BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G61690.1
Length=3811
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg924847 jgi|Araly1|924847|scaffold_200408.1 5544 0.0
> Ahg924847 jgi|Araly1|924847|scaffold_200408.1
Length=3560
Score = 5544 bits (3002), Expect = 0.0
Identities = 3388/3573 (95%), Gaps = 31/3573 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 59 AGAAGAATCAGACGGGAAAATGTTGGAGAAGATCGGATTACCGCCGAAGCCATCTCTAAG 118
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 2 AGAAGAATCAGACGGAAAAATGTTGGAGAAGATCGGATTACCGGCGAAGCCATCTCTGAG 61
Query 119 AGGAAATAGTTGGGTCGTTGATGCTTCTCATTGTCAAGGATGTTCTTCTCAATTCACTTT 178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 62 AGGAAATAGTTGGGTCGTTGATGCTTCTCATTGTCAAGGATGTTCTTCTCAATTCACTTT 121
Query 179 CATCAATCGCAAGCATCATTGCCGGAGATGTGGGGGATTGTTCTGTGGAACCTGCACTCA 238
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 122 CATCAATCGAAAGCATCATTGCCGGAGATGTGGGGGATTGTTCTGTGGAACCTGCACTCA 181
Query 239 GCAAAGGTTGTCACTACGTGGACAAGGTGACTCACCTGTGCGTATATGTGAACCATGTAA 298
||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||
Sbjct 182 GCATAGGATGTCACTACGTGGACAAGGTGACTCGGCGGTTCGTATCTGTGAACCATGTAA 241
Query 299 GAAAATTGAAGAAGCTGCACGGTTTGAGTTGCGTCATGGTTACAAAAATAGAGCTGCTAA 358
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 242 GAAACTTGAAGAAGCTGCACGGTTTGAGTTGCGTCATGGTTACAAAAATAGAGCTGCTAA 301
Query 359 AGGAGGTAGCTCGAAAAGGACTGTAAAGAATGAGGATGATGTTCTCAGTGAGATTCTAGG 418
|| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 302 AGCAGGTAGCTCTAAAAGGACAGTAAAGAATGAGGATGATGTTCTCAGTGAGATTCTAGG 361
Query 419 CTCTGATGTTGATGTATCTTCTTCATCTGAATCTGTGTCTAGCACAGACAGGAATGCTTC 478
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 362 TTCTGATGTTGATGTATCTTCTTCATCGGAATCTGTGTCTAGTACAGACAGGATTGCTTC 421
Query 479 TAAAGAAATGGCAAGTAGCAGTAGTAATAAAGGTATGGAGTTGGA-------T--GCTAG 529
||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||| | |||||
Sbjct 422 TAAAGAAATGGCAAGCAGTAGTAGTAATAAAGATATGGAGTTGGATGTTGTGTCAGCTAG 481
Query 530 TCCTGAAGAATTGCGTAAACAAGCAGTAGAAGCGAAGAATAAGTACAGAATTCTTAAAGG 589
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 482 TCCTGAAGAATTGCGTAAACAAGCAGTAGAAGAGAAGAATAAGTACAGAGTTCTTAAAGG 541
Query 590 AGAAGGGAAATCTGATGAAGCTCTAAAAGCATTTAAGAGAGGGAGGGAACTTGAGAGAGA 649
|||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 542 AGAAGGGAAATCTGATGAAGCTTTAAAAGCCTTTAAGAGAGGGAGGGAGCTTGAGAGAGA 601
Query 650 GGCCGACGCATTAGAGATATCTTTAAGAAGGAACCGGAAAAGGGAACTGTCTATGCGAAA 709
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 602 GGCTGACGCATTAGAGATATCCTTAAGAAGGAACCGGAAAAGGGATCTGTCCATGCGAAA 661
Query 710 TGTTGCTGAGACGCAGAACAAGGCTGCTACCAAAGAATCTAGCAAATCACAAAAGCCTCT 769
||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 662 TGTTGCTGAGACGAAAAACAAGGCTGCTACGAAAGAATCTAGTAAATCACAAAAGCCTCC 721
Query 770 ACGTCAAGGGGGTAAAGGAAATGATGATTTGGCAGCTGACCTGAGGGAGCTTGGGTGGTC 829
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||||||||||
Sbjct 722 ACGTCAAGGGGGTAAAGGAAATGATGATCTGGCAGCTGAGCTGAAGGATCTTGGGTGGTC 781
Query 830 TGACGATGAAGATAAGAAACCAGCAACTATAAGTTTGGAGGGCGAATTTTCGTCTCTTCT 889
||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 TGACGATGAAGATAAAAAACCAGCAACTGTAAGTTTGGAGGGCGAATTTTCGTCTCTTCT 841
Query 890 CCGTGAAATTCCGCGAAGTGCTAATCCTCAGAAGACTGGGGGTATTGACAAGAGTCAGGT 949
|||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 842 CCGTGAAATTCCCCGAAGGGCTAACCCTCAGAAGAGTGGGGGAATTGAAAAGAGTCAGGT 901
Query 950 AATTGCCCTTAAGAGAAAA-GCCCTTACGCTGAAACGTGAAGGGAAGCTTGCGGAAGCTA 1008
| |||||||||| | |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 ACTTGCCCTTAA-AAAAAACGCCCTTGCGCTGAAACGTGAAGGGAAGCTTGCGGAAGCTA 960
Query 1009 AAGATGAACTGAAAAAGGCTAAAATTTTGGAAAGGGAACTGGAAGAGCAGGAACTTTTGG 1068
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AAGAGGAACTGAAAAAGGCTAAAATTTTGGAAAGGGAACTGGAAGAGCAGGAACTTTTGG 1020
Query 1069 GTGGAGCTGATGGATCAGATGATGAGCTATCTGCACTTATTAATAGTATGGATGATGACA 1128
|||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GTGGGGCTGATGAATCAGATGATGAGTTATCTGCACTTATTAATAGTATGGATGATGACA 1080
Query 1129 AAGAAGATGATCTGTTAGCTCAATACGAGGGAAGCCATGATTTCGACATTAGTAACCTTG 1188
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AAGAAGATGATCTGTTAGCTCAATATGAGGGGAGCCATGATTTCGACATTAGTAACCTTG 1140
Query 1189 TGGGAAATTTAGATGATATTGGAGTTCATGGTGAATATGATGTCACAGATGAAGATATGG 1248
|||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1141 TGGGAAATGTAGATGATATTGGAGTTCATGGCGAATTTGATGTCACAGACGAAGATATGG 1200
Query 1249 AGGACCCAGCAATCGCTGCTGCATTGAAATCTTTGGGTTGGAGTGAGGATCCTGGACACC 1308
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AGGACCCAGCAATTACTGCTGCATTGAAATCTTTGGGTTGGAGTGAGGATCCTGGACACC 1260
Query 1309 ATGAGAATGTCCACTCTCGACCATCTCCTAAAAACAGAGATGAAAGTTTAGCTGAAATTC 1368
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GTGAGAATGTCCACTCTCGACCATCTCCTAAAAACAGAGATGAAAGTTTAGCTGAAATTC 1320
Query 1369 AGACATTGAAAAGAGAGGCCCTTAATCTAAAACGGGCTGGAAATGTCGTTGAGGCCATGG 1428
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1321 AGACATTGAAAAGAGAGGCCCTTACTCTAAAACGGGCTGGAAATGTCGTAGAGGCCATGG 1380
Query 1429 CTACACTAAAGAAGGCAAAATTACTTGAGAAGGAACTAGAGGCTGCTGATACTTCCTCTG 1488
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1381 CTACACTAAAGAAGGCAAAATTACTTGAGAAGGAACTAGAGGCTGCTGATACGTCCTCAC 1440
Query 1489 AAACTGTTGACACAACTAGGGCAGAGAGGGATACGAGTCTTAAACCTCCTCCCAGAAGCA 1548
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 1441 AAACTGTTGATACAACTAGGGCAGAGAGGGATACGAGTCTGAAACTTCCTCCCAGAAGCA 1500
Query 1549 GGCTAGCGATTCAGAAAGAACTTCTTGCAGTGAAAAAGAAAGCACTTACTTTGAGAAGGG 1608
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GGCTAGCGATTCAGAAAGAACTTCTTGCAGTGAAAAAGAAAGCACTTACTTTGAGAAGGG 1560
Query 1609 AAGGAAAGTTTAACGAAGCAGAAGAAGAATTGAAGAAAGGAGCGGTTCTCCAAAATCAGC 1668
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 AAGGAAAGTTTAACGAAGCAGAAGAAGAATTGAAGAAAGGAGCGGTTCTCCAAAATCAGC 1620
Query 1669 TTGATGAGCTGGACAATTCGTCAAAGTTAGCTGCCACAGGGAAGGCCACTCGTGAAAAAG 1728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 TTGATGAGCTGGACAATTCGTCAAAGTTAGCTGCCACAGGGAAGGCCACTCGTGAAAAAG 1680
Query 1729 GAAATGATCTGCCTGATATTAGTTCTCTGGATGATGATGGAGAGGTGGATGTAAAAGATG 1788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GAAATGATCTGCCTGATATTAGTTCTCTGGATGATGATGGAGAGGTGGATGTAAAAGATG 1740
Query 1789 AGGAGTTAAATGATCCGAATTACTTGTCGATGCTAAAGAGCTTAGGTTGGAATGATGAAG 1848
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 AGGAGTTAAATGATCCGAATTACTTGTCGATGCTAAAGAGCTTAGGTTGGAATGATGAAG 1800
Query 1849 ATAATAATCCTGCAGGTCCTTCATCAGAAAAATCTGACCCACTAAATTCTCGACCAGGGA 1908
||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 1801 ATAGTAATCCTCCAGGTTCTTCATCAGAAAAATCTGACCCAGTTAATTCTCGACCAGGGA 1860
Query 1909 AAACAGCAGAAGCTCAAGGTGCATATGAAGT-ACGTGTTACTAAACCAAGGAGAACTAAA 1967
||||| ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1861 AAACAACAGAAACTCAAGGTGCATATGAAGTCA-GTGTTACTAAACCAAGAAGAAGTAAA 1919
Query 1968 GCAGAAATACAACGAGAACTCTTAGGGCTGAAAAGAAAGGCTTTAACTTTGCGACGACAG 2027
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 GCTGAAATACAACGAGAACTCTTAGGGCTGAAAAGAAAGGCTTTAACTTTGCGACGACAG 1979
Query 2028 GGTAATGTTGATGAAGCTGAGGAAGTTCTGAACCAGACACAAATATTGGAAGCTCAGATA 2087
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |
Sbjct 1980 GGTAATGTTGATGAAGCCGAGGAAGTTCTGAACCAGACAAAAATATTGGAAGCCCAGTTG 2039
Query 2088 ATGGAGATTGATTCAGGCAAGAATCTATATGCTGACAGTGATCAGCCGAAAAAACGATCC 2147
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||
Sbjct 2040 GTTGAGATTGATTCAGGCAAGAATCTTTATGCTGACAGTGGTCAGCTGAAAGAACGATCC 2099
Query 2148 AATGATCTTGCCACCGACAGTCGGCTCAATGGAGGAGATGATAGCGTTACAGAAAATGAT 2207
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 AATGATCTTGCCACCGACAGTGGGATCAATGGAGGAGATGATAGCGTTACAGAAAATGAT 2159
Query 2208 ATGAAGGACCCAGCGTTATTGTCGACTCTTAAGAATTTGGGATGGGAGGATGAAGAACCA 2267
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 ATGAAGGACCCAGCATTATTGTCGACTCTTAAGAATTTGGGATGGGAGGATGAAGAACCA 2219
Query 2268 AAGAAAGAAGAAGCTTCTTTCGGCTCTGTGCAGTCAAGC-GGTCCACGG-ATAGCAGCCA 2325
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| || ||||||||||
Sbjct 2220 AAGAAAGAAGAAGCTGCTTTCGGCTCTGTGCAGTCAA-CTGGTCCG-GGCATAGCAGCCA 2277
Query 2326 AAAGCAAGGGACAAATCCAAAGAGAACTTCTTGACTTAAAAAGAAAGGCACTTGCCTTCA 2385
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 AAAGCAAGGGACAAATCCAAAGAGAACTTCTTGACTTAAAAAGAAAGGCACTTGCCTTCA 2337
Query 2386 AGCGTCAAGGGAAAACTGGAGATGCTGATGAATTATACAGTAAGGCCAGTGTTTTGGAGG 2445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 2338 AGCGTCAAGGGAAAACTGGAGATGCTGATGAATTATATAGTAAGGCCAGCGTATTGGAGG 2397
Query 2446 CACAGCTAGCAGAACTGGAAACCCCCAAGATGGAGATGAAAGGCTCAGCTTCTGCAATTA 2505
||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2398 CACAGCTAGCAGAACTGGAAACCGCAAAGATGGAGATGAAAGGCTCAGCTTCCGAAATTA 2457
Query 2506 AAC-CTGAAAACTACATGGATGTTGATTTATTAGTTGGATCGCAAATGGAGGATAAAGC- 2563
| | ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2458 A-CTCTGCAAACTATATGGATGTTGATTTATTAGTTGGATCGCAAATGGAAGATAAGGCA 2516
Query 2564 GATAAAATCTGCTAGTGTTTCTCATGCTCCTCAAGATAGTTATGACTTGTTAGGAGACTT 2623
| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 G-TAAAATCTGCGAGTGTTTCTCATGCTGCTCAAGATAGTTATGACTTGTTAGGAGACTT 2575
Query 2624 TATCTCCCCTGCTAAATCTGGTTCCTCTGGCGTTGTTTCTCA-ACCTGGCCAGCAGCAAC 2682
||||||||| | |||||| ||||||||| || || ||||||| || ||||||||| |||
Sbjct 2576 TATCTCCCCAGATAAATCCGGTTCCTCTAGCTTTTTTTCTCAGACA-GGCCAGCAGAAAC 2634
Query 2683 CAAGTATGATGGATTTGCTGACTGGTGAGCATTCTGAGAGGTCTCAAATTCATGCAGAAA 2742
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2635 CAAGTATGATGGATTTGCTGACTGGTGAGCATAGTGAGATGTCTCAAATTCATGCAGTAA 2694
Query 2743 AAGGAAATGC-TGAGACTATGTCAGGCTTTCGTTCAGGAAACAATCACGGCGCTGAACAA 2801
||||||| || |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2695 AAGGAAA-GCCTGAGACTAAGTCAGATTTTGGTTCAGGAAACAATCACGGCACTCAACAA 2753
Query 2802 AGAGTGGCACGTGAAGAGTCAGAGCCCAGTCATATTCAATCAGCTTCGATTCAAAATACA 2861
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||||||||
Sbjct 2754 AGAGTGGCACGTGAAGAGTCAGAGCCCAGTAATATTCAATCGGATTCGGTTCAAAATACA 2813
Query 2862 TCTCCTCAGAACACCCTTAAACAAGAGATTCTGGCTCATAAGAAAAAGGCACTTGCCTTA 2921
|||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2814 TCTCCTCAGAACACCCTTAAACAAGAAATTGTGGCTCATAAGAAAAAGGCACTTGCGTTA 2873
Query 2922 AAGAGAGAAGGAAACATAAGTGAAGCCAAAAAGGCATTGCAAGAAGCAAAATTGTTGGAG 2981
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2874 AAGAGAGAAGGAAACATAAGTGAAGCCAAAAAGGCATTGCAACAAGCAAAATTGTTGGAG 2933
Query 2982 AGGAGACTACAAGAAGGAGAAAATCCCTCTCCTGAAAAGCTCGGACGAGATGATATGGTT 3041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2934 AGGAGACTACAAGAAGGAGAAAATCCCTCTCCTGAAAAGCTCGGACGAGATGATATGGTT 2993
Query 3042 TCCACAACGGAGGATCCTCCTGCTCGAGAGAAAGAGAATAGTCCTTCAAGTTCAGCTCCA 3101
|| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2994 TCTACAACGCAGGATCCTCCTGCTCGAGAGAATGAGAATAGTCCTTCAAGTTCAGCTCCA 3053
Query 3102 AAGGCAATGTCAGGTCGTGACCGTTTTAAGCTGCAGCAAGAGTCACTAAGTCACAAACGT 3161
||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3054 AAGGCAATGTCTGGTCGAGACCGATTTAAGCTGCAGCAAGAGTCACTAAGCCACAAACGT 3113
Query 3162 CAAGCCATGAAGCTTCGGAGGGAAGGTAAAATGCAGGAAGCTGAAGCTGAGTTTGAAATC 3221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3114 CAAGCCATGAAGCTTCGGAGGGAAGGTAAAATGCAGGAAGCTGAAGCTGAGTTTGAAATC 3173
Query 3222 GCCAAAACTCTTGAAGCTCAATTGGAAGATTCAACATCCTCTAAACCAGAACCGGTGGAC 3281
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3174 GCCAAAACTCTTGAAGCTCAATTGGAAGATTCAACATCCTCTAAACCAGAACCGGTGGAC 3233
Query 3282 GATGTAGCGGTGGAAGATTTTCTCGATCCTCAACTCCTGTCTGCCCTCAAAGCTATTGGA 3341
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3234 GATGTAGCGGTGGAAGACTTTCTCGATCCTCAACTCTTGTCTGCCCTCAAAGCTATTGGA 3293
Query 3342 TTAGACAATCCCGTGAATCCTCCACCGGTAAGTAAAACAGACACAACACAAGCTGCGGCA 3401
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3294 TTAGACAATCCCGTGAATCCTCCACCGGTAAGTAAAACAGACACAAGACAAGCTGCGGCA 3353
Query 3402 AAACCAAACCCAGTGAAGGAGAGTAATAGAAATACTAATAATCAAGAGAGAAGTCAATTG 3461
|||||||||||||||||||||||||||| | || | || |||||||||||||||||||
Sbjct 3354 AAACCAAACCCAGTGAAGGAGAGTAATA-A--TA-T--TAGTCAAGAGAGAAGTCAATTG 3407
Query 3462 GAGGAACGAATCAAAGCAGAGAAGGTAAAAGCTGTGACCTTCAAACGTGCAGGGAAACAA 3521
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3408 GAGGAACGAATTAAAGCAGAGAAGGTAAAAGCTGTGACCTTGAAACGTGCAGGGAAACAA 3467
Query 3522 GCTGAGGCATTAGATGCTCTTCGACGGGCAAAACTATATGAAAAGAAGCTAAACGCTCTT 3581
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3468 GCTGAGGCATTAGATGCTCTTCGACGGGCAAAACTTTATGAAAAGAAACTAAACGCTCTT 3527
Query 3582 GCTTCAAGTTGATTCAACTCTCCAGTTCATTGG 3614
||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3528 GCTTCAAATTGATTCAACTCTCCAGTTTATTGG 3560
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 144009856232
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5