BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G61140.1
Length=4404
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475211 jgi|Araly1|475211|fgenesh2_kg.2__341__AT1G61140.1 6556 0.0
Ahg471244 jgi|Araly1|471244|fgenesh2_kg.1__1198__AT1G11100.1 564 2e-159
> Ahg475211 jgi|Araly1|475211|fgenesh2_kg.2__341__AT1G61140.1
Length=4353
Score = 6556 bits (3550), Expect = 0.0
Identities = 4133/4406 (94%), Gaps = 73/4406 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 CCCAACTGCTCTCTACCTTTCCTCGAAAATTCCTTCAAAACCCAATTCTCAAGCCTTCTT 66
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 CCCAACTGCTCTCTACCTTTCCTGGAAAATTCCTTCAAAACCCAATTCACAAGCCTTCTT 60
Query 67 CTTCGTCGTACCTGAAAATTCTAC-AATCTCTGGATCTACGCGTCTACTTCTGAATTTCG 125
| | || |||||||||||||| | ||||||||||||||| | || ||||||||||||||
Sbjct 61 C-T--TCATACCTGAAAATTCT-CAAATCTCTGGATCTACTCTTCAACTTCTGAATTTCG 116
Query 126 ATTTGGGTTTCCCGGGAGCTGAAATTCCGTGACTTTTGGGTTTTCTGATTTAGGGTTTGT 185
| |||||||| |||| || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 117 A-TTGGGTTTTCCGGTAGGT-AAATTCCGTGACTTTTGGGTTTTCCGATTTAGGGTTTG- 173
Query 186 TCCTCTTCTCGTTCTTTCTCGGGTTAGttttttttttttttttttGTGATTTTTGATGGG 245
| | | || || ||||| | | ||| | | | || |||||||
Sbjct 174 T--T-TAATC--TC-TTCTC------G---------TCCTTTCTCG-GGTTAGTGATGGG 211
Query 246 TGAGGAAGGTTCAATGTTTGGTCTGGGAGGTGAATTTC-CGGTTGATGATTGTGATGGTG 304
||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 212 TGAGGAAGGTTCAGTGTTTGGTATGGGAGATGAATTTCAC-GTTGATGATTGTGATGGTG 270
Query 305 GTTTTGAGTTTGAAGATGATGACGAGACTATTGACATCGAAACGCTTTATCGGATTCTAG 364
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 271 GTTTTGAGTTTGAAGATGATGACGAGACTATTGACATCGAAACGCTTTATCGGATTCTAG 330
Query 365 ATGAGAAGCCTGATTCTGCTGAGGGTAGCCAAGAAAACTTATCACCAGTTGGTTCATCTG 424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 331 ATGAGAAGCCTGATTCTGCTGAGGGTAGCCAAGAAAATTTATCACCAGTTGGTTCATCTG 390
Query 425 CTGACGAGCTCAAGGATTCACAGTTGCTAAATGGTTCATTTGATGAACATGTGAAAATGG 484
|||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 391 CTGACGAGCTCAAGGATTCACACTTGCAAAATGGTTCATTTGATGAACATGTGAAAATGG 450
Query 485 AAGCCGGGCTGAGTCCTTCACCTGCTCATACTTGCTCTGCAAGTCTTAAAGATTGGTTTT 544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 451 AAGCCGGGCTGAGTCCTTCACCTGCTCATACTTGCTCTGCAAGTCTTAAAGATTGGTTTT 510
Query 545 CGTTAAGTCAGGGTGAGCAGCCTGTGGAAACATGTGGAGTATCTCAATCTGAGATGACTA 604
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 511 CGTTAAGTCAGGGTGAGCAGCCTGTGGAAACATGTGGAGTATCTCAATCTGAGATGACTA 570
Query 605 GTTGTAGTATATCGTCTAGTTTCTCTGATCCTGATGGCAATATGATGGCCTTCAATCCTG 664
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 571 GTTGTAGTATATCGTCTAGTTTCTCTGATCATGATGGCAATATGATGGTCTTCAATCC-- 628
Query 665 TGA-ATTGTGACGTTGACACTGTTTCCAAGCAGGA-TGA-T---AAGATA-AT--CG-AT 714
||| | ||| | | || | | |||| | | ||| | || || || || |
Sbjct 629 TGACACTGTTTCCAAG-CA-AGATGACAAG-ATAATTGATTCCAAATTTACATCGCGCA- 684
Query 715 TCCAAATCTATGTTGACTCCATATTTTGACAACGTGACTGGATACGGAGTGGGGTTGGGA 774
|| | | ||| |||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 685 GCCCCA-CAATGGCGACTCCATATTTTGACGATGTGCCTGGATACGGAGTGGGGTTGGGA 743
Query 775 GCCAATCATAATTCGTCTGCCATGTCTGttttttttAATAATTCCAATTCCCTCAGTGAC 834
|||||||||||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 744 GCCAATCATAATTCCTCTGTCATGTCTGGTTTTTTAAATAATTCCAATTCTCTCAGTGAC 803
Query 835 AGTGCGGATAACTATGTCTCTTCTGCACAAGATTGCTACAATACAAGTGGTACATCCTTG 894
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 804 AGTGCGGATAACTATGTCTCTTCTGCACAAGATTGCTACAATACAAGTGGAACATCCTTG 863
Query 895 TCAGACCATACCCCCAATTCTGTTCAGAATTTCGCGTTTGAGTTCTTTCCTAATAAAGAA 954
||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 864 TCAGACCATACCCCCAATTTTGTCCAGAATTTCGCGTTTCAGTTCTTTCCTAATAAAGAA 923
Query 955 GAAGCTGTAAATGATGTTGAGAGTGGAGTAAGTGAGTCTCAGTCGGATGGTGCCAGCCGG 1014
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 924 GAAGCTGTAATTGATGTTGAGAGTGGAGTAAGTGAGTCTCAGTCGGATGGTGCCAGCCGG 983
Query 1015 ATGATTTTTGATAGACATGGAAGAGTGGATAATGGATCTTTAGAAAGGAAACCTCCTATT 1074
|||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 984 ATGATTTTTGATAGACATGGCAGAGTGGATCATGGATCTTTAGAAAGTAAACCTCCTATT 1043
Query 1075 GATTTTTCTAGTGCAAGAGGGATCAGTTTCAAGTTTGAAAGTAATCCTTCAGTTTCTCCT 1134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1044 GATTTTTCTAGTGCAAGAGGGATCAGTTTCAAGTTTGAAAGTAATCCTTCAGTTTCTCCT 1103
Query 1135 GCCTGTGTCAAACCCTACAACAGTTTTGACAGTCATTTAGCTGATAGTGACCTTGACCGG 1194
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1104 GCCTGTGTCAAACCGTACAACAGTTTTGACAGTCATTTAGCTGATAATGACCTTGACCGG 1163
Query 1195 CCTAATAATTATTCATGCAGTTTTCAGGATAATAAAACTGTTCATGTGAAGGTTAAACCA 1254
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1164 CCTGATAATTATTCAAGCAGTTTTCAGGATAATAAAGCTGTTCATGTGACGGTTAAACCA 1223
Query 1255 GAGGCTGAATCAGAGAAAGTTGTCTACAGTTCAGTTCCAGGGGAATTTAGTGTCAGGGAT 1314
|||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1224 GAGGTTGAGTCAGAGAAAGTGGTCTACAGTTCAGTTCCAGGGGAATATAGTGTCAGGGAC 1283
Query 1315 GATGCTTATCTTTCTGGAGAAACCAATCGTTGGTGGTCTGGTGCATCAAGCTCTGCAGTC 1374
||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1284 GATGCTTATGTTTCTGGAGAAACCAATCCTTGGTGGTCTGGTGCATCAAGCTCTGCAGCC 1343
Query 1375 TCCTATCAAACAGATATTGAAAAAGGATACTCATATATGGCACCGCAAACAGCTCTACCT 1434
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1344 TCCTATCAAACAGATATTGAGAAAGGATACTCGTATATGGCACATCAAACAGCTCTACCT 1403
Query 1435 AGCCAAGACAGTGGCAAGATAAGCTCCAATCATTTTTACGATTCAGATACATGTTTGCAA 1494
| ||||||||||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 1404 AACCAAGACAGTGGCGATAGAAGCTCCAATCATTTTTATGATTCAGATACATTTTTGCAA 1463
Query 1495 TATGTTGTAGAAGATCCCAGCCCAGTGACACAAAACAATGAGTATAAAGACTTTCAAATT 1554
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1464 TATGTTGCAGAAGATCCCAGCCCAGTGACACAAAGCAATGAGTATTTAGACTCTCAAATT 1523
Query 1555 CAACAAGGAGACCGGGAATATATTCAACCGAGGGGCATTGATTCTCAA-TTCTCAAATGC 1613
||||| | ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1524 ---CAAGGGGGCCGTGAATATGTTCAACCGAGGGGCATTGATTCT-AATTTCTCAAATGC 1579
Query 1614 CAGCTTTGAATCAGTTCAAAGCCATTCTTCAGAATGTATATCCGATAGTGATGATGATTC 1673
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1580 CAGCTTTGAATCAGTTCAAAGTCATTCTTCAGAATGTATATCCGATAGTGATGATGATTC 1639
Query 1674 TGACGTCTGCATAATAGAACCTTA-TGGTCAATCTGCAATCCCACATCGACCTCTAGCTA 1732
|||| |||| ||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1640 TGACATCTGTATAATAGAACC-TATTGGCCAATCTGCAATCCCACATCGACCTCTAGCTA 1698
Query 1733 TGAAAATGCCGGTAGTTTCTTCAGAATATTCTACAGTTAGTCATAATTTTAATCAATCTG 1792
|||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1699 TGAAAAAGCCGCTAGTTTCTTCAGAATATTCTACAGTTGGTCATAATTACAATCAATCTG 1758
Query 1793 GAGGCCTGAAGCTTCAGTCAAATAAAGAAAATATGATCTTTCAAGCTGCATTGCAGGATC 1852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1759 GAGGCCTGAAGCTTCAGTCAAATAAAGAAAATATGATCTTTCAAGCTGCATTGCAGGATC 1818
Query 1853 TCACTCAGCCTAATTCTGAAGCAATTCTGCCTGATGGTGTCTTGACAGTCCCGCTTCTGA 1912
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1819 TCACTCAGCCTAATTCTGAAGCAAGTCCGCCTGATGGTGTCTTGACAGTCCCGCTTCTGA 1878
Query 1913 GACATCAGCGAATCGCATTGTCATGGATGGCCCAGAAGGAGACAAGTGGCTTCCCCTGTT 1972
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 GACATCAGCGAATTGCATTGTCATGGATGGCCCAGAAGGAGACAAGTGGCTTCCCCTGTT 1938
Query 1973 CGGGTGGAATTCTTGCTGATGATCAGGGTCTTGGGAAGACAGTTTCCACTATAGCTCTTA 2032
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1939 CGGGAGGAATTCTTGCTGATGATCAGGGTCTTGGGAAGACAGTTTCCACTATAGCTCTTA 1998
Query 2033 TACTGAAGGAAAGGTCTAAACCTGCCCAAGCATGTGAAGAAAGTACGAAGAAAGAAATTT 2092
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1999 TACTGAAGGAAAGGTCTAAACCTGCCCAAACATGTGAAGAAAGTATGAAAAAAGAAATTT 2058
Query 2093 TTGACCTAGAAAGCGAGACTGGAGAATGTGCGCCTTTAAA-ACCCAGTGGAAGAAGCAAG 2151
||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||
Sbjct 2059 TTGACCTAGAAAGTGAGAGTGGAGAATGTGCACCTTTAAAGA-CCAGTGGAAGAAGTGAG 2117
Query 2152 CATTTTGAACACTCTCAATTGCTTTCCAATGAAAACAAAGTTGGTGGAGACAGTGTGGGT 2211
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 2118 CATTTTGAACACTCTCAATTGCTTTCCAATGAAAACAAAGTTGGTCGAGATAGTGTGGGT 2177
Query 2212 AAAGTGACGGGAAGGCCAGCTGCTGGAACGCTTGTTGTATGTCCCACTAGTGTTATGCGG 2271
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2178 AAAGTGAGGGGAAGGCCAGCTGCTGGAACGCTTGTTGTCTGTCCCACTAGTGTTATGCGG 2237
Query 2272 CAGTGGGCTGATGAATTACATAAGAAGGTGACTAGTGAAGCAAATCTCTCTGTTCTGGTA 2331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2238 CAGTGGGCTGATGAATTACATAAGAAGGTGACTAGTGAAGCGAATCTCTCTGTTCTGGTA 2297
Query 2332 TACCATGGGTCTAGCAGAACAAAGGATCCTCATGAGTTGGCTAAATATGATGTTGTTGTT 2391
|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2298 TACCATGGGTCTAGTAGAACAAAGGATCCTTATGAGTTGGCTAAATATGATGTTGTTGTT 2357
Query 2392 ACCACATTTTCTATTGTAAGTATGGAAGTGCCAAAGCAGCCTCTTGTTGATGATGAGGAT 2451
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2358 ACCACATTTTCTATTGTAAGTATGGAAGTTCCAAAGCAGCCTCTTGTTGATGATGAGGAC 2417
Query 2452 GAAGAGAAGGATGGTGTACATGATGGTGGAACTGCAGCTACTGGCTTTTGCTCAAACAAG 2511
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2418 GAAGAGAAGGATGGTGTACAGGATGGTGGAACTGCAGCTACTGGCTTTTGCTCAAACAAG 2477
Query 2512 AAAAGGAAATATCCTCCCGATTCTAAAAAGAAGGGTTCAAAGAAGAAG--A-AAGTTGAG 2568
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||
Sbjct 2478 AAAAGGAAATATCCTCCGGATTCTAAAAAGAGGGGCTCAAAGAAGAAGAAACAAGTTGAG 2537
Query 2569 TTTCTGTCTGGCCCTCTTGCGAAAGTTTCATGGTTTAGAGTTGTTCTAGATGAGGCACAG 2628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2538 TTTCTGTCTGGCCCTCTTGCGAAAGTTTCATGGTTTAGAGTTGTTCTAGATGAGGCACAG 2597
Query 2629 AGCATTAAAAATTACAAAACCCAAGTTGCAAGAGCATGCTGGGGCCTTCGTGCTAAACGG 2688
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2598 AGCATTAAGAATTACAAAACCCAAGTTGCAAGAGCATGCTGGGGCCTTCGTGCTAAACGG 2657
Query 2689 AGGTGGTGTTTGTCTGGCACTCCAATCCAGAATTCAATCGATGACCTTTACAGCTACTTT 2748
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2658 AGGTGGTGTTTGTCTGGCACTCCAATCCAGAATTCAATCGATGACCTCTACAGCTACTTT 2717
Query 2749 CGATTCCTCAAATATGATCCTTACTCTTCCTACGTATTGTTCTGTAGCACGATTAAGAAC 2808
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2718 CGATTCCTCAAATATGATCCTTATTCTTCCTACGTATTGTTCTGTAGCACGATTAAGAAC 2777
Query 2809 CCTATAACTAGGAACCCAGTGAAAGGATATCAGAAGCTGCAGGCTATCCTTAAAACAGTG 2868
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2778 CCTATAACTAGGAACCCGGTGAAAGGATATCAGAAGTTGCAGGCTATCCTTAAAACAGTG 2837
Query 2869 ATGCTTCGCCGAACTAAAGGTTCACTTCTTGATGGGAAACCCATAATCTCTTTACCTCCG 2928
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2838 ATGCTTCGCCGAACTAAAGGTTCATTTCTTGATGGGAAACCCATAATCTCTTTACCTCCG 2897
Query 2929 AAGTCCATTGAGTTGAGAAAAGTGGATTTCACTGTGGAGGAACGTGATTTCTACTCCAAA 2988
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2898 AAGTCCATTGAGCTGAGAAAAGTGGATTTCACTGTGGAGGAACGTGATTTCTACTCCAAA 2957
Query 2989 CTAGAGGCTGAATCTCGTACTCAATTCAGGGAATATGCAGAAGCTGGAACAGTGAAGCAA 3048
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2958 CTAGAGGCTGAATCTCGTACTCAATTCAGGGAATATGCAGAAGCCGGAACAGTGAAGCAA 3017
Query 3049 AATTATGTAAATATCTTGTTGATGCTCTTGCGCCTTCGCCAAGCTTGTGATCACCCTCTT 3108
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3018 AATTATGTAAATATCTTGTTGATGCTCTTGCGCCTTCGCCAAGCTTGTGATCACCCTCTT 3077
Query 3109 CTCGTGAATGGTGAATACAGTTTTACCTGGGAATCTTCTGTTGGATTAGCTAAGAAGCAG 3168
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 3078 CTGGTGAATGGTGAATACAGTTTTACCTGGGAATCTTCTGTTGGATTAGCAAAGAAACAG 3137
Query 3169 ATTCAGTCAGACGCTTCATTGGCAATTTGTGGTATCTGCAATGATGCACCTGAAGATGCT 3228
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3138 ATTCAGTCAGAAGCTTCATTAGCAATTTGTGGTATCTGCAATGATGCACCCGAAGATGCT 3197
Query 3229 GTTGCTTCAGTTTGCGGTCATGTTTTCTGTAAACAGTGCATTTATGAACGCCTTACTGGT 3288
|||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3198 GTTGTTTCAGTCTGTGGTCATGTTTTCTGTAAACAGTGCATATATGAACGCCTTACTGGT 3257
Query 3289 GATAGTAATCACTGTCCCTTTGCAAACTGCAATGTCAGACTCACCATCTCATCGTTATCT 3348
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3258 GATAATAATCACTGTCCCCTTGCAAACTGCAATGTCAGACTCACCATCTCATCATTATCT 3317
Query 3349 TCCAAAACGAGATTGGACGATGCTATGCCTGACATGCAGGAGCGTGCTACTTCGAATAGC 3408
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 3318 TCCAAAACGAGATCGGACGATGCTATGCCTGACATGCAGGATCGTGCCGCTTCGAATAGC 3377
Query 3409 CTTAGCCCTTGTTCTGATGAAGATCTTCCATATGGTTCATCTAAAATCAAGGCTGCTCTA 3468
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3378 CTTAGCCCCTGTTCTGATGAAGATCTTCCATATGGTTCATCTAAAATCAAGGCTGCTCTA 3437
Query 3469 GAGATCTTACAATCACTGCCCAAAGCACATGATTTGACAGATTCAAATCAGATCTCTGAA 3528
|||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 3438 GAGATCTTACAATCACTGCCCAAACCACAGGATTTGACAGATACAAATCAGATCTCTCAA 3497
Query 3529 AACAGAGAATACTCCGGTCTTTCTATAACTCCTGTGAAGAATGAGGGTATGAGCGTTGAT 3588
||||| ||||||||| ||||| || ||||||| || |||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 3498 AACAGTGAATACTCCAGTCTTCCTGTAACTCCAGTTAAGAATGAGGGTATTAGCGTTGTT 3557
Query 3589 GTTCCGATTAAGGTAGCTGGAGAAAAAGCCATTGTTTTTTCCCAATGGACAAAGATGCTA 3648
|||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3558 GTTCCGGTTAAGGTAGCTGGAGAAAAGGCCATTGTTTTTTCCCAATGGACAAAGATGCTA 3617
Query 3649 AACCTACTTGAAGCTTCTCTTGTAAGTTCACATATTCAGTATAGAAGGCTCGATGGAACA 3708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3618 GACCTACTTGAAGCTTCTCTTGTAAGTTCACATATTCAGTATAGAAGGCTTGATGGAACA 3677
Query 3709 ATGTCAGTTGCTGCTAGGGATAAAGCAGTGCAGGATTTCAACACTCTCCCTGAGGTTACT 3768
||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3678 ATGTCAGTTGCTGCTCGAGATAAAGCAGTGCAGGATTTCAACACTCTCCCTGAGGTTACT 3737
Query 3769 GTAATGATAATGTCTCTCAAGGCTGCTAGTCTCGGACTGAACATGGTGGCAGCTTGTCAT 3828
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 3738 GTAATGATAATGTCTCTCAAGGCTGCTAGTCTTGGACTGAATATGGTAGCAGCTTGTCAT 3797
Query 3829 GTTCTGATGCTGGACTTATGGTGGAACCCAACAACCGAGGATCAAGCAATCGATAGAGCA 3888
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3798 GTTCTGATGCTGGATTTATGGTGGAACCCAACAACCGAGGATCAAGCAATTGATAGAGCA 3857
Query 3889 CATCGTATAGGACAGACACGACCAGTAACAGTAGTTCGCTTCACAGTAAAAGATACAGTC 3948
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3858 CATCGTATAGGACAGACACGACCAGTAACAGTTGTTCGGTTCACAGTAAAAGATACAGTC 3917
Query 3949 GAAGATCGGATATTAGCCCTTCAGCAAAAGAAGAGAATGATGGTAGCCTCTGCATTTGGA 4008
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3918 GAAGATCGGATATTAGCCCTTCAGCAAAAGAAAAGAATGATGGTAGCCTCTGCATTTGGA 3977
Query 4009 GAAGATGAAAAGGGAAGCCGACAGTCTCACCTCACAGTAGAGGACTTGAGCTATCTGTTT 4068
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3978 GAAGATGAAAAGGGAAGCCGACAGTCTCACCTCACCGTAGAGGACTTGAGCTACCTGTTT 4037
Query 4069 ATGGCTGATTCATGAGAACGAGCTTCGTGCTC-TTTTTGACCAATGCGGGCGGGTACATA 4127
|||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4038 ATGGCTGATTCATGAGAATGAGCTTCAAGCTCCTTTTTGACCAATGCGGGCGGGTACATA 4097
Query 4128 TGATAGGGTTTTTGTGCAGTTTTAGGAGGAAGAAACTCTTCGTTTAACTGACTACAGGTT 4187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4098 TGATAGGGTTTTTGTGCAGTTTTAGGAGGAAGAAACTCTTCGTTTAACTGACTACAGGTT 4157
Query 4188 TGTGCaaaaaaaaaaaaGATTAGAAAAGACGATTATTGGG-TTTGGGGTATAAAAATAGA 4246
||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 4158 TGTGCAAAAGAAA----GATTAGAAAAGAC--T-ATTGGGGTTTGGGATATAAAAATAGA 4210
Query 4247 AAGCTGATCCGATTTGATTATTGGTTACATTTAGACTTTAGGTATTGACAGTTAAATGGA 4306
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 4211 AAGCTGATCCGATTTGATTATTGGTTCCATTTAGACTTTAGGTATTGACAATTAA-TGGA 4269
Query 4307 AGATGACAATACATAGGAGTGTATTTGCTTTTGAATTTCTCATTGTAAGATCACAATGCG 4366
||||||||||| | ||||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 4270 AGATGACAATATACAGGAGC--ATTTGCTATTGGATTTCTCATTGTACGATCACAATGTG 4327
Query 4367 ATTGGTCCAGCGAGTTATAATAGCTT 4392
|||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 4328 ATTGGTCCGGCGAGTTATTATAGCTT 4353
> Ahg471244 jgi|Araly1|471244|fgenesh2_kg.1__1198__AT1G11100.1
Length=3926
Score = 564 bits (305), Expect = 2e-159
Identities = 476/557 (85%), Gaps = 18/557 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2563 GTTGAGTTTCTGTCTGGCCCTCTTGCGAAAGTTTCATGGTTTAGAGTTGTTCTAGATGAG 2622
||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 2104 GTTGAGTTTCTGTCTGGCCCTCTCGCGCAAGTTTCATGGTATAGAGTTGTTCTTGATGAA 2163
Query 2623 GCACAGAGCATTAAAAATTACAAAACCCAAG-TTGCAA-GAGCATGCTGGGGCCTTCGTG 2680
|| ||||||||||| |||||||||||||||| || ||| | ||||| | ||||||| ||
Sbjct 2164 GCTCAGAGCATTAAGAATTACAAAACCCAAGCTT-CAACG-GCATGTTCAGGCCTTCATG 2221
Query 2681 CTAAACGGAGGTGGTGTTTGTCTGGCACTCCAATCCAGAATTCAATCGATGACCTTTACA 2740
|||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 2222 CTAAGCGTAGGTGGTGTTTGTCTGGCACTCCTATCCAGAATTCAATTGATGACCTCTACA 2281
Query 2741 GCTACTTTC-GATTCCTCAAATATGATCCTTACTCTTCCTACGTATTGTTCTGTAG-CAC 2798
||||| ||| ||||||| || |||||| |||| |||| |||| | || ||| | ||
Sbjct 2282 GCTAC-TTCAGATTCCTTAAGTATGATTCTTATTCTTGCTACCAAACATTTTGT-GAAAC 2339
Query 2799 GATTAAGAACCCTATAACTAGGAACCCAGTGAAAGGATATCAGAA-GCTGCAGGCTATCC 2857
|||||||||||| || | ||| |||| |||||||||||||| || | ||||||||||||
Sbjct 2340 GATTAAGAACCCAATCAGTAGCTACCCGGTGAAAGGATATCA-AACGTTGCAGGCTATCC 2398
Query 2858 TTAAAACAGTGATGCTTCGCCGAACTAAAGGTTCACTTCTTGATGGGAAACCCATAATCT 2917
| |||| | | |||||| | |||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 2399 TGAAAAAAATAATGCTTAGACGAACTAAAGATACACTTCTTGATGGAAAACCGGTAATCT 2458
Query 2918 CTTTACCTCCGAAGTCCATTGAGTTGAGAAAAGTGGA-TTTCACTGTGGAGGAACGTGAT 2976
||||||||||||||||||||||| |||| | |||||| ||| || ||| |||||||||
Sbjct 2459 CTTTACCTCCGAAGTCCATTGAGCTGAGGAGAGTGGACTTT-ACCAAGGAAGAACGTGAT 2517
Query 2977 TTCTACTCCAAACTAGAG-GCTGAATCTCGT-ACTCAATTCAGGGAATATGCAGAAGCTG 3034
|||||||| ||||||||| || || |||||| || ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2518 TTCTACTCAAAACTAGAGTGC-GACTCTCGTGAC-CAATTCAAGGAATATGCAGAAGCTG 2575
Query 3035 GAACAGTGAAGCAAAATTATGTAAATATCTTGTTGATGCT-CTTGCGCCTTCGCCAAGCT 3093
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||| ||||| |||||
Sbjct 2576 GAACGGTGAAGCAAAATTATGTAAATATTTTGTTGATGTTGCT-GCGTCTTCGTCAAGCG 2634
Query 3094 TGTGATCACCCTCTTCT 3110
|||| ||||||||||||
Sbjct 2635 TGTGGTCACCCTCTTCT 2651
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 166577997021
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5