BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G60140.1
Length=3146
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg925042 jgi|Araly1|925042|scaffold_200603.1 4231 0.0
> Ahg925042 jgi|Araly1|925042|scaffold_200603.1
Length=2626
Score = 4231 bits (2291), Expect = 0.0
Identities = 2512/2621 (96%), Gaps = 5/2621 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 229 CATGGTTTTTGGTTCCAACAATGGGGTCAAAATCATTTGGAAATCTATTAGACTTGGCCT 288
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1 CATGGTTTTTGGTTCGAATAATGGGGTCAAAATCATTTGGAAATCTATTAGACTTGGCTT 60
Query 289 CTGGGGATCTTTTGGACATTCCTCAGACTCCGAGATATCTTCCAAGAGTGATGACTGTTC 348
||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTGGGAATCTTTTGGACATTCCTCAGACACCGAGATCTCTTCCAAGAGTGATGACTGTTC 120
Query 349 CTGGCATTATCTCTGACGTTGATGGATATGGAATTAGTGATGGCGATTCAGATGTCATTT 408
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 121 CTGGCATCATCTCTGACGTTGATGGATATGGAATTAGTGATGGTGATTCAGATGTCATTT 180
Query 409 CATTACCTTGCCGTGAGCGGAAAATCATTGTGGCCAATTTTCTTCCTTTGAATGGTAAAA 468
| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CGTTACCTTGCCGCGAGCGGAAAATCATTGTGGCTAACTTTCTTCCTTTGAATGGTAAAA 240
Query 469 AGGATTCAGAAACTGGAAAGTGGAAATTCAGTCTCGACAATGATTCTCCCCTGTTACATC 528
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 241 GGGATTCAGAAACTGGAAAGTGGAAATTCAGCCTCGACAATGATTCTCCATTGTTACATC 300
Query 529 TCAAGGATGGTTTTTCTCCAGAGACTGAAGTCATTTATGTTGGATCGCTCAAGACGCATG 588
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 301 TCAAGGATGGTTTTTCTCCAGAGACGGAAGTCATTTATGTTGGATCGCTTAAGACGCATG 360
Query 589 TTGATGTTAGTGAGCAAGACGAGGTTTCCCATAATCTTTTTGAGGAATTCAATTGTGTAG 648
||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 361 TTGATCTTAGTGACCAAGACGAGGTTTCCCAAAATATTTTTGAGGAATTCAATTGTGTTG 420
Query 649 CGACTTTCCTCCCACAAGATGTGCATAAAAAATTCTACCTTGGCTTTTGTAAACAGCAAC 708
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 421 CGACTTTCCTCCCGCAAGATGTGCATAAAAAATTCTACCTTGGGTTTTGTAAACAGCAGC 480
Query 709 TATGGCCACTTTTCCATTACATGTTACCCATGTGTCCTGATCATGGTGAACGGTTTGATC 768
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 481 TATGGCCACTTTTCCACTACATGTTACCCATGTGCCCTGATCATGGTGAACGCTTTGATC 540
Query 769 GTGGTCTTTGGCAGGCATATGTTTCTGCCAACAAGATATTTGCAGATAAGGTAATGGGTG 828
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| |
Sbjct 541 GTGGTCTTTGGCAGGCATATGTTTCTGCCAACAAAATATTCGCGGATAAGGTGATGGGAG 600
Query 829 TGATTAATCTTGAAGAAGATTATATCTGGATTCATGACTATCATTTAATGGTTCTCCCAA 888
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 601 TGATTAATCTTGAGGAAGATTATATCTGGATTCATGACTATCATTTGATGGTGCTCCCAA 660
Query 889 CATTTTTGAGAAGGCGGTTTCACAGGGTTAAGCTTGGTTTCTTCCTCCACAGTCCATTCC 948
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 661 CATTTTTGAGAAGGCGTTTTCACAGGGTTAAGCTTGGTTTCTTCCTCCACAGTCCGTTTC 720
Query 949 CTTCTTCAGAAATTTATCGAACCTTACCTGTTCGAGAGGAACTACTAAGAGGGCTCTTAA 1008
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 721 CTTCTTCAGAAATTTATCGAACCTTACCTGTTCGAGAGGAACTACTGAGAGGGCTCTTAA 780
Query 1009 ATTGTGACTTAATTGGTTTTCACACGTTTGATTATGCACGGCATTTCTTGTCATGCTGCT 1068
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ACTGTGACTTAATTGGTTTTCACACCTTTGATTATGCACGGCATTTCTTGTCATGCTGCT 840
Query 1069 GTAGAATGCTTGGATTGGAGTATGAATCTAAGAGAGGGCATATTGCTCTTGACTACTTGG 1128
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GTAGAATGCTTGGATTGGAGTATGAATCTAAGAGAGGGCATATTGCTCTTGACTACTTGG 900
Query 1129 GACGTACAGTTTTTCTGAAGATTCTTCCTATAGGTATTCACATGGGAAGGCTGGAATCCG 1188
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 901 GCCGTACAGTTTTTCTGAAGATTCTTCCTATAGGTATTCACATGGGAAGGCTGGAATCTG 960
Query 1189 TTCTGAATCTTCCTGCTACAGCTGA-AAAGCTGAAAGAGATTCAAGAAAAGTATCGGGGT 1247
||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TTCTGAATCTTCCTGCTACAGCTGATAAA-CTGAAAGAGATTCAAGAAAAGTATCGGGGT 1019
Query 1248 AAAAAGATAATTCTCGGTGTTGATGACATGGATATATTCAAAGGTTTAAGTCTTAAAATT 1307
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AAAAAGGTCATTCTCGGTGTTGATGACATGGATATATTCAAAGGTTTAAGTCTTAAAATT 1079
Query 1308 TTGGCCTTTGAACACCTCCTTCAGCAATATCCTAGCATGCTAGGGAAAATAGTTCTTATT 1367
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TTGGCATTTGAACACCTCCTACAGCAATATCCTAGCATGCTAGGGAAAATAGTTCTTATT 1139
Query 1368 CAGATTGTGAACCCAGCCAGAGGCTCAGGTAAAGACGTTCAGGAAGCGAGGAAAGAAACG 1427
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 1140 CAGATTGTGAACCCGGCCAGAGGCTCAGGTAAAGACGTTCAAGAAGCGAAGAAAGAAACA 1199
Query 1428 TATGATACTGTTAAAAGAATCAACGAGCGTTATGGTTCACATGATTATGAGCCAGTGGTT 1487
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TATGATACTGTTAAAAGAATCAACGAGCGTTATGGTTCTCCTGATTATGAGCCAGTGGTT 1259
Query 1488 CTGATTGATCGCCCTGTTCCTCGGTTTGAGAAGTCTGCCTATTATGCCCTGGCAGAATGC 1547
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1260 CTGATTGATCGTCCTGTTCCCCGGTTTGAGAAGTCTGCCTATTATGCTTTGGCAGAATGC 1319
Query 1548 TGCATAGTCAATGCAGTGAGGGATGGGATGAACTTAGTTCCGTACAAGTACACTGTTTGT 1607
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1320 TGCATAGTCAATGCAGTGAGGGATGGGATGAACTTAGTTCCGTATAAGTACACTGTTTGT 1379
Query 1608 CGGCAGGGAACTCCTAGTATGAATAAGTCTTTGGGAGTAAGTGATGATT-TGCCTCGCAC 1666
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1380 CGGCAGGGAACTCCTAGCATGGATAAGTCTTTGGGAGTAAGTGATGATTCT-CCTCGCAC 1438
Query 1667 AAGCACCCTTGTTCTGTCCGAGTTCATTGGTTGCTCGCCTTCTCTAAGTGGTGCGATTAG 1726
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 AAGCACGCTTGTTCTGTCTGAGTTCATTGGTTGCTCGCCTTCTCTAAGTGGTGCGATTAG 1498
Query 1727 GGTTAATCCTTGGGACGTTGACGCGGTAGCCGATTCACTATATTCTGCTATTACCATGTC 1786
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1499 GGTTAATCCTTGGGACGTTGATGCGGTAGCCGATTCAATATATTCTGCTATCACCATGTC 1558
Query 1787 TGATTTTGAGAAGCAACTACGACATAAAAAACACTTTCACTACATTAGTACACATGATGT 1846
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TGATTTTGAGAAGCAACTACGACATAAAAAACACTTCCACTACATTAGTACACATGATGT 1618
Query 1847 GGGTTATTGGGCGCGCAGCTTTTCGCAGGATTTGGAGAGGGCATCTCGAGATCATTACAG 1906
|| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 GGCTTATTGGGCGCGCAGCTTTTCACAGGATTTGGAGAGGGCATCTCGAGATCATTACAG 1678
Query 1907 TAAACGGTGCTGGGGTGTGGGTTGGGGTTTGGGTTTCAGGCTTGTCGCTCTCTCTCCTAA 1966
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 TAAACGGTGCTGGGGTGTGGGTTGGGGTTTGGGTTTTAGGCTTGTCGCTCTCTCTCCTAA 1738
Query 1967 TTTCAGAAGGCTATCCATTGAGCAAACTGTTAGTGCTTACAGAAGATCGAGCAAGAGAGC 2026
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 TTTCAGAAGGCTATCCATTGAGCAAACTGTTAATGCTTACAGAAGATCGAGCAAGAGAGC 1798
Query 2027 AATATTTCTTGATTATGATGGTACTTTAGTTCCTGAGACCTCGATTGTAAAGGACCCAAG 2086
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||
Sbjct 1799 AATATTTCTTGATTATGATGGTACTTTAGTTCCGGAGTCCTCCATCGTAAAGGACCCAAG 1858
Query 2087 TGCTGAAGTTATATCTGCGTTGAAGGCACTGTGTAGTGATCCTAACAACACTATATTTAT 2146
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TGCTGAAGTTATATCTGCGTTGAAGTCACTGTGTAGTGATCCTAACAACACTATATTTAT 1918
Query 2147 TGTTAGCGGGAGGGGAAAAGTTTCTTTGAGCGAGTGGCTTGCGCCATGTGAGAATCTTGG 2206
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1919 TATTAGCGGGAGGGGAAAAGTTTCTTTGAGCGAGTGGCTTGCACCGTGTGAGAATCTTGG 1978
Query 2207 AATAGCGGCTGAACATGGTTACTTTACAAGGTGGAATAAGTCTTCTGACTGGGAAACAAG 2266
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1979 AATAGCGGCTGAACACGGTTACTTCACAAGGTGGAATAAGTCTTGTGACTGGGAAACAAG 2038
Query 2267 CGGCTTATCTGATGACCTTGAGTGGAAGAAAGTTGTGGAACCTATTATGAGACTTTATAC 2326
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2039 CGGCTTATCTGATGACCTTGAGTGGAAGAAAGTTGTGGAACCTATTATGAGACTATATAC 2098
Query 2327 AGAGACTACTGATGGATCCAATATAGAAGCAAAAGAGAGTGCTTTAGTCTGGCATCACCA 2386
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 AGAGACTACCGATGGATCCAATATAGAAGCAAAAGAGAGTGCTTTAGTCTGGCATCACCA 2158
Query 2387 AGATGCTGACCCAGACTTTGGTTCTTGTCAAGCCAAGGAACTACTGGACCATCTAGAAAC 2446
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 AGATGCTGACCCAGACTTTGGTTCTTGTCAAGCCAAGGAACTACTGGACCATCTAGAAAC 2218
Query 2447 TGTTCTTGTGAATGAACCAGTTATTGTGAACAGAGGCCACCAAATCGTTGAAGTTAAGCC 2506
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2219 CGTTCTTGTGAATGAACCGGTTATTGTTAACAGAGGCCACCAAATTGTTGAAGTTAAGCC 2278
Query 2507 TCAGGGAGTAAGCAAAGGGCTTGTCACCGGGAAAATTCTTAGCCGAATGCTTGAAGATGG 2566
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2279 TCAGGGAGTAAGCAAAGGTCTTGTCACTGGGAAAATTCTTAGCAGAATGCTTGAAGATGG 2338
Query 2567 GATAGCGCCAGATTTTGTGGTATGCATTGGGGATGATAGATCAGACGAGGAGATGTTTGA 2626
|| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 GAGAGCGCCGGATTTCGTTGTATGCATTGGGGATGATAGATCAGACGAGGAGATGTTTGA 2398
Query 2627 AAACATATCAACAACCCTCTCAGCTCAATCATCGTCAATGTCTACAGAGATATTCGCGTG 2686
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 GAACATATCAACAACCCTCTCAGCTCAATCATCGTCAATGTCTACAGAGATATTCGCGTG 2458
Query 2687 TACTGTGGGAAGAAAACCGAGCAAAGCCAAATACTTCCTCGATGAAGTAAGCGACGTGGT 2746
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2459 TACAGTGGGAAGAAAACCGAGTAAAGCCAAATACTTCCTCGATGAAGTAAGCGATGTGGT 2518
Query 2747 GAAGTTGCTTCAAGGACTTGCCAACACTTCGAGCCCAAAGCCTAGGTACCCTTCTCACCT 2806
|||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 GAAGCTGCTTCAAGGACTTGCCAGCACTACGAGCCCAAAGCCTAGGTACCCTTCTCACCT 2578
Query 2807 CAGAGTCTCCTTCGAAAGCGTGGTATGAGAAATCAGAGATC 2847
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 2579 CAGAGTCTCCTTCGAAAGCGTGGTATGAGAA-TCAAAGATC 2618
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118841564400
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5