BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G59760.1
Length=3158
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg925100 jgi|Araly1|925100|scaffold_200661.1 4918 0.0
> Ahg925100 jgi|Araly1|925100|scaffold_200661.1
Length=3007
Score = 4918 bits (2663), Expect = 0.0
Identities = 2880/2988 (96%), Gaps = 2/2988 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 65 CATGGGTTCCGTGAAGAGAAAATCAGTGGAGGAATCTTCTGATTCTGCTCCGCCGCAAAA 124
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 20 CATGGGTTCCGTGAAGAGAAAATCAGTGGAGGTATCTTCTGATTCTGCTCCGCCGCAAAA 79
Query 125 GGTTCAGAGAGAAGACGATTCCACCCAAATCATCAACGAAGAGCTAGTTGGTTGCGTTCA 184
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 80 GGTTCAGAGAGAAGACGATTCCTCCCAAATCATCAACGAAGAGCTTGTGGGTTGCGTTCA 139
Query 185 CGATGTTTCCTTCCCTGAAAATTACGTTCCTCTTGCTCCCTCCGTTCACAATAAACCACC 244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 140 CGATGTTTCCTTCCCTGAAAATTACGTTCCTCTTGCTCCCTCCGTCCACGCGAAACCACC 199
Query 245 AGCTAAAGATTTCCCCTTTACACTTGACTCCTTCCAATCTGAAGCTATCAAGTGTCTCGA 304
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 200 GGCTAAAAATTTCCCCTTTACACTTGACTCCTTCCAATCTGAAGCTATCAAGTGTCTCGA 259
Query 305 TAATGGCGAGTCAGTCATGGTTTCAGCTCATACATCAGCTGGTAAAACTGTTGTGGCGTC 364
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 260 TAATGGCGAATCAGTCATGGTTTCAGCTCATACATCAGCTGGTAAAACTGTTGTGGCGTC 319
Query 365 GTATGCTATTGCCATGTCTTTGAAGGAAAACCAGAGAGTTATTTACACTTCTCCTATAAA 424
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 320 CTATGCTATTGCCATGTCTTTGAAGGAAAACCAGAGGGTTATTTATACTTCTCCTATAAA 379
Query 425 GGCACTTAGTAATCAGAAGTACAGAGATTTTAAAGAAGAGTTTTCTGATGTTGGTTTGAT 484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 GGCACTTAGTAATCAGAAGTACAGAGATTTTAAAGAAGAGTTTTCTGATGTTGGTTTGAT 439
Query 485 GACTGGGGATGTGACTATCGATCCTAATGCCTCTTGTCTTGTCATGACTACGGAGATTTT 544
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 440 GACTGGGGATGTCACTATTGATCCTAATGCCTCTTGCCTTGTCATGACCACGGAGATCTT 499
Query 545 GCGTAGTATGCAGTATAAAGGGTCAGAGATTATGCGGGAGGTTGCGTGGATTATTTTTGA 604
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 500 GCGTAGTATGCAGTATAAAGGGTCAGAGATTATGCGGGAGGTTGCCTGGATTATTTTTGA 559
Query 605 TGAGGTGCATTACATGCGTGATAGCGAAAGAGGTGTGGTTTGGGAAGAGAGTATTGTAAT 664
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 560 TGAGGTGCATTACATGCGAGATAGCGAAAGAGGTGTGGTTTGGGAAGAGAGTATTGTCAT 619
Query 665 GGCTCCGAAGAATTCTCGTTTTGTGTTTCTATCGGCAACAGTTCCCAATGCCAAGGAGTT 724
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 620 GGCTCCGAAGAATTCTCGTTTTGTGTTTCTATCTGCAACTGTTCCCAATGCCAAGGAGTT 679
Query 725 TGCTGATTGGGTTGCAAAGGTTCACCAACAACCATGTCACATTGTTTACACCGATTATCG 784
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 680 TGCTGATTGGGTTGCAAAGGTTCACCAACAACCATGCCACATTGTTTACACCGATTATCG 739
Query 785 GCCAACTCCACTTCAGCACTATGTCTTTCCTGCTGGAGGTAATGGACTTTACTTGGTTGT 844
||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 740 GCCGACTCCGCTTCAGCATTATGTCTTTCCTGCTGGAGGTAATGGACTTTACTTGGTTGT 799
Query 845 GGACGAAAAATCTAAATTTCATGAGGATAGCTTCCAGAAATCTCTCAACGCACTGGTTCC 904
||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 800 GGATGAAAAGGCTAAATTTCACGAGGATAGCTTCCAGAAATCTCTTAACGCACTAGTTCC 859
Query 905 GACTAATGAGAGTGACAAGAAAAGAGATAATGGAAAGTTTCAAAAGGGATTAGTGATTGG 964
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 860 GACTAATGAGGGTGACAAGAAAAGAGATAATGGAAAGTCTCAAAAGGGATTAGTGATGGG 919
Query 965 AAAACTTGGTGAAGAAAGTGATATTTTCAAATTGGTGAAAATGATAATTCAGCGGCAATA 1024
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 920 AAAACTTGGTGAAGAAAGTGATATTTTCAAATTGGTGAAAATGATAATTCAGCGACAATA 979
Query 1025 TGATCCCGTGATTTTGTTCAGTTTCAGCAAAAAGGAATGCGAGGCACTTGCTATGCAGAT 1084
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 TGATCCCGTAATTTTGTTTAGTTTCAGCAAAAAGGAATGCGAGGCACTTGCTATGCAGAT 1039
Query 1085 GTCTAAGATGGTTTTGAACAGCGATGATGAGAAAGACGCTGTGGAGACAATCTTTGCTAG 1144
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1040 GTCTAAGATGGATTTAAACAGCGATGATGAGAAAGACGCTGTGGAGACAATCTTTACTAG 1099
Query 1145 TGCAATTGATATGCTTTCAGATGATGATAAAAAGCTACCTCAGGTGTCAAATATTTTACC 1204
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100 TGCAATTGATATGCTTTCAGATGATGATAAGAAGCTACCTCAGGTGTCAAATATTTTACC 1159
Query 1205 CATCTTGAAACGTGGTATAGGCGTTCATCATTCAGGACTGCTTCCAATTTTGAAAGAAGT 1264
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1160 CATCTTGAAACGTGGTATAGGCGTTCATCATTCAGGACTGCTTCCAATTTTGAAAGAAGT 1219
Query 1265 AATTGAGATATTATTTCAGGAAGGTCTTATTAAGTGTTTGTTTGCAACAGAGACATTTAG 1324
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 AATTGAGATATTATTTCAGGAAGGTCTTATTAAGTGTTTGTTTGCAACAGAGACATTTAG 1279
Query 1325 TATTGGATTGAACATGCCGGCAAAGACGGTTGTATTTACCAATGTACGTAAGTTTGATGG 1384
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 TATTGGATTGAACATGCCGGCAAAGACGGTTGTGTTTACCAATGTACGTAAGTTTGATGG 1339
Query 1385 AGACAAGTTCCGGTGGCTATCAAGTGGAGAGTACATACAGATGAGTGGTCGTGCCGGACG 1444
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1340 AGACAAGTTCCGGTGGCTATCAAGTGGAGAGTACATACAGATGAGTGGTCGTGCTGGACG 1399
Query 1445 TCGAGGTATTGACAAACGAGGTATCTGCATCCTCATGGTTGACGAGAAGATGGAACCCGC 1504
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1400 TCGAGGTATTGACAAACGAGGTATCTGCATCCTCATGGTTGACGAGAAAATGGAACCCGC 1459
Query 1505 TGTTGCTAAATCAATGCTCAAAGGAAGTGCTGATTCTTTGAACAGTGCCTTCCATTTGAG 1564
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1460 TGTTGCTAAATCAATGCTCAAAGGAAGTGCTGATTCTTTGAACAGTGCCTTCCATTTAAG 1519
Query 1565 CTATAACATGCTTCTAAATCAATTGCGGTGTGAAGAAGGTGATCCTGAGAATCTTCTGCG 1624
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 CTATAACATGCTTCTAAATCAGTTGCGGTGTGAAGAAGGTGATCCTGAGAATCTTCTGCG 1579
Query 1625 AAATTCGTTCTTTCAGTTTCAAGCTGATCGTGCTATACCTGATCTCGAGAAGCAAATAAA 1684
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1580 CAATTCGTTCTTTCAGTTTCAAGCTGACCGTGCTATACCTGATCTCGAGAATCAAATAAA 1639
Query 1685 ATCTCTGGAAGAAGAGAGAGACTCTTTGGTGATTGAAGAAGAAGAAAGCTTAAAAAATTA 1744
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1640 ATCCCTGGAAGAAGAGAGAGACTCTATGGTGATTGAAGAAGAAGAAAGCTTAAAAAATTA 1699
Query 1745 CTATAACCTGATTTTGCAATATAAGAGTCTGAAGAAGGATATACGTGAAATTGTGTTCAC 1804
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1700 CTATAACCTGATTTTGCAATATAAGAGTCTGAAGAAGGATATACGTAAAATTGTGTTCAC 1759
Query 1805 TCCAAAGTACTGCTTACCCTTTTTGCTGCCAAACAGAGCTGTTTGTCTCGATTGCACAAA 1864
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1760 TCCAAAGTACTGCTTACCCTTTTTGCTGCCAAACAGAGCTGTTTGTCTCGATTGCACAAA 1819
Query 1865 TGATGATGAAGAGCCACAATCATTCAGCATTGAAGACCAGGATACATGGGGAGTGATCAT 1924
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1820 TGATGATGAAGAGCCACAATCATTTAGCATTGAAGACCAGGATACATGGGGAGTGATAAT 1879
Query 1925 GAAATTTAACAAAGTCAAAAGTTTATCTGAAGATGATGATAGTAGAAGACCAGAGGATGC 1984
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1880 GAAATTTAACAAAGTCAAAAGCTTATCTGAAGATGATGATAATAGAAGACCGGAGGATGC 1939
Query 1985 AAACTACACCGTAGATGTGTTGACTAGATGTATGGTTAGCAAAGATGGCGTTGGCAAAAA 2044
||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1940 AAACTACTCTGTAGATGTATTGACTAGATGTATGGTTAGCAAAGATGGTGTTGGCAAAAA 1999
Query 2045 GAAAGTTAAGGCTGTGCCAATTAAGGAACGTGGTGAGCCTGTTGTGGTCACTGTTCCTTT 2104
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2000 GAAAGTTAAGGCTGTGCCAATTAAGGAACGTGGTGAGCCTGTTGTGGTCACTGTTCTTTT 2059
Query 2105 ATCGCAGATAAAGAGTTTAAGCAGTGCAATCATGAATATACCAAAAGATCTTGTACCTTT 2164
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2060 GTCTCAGATTAAGAGTTTAAGCAGTGCAATCATGAATATACCAAAAGATCTTGTACCACT 2119
Query 2165 GGAAGCTCGAGAGAATGCTCTGAAGAAGGTTTCTGAGTTACTCTCTAGACATCCCGATGG 2224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 2120 GGAAGCTCGAGAGAATGCTCTGAAGAAGGTTTCTGAGTTACTCGCTAGACATCCTGATGG 2179
Query 2225 AATACCCCTAGATCCTGAAGTTGATATGAAGATTAAGAGCAGCTCTTACAAAAAGACAGT 2284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2180 AATACCCCTAGATCCTGAAGTTGATATGAAGATTAAGAGCAGCTCTTACAAAAAGACAGT 2239
Query 2285 TCGGCGGCTGGAGGCTCTGGAAAACCTATTTGAAAAACACAAAATTGCAAAATCTCCACT 2344
||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 2240 TCGTCGGCTGGAGGCTCTGGAAAATCTTTTTGAAAAACACAAAATTGCGAAATCTCCCCT 2299
Query 2345 CATAACAGAAAAGTTGAAAGTTCTACAGATGAAGGAAGAGCTAATAGCCAAGATCAAGTC 2404
||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2300 CATAACAGAAAAGCTGAAAGTTCTACACATGAAGGAAGAGCTAACAGCCAAGATCAAGTC 2359
Query 2405 ACTTAAGAAAACTGTCCGATCGTCAACAGCATTGGCGTTTAAAGATGAACTCAAGGCCAG 2464
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2360 ACTTAAAAAAACTGTCCGATCATCAACAGCATTGGCGTTTAAAGATGAACTCAAAGCCAG 2419
Query 2465 AAAGCGTGTTTTACGAAGGCTAGGATACATCACTAGTGATAATGTCGTGGAGTTGAAGGG 2524
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2420 AAAGCGTGTTTTACGAAGACTAGGATACATCACTAGTGATAATGTCGTGGAGTTGAAGGG 2479
Query 2525 TAAGGTTGCATGTGAAATCAGTAGTGCAGAAGAATTGACATTAACGGAGTTAATGTTCAG 2584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2480 TAAGGTTGCATGTGAAATCAGTAGTGCAGAAGAATTGACATTAACGGAGTTAATGTTCAG 2539
Query 2585 TGGTATCTTCAAGGATGCAAAGGTGGAGGAGTTGGTTTCGCTCCTCTCTTGCTTTGTATG 2644
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2540 TGGTATCTTCAAGGATGCAAAGGTGGAGGAGTTGGTTTCGCTTCTCTCTTGCTTTGTGTG 2599
Query 2645 GCGAGAGAGACTCCCCGACGCTGCTAAACCCAGAGAAGAACTCGACTTGCTCTTCATACA 2704
|||||||||| |||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2600 GCGAGAGAGAGTCCCTGATGCCGCTAAACCTAGAGAAGAACTCGACTTGCTATTCATACA 2659
Query 2705 GTTACAAGACACAGCCAGGCGTGTAGCTGAAGTTCAGCTTGACTGCAAGGTCGAAATAGA 2764
|||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2660 GTTACAGGACACAGCCAGGCGTGTTGCTGAACTTCAGCTTGACTGCAAGGTCGAAATCGA 2719
Query 2765 CGTGGAGAGTTTTGTGCAGTCTTTCAGACCTGATATAATGGAGGCGGTGTATGCTTGGGC 2824
|||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2720 TGTGGAGAGTTTTGTTCAATCGTTCAGACCAGATATAATGGAGGCGGTGCATGCTTGGGC 2779
Query 2825 AAAAGGGTCCAAATTCTATGAGGTCATGGAGATTGCTCGTGTTTTCGAAGGGAGCTTGAT 2884
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2780 AAAAGGGTCGAAATTCTATGAGGTCATGGAGATTGCTCGTGTTTTCGAAGGGAGCTTGAT 2839
Query 2885 CAGAGCGATAAGGAGAATGGAGGAAGTTCTGCAACAGCTCATAGTAGCTGCAAAATCTAT 2944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2840 CAGAGCGATAAGGAGAATGGAGGAAGTTCTGCAACAGCTCATAGTAGCTGCAAAATCTAT 2899
Query 2945 AGGAGAAACACAGCTTGAAGCTAAACTAGAAGAAGCTGTTTCCAAGATCAAAAGAGACAT 3004
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2900 AGGAGAAACACAGCTTGAAGCTAAACTAGAAGAAGCTGTTTCCAAGATCAAAAGAGACAT 2959
Query 3005 TGTATTCGCGGCGTCTCTCTACTTGTGATGTCGTG--CTTATTTCATC 3050
|||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2960 TGTATTTGCAGCGTCTCTCTACTTGTGATGTCGTGTGCTTATCTCATC 3007
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119298647340
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5