BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G59820.1
Length=4184
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475328 jgi|Araly1|475328|fgenesh2_kg.2__458__AT1G59820.1 6636 0.0
> Ahg475328 jgi|Araly1|475328|fgenesh2_kg.2__458__AT1G59820.1
Length=4144
Score = 6636 bits (3593), Expect = 0.0
Identities = 4002/4190 (96%), Gaps = 65/4190 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 9 aaaattttcaaaaacatttaattttaattttaatttcaagcc-----aaattCGGGAGCG 63
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||
Sbjct 2 AAAATTTTCAAAAACATTTAATTTTAATTTTTATTTCAAGCCAAAGAAAAGAAGGGAGCG 61
Query 64 ACTTTCCAAAGACGAACAAAGCCATTGAAACGGAAGAGAAGGCTGCTCCTTTGGTCCTCT 123
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 62 ACTTTCCAAAGACGAAC-AAGCCATTGAAACGGAAGAGAAAGCTGCTCCTTTGGTCCTCT 120
Query 124 CTGTTTCTACCGTCGATTCAGATCTCTGCCTCTCGCAATCGA-ATCAATTTGTGTAACGA 182
||||||||| ||||| | | | | ||| | || | ||| | | | | |
Sbjct 121 CTGTTTCTA-----GATTC-CA-C-C-G----TCG-ATTC-AGATCTCTACCT-TGCCCA 164
Query 183 ATCGACGCGAATTATAGTGGTGAAGAAGTCGA--C-AATTCGATTGTTGTGTAAGTTGAC 239
||||| | || | ||| ||| | ||| |||| | || | || || ||| ||| | |
Sbjct 165 ATCGAATC-AA-T-TAG-GGTTACGAA-TCGACGCGAA-T-AATAGTGGTG-AAGAAGTC 216
Query 240 GAGAGGATTGGATCG-GTGTGAATTCCTCCTAAATGGTTCGATCGGGTAGTTTTAGCGTC 298
||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 217 --GAGGATTGGATCGAG-GTGAATCCCTCTTAAATGGTTCGATCGGGTAGTTTTAGCGTT 273
Query 299 GATTCTTCGGCGACTCATCAACGGACTCCGTCTCGAACGGTTACGTTGGGTCATATTCAA 358
||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 274 GATTCGTCCGCGACTCATCGTCGGACTCCGTCTCGAACGGTGACGTTGGGTCATATTCAA 333
Query 359 CCACAGGCTCCGACTTATCGTACCGTTTATTGTAATGATCGGGAATCTAATCAACCCGTC 418
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 334 CCTCAGGCTCCGACTTATCGTACCGTTTATTGTAATGATCGAGAGTCTAATCAACCCGTC 393
Query 419 CGGTTCAAGG------GTAATTCGATTTCTACAACAAAGTATAATGTTTTCACATTTCTG 472
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 394 CGGTTCAAGGTACACCGGAATTCGATTTCTACAACAAAGTATAATGTTTTCACATTTCTG 453
Query 473 CCCAAGGGTCTGTTTGAACAGTTTAGGCGCATAGCGAACATATACTTTCTTGGAATTTCG 532
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 454 CCCAAGGGTTTGTTTGAACAGTTTAGGCGCATAGCGAACATATACTTTCTTGGAATTTCG 513
Query 533 TGTCTATCAATGACACCAATAAGTCCTGTGAGTCCAATAACAAATGTAGCTCCACTGTCA 592
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 514 TGTCTATCAATGACACCAATCAGTCCTGTGAGTCCAATAACAAATGTAGCTCCACTGTCA 573
Query 593 ATGGTGCTTCTTGTTTCTCTGATTAAAGAGGCTTTCGAAGACTGGAAACGGTTTCAAAAT 652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 574 ATGGTGCTTCTTGTTTCTCTGATTAAAGAGGCTTTCGAAGACTGGAAACGGTTTCAAAAT 633
Query 653 GATATGTCCATAAATAATAGCACAGTGGAAATCTTACAAGATCAACAGTGGGTATCTATT 712
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 634 GATATGTCCATAAATAATAGCACAGTGGAGATCTTACAAGATCAACAGTGGGTATCTATT 693
Query 713 CCGTGGAGAAAGTTGCAAGTTGGAGATATTGTCAAGATaaaaaaaGATGGATTTTTCCCA 772
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 694 CCCTGGAGAAAGTTGCAAGTTGGAGATATTGTCAAGATAAAAAAAGATGGATTTTTCCCG 753
Query 773 GCAGATATTCTTTTCATGTCCAGTACTAATTCTGATGGTATCTGCTACGTTGAGACTGCA 832
||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 754 GCAGATATTCTTTTCCTGTCCAGCACTAATGCTGATGGTATCTGCTACGTTGAGACTGCA 813
Query 833 AACCTAGATGGAGAAACAAATTTGAAAATAAGAAAGGCACTTGAAAGGACATGGGATTAC 892
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 814 AACCTAGATGGAGAAACAAATTTAAAAATAAGAAAGGCCCTTGAAAGAACATGGGATTAC 873
Query 893 TTGGTACCAGAGAAAGCTTATGAGTTTAAAGGTGAAATTCAGTGTGAGCAACCAAACAAT 952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 874 TTGGTACCAGAGAAAGCTTATGAGTTTAAAGGTGAAATTCAGTGTGAGCAACCAAACAAT 933
Query 953 TCTCTGTACACTTTTACTGGGAACCTTGTAGTCCAAAAGCAGACGTTACCTCTCTCTCCG 1012
|||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 934 TCTCTGTACACTTTCACTGGGAACCTTATAGTCCAAAAGCAGACGTTACCTCTCTCTCCG 993
Query 1013 GACCAGCTTTTATTGCGTGGATGCAGTCTTAGGAACACAGAATACATAGTTGGAGCTGTA 1072
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 994 GACCAGCTTTTATTGCGTGGATGCAGTCTTAGGAATACAGAATACATAGTTGGAGCTGTA 1053
Query 1073 GTTTTTACTGGTCATGAGACGAAGGTGATGATGAATGCCATGAATGCTCCTTCCAAAAGA 1132
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1054 GTTTTTACTGGTCATGAGACGAAGGTGATGATGAATGCCATGAATGCTCCTTCCAAAAGA 1113
Query 1133 AGTACGCTGGAAAAGAAGCTTGACAAACTCATTATTACAATATTTTGTGTCCTTGTCACG 1192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1114 AGTACGCTGGAAAAGAAGCTTGACAAACTCATTATTACAATCTTTTGTGTCCTTGTCACA 1173
Query 1193 ATGTGTCTGATTGGAGCTATAGGCTGTTCAATTGTGACGGATCGTGAGGACAAATACTTG 1252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1174 ATGTGTCTGATTGGAGCTATAGGCTGTTCAATTGTGACGGATCGTGAGGACAAATACTTG 1233
Query 1253 GGTCTTCATAACTCAGATTGGGAATACCGCAATGGACTCATGATAGGATTTTTCACCTTT 1312
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1234 GGTCTTCATAAGTCAGATTGGGAATACCGTAATGGACTCATGATAGGGTTTTTCACCTTT 1293
Query 1313 TTCACGCTAGTCACTCTGTTCTCATCAATTATACCAATCTCCCTTTATGTTTCTATTGAG 1372
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1294 TTCACGCTAGTCACTCTGTTCTCATCAATTATACCAATCTCCCTTTATGTTTCTATTGAG 1353
Query 1373 ATGATCAAGTTTATCCAGTCGACCCAGTTTATCAACCGCGATCTTAATATGTATCATGCT 1432
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 1354 ATGATCAAGTTTATCCAGTCGACCCAGTTTATCAACCGAGATCTTAGTATGTATCATGCT 1413
Query 1433 GAAACAAATACCCCTGCCTCGGCCAGGACTTCTAATTTGAACGAGGAGCTTGGACAGGTG 1492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1414 GAAACAAATACCCCTGCCTCGGCCAGGACTTCTAATTTGAACGAGGAGCTTGGACAGGTG 1473
Query 1493 GAATACATATTTTCCGATAAAACCGGAACACTGACAAGAAATTTGATGGAGTTCTTCAAA 1552
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1474 GAATACATATTTTCTGATAAAACCGGAACGCTGACGAGAAATTTGATGGAGTTCTTCAAA 1533
Query 1553 TGTTCAATTGGAGGTGTAAGTTATGGATGTGGTGTCACTGAAATAGAAAAAGGAATCGCT 1612
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1534 TGTTCAATTGGAGGTATAAGTTATGGATGTGGTGTCACTGAAATAGAAAGAGGAATCGCT 1593
Query 1613 CAGCGTCATGGCTTAAAAGTTCAAGAGGAGCAAAGGTCCACGGGTGCAATAAGAGAAAAA 1672
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1594 CAGCGTCATGGCTTAAAAGTTCAAGAGGAGCAAAGGTCGACTGGTGCAATAAGAGAAAAA 1653
Query 1673 GGATTTAATTTTGATGATCCAAGGCTAATGCGGGGAGCTTGGAGAAACGAACCTAATCCT 1732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1654 GGATTTAATTTTGATGATCCAAGGCTAATGCGGGGAGCTTGGAGAAACGAACCTAATCCT 1713
Query 1733 GATCTTTGCAAGGAACTGTTTAGATGCCTGGCCATCTGTCACACTGTCCTTCCTGAAGGT 1792
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1714 GATCTTTGCAAGGAACTTTTTAGATGCCTGGCCATCTGTCACACTGTCCTTCCTGAAGGT 1773
Query 1793 GATGAGTCCCCTGAGAAGATTGTTTATCAAGCTGCATCTCCAGATGAAGCTGCCTTAGTT 1852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1774 GATGAGTCCCCTGAGAAGATTGTTTATCAAGCTGCATCTCCAGATGAAGCTGCCTTAGTT 1833
Query 1853 ACTGCTGCCAAGAATTTTGGATTCTTCTTTTATAGGCGTACTCCAACTATGGTGTATGTT 1912
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1834 ACTGCTGCCAAGAATTTTGGATTCTTCTTTTATAGGCGTACTCCTACTATGGTGTATGTT 1893
Query 1913 CGCGAGTCTCATGTGGAGAAGATGGGAAAGATTCAAGACGTGGCCTATGAGATCCTAAAC 1972
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1894 CGCGAGTCTCATGTGGAGAAGATGGGAAAGATTCAAGACGTGGCCTATGAGATCCTAAAT 1953
Query 1973 GTTCTCGAGTTCAACAGTACTAGGAAGCGCCAGTCTGTTGTATGTCGTTTCCCAGATGGA 2032
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1954 GTTCTCGAGTTCAACAGTACTAGGAAGCGCCAGTCTGTTGTATGTCGTTTCCCTGATGGA 2013
Query 2033 AGGCTTGTACTCTACTGTAAGGGCGCTGATAATGTTATCTTTGAGAGATTGGCTAATGGT 2092
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2014 AGGCTTGTACTCTACTGTAAGGGCGCTGATAATGTTATCTTTGAGAGATTGGCTAATGGT 2073
Query 2093 ATGGACGATGTTAGGAAAGTAACAAGAGAACATTTGGAACATTTTGGGTCTTCTGGATTG 2152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2074 ATGGACGATGTTAGGAAAGTAACAAGAGAACATTTGGAACATTTTGGGTCTTCTGGATTG 2133
Query 2153 CGTACCCTTTGCCTAGCCTATAAAGATTTAAATCCTGAAACCTATGATAGTTGGAATGAA 2212
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2134 CGTACCCTTTGCCTAGCCTATAAAGATTTAAACCCTGAAACCTATGATAGTTGGAATGAA 2193
Query 2213 AAGTTCATCCAAGCCAAATCTGCATTACGAGACCGTGAGAAGAAGTTAGATGAGGTGGCA 2272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2194 AAGTTCATCCAAGCCAAATCTGCATTACGAGACCGTGAGAAGAAGTTAGATGAGGTGGCA 2253
Query 2273 GAACTCATCGAGAAGGATCTTATCCTCATCGGATCAACTGCGATAGAAGACAAACTTCAG 2332
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2254 GAACTTATCGAGAAGGATCTTATCCTCATCGGATCAACTGCAATAGAAGACAAACTTCAG 2313
Query 2333 GAAGGGGTGCCTACCTGCATAGAAACATTATCAAGAGCTGGAATTAAGATCTGGGTGTTA 2392
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2314 GAAGGGGTCCCTACCTGCATAGAAACATTATCAAGAGCTGGAATTAAGATCTGGGTGTTA 2373
Query 2393 ACAGGGGACAAAATGGAAACGGCTATTAATATTGCATATGCATGCAACTTGATCAACAAT 2452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2374 ACAGGGGACAAAATGGAAACGGCTATTAATATTGCATATGCATGCAACTTGATCAACAAT 2433
Query 2453 GAAATGAAACAATTTGTCATTAGTTCTGAAACCGATGCAATCAGAGAAGCTGAAGAAAGG 2512
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2434 GAAATGAAACAATTTGTCATCAGTTCTGAAACGGATGCAATTAGAGAAGCTGAAGAAAGG 2493
Query 2513 GGTGATCAAGTTGAGATTGCTCGTGTTATCAAAGAAGAAGTAAAGAGGGAGCTGAAAAAG 2572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2494 GGTGATCAAGTTGAGATTGCTCGTGTTATCAAAGAAGAAGTAAAGAGGGAGCTGAAAAAG 2553
Query 2573 AGTCTTGAGGAAGCTCAACACTCTTTGCATACCGTAGCTGGACCAAAATTGTCTCTCGTT 2632
|| ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2554 AGCCTTGAAGAAGCTCAACACTCTCTGCATACAGTAGCTGGACCAAAATTGTCTCTCGTT 2613
Query 2633 ATTGATGGCAAGTGTTTAATGTATGCATTAGACCCGAGTTTACGCGTGATGCTGCTCAGC 2692
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2614 ATTGATGGAAAGTGTTTAATGTATGCATTAGACCCGAGTTTACGTGTGATGCTGCTCAGC 2673
Query 2693 TTGAGCTTGAACTGTACTTCAGTTGTATGCTGTCGTGTATCTCCGTTACAGAAAGCACAG 2752
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2674 TTGAGCTTGAACTGTACTTCAGTTGTATGCTGTCGTGTTTCTCCGTTACAGAAAGCACAG 2733
Query 2753 GTGACAAGCTTGGTGAGAAAAGGGGCACAAAAGATTACTCTTAGTATTGGTGATGGGGCC 2812
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2734 GTGACAAGTTTGGTGAGAAAAGGGGCACAAAAGATTACACTTAGTATTGGTGATGGGGCC 2793
Query 2813 AATGATGTTAGCATGATTCAAGCTGCTCATGTTGGTATAGGAATAAGTGGGATGGAGGGA 2872
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2794 AATGATGTTAGCATGATTCAAGCCGCTCATGTTGGTATAGGAATAAGTGGGATGGAGGGA 2853
Query 2873 ATGCAAGCTGTGATGGCTAGTGATTTTGCCATTGCTCAGTTCAGATTTCTTACAGATTTA 2932
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2854 ATGCAAGCTGTGATGGCTAGTGATTTTGCCATTGCTCAGTTCAGATTTCTTACAGATTTG 2913
Query 2933 CTTCTTGTCCATGGACGGTGGTCATATCTTAGAATCTGCAAGGTTGTCATGTATTTCTTC 2992
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2914 CTTCTTGTCCATGGACGGTGGTCATATCTTAGAATCTGCAAGGTTGTCATGTATTTCTTC 2973
Query 2993 TACAAGAATCTTACCTTCACTTTGACTCAGTTTTGGTTCACATTTCGAACTGGATTTTCT 3052
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2974 TACAAGAATCTGACCTTCACTTTGACTCAGTTTTGGTTCACATTTCGAACTGGATTTTCT 3033
Query 3053 GGGCAAAGGTTTTATGATGATTGGTTCCAGTCATTGTTTAATGTTGTATTTACAGCTCTT 3112
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3034 GGGCAAAGGTTCTATGATGATTGGTTCCAGTCATTGTTTAATGTTGTATTTACAGCTCTT 3093
Query 3113 CCTGTCATCGTCCTTGGGCTGTTTGAGAAGGATGTGAGTGCATCCCTTTCGAAAAGATAT 3172
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3094 CCTGTCATTGTCCTTGGGCTGTTTGAGAAGGATGTGAGTGCATCCCTTTCGAAAAGATAT 3153
Query 3173 CCAGAACTGTATAGAGAGGGAATACGTAACTCATTTTTCAAATGGAGAGTTGTAGCAGTA 3232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3154 CCAGAACTGTATAGAGAGGGAATACGTAACTCATTTTTCAAATGGAGAGTTGTAGCAGTA 3213
Query 3233 TGGGCTACTTCTGCTGTGTATCAGTCTCTTGTCTGCTATCTCTTTGTGACAACCTCATCT 3292
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 3214 TGGGCTTCTTCTGCTGTGTATCAGTCTCTTGTCTGCTATCTCTTCGTGACCACCTCATCT 3273
Query 3293 TTCGGTGCTGTAAATTCATCAGGCAAAGTATTTGGCCTCTGGGATGTTAGCACAATGGTC 3352
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3274 TTCGGTGCTGTAAATTCATCAGGCAAAGTATTTGGTCTCTGGGATGTTAGCACAATGGTG 3333
Query 3353 TTCACATGTCTGGTGATTGCTGTGAATGTGCGCATTCTTTTGATGAGCAATTCCATTACC 3412
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3334 TTCACATGTCTGGTGATTGCTGTTAATGTGCGCATTCTTTTGATGAGCAATTCCATTACC 3393
Query 3413 AGATGGCATTATATCACAGTCGGTGGGAGTATTCTTGCATGGCTCGTTTTTGCTTTCGTA 3472
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3394 AGATGGCATTATATCACAGTCGGTGGGAGTATTCTTGCATGGCTCGTTTTTGCTTTCATA 3453
Query 3473 TACTGCGGGATTATGACACCACATGATAGGAATGAAAATGTCTACTTTGTCATATATGTT 3532
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3454 TACTGCGGGATTATGACACCACATGATAGGAATGAAAATGTCTACTTTGTCATATATGTC 3513
Query 3533 CTGATGAGTACATTCTATTTCTACTTCACATTGTTGCTTGTTCCCATTGTCTCTCTTCTA 3592
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3514 CTGATGAGTACCTTCTATTTCTATTTCACATTGTTGCTTGTTCCCATTGTCTCTCTTCTA 3573
Query 3593 GGCGATTTCATCTTCCAAGGGGTGGAGAGATGGTTCTTCCCGTATGATTATCAGATCGTT 3652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3574 GGCGATTTCATCTTCCAAGGGGTGGAGAGATGGTTCTTCCCTTATGATTATCAGATCGTT 3633
Query 3653 CAAGAAATACATAGGCACGAGTCAGATGCAAGCAAGGCAGATCAGCTGGAGGTAGAGAAT 3712
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3634 CAAGAAATACATAGGCACGAGTCAGATGCAAGCAAGGCAGATCAGCTGGAGGTAGAGAAC 3693
Query 3713 GAGCTCACACCTCAAGAGGCGAGAAGCTATGCGATATCACAATTGCCTCGGGAGCTCTCA 3772
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 3694 GAGCTCACACCTCAAGAGGCGAGAAGCTATGCGATATCCCAGTTGCCTCGGGAGCTCTCA 3753
Query 3773 AAGCACACTGGGTTTGCGTTTGATTCACCAGGTTATGAATCTTTCTTTGCGTCTCAGTTA 3832
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3754 AAGCACACTGGGTTTGCGTTTGATTCACCAGGTTATGAATCCTTCTTTGCGTCTCAGTTA 3813
Query 3833 GGGATATACGCGCCACAGAAGGCGTGGGATGTGGCAAGGAGAGCCAGTATGAGATCACGG 3892
|| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3814 GGTATTTACGCACCACAGAAGGCGTGGGATGTGGCAAGGAGAGCCAGTATGAGGTCACGG 3873
Query 3893 CCAAAGGTACCGAAGAAGTAAAGATCCAATATATAACATATTATTGCTAATTGTCTTTGT 3952
|| ||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 3874 CCTAAGGTACCGAAGAAGTAAAGAACCGATATATAATATCTTATTGCTAATTGTCTTTGT 3933
Query 3953 ACATTTAGGCAATGTCATCGGCTTGGGGGGTTTTTGTTAGGGCCTTTAGTTCTAAAATAT 4012
||||||||||||||| | || || |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3934 ACATTTAGGCAATGT--T----TT------TT---GTTAGGGCCTTTAGTTTTAAAATAT 3978
Query 4013 ATGTAGAAAATATGCTTCATTTAGGTGTTTTATGTTTGTGTTTTGCTTTAAATGCCATTT 4072
||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3979 ATGTAGAAAATATACTTC-TT-AGGTGTTTTATGTTTGTGTTTTGCTTTAAATGCCATTT 4036
Query 4073 T-CATAGCTCCATT-TATGACTAATGTGGAGAGGCAAGGCGTTAGGAACCCAATACTTGT 4130
| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||| |
Sbjct 4037 TTCATAGCTCCATTATATGACTCATGTGGAGAGGCAAA-CATTAGGA-CCCAATACTTCT 4094
Query 4131 TCCCCATGTACATAAAATTGATTTTATTACACCTTTGAGTTTATTATTTC 4180
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 4095 TCCCCATGTACATAAATTTGATTTTATTACACCTTTGAGGTCATTATTTC 4144
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 158205330961
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5