATCAACCAATCTGATATTCCTTCGGGGAGTGGTGACCCTGAGAATTCCTCTTTG 1842
Query 1857 AGGTCTCCTCAAGAATCACAAAGTAGACAGATACGTAGCTGCACAAAGGTGCACATGCAA 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1843 AGGTCTCCTCAAGAATCACAAAGTAGACAGATACGTAGCTGCACAAAGGTGCACATGCAA 1902
Query 1917 GGCAGTGCAGTAGGCAGAGCTATTGATTTGACAAGGTCAGAGTGTTATGAAGATCTGTTC 1976
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1903 GGCAGTGCAGTAGGCAGAGCTGTTGATTTGACAAGGTCAGAGTGTTACGAAGATCTATTC 1962
Query 1977 AAGAAGCTGGAAGAGATGTTTGATATCAAGGGTGAACTCTTAGAATCTACCAAAAAATGG 2036
||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1963 AAGAAGCTGGAGGAGATGTTCGAAATCAAGGGTGAACTCTTAGAATCTACCAAAAAATGG 2022
Query 2037 CAAGTCGTTTACACCgatgatgaagatgacatgatgatggttggtgatgatccatggaat 2096
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2023 CAAGTTGTTTACACCGATGATGAAGATGACATGATGATGGTTGGTGATGATCCATGGAAT 2082
Query 2097 gaGTTCTGTGGAATGGTGAGGAAGATATTCATCTACACACCTGAGGAAGTGAAGAAACTT 2156
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 GAGTTCTGTGGAATGGTGAGAAAGATATTCATCTACACACCTGAGGAAGTGAAGAAACTT 2142
Query 2157 TCACCGAAGAACAAACTCGCAGTCAATGCAAGGATGCAGCTCAAAGCTGATGCAGAGGAA 2216
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 2143 TCACCGAAGAACAAACTCGCAGTCAATGCAAGGATGCAGCCCAAAACTGATGCAGAGGAA 2202
Query 2217 AATGGGAATACAGAGGGCAGATCATCATCTATGGCGGGATCAAGATGAGTATATCACTGT 2276
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2203 AATGGGAATACAGAGGGCAGGTCATCATCTATGGCTGGATCAAGATGAGTATATCACTGT 2262
Query 2277 GTTATGTTTTAAATGTACTTGCCACGTAGGAAATATGAAAGCAGAAGCAAGAGATCGTTA 2336
| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2263 -T-ATGCTTTAAATGTACTTGCCACGTAGGAAAGATGAAAGCAGAAGCAAGAGATCGTTA 2320
Query 2337 GACAATATGAAAGTTGAGATGTCTGTGTATAGCAATGAAGTTTTATGTCTTCAAGTCTTA 2396
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 2321 GACAATGTGAAAATTGAGATGTCTGTGTATAGCAATGAAGTTTTATGTCTTCAGGTCCCA 2380
Query 2397 TGAATTCACTTAGATGCAATGTGTTTTGAGGAGTTGTGTAGCTTTTGTACGGGAAA-TAT 2455
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 2381 TGAATTCACTTAGATGCAATGTGTTTTGAGGAGTTGTGTAGCTTTTGTACGGGAAAATGT 2440
Query 2456 GGAAATTAAGTTTCACGTCTTGTTCTAC 2483
|||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2441 GGAAATTAAGATTCACGTCTTGTTCTAC 2468
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93625822210
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5