BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G60160.1
Length=2700
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg925040 jgi|Araly1|925040|scaffold_200601.1 4074 0.0
> Ahg925040 jgi|Araly1|925040|scaffold_200601.1
Length=2531
Score = 4074 bits (2206), Expect = 0.0
Identities = 2406/2506 (96%), Gaps = 0/2506 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGGAAATTGAAGAAGGAAGCAGCAACAACAGCATAAGACGTGTTGGTACCGGAAGT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 26 ATGGAGGAAATTGAAGAAGGAAGCAGCAACAATAGCATAAGACGTGTTGGTACCGGAAGT 85
Query 61 AGTGACCGGAGATGGGTTGATGGAAGCGAGGTAGACTCTGAAACGCCGCTGTTTTCAGAA 120
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 86 AGTGACCGGAGATGGGTTGATGGAAGCGAGGTTGACTCTGAAACGCCGCTGTTTTCGGAA 145
Query 121 ATCAGAGATAGAGACTATAGTTTTGGGAATTTGAGGAGAAGATTAATGAAAAAACCCAAA 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||
Sbjct 146 ATCAGAGATAGAGACTATAGTTTTGGGAATTTGAGGAGAAGATTGATGAAAAAGCCTAAA 205
Query 181 AGAGCTGATTCTCTTGATGTTGAAGCTATGGAAATTGCAGGTTCTCATGGTCACAATCTC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 206 AGAGCTGATTCTCTTGATGTTGAAGCTATGGAAATTGCAGGTTCTCATGGTCACAATCTC 265
Query 241 AAGGATTTGTCACTTTTGACTACACTTGGAATAGCGTTTCAGACGTTAGGTGTTGTGTAT 300
|||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 266 AAGGATTTGTCACTTTTGGGTACACTTGGGATTGCGTTTCAGACGTTAGGTGTTGTGTAT 325
Query 301 GGTGATATGGGAACAAGTCCTTTGTATGTGTTCAGTGATGTGTTTAGTAAAGTTCCTATA 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 326 GGTGATATGGGAACAAGTCCTTTGTATGTGTTCAGTGATGTGTTTAGTAAAGTTCCTATA 385
Query 361 AGATCAGAAGTTGATGTTCTTGGAGCTTTGTCTCTCGTTATCTACACTATTGCTGTGATT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 386 AGATCAGAAGTTGATGTTCTTGGAGCTTTGTCTCTCGTTATCTACACTATTGCTGTGATT 445
Query 421 CCTTTGGCAAAGTATGTATTTGTAGTCCTTAAAGCTAACGACAATGGCGAAGGAGGGACA 480
||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 446 CCTTTAGCAAAGTATGTCTTTGTAGTTCTTAAAGCCAACGACAATGGCGAAGGAGGGACA 505
Query 481 TTTGCGTTGTATTCACTTATTTGTAGGTATGCAAAGGTGAATAAGCTGCCAAATCAACAA 540
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 506 TTTGCGTTGTATTCGCTAATTTGTAGGTATGCAAAGGTGAATAAGTTGCCAAATCAACAA 565
Query 541 CCTGCGGATGAGCAGATCTCGAGTTTTAGGCTTAAACTCCCAACTCCTGAGCTGGAAAGA 600
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 566 CCTGCAGATGAGCAGATCTCGAGTTTTAGGCTTAAACTCCCAACTCCTGAGTTGGAAAGA 625
Query 601 GCTCTGGGGATTAAAGAAGCTTTGGAGACAAAAGGGTATTTGAAAACTCTTCTTTTGCTT 660
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 626 GCTCTGTGGATTAAAGAAGCTTTGGAGACAAAAGGGTATTTGAAAACTCTTCTTTTGCTT 685
Query 661 TTAGTCCTAATGGGAACTTCCATGATTATTGGCGATGGAATTCTAACACCAGCTATGTCA 720
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 686 TTAGTACTAATGGGAACTTCCATGATTATTGGCGATGGAATTCTAACACCAGCTATGTCA 745
Query 721 GTGATGTCTGCAATGAGTGGTCTACAAGGTGAAGTTAAAGGATTTGGAACAAATGCATTG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 746 GTGATGTCTGCAATGAGTGGTCTACAAGGTGAAGTTAAAGGATTTGGAACAAATGCATTG 805
Query 781 GTTATGTCTTCGATTGTGATTCTCGTGGCTTTGTTCAGCATACAACGGTTTGGGACGGGT 840
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 806 GTTATGTTTTCTATTGTGATTCTCGTGGCTTTGTTCAGCATACAAGGGTTTGGGACGGGT 865
Query 841 AAAGTTGGTTTTCTATTTGCTCCAGTTCTGGCGCTCTGGTTCTTCTCTCTTGGTGCTATT 900
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 866 AAAGTTGGTTTTCTATTTGCGCCAGTTCTCGCGCTCTGGTTCTTCTCTCTCGGTGCTATT 925
Query 901 GGAATCTATAATCTGTTGAAGTATGACTTCACTGTCATAAGAGCACTAAACCCGTTTTAT 960
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 926 GGAATCTATAATCTGTTGAAGTACGACATCACTGTCATAAGAGCATTAAACCCGTTTTAC 985
Query 961 ATCGTTTTGTTCTTCAACAAGAATAGCAAACAGGCTTGGTCTGCTCTTGGTGGATGTGTC 1020
||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 986 ATCGTATTATTCTTCAATAAGAATAGCAAACAGGCTTGGTCTGCTCTTGGTGGATGTGTC 1045
Query 1021 TTATGCATAACAGGAGCTGAAGCAATGTTTGCAGATTTAGGACATTTCTCAGTTCGTTCT 1080
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 TTATGCATTACAGGAGCTGAAGCAATGTTTGCAGATTTAGGACATTTCTCAGTTCGTTCT 1105
Query 1081 ATACAGATGGCATTTACTTGCGTGGTGTTCCCATGCCTTCTCTTAGCTTACATGGGTCAA 1140
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106 ATACAGATGGCATTCACTTGCGTGGTGTTCCCATGCCTTCTCTTAGCTTACATGGGTCAA 1165
Query 1141 GCTGCTTATCTAACAAAGCATCCCGAGGCCTCAGCTCGCATATTCTATGATTCAGTTCCA 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1166 GCTGCTTATCTAACAAAGCATCCCGAGGCCTCGGCTCGCATATTCTACGATTCAGTTCCA 1225
Query 1201 AAGAGTTTGTTCTGGCCGGTGTTTGTGATTGCAACATTAGCTGCTATGATAGCTAGCCAA 1260
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1226 AAGAGTTTGTTCTGGCCAGTGTTTGTGATTGCGACATTAGCTGCGATGATAGCTAGCCAA 1285
Query 1261 GCCATGATCTCCGCGACTTTCTCATGCGTCAAACAAGCCATGGCTCTCGGTTGCTTTCCA 1320
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1286 GCCATGATCTCTGCGACTTTCTCATGTGTCAAACAAGCCATGGCTCTCGGTTGCTTTCCG 1345
Query 1321 AGGCTGAAGATAATCCACACTTCTAAGAAACGGATAGGTCAAATCTATATACCAGTTATC 1380
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || || |||
Sbjct 1346 AGGCTGAAGATAATCCACACTTCTAAAAAACGGATGGGTCAAATCTACATTCCGGTCATC 1405
Query 1381 AACTGGTTCTTGATGATCATGTGCATTCTTGTCGTCTCCATCTTCAGAAGCACAACCCAC 1440
|| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406 AATTGGTTCTTGATGATCATGTGCATACTCGTTGTCTCCATCTTCAGAAGCACAACCCAC 1465
Query 1441 ATTGCCAATGCTTACGGCATAGCAGAGGTAGGTGTAATGATGGTTAGCACAGTTTTGGTA 1500
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1466 ATCGCCAATGCTTATGGCATAGCAGAGGTAGGTGTGATGATGGTGAGCACAGTGTTGGTA 1525
Query 1501 ACTCTAGTGATGCTTCTTATTTGGCAAACCAATATATTTCTCGCCCTTTGCTTTCCCCTT 1560
|| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1526 ACACTAGTTATGCTTCTCATTTGGCAAACCAATATATTTCTCGCCCTTTGCTTTCCCCTT 1585
Query 1561 ATATTTGGATCAGTGGAGACCATTTACTTGCTAGCTGTTCTCACCAAGATATTGGAAGGC 1620
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1586 ATATTTGGATCAGTCGAGACCATTTACTTGCTTGCTGTTCTCACCAAGATCTTGGAAGGC 1645
Query 1621 GGTTGGGTTCCGCTAGTATTCGCCACTTTCTTCCTCACTGTAATGTACATTTGGAACTAC 1680
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1646 GGTTGGGTTCCGCTAGTATTCGCCACTTTCTTCCTCACTGTAATGTACATTTGGAACTAT 1705
Query 1681 GGAAGTGTACTCAAGTACCAAAGCGAGGTCAGGGAAAGAATCTCCATGGATTTTATGCGT 1740
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1706 GGAAGTGTGCTAAAGTACCAAAGCGAGGTCAGGGAAAGAATCTCCATGGATTTTATGCGT 1765
Query 1741 GAGCTCGGTTCAACTCTTGGGACCATTCGAATCCCTGGGATTGGACTCCTTTATAACGAG 1800
|||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1766 GAGCTCGGCTCAACTCTTGGAACTATTCGAATCCCCGGGATTGGACTCCTTTACAATGAT 1825
Query 1801 CTTGTCCAAGGTATACCTTCCATTTTTGGACAGTTCTTGCTCACTCTTCCTGCGATTCAC 1860
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1826 CTTGTCCAAGGCATACCTTCCATTTTTGGACAGTTCTTGCTCACTCTTCCTGCGATTCAC 1885
Query 1861 TCAACAATCATCTTTGTCTGCATCAAATATGTTCCTGTCCCGGTTGTTCCTCAAGAAGAG 1920
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1886 TCAACAATCATCTTTGTCTGCATCAAATATGTTCCTGTTCCGGTTGTTCCTCAAGAAGAG 1945
Query 1921 AGGTTCCTCTTCAGACGGGTTTGTCCTAAGGACTACCATATGTTCAGGTGCATTGCGAGG 1980
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1946 AGGTTCCTTTTCAGACGGGTATGTCCTAAGGACTACCATATGTTCAGGTGCATCGCGAGG 2005
Query 1981 TATGGTTACAAAGATGTCAGAAAAGAAGATTCTAGAGTCTTTGAACAGCTTCTTATTGAA 2040
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2006 TACGGTTACAAAGATGTCAGAAAAGAAGATTCTAGAGTCTTTGAACAGCTTCTTATTGAA 2065
Query 2041 AGTCTAGAGAAGTTCTTGAGATGTGAAGCATTAGAGGATGCTCTAGAGAGCACTCTGAAT 2100
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2066 AGTCTAGAGAAGTTCTTGAGATATGAAGCATTAGAGGATGCTCTAGAGAGCACTATGAAT 2125
Query 2101 GATTTTGATCCCGATAGAGTTTCCGTTGCAAGTGATACTTACACGGACGACCTCATGGCT 2160
||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 2126 GATTTAGATCCCGATAGGGATTCTGTTGCAAGTGATACGTACACAGACGACCTCATGGCT 2185
Query 2161 CCTCTCATCCACCGTGCAAAGCGTTCTGAGCCAGAGCAAGAGTTGGATTCAGAGGTTTTG 2220
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2186 CCTCTCATTCACCGTGCAAAGCGTTCTGAGCCAGAGCAAGAGTTGGATTCAGAGGTTTTG 2245
Query 2221 CCATCTTCAAGCGTAGGGTCGTCTATGGAGGAAGATCCAGCTCTGGAATATGAACTTGCG 2280
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2246 CCATCTTCAAGCGTAGGGACGTCGATGGAGGAAGATCCAGCTCTGGAATATGAGCTCGCG 2305
Query 2281 GCTTTGAGAGAAGCCACAGACTCGGGGCTAACGTATTTACTGGCTCATGGAGATGTAAGG 2340
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2306 ACTTTGAGAGAAGCCACAGACTCGGGGCTAACGTATCTACTGGCTCATGGAGATGTGAGG 2365
Query 2341 GCGAAGAAGAATTCGATTTTCGTGAAGAAGCTTGTGATTAATTACTTCTATGCGTTTCTA 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2366 GCGAAGAAGAATTCGATTTTCGTGAAGAAGCTTGTGATTAATTACTTCTATGCGTTTCTA 2425
Query 2401 AGGAGAAATTGCAGAGCTGGAGCTGCGAATCTCACTGTTCCTCATATGAACATCTTGCAA 2460
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2426 AGGAGGAATTGCAGAGCTGGGGCTGCGAATCTCACTGTTCCTCATATGAACATCTTGCAA 2485
Query 2461 GCTGGGATGACTTATATGGTCTAGTGTATGATTCTTTAGCTATACT 2506
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2486 GCTGGGATGACTTATATGGTCTAGTGTTTGATTCTTTAGCTATACT 2531
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 101853315130
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5