BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G60560.1
Length=2404
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg907410 jgi|Araly1|907410|Al_scaffold_0002_491 3397 0.0
> Ahg907410 jgi|Araly1|907410|Al_scaffold_0002_491
Length=2112
Score = 3397 bits (1839), Expect = 0.0
Identities = 2025/2116 (96%), Gaps = 8/2116 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 74 ATGGAAATAGTCGAATCAT-TAGAAGAGATTCCAGTGCAAAACCCACAAGTAGAAGACTT 132
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 1 ATGGAAATAGTCGAATC-TATAGAAGAGATTCCAGTGCAAAACCCACAAATAGAAGATTT 59
Query 133 TTCATGGGCTGATTTGACCTGGACCAAATTCGGAACATCAGAGCATCACGACCAAGTAGC 192
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 60 TTCATGGGCTGACTTAACCTGGACCAAATTCGGAACATCGGAGCATCACGACGAAGTAGC 119
Query 193 A-TTAGTTCCATACGCAAGAGTCGACGAATTCATCATCGGAGAATGCTCAAACGCAGAGT 251
| | | ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 ACTGA-TTCCATATGCAAGAGTCGACGAATTCATAATCGGAGAATGCTCAAACGCAGAGT 178
Query 252 GCCCTACACGATTCCACATCGAAAGAGGAAGAAAACGCTCTCGAGGCAGTCTCAAAGAGT 311
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 179 GCCCTACACGATTTCACATCGAAAGAGGAAGAAAACGTTCTCGAGGCAGCCTCAAAGAGT 238
Query 312 ACAAGAGCGACGAGTATTTGGAATATAGACTGTATTGGTGTTCATTTGGTCCTGAGAACT 371
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 239 ACAAGAGCGATGAGTATTTGGAATATAGACTGTATTGGTGTTCTTTTGGTCCTGAGAACT 298
Query 372 ATGGAGAAGGTGGTGGTGTGTTACCCAGTAGGAAATATCGTCTCAACACTAGAAATCGAG 431
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 ATGGAGAAGGTGGTGGTGTGTTGCCCAGTAGAAAATATCGTCTCAACACTAGAAATCGAG 358
Query 432 CTGCGAGACCTCAATCTATGAGAGGATGTACATGTCATTTTGTGGTTAAACGACTCTATG 491
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 359 CTGCGAGACCTCAATCTATGAGAGGATGTACTTGTCATTTTGTGGTGAAACGACTCTATG 418
Query 492 CTCGTCCTTCACTTGCGCTTCTTATATACAATGAGAGACGACATGTCAACAAAGCTGGGT 551
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 419 CTCGTCCTTCACTTGCGCTTCTTATATACAATGAGAGACGACATGTGAACAAAGCTGGGT 478
Query 552 TCGTTTGTCATGGACCTCTTGATAGAGATGCGATTGGTCCTGGTGCTAAGAAGATTCCTT 611
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 TTGTTTGTCATGGACCTCTTGATAGAGATGCTATTGGTCCTGGTGCTAAGAAGATTCCTT 538
Query 612 ATATATGTAATGAGATTCAGCAGCAAACTATGTCTATGATCTATCTTGGGATTCCTGAAG 671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 ATATATGTAATGAGATTCAGCAGCAAACTATGTCTATGATCTATCTTGGGATTCCTGAAG 598
Query 672 AAAACGTTTTGGAGAAACATATTGAAGGGATTCAGAGGTATTGTGGTTCTGATGCAACTG 731
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 AAAACGTTTTGGAGAAACATATTGAAGGGATTCAGAGGTATTGTGGTTCTGATGCAACTG 658
Query 732 TTGATAGTCTTGCCTCTCAGTATGTTCATAAACTTGGGATGATTATCAAACGTTCCACTC 791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TTGATAGTCTTGCCTCTCAGTATGTTCATAAACTTGGGATGATTATCAAACGTTCCACTC 718
Query 792 ATGAGCTGGATTTAGATGATCAAGCTAGTATCAAGATTTGGGCTGAGCGCAACAAGAAAT 851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 ATGAGCTGGATTTAGATGATCAAGCTAGTATCAAGATATGGGCTGAGCGCAACAAGAAAT 778
Query 852 CCATCTTCTTTTATCAGGAATCTTCGGAGACGGATCAGTTTATGTTGGGGATTCAAACGG 911
| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||
Sbjct 779 CAATCTTCTTTTATCAGGAATCTTCGGAAACGGATCAGTTCATGCTCGGGATTCAAACGG 838
Query 912 AGTGGCAGTTGCAGCAGCTTGTGCGTTTTGGGCATTGTAGTCTTGTTGCAGCTGATTCGA 971
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 839 AGTGGCAGTTGCAGCAGCTTGTGCGTTTTGGGCATTGTAGTCTTATTGCAGCTGATTTGA 898
Query 972 CTTTTGGGATAAAAAGACTTAAGTATCCTCTGTGCACGCTTCTTGTATTTGATTCAAGAC 1031
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 CATTTGGGATAAAGAGACTTAAGTATCCTCTGTGCACGCTTCTTGTATTTGATTCAAGAC 958
Query 1032 ATCATGCTCTCCCTGTCGCTTGGATTATCTCGCGTAGCTATTTGAAATCTGATGTTGA-G 1090
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 959 ATCATGCTCTCCCTGTCGCTTGGATTATCTCGCGTAGCTATTTGAAATCTGATGTT-ACG 1017
Query 1091 AAGTGGATGAAAATACTACTCCAACGCGCCCAGAGTGTTGAGCCTGGTTTCAAAATCAAT 1150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1018 AAGTGGATGAAAATACTACTCCAACGCGCCCAGAGTGTTGATCCTGGTTTCAAAATCAAT 1077
Query 1151 GGCTTTATCATTGACGATGCTGCAACGGAGACTGATCCCATAAGGGACACATTTTGTTGC 1210
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GGCTTTATCATTGACGATGCTGCAACAGAGATTGATCCCATAAGGGACACATTTTGTTGC 1137
Query 1211 CCCATCCTTTTCTCTCTCTGGCGTGTTCGTAGATCATGGCTTCGAAATGTTGTGAAGAAG 1270
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1138 CCCATCCTTTTCTCTCTCTGGCGTGTTCGTAGATCCTGGCTTCGGAATGTTGTGAAGAAG 1197
Query 1271 TGCGATAGCATTGAGGTTCAAAGAGATTTATTCAAATGTCTAGGAGAACTCGTGTACAGT 1330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 TGCGATAGCATTGAGGTTCAAAGAGATTTATTCAAATGTTTAGGAGAACTCGTGTACAGT 1257
Query 1331 ATTTGGGATGGAGTAGATACAACAAAGGCTTTAGAAAAGTTAACGCAGGATTTTGTTGAT 1390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 1258 ATTTGGGATGGAGTAGATACAACAAAGGCTTTAGAAAGGTTAACTCAGGATTTTGTTGAT 1317
Query 1391 CAAACCGCGTTCATGCAGTATTTCACATCCACTTGGTTGCCTAAAATAGGAATGTGGCTT 1450
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 CAAACCGCGTTCATGCAGTATTTCACATCCACTTGGTTGCCTAAAATAGGAATGTGGCTC 1377
Query 1451 TCAACTATGAAAAGTCTTCCGCTTGCAAGCCAAGAAGCATGTGGTGCGATAGAAGCTTAC 1510
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 TCAACTATGAAAAGTTTTCCTCTTGCAAGCCAAGAAGCATGTGGTGCGATAGAAGCTTAC 1437
Query 1511 CATATAAAGCTGAAAGTAAAATTGTTTGACGATACACACCTCGGTGCCCTTCAGAGAGTA 1570
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 CATATAAAGCTTAAAGTAAAATTGTTTGACGATACACACCTCGGTGCCCTTCAGAGAGTA 1497
Query 1571 GATTGGTTGGTACACAAGCTGACGACTGAACTTCATTCTAGTTATTGGCTTGATCGGTAT 1630
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GATTGGTTGGTACACAAGCTGACGACGGAACTCCATTCGAGTTATTGGCTTGATCGGTAT 1557
Query 1631 GCTGATGAAAGTGATTCTTTCCAGAATGTTAAAGAAGAATACATTGCTTCAACATCATGG 1690
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||
Sbjct 1558 GCTGATGAAAGTGATTCTTTCCAAAATGTTAAAGAAGAATACATTGCTTCTACTTCCTGG 1617
Query 1691 TACCGAGCGATG-GAGATTCCTGACTCTGCTGTTACACTAGACGAAAACAATATCCTTCT 1749
|| | ||| | |||||||| || || ||||||||||||||||||| || ||||| |
Sbjct 1618 CACAGGGCG-TCAGAGATTCCAGAATCCGCTGTTACACTAGACGAAAGTAACCTCCTTGT 1676
Query 1750 AGCGAAGGTTCAGTCTCAGAGAGATAGCGATGTAACACGAGTCGTGTGGAACCCAGGTTC 1809
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1677 TGCAAAGGTTCAGTCTCAGAGAGATAGCGATGTAACACGAGTTGTGTGGAACCCAGGTTC 1736
Query 1810 GGAGTTTGCTTTCTGTGATTGCACTTGGTCTTTGCAAGGAAATCTATGCAAACACATCAT 1869
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1737 GGAGTTTGCCTTCTGTGATTGTGCTTGGTCTTTGCAAGGAAATTTATGCAAACACATCAT 1796
Query 1870 AAAGGTAAATACAATGTGTGAAAACCGCGAAGGATATGGTGACTCAATGTCCTTGCGTTC 1929
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 AAAGGTAAATACAATGTGTGAAAACCGCCAAGGATATGGTGACTCAATGTCCTTGCGTTC 1856
Query 1930 CTTCAAAGAGAAACTGAGAAACATTAAGATGAAACCTATGGATGACTCGATAGCTTTGGA 1989
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1857 GTTCAAAGAGAAACTGAGAAACATAAAGATGAAACCTATGGATGACTCGATAGCCCTGGA 1916
Query 1990 TCTGTCGATGGCATTGACGCTGCAGATGTTTGATCAGATAAAGCAGTTGGTGCGATTAAG 2049
|||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 1917 TCTGTCAATGGCACTGACGCTGCAGATGTTTGATCAGATAAAGCAATTGGTGCAATTAAG 1976
Query 2050 CGGAACAAATGATATCAGCAATATAGTCAATGATTTGCCAGTGAAATGGGGTTGTAAGAA 2109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 CGGAACAAATGATATCAGCAATATAGTCAATGATTTGCCAGTGAAATGGGGTTGTAAGAA 2036
Query 2110 AGGCCGAACAACCATAGGCATTCCTGCATCTATTGCTGCCTTTACAAAGAAAAGAAGCCA 2169
|||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2037 AGGCCGAACAACCATAGGCATTCCTGCATCCATAGCTGCCTTTACAAAGAAAAGGAGTCA 2096
Query 2170 GAAAAGAAAGCGATAA 2185
|||| |||||||||||
Sbjct 2097 GAAACGAAAGCGATAA 2112
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90578602610
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5