BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G59760.1 Length=3158 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg925100 jgi|Araly1|925100|scaffold_200661.1 4918 0.0 > Ahg925100 jgi|Araly1|925100|scaffold_200661.1 Length=3007 Score = 4918 bits (2663), Expect = 0.0 Identities = 2880/2988 (96%), Gaps = 2/2988 (0%) Strand=Plus/Plus Query 65 CATGGGTTCCGTGAAGAGAAAATCAGTGGAGGAATCTTCTGATTCTGCTCCGCCGCAAAA 124 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 20 CATGGGTTCCGTGAAGAGAAAATCAGTGGAGGTATCTTCTGATTCTGCTCCGCCGCAAAA 79 Query 125 GGTTCAGAGAGAAGACGATTCCACCCAAATCATCAACGAAGAGCTAGTTGGTTGCGTTCA 184 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| Sbjct 80 GGTTCAGAGAGAAGACGATTCCTCCCAAATCATCAACGAAGAGCTTGTGGGTTGCGTTCA 139 Query 185 CGATGTTTCCTTCCCTGAAAATTACGTTCCTCTTGCTCCCTCCGTTCACAATAAACCACC 244 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| Sbjct 140 CGATGTTTCCTTCCCTGAAAATTACGTTCCTCTTGCTCCCTCCGTCCACGCGAAACCACC 199 Query 245 AGCTAAAGATTTCCCCTTTACACTTGACTCCTTCCAATCTGAAGCTATCAAGTGTCTCGA 304 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 200 GGCTAAAAATTTCCCCTTTACACTTGACTCCTTCCAATCTGAAGCTATCAAGTGTCTCGA 259 Query 305 TAATGGCGAGTCAGTCATGGTTTCAGCTCATACATCAGCTGGTAAAACTGTTGTGGCGTC 364 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 260 TAATGGCGAATCAGTCATGGTTTCAGCTCATACATCAGCTGGTAAAACTGTTGTGGCGTC 319 Query 365 GTATGCTATTGCCATGTCTTTGAAGGAAAACCAGAGAGTTATTTACACTTCTCCTATAAA 424 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| Sbjct 320 CTATGCTATTGCCATGTCTTTGAAGGAAAACCAGAGGGTTATTTATACTTCTCCTATAAA 379 Query 425 GGCACTTAGTAATCAGAAGTACAGAGATTTTAAAGAAGAGTTTTCTGATGTTGGTTTGAT 484 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 380 GGCACTTAGTAATCAGAAGTACAGAGATTTTAAAGAAGAGTTTTCTGATGTTGGTTTGAT 439 Query 485 GACTGGGGATGTGACTATCGATCCTAATGCCTCTTGTCTTGTCATGACTACGGAGATTTT 544 |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || Sbjct 440 GACTGGGGATGTCACTATTGATCCTAATGCCTCTTGCCTTGTCATGACCACGGAGATCTT 499 Query 545 GCGTAGTATGCAGTATAAAGGGTCAGAGATTATGCGGGAGGTTGCGTGGATTATTTTTGA 604 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 500 GCGTAGTATGCAGTATAAAGGGTCAGAGATTATGCGGGAGGTTGCCTGGATTATTTTTGA 559 Query 605 TGAGGTGCATTACATGCGTGATAGCGAAAGAGGTGTGGTTTGGGAAGAGAGTATTGTAAT 664 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 560 TGAGGTGCATTACATGCGAGATAGCGAAAGAGGTGTGGTTTGGGAAGAGAGTATTGTCAT 619 Query 665 GGCTCCGAAGAATTCTCGTTTTGTGTTTCTATCGGCAACAGTTCCCAATGCCAAGGAGTT 724 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 620 GGCTCCGAAGAATTCTCGTTTTGTGTTTCTATCTGCAACTGTTCCCAATGCCAAGGAGTT 679 Query 725 TGCTGATTGGGTTGCAAAGGTTCACCAACAACCATGTCACATTGTTTACACCGATTATCG 784 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 680 TGCTGATTGGGTTGCAAAGGTTCACCAACAACCATGCCACATTGTTTACACCGATTATCG 739 Query 785 GCCAACTCCACTTCAGCACTATGTCTTTCCTGCTGGAGGTAATGGACTTTACTTGGTTGT 844 ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 740 GCCGACTCCGCTTCAGCATTATGTCTTTCCTGCTGGAGGTAATGGACTTTACTTGGTTGT 799 Query 845 GGACGAAAAATCTAAATTTCATGAGGATAGCTTCCAGAAATCTCTCAACGCACTGGTTCC 904 ||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| Sbjct 800 GGATGAAAAGGCTAAATTTCACGAGGATAGCTTCCAGAAATCTCTTAACGCACTAGTTCC 859 Query 905 GACTAATGAGAGTGACAAGAAAAGAGATAATGGAAAGTTTCAAAAGGGATTAGTGATTGG 964 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || Sbjct 860 GACTAATGAGGGTGACAAGAAAAGAGATAATGGAAAGTCTCAAAAGGGATTAGTGATGGG 919 Query 965 AAAACTTGGTGAAGAAAGTGATATTTTCAAATTGGTGAAAATGATAATTCAGCGGCAATA 1024 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 920 AAAACTTGGTGAAGAAAGTGATATTTTCAAATTGGTGAAAATGATAATTCAGCGACAATA 979 Query 1025 TGATCCCGTGATTTTGTTCAGTTTCAGCAAAAAGGAATGCGAGGCACTTGCTATGCAGAT 1084 ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 980 TGATCCCGTAATTTTGTTTAGTTTCAGCAAAAAGGAATGCGAGGCACTTGCTATGCAGAT 1039 Query 1085 GTCTAAGATGGTTTTGAACAGCGATGATGAGAAAGACGCTGTGGAGACAATCTTTGCTAG 1144 ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1040 GTCTAAGATGGATTTAAACAGCGATGATGAGAAAGACGCTGTGGAGACAATCTTTACTAG 1099 Query 1145 TGCAATTGATATGCTTTCAGATGATGATAAAAAGCTACCTCAGGTGTCAAATATTTTACC 1204 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1100 TGCAATTGATATGCTTTCAGATGATGATAAGAAGCTACCTCAGGTGTCAAATATTTTACC 1159 Query 1205 CATCTTGAAACGTGGTATAGGCGTTCATCATTCAGGACTGCTTCCAATTTTGAAAGAAGT 1264 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1160 CATCTTGAAACGTGGTATAGGCGTTCATCATTCAGGACTGCTTCCAATTTTGAAAGAAGT 1219 Query 1265 AATTGAGATATTATTTCAGGAAGGTCTTATTAAGTGTTTGTTTGCAACAGAGACATTTAG 1324 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1220 AATTGAGATATTATTTCAGGAAGGTCTTATTAAGTGTTTGTTTGCAACAGAGACATTTAG 1279 Query 1325 TATTGGATTGAACATGCCGGCAAAGACGGTTGTATTTACCAATGTACGTAAGTTTGATGG 1384 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1280 TATTGGATTGAACATGCCGGCAAAGACGGTTGTGTTTACCAATGTACGTAAGTTTGATGG 1339 Query 1385 AGACAAGTTCCGGTGGCTATCAAGTGGAGAGTACATACAGATGAGTGGTCGTGCCGGACG 1444 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1340 AGACAAGTTCCGGTGGCTATCAAGTGGAGAGTACATACAGATGAGTGGTCGTGCTGGACG 1399 Query 1445 TCGAGGTATTGACAAACGAGGTATCTGCATCCTCATGGTTGACGAGAAGATGGAACCCGC 1504 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1400 TCGAGGTATTGACAAACGAGGTATCTGCATCCTCATGGTTGACGAGAAAATGGAACCCGC 1459 Query 1505 TGTTGCTAAATCAATGCTCAAAGGAAGTGCTGATTCTTTGAACAGTGCCTTCCATTTGAG 1564 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1460 TGTTGCTAAATCAATGCTCAAAGGAAGTGCTGATTCTTTGAACAGTGCCTTCCATTTAAG 1519 Query 1565 CTATAACATGCTTCTAAATCAATTGCGGTGTGAAGAAGGTGATCCTGAGAATCTTCTGCG 1624 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1520 CTATAACATGCTTCTAAATCAGTTGCGGTGTGAAGAAGGTGATCCTGAGAATCTTCTGCG 1579 Query 1625 AAATTCGTTCTTTCAGTTTCAAGCTGATCGTGCTATACCTGATCTCGAGAAGCAAATAAA 1684 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1580 CAATTCGTTCTTTCAGTTTCAAGCTGACCGTGCTATACCTGATCTCGAGAATCAAATAAA 1639 Query 1685 ATCTCTGGAAGAAGAGAGAGACTCTTTGGTGATTGAAGAAGAAGAAAGCTTAAAAAATTA 1744 ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1640 ATCCCTGGAAGAAGAGAGAGACTCTATGGTGATTGAAGAAGAAGAAAGCTTAAAAAATTA 1699 Query 1745 CTATAACCTGATTTTGCAATATAAGAGTCTGAAGAAGGATATACGTGAAATTGTGTTCAC 1804 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1700 CTATAACCTGATTTTGCAATATAAGAGTCTGAAGAAGGATATACGTAAAATTGTGTTCAC 1759 Query 1805 TCCAAAGTACTGCTTACCCTTTTTGCTGCCAAACAGAGCTGTTTGTCTCGATTGCACAAA 1864 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1760 TCCAAAGTACTGCTTACCCTTTTTGCTGCCAAACAGAGCTGTTTGTCTCGATTGCACAAA 1819 Query 1865 TGATGATGAAGAGCCACAATCATTCAGCATTGAAGACCAGGATACATGGGGAGTGATCAT 1924 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1820 TGATGATGAAGAGCCACAATCATTTAGCATTGAAGACCAGGATACATGGGGAGTGATAAT 1879 Query 1925 GAAATTTAACAAAGTCAAAAGTTTATCTGAAGATGATGATAGTAGAAGACCAGAGGATGC 1984 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| Sbjct 1880 GAAATTTAACAAAGTCAAAAGCTTATCTGAAGATGATGATAATAGAAGACCGGAGGATGC 1939 Query 1985 AAACTACACCGTAGATGTGTTGACTAGATGTATGGTTAGCAAAGATGGCGTTGGCAAAAA 2044 ||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1940 AAACTACTCTGTAGATGTATTGACTAGATGTATGGTTAGCAAAGATGGTGTTGGCAAAAA 1999 Query 2045 GAAAGTTAAGGCTGTGCCAATTAAGGAACGTGGTGAGCCTGTTGTGGTCACTGTTCCTTT 2104 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2000 GAAAGTTAAGGCTGTGCCAATTAAGGAACGTGGTGAGCCTGTTGTGGTCACTGTTCTTTT 2059 Query 2105 ATCGCAGATAAAGAGTTTAAGCAGTGCAATCATGAATATACCAAAAGATCTTGTACCTTT 2164 || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2060 GTCTCAGATTAAGAGTTTAAGCAGTGCAATCATGAATATACCAAAAGATCTTGTACCACT 2119 Query 2165 GGAAGCTCGAGAGAATGCTCTGAAGAAGGTTTCTGAGTTACTCTCTAGACATCCCGATGG 2224 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| Sbjct 2120 GGAAGCTCGAGAGAATGCTCTGAAGAAGGTTTCTGAGTTACTCGCTAGACATCCTGATGG 2179 Query 2225 AATACCCCTAGATCCTGAAGTTGATATGAAGATTAAGAGCAGCTCTTACAAAAAGACAGT 2284 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2180 AATACCCCTAGATCCTGAAGTTGATATGAAGATTAAGAGCAGCTCTTACAAAAAGACAGT 2239 Query 2285 TCGGCGGCTGGAGGCTCTGGAAAACCTATTTGAAAAACACAAAATTGCAAAATCTCCACT 2344 ||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| || Sbjct 2240 TCGTCGGCTGGAGGCTCTGGAAAATCTTTTTGAAAAACACAAAATTGCGAAATCTCCCCT 2299 Query 2345 CATAACAGAAAAGTTGAAAGTTCTACAGATGAAGGAAGAGCTAATAGCCAAGATCAAGTC 2404 ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2300 CATAACAGAAAAGCTGAAAGTTCTACACATGAAGGAAGAGCTAACAGCCAAGATCAAGTC 2359 Query 2405 ACTTAAGAAAACTGTCCGATCGTCAACAGCATTGGCGTTTAAAGATGAACTCAAGGCCAG 2464 |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2360 ACTTAAAAAAACTGTCCGATCATCAACAGCATTGGCGTTTAAAGATGAACTCAAAGCCAG 2419 Query 2465 AAAGCGTGTTTTACGAAGGCTAGGATACATCACTAGTGATAATGTCGTGGAGTTGAAGGG 2524 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2420 AAAGCGTGTTTTACGAAGACTAGGATACATCACTAGTGATAATGTCGTGGAGTTGAAGGG 2479 Query 2525 TAAGGTTGCATGTGAAATCAGTAGTGCAGAAGAATTGACATTAACGGAGTTAATGTTCAG 2584 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2480 TAAGGTTGCATGTGAAATCAGTAGTGCAGAAGAATTGACATTAACGGAGTTAATGTTCAG 2539 Query 2585 TGGTATCTTCAAGGATGCAAAGGTGGAGGAGTTGGTTTCGCTCCTCTCTTGCTTTGTATG 2644 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || Sbjct 2540 TGGTATCTTCAAGGATGCAAAGGTGGAGGAGTTGGTTTCGCTTCTCTCTTGCTTTGTGTG 2599 Query 2645 GCGAGAGAGACTCCCCGACGCTGCTAAACCCAGAGAAGAACTCGACTTGCTCTTCATACA 2704 |||||||||| |||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2600 GCGAGAGAGAGTCCCTGATGCCGCTAAACCTAGAGAAGAACTCGACTTGCTATTCATACA 2659 Query 2705 GTTACAAGACACAGCCAGGCGTGTAGCTGAAGTTCAGCTTGACTGCAAGGTCGAAATAGA 2764 |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2660 GTTACAGGACACAGCCAGGCGTGTTGCTGAACTTCAGCTTGACTGCAAGGTCGAAATCGA 2719 Query 2765 CGTGGAGAGTTTTGTGCAGTCTTTCAGACCTGATATAATGGAGGCGGTGTATGCTTGGGC 2824 |||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2720 TGTGGAGAGTTTTGTTCAATCGTTCAGACCAGATATAATGGAGGCGGTGCATGCTTGGGC 2779 Query 2825 AAAAGGGTCCAAATTCTATGAGGTCATGGAGATTGCTCGTGTTTTCGAAGGGAGCTTGAT 2884 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2780 AAAAGGGTCGAAATTCTATGAGGTCATGGAGATTGCTCGTGTTTTCGAAGGGAGCTTGAT 2839 Query 2885 CAGAGCGATAAGGAGAATGGAGGAAGTTCTGCAACAGCTCATAGTAGCTGCAAAATCTAT 2944 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2840 CAGAGCGATAAGGAGAATGGAGGAAGTTCTGCAACAGCTCATAGTAGCTGCAAAATCTAT 2899 Query 2945 AGGAGAAACACAGCTTGAAGCTAAACTAGAAGAAGCTGTTTCCAAGATCAAAAGAGACAT 3004 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2900 AGGAGAAACACAGCTTGAAGCTAAACTAGAAGAAGCTGTTTCCAAGATCAAAAGAGACAT 2959 Query 3005 TGTATTCGCGGCGTCTCTCTACTTGTGATGTCGTG--CTTATTTCATC 3050 |||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 2960 TGTATTTGCAGCGTCTCTCTACTTGTGATGTCGTGTGCTTATCTCATC 3007 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 119298647340 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5