BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G61010.1
Length=2390
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475225 jgi|Araly1|475225|fgenesh2_kg.2__355__AT1G61010.3 3591 0.0
> Ahg475225 jgi|Araly1|475225|fgenesh2_kg.2__355__AT1G61010.3
Length=2188
Score = 3591 bits (1944), Expect = 0.0
Identities = 2066/2126 (97%), Gaps = 4/2126 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 54 AATCGAGAAAGACGAAACATGGCTTCTTCTTCTACTTCTCTGAAAAGAAGAGAGCAACCA 113
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AATCGAGAAAGACGAAACATGGCTTCTTCTTCTGCTTCTCTGAAAAGAAGAGAGCAACCA 60
Query 114 ATTTCGCGAGATGGAGATCAACTTATCGTTACTCCGTTAGGAGCCGGAAGTGAAGTGGGT 173
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATTTCGCGAGATGGAGATCAACTTATAGTTACTCCTTTAGGTGCCGGAAGTGAAGTGGGT 120
Query 174 CGTTCCTGTGTTTACATGTCCTTCCGAGGCAAAAATATTCTGTTTGATTGTGGGATTCAT 233
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGTTCCTGTGTTTACATGTCCTTCAGAGGCAAAAATATTCTGTTTGATTGTGGGATTCAT 180
Query 234 CCTGCGTACTCGGGCATGGCTGCGTTGCCTTACTTCGATGAGATTGATCCTTCTTCCATT 293
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CCTGCGTACTCAGGCATGGCTGCGTTGCCTTACTTCGATGAGATTGATCCTTCTTCCATT 240
Query 294 GATGTCCTCTTGATTACTCACTTTCATATAGATCATGCAGCATCTCTACCTTATTTTCTG 353
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 241 GATGTCCTCTTGATTACTCACTTTCATATAGATCATGCAGCATCCCTACCTTATTTTCTG 300
Query 354 GAGAAGACGACATTCAATGGGCGGGTTTTCATGACACATGCAACAAAGGCCATCTACAAG 413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GAGAAGACGACATTCAATGGGCGGGTTTTCATGACACATGCAACAAAGGCCATCTACAAG 360
Query 414 CTGTTGCTTACAGATTATGTAAAAGTGAGCAAAGTGTCTGTGGAAGATATGTTGTTCGAT 473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTGTTGCTTACAGATTATGTAAAAGTGAGCAAAGTGTCTGTGGAAGATATGTTGTTCGAT 420
Query 474 GAACAAGACATCAACAAGTCTATGGACAAAATTGAGGTAATTGACTTCCATCAAACAGTT 533
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 421 GAACAAGATATCAACAAGTCCATGGACAAAATTGAGGTAATTGATTTCCATCAAACGGTT 480
Query 534 GAAGTGAATGGCATAAAGTTCTGGTGTTACACGGCAGGCCATGTTTTGGGTGCAGCCATG 593
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GAAGTAAATGGCATAAAGTTCTGGTGTTACACGGCAGGCCATGTTTTGGGTGCAGCCATG 540
Query 594 TTTATGGTGGATATAGCTGGTGTCCGAATCCTCTATACAGGCGACTATTCCCGTGAGGAA 653
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TTTATGGTGGATATAGCTGGTGTCCGGATCCTCTACACAGGCGACTATTCCCGTGAGGAA 600
Query 654 GACCGACATCTGAGAGCAGCTGAGCTTCCTCAATTCTCCCCTGACATATGCATCATTGAA 713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GACCGACATCTGAGAGCAGCTGAGCTTCCTCAATTCTCCCCTGACATATGCATCATTGAA 660
Query 714 TCCACTTCTGGTGTCCAGCTTCATCAATCTCGTCATATTCGTGAGAAACGCTTCACTGAT 773
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TCCACTTCTGGTGTCCAGCTTCATCAATCTCGTCATATTCGTGAGAAACGCTTCACTGAT 720
Query 774 GTAATCCATTCAACGGTTGCTCAGGGTGGACGTGTGCTGATCCCGGCTTTTGCACTGGGC 833
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 721 GTAATCCATTCAACGGTTGCTCAGGGCGGACGTGTGCTGATCCCGGCTTTTGCCCTGGGC 780
Query 834 CGTGCTCAGGAACTTCTCTTGATTCTT-GATGAATACTGGGCGAACCACCCAGATCTACA 892
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CGTGCTCAGGAACTTCTCTTGATT-TTAGATGAATACTGGGCGAACCACCCAGATCTACA 839
Query 893 CAATATCCCAATCTACTATGCATCACCACTCGCCAAAAAGTGTATGGCGGTTTACCAAAC 952
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CAATATCCCAATCTACTATGCATCACCGCTCGCCAAAAAGTGTATGGCGGTTTACCAAAC 899
Query 953 CTACATATTATCTATGAACGACAGAATCCGCAACCAGTTTGCAAATTCTAATCCGTTTGT 1012
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CTACATATTATCTATGAACGACAGAATCCGCAACCAGTTTGCAAATTCTAATCCGTTTGT 959
Query 1013 GTTCAAGCACATTTCTCCATTAAACAGCATCGATGATTTTAATGATGTCGGTCCATCTGT 1072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GTTCAAGCACATTTCTCCATTAAACAGCATCGATGATTTTAATGATGTCGGTCCATCTGT 1019
Query 1073 GGTAATGGCTACTCCTGGAGGTCTTCAAAGCGGTCTCTCAAGGCAACTCTTTGACAGCTG 1132
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GGTTATGGCTACTCCTGGAGGTCTTCAAAGCGGTCTCTCAAGGCAACTCTTTGACAGCTG 1079
Query 1133 GTGTTCAGATAAGAAGAATGCTTGTATCATACCAGGTTATATGGTGGAAGGTACACTGGC 1192
||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GTGTTCAGATAAGAAAAACGCTTGTATCATACCTGGTTATATGGTGGAAGGTACACTGGC 1139
Query 1193 CAAGACGATAATTAATGAACCAAAGGAGGTGACTCTTATGAATGGTCTTACTGCTCCGCT 1252
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1140 GAAGACGATAATTAATGAACCGAAGGAGGTGACTCTTATGAATGGTCTTACTGCTCCACT 1199
Query 1253 CAACATGCAAGTGCACTATATATCGTTCTCTGCTCATGCAGATTACGCGCAGACGAGCAC 1312
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CAACATGCAAGTGCACTATATCTCGTTCTCTGCTCACGCAGATTACGCGCAGACGAGCAC 1259
Query 1313 GTTCTTGAAAGAGCTCATGCCTCCTAACATCATCCTTGTTCACGGTGAAGCTAACGAGAT 1372
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1260 GTTCTTGAAAGAGCTCATGCCTCCTAACATCATCCTTGTTCATGGTGAAGCTAATGAGAT 1319
Query 1373 GATGAGGCTCAAACAGAAGCTCTTAACAGAGTTTCCTGATGGAAACACAAAGATCATGAC 1432
|||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GATGAGGCTCAAACAGAAACTCTTCACGGAGTTTCCTGATGGAAACACAAAGATCATGAC 1379
Query 1433 CCCGAAGAACTGTGAGTCAGTGGAAATGTATTTTAATTCTGAGAAATTGGCGAAAACCAT 1492
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CCCGAAGAACTGTGAGTCCGTTGAAATGTATTTTAATTCTGAGAAATTGGCGAAAACCAT 1439
Query 1493 TGGGAGATTGGCGG-AAAAGACACCTGATGTTGGCGATACAGTAAGCGGGATTCTGGTGA 1551
|||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1440 TGGGAGATTGGCGGGAAAA-ACACCCGATGTTGGCGATACAGTGAGCGGGATTCTGGTGA 1498
Query 1552 AGAAAGGGTTCACTTATCAGATAATGGCACCTGACGAACTCCATGTTTTCTCACAGCTAT 1611
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 AGAAAGGGTTCACTTATCAGATAATGGCACCTGATGAACTCCATGTTTTCTCACAGCTAT 1558
Query 1612 CAACAGCAACTGTAACTCAGCGAATTACAATCCCGTTTGTAGGAGCTTTTGGTGTGATAA 1671
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1559 CAACAGCAACTGTAACTCAGCGGATTACAATCCCGTTTGTAGGAGCTTTCGGTGTGATAA 1618
Query 1672 AACATCGCCTGGAGAAGATTTTCGAGAGCGTGGAATTTTCAACAGATGAGGAATCGGGGC 1731
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 AACATCGCCTCGAGAAGATTTTCGAGAGCGTGGAATCTTCAACAGATGAGGAATCGGGGC 1678
Query 1732 TTCCAGCACTGAAAGTTCATGAAAGAGTAACGGTGAAACAAGAGTCAGAGAAGCACATCT 1791
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 TTCCAGCACTGAAAGTACATGAAAGAGTAACGGTGAAACAAGAGTCAGAGAAGCACATCT 1738
Query 1792 CACTTCAGTGGTCATCAGATCCAATAAGTGACATGGTTTCAGACTCCATTGTAGCTCTGA 1851
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 CACTTCAGTGGTCATCAGATCCGATAAGTGACATGGTTTCAGACTCCATTGTAGCTCTGA 1798
Query 1852 TTCTCAACATCAGCCGAGAAGTCCCCAAGATCGTTATGGAAGAAGAAGATGCTGTGAAAT 1911
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TTCTCAACATTAGCCGCGAAGTCCCCAAGATCGTCGTGGAAGAAGAAGATGCTGTGAAAT 1858
Query 1912 CCGAGGAAGAGAACGGGAAGAAAGTTGAGAAAGTGATATACGCACTTCTTGTTTCGCTTT 1971
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1859 CCGAGGAAGAGAACGGGAAGAAAGTTGAGAAAGTGATATACGCACTTCTTGTGTCGCTCT 1918
Query 1972 TCGGGGATGTGAAACTAGGAGAAAACGGGAAACTGGTGATTAGGGTCGATGGCAATGTCG 2031
||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1919 TCGGGGATGTGAAACTAGGCGAGAATGGGAAACTTGTGATCAGAGTCGATGGCAATGTCG 1978
Query 2032 CTCAGCTGGATAAAGAGAGTGGAGAGGTAGAGAGTGAGCATTCAGGTCTTAAGGAAAGAG 2091
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 CTCAGCTCGATAAAGAGAGTGGAGAGGTAGAGAGTGAGCATTCAGGTCTTAAGGAAAGAG 2038
Query 2092 TGAGAGTAGCTTTTGAGCGGATTCAGAGCGCTGTGAAACCAATCCCTCTCTCAGCTTCTT 2151
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TAAGAGTAGCTTTTGAGCGGATTCAGAGCGCTGTGAAACCAATCCCTCTCTCAGCTTCTT 2098
Query 2152 AGTAGCTTTTTAAAGTCATCGTTGAG 2177
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 AGTAGCTTTTTAAAGTCATCGTTGAG 2124
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90045339180
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5