BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G61820.1
Length=2096
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475147 jgi|Araly1|475147|fgenesh2_kg.2__277__AT1G61820.1 2532 0.0
Ahg475148 jgi|Araly1|475148|fgenesh2_kg.2__278__AT1G61810.1 885 0.0
> Ahg475147 jgi|Araly1|475147|fgenesh2_kg.2__277__AT1G61820.1
Length=1911
Score = 2532 bits (1371), Expect = 0.0
Identities = 1608/1720 (93%), Gaps = 25/1720 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 203 TATATTCAGTAGGTAGAAATTGGGGAATTTTTAAAA-AGTTGACAAGACTG-CCCCAAAA 260
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Sbjct 126 TATATTCAGTAGGTAGAAATTGGGGAA-TTTTAAAATAGTAGACAAGACTGCCCCCAAAA 184
Query 261 TCGCAATGATGCATTTAAAATATTCTGCAATTTTTTCATATAAATATAGACACGTATAGA 320
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Sbjct 185 TCTCAATAATGCATTTAAAATATTCTG-AA-ATTTTCATATAAATATAGACACGTATAGA 242
Query 321 TAAGAGTGCACA-CAAAACCACAGACGACATACACGAGAAAGaaaaaaaaCCAAAATGAA 379
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Sbjct 243 TAAGAGCACACACCAAAACCACAGAAGACATACAC--G--AG-AAAAAAA--AAGATGAA 295
Query 380 AACTTTTGCCAACTTTGCAATTCTGTTTTTATTACAAAGCTTATTGTTTCCTCTTTACAG 439
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Sbjct 296 AAGTTTTGCCAACTTTGCAATTCCGTTTTTATTACAAAGCTTATTGTTTCCTCTTTACAG 355
Query 440 TTCATGCCTTCATCAAACTTCAGATGATTCATCTCCATTTCCTTCTGATTTCCTCTTTGG 499
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Sbjct 356 TTCATGTCTTCATCAAACTTCAGATGATTCATCTCTATTTCCTTCTGATTTCTTCTTTGG 415
Query 500 CACAGCTTCTTCTGCTTTCCAGTATGAAGGTGCCTTCTTAACCGATGGAAAAGGTCTGAA 559
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Sbjct 416 CACAGCTTCTTCTGCTTTCCAGTATGAAGGTGCCTTCTTAACCGATGGAAAAGGTCTGAA 475
Query 560 CAATTGGGATGTCTTTGCCCATGAAAACCCTGGGAAAATAGTTGATGGAAGCAATGGAGA 619
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Sbjct 476 CAATTGGGATGTCTTTGCCCATGAAAACCCTGGGAAAATAGTTGATGGGAGCAATGGAGA 535
Query 620 CATAGCTACGGACCAATATCATCGATATATGGAAGATATCCAATCAATGAATTTTCTTGG 679
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Sbjct 536 CATAGCCACGGATCAATATCATCGATATATGGAAGATATCCAATCAATGTCTTTTCTTGG 595
Query 680 AGTCAATAGTTACAGATTATCTATTTCCTGGTCTAGAGTCTTACCTAATGGAAGATTTGG 739
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Sbjct 596 AGTCAACAGTTACAGATTATCAATTTCTTGGTCTAGAGTCTTACCTAATGGAAGATTTGG 655
Query 740 AGTTATTAATTATAAGGGAATAAAGTATTACAACAATTTGATCGACGCTCTTATTAAAAA 799
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Sbjct 656 AGGTATTAATTATAAGGGAATAAAGTATTACAACAATTTGATCGACGCTCTCATTAGAAA 715
Query 800 AGGGATTACACCATTTGTGACGTTGAACCACTTCGACTATCCTCAAGAACTCGAGAACCG 859
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Sbjct 716 AGGGATTACACCATTTGTGACGTTGAACCATTTCGACTATCCTCAAGAACTCGAGAACCG 775
Query 860 GTTCAAGAGTTGGTTAAGCTCCGAGATGCAGAAAGATTTCGGGTACTTAGCTGATATATG 919
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Sbjct 776 GTTCAAAAGTTGGTTAAGCTCCGAGATGCAGAGTGATTTCGGGTACTTAGCTGATATATG 835
Query 920 TTTCAAACATTTTGGAGACCGAGTTAAACACTGGATCACGATTAACGAACCAAACCAACA 979
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Sbjct 836 TTTCAAACATTTTGGAGACCGAGTTAAACACTGGATCACGATTAACGAACCAAACCAACA 895
Query 980 TATAAGCTTAGCATATCGAAGTGGTTTGTTTCCACCAGCGCGGTGCTCCATGCCATACGG 1039
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Sbjct 896 AATAATCTTAGCCTACCGAAGTGGTTTATTTCCACCATCCCGGTGCTCCATGCCATACGG 955
Query 1040 AAATTGTACTCACGGGAACTCAGAAACTGAGCCTTTTATAGCCGCTCATAATATGATCCT 1099
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Sbjct 956 AAATTGTACTCAGGGGAACTCGGAAACTGAGCCGTTTATAGCCGCTCATAATATGATCCT 1015
Query 1100 CGCACATGCAAAGGCGATTCAAATATACCGAACCAAATATCAAAGAGAACAAAAGGGAAT 1159
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Sbjct 1016 CGCACATGCAAAGGCGATTCAAATATACCGAACCAAATATCAAAAAGAACAAAGGGGAAT 1075
Query 1160 CATTGGCATTGTGGTACAAACATCATGGTTTGAACCCATAAGCGATTCGATTGCTG-ATA 1218
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Sbjct 1076 CATTGGCATTGTGGTACAAACATCATGGTTTGAACCCATAAGCGATTCGATTG-TGGATA 1134
Query 1219 AAAATGCTGCCGAGAGAGCTCAATCATTTTATTCAAATTGGATTCTAGATCCCGTTGTGT 1278
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Sbjct 1135 AAAATGCTGCCGAGAGAGCTCAATCATTTTATTCAAATTGGATTCTAGATCCCGTTGTAT 1194
Query 1279 ATGGGAAATATCCGGAAGAAATGGTGAATCTACTTGGATCAGCTTTGCCAAAATTTTCGA 1338
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Sbjct 1195 ATGGGAAGTATCCGGAAGAAATGGTAAATATACTTGGATCAGCTTTGCCAAGATTTTCGA 1254
Query 1339 GCAATGAAATGAACAGCCTAATGAGCTATAAATCAGACTTTTTGGGTATTAATCACTATA 1398
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Sbjct 1255 GTAATGAAATGAATAGCATAAAGAATTACAAATCAGACTTTTTGGGTATTAATCACTACA 1314
Query 1399 CAAGTTACTTCATACAAGATTGTTTGATCACTGCTTGTAATTCTGGA---G-AC--GGAG 1452
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Sbjct 1315 CAAGTTACTTCATCCAAGATTGTTTGATCACTGCTTGTAATTCTGGATCTGGAGATGGAG 1374
Query 1453 CTTCTAAAAGCGAAGGATTAGCCCTCAAATTGGACCGGAAAGGAAATGTTTCCATCGGAG 1512
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Sbjct 1375 CTTCTAAAAGCGAAGGATTCGCCCTCAAATTAGACCGGAAAGGCAATGTTTCAATCGGTG 1434
Query 1513 AACTGACCGACGTAAATTGGCAGCATATTGATCCTAACGGATTCA-GAAAGATGTTGAAT 1571
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Sbjct 1435 AACTTACTGACGTCAATTGGCAGCATATTGATCCTAACGGTTTCAAGAA-GATGTTAAAT 1493
Query 1572 TACCTAAAAAATAGGTACCACAACATACCAATGTACATCACCGAAAATGGTTTCGGACAG 1631
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Sbjct 1494 TACCTTAAAAATAGGTACCACAACATGCCAATGTTCATCACAGAAAATGGTTTCGGAAAC 1553
Query 1632 TTGCAAAAACCAGAGACAACAGTTGAAGAACTTCTGCATGATACAAAAAGGATACAATAC 1691
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Sbjct 1554 TTGCAAAAACCCGAGACGACGGTTAAAGAACTTCTGGATGATACAAAAAGGATACAATAC 1613
Query 1692 TTGAGTGGATATTTGGATGCTTTGAAAGCAGCAATGAGGGATGGAGCAAATGTGAAGGGA 1751
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Sbjct 1614 ATGAGTGGATATTTGGATGCTTTGAAAGAAGCAATGAGGGATGGAGCAAATGTGAAGGGA 1673
Query 1752 TATTTCGCATGGTCACTATTAGATAATTTTGAATGGTTGTACGGATACAAGGTTCGATTT 1811
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Sbjct 1674 TATTTCGCATGGTCACTATTAGATAATTTCGAATGGTTGTACGGATACAAGCTTCGATTT 1733
Query 1812 GGGCTATTCCACGTTGATTTTACAACTTTGAAAAGGACACCAAAGCAATCAGCTACATGG 1871
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Sbjct 1734 GGTTTATTCCACGTTGATTATACAACTCTGAAAAGGACACCAAAGCAATCAGCTTCATGG 1793
Query 1872 TACAAGAACTTCATTGAACAGAAC-GTGaatatagaagat 1910
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Sbjct 1794 TACAAGAACTTCATTGAACAGCACAGT-AATATAGGAGAT 1832
Score = 122 bits (66), Expect = 7e-27
Identities = 80/86 (93%), Gaps = 4/86 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 9 TAACGTACGAAATTAGATGGAGTTG-T-TAGGCACA-TTTCATATATTAAAATTTTAATG 65
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Sbjct 1 TAACGTACGAAATTAGATGGAGTTGTTATAGGCACACGTTCATATATT-AAATTTTAATG 59
Query 66 ATTTTCTTTTAAACTTTATGATATTT 91
|||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 60 ATTTTCTTATAAACTTTATGATATTT 85
Score = 75.0 bits (40), Expect = 2e-12
Identities = 45/47 (96%), Gaps = 2/47 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 111 tttttGGTTAT-A-ATATATGTAAAAATTTGGTATGCTTTGTCTATA 155
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Sbjct 83 TTTTTGGTTATAATATATATGTAAAAATTTGGTATGCTTTGTCTATA 129
> Ahg475148 jgi|Araly1|475148|fgenesh2_kg.2__278__AT1G61810.1
Length=1685
Score = 885 bits (479), Expect = 0.0
Identities = 840/1010 (83%), Gaps = 42/1010 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 913 ATATATGTTTCAAACATTTTGGAGACCGAGTTAAACACTGGATCACGATTAACGAACCAA 972
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Sbjct 539 ATATATGTTTCAAGCATTTTGGAAACCGAGTTAAATACTGGACCACGCTTAACGAACCAA 598
Query 973 ACCAAC-ATATAAGCTTA-GCATATCGAAGTGGTTTGTTTCCACCAG-CGCGGTGCTCCA 1029
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Sbjct 599 ATCAACAAT-TAATCTTAGGC-TATCTAACAGGTAAATTTCCACC-GTCTCGTTGTTCC- 654
Query 1030 T-GCCATACGGAAATTGTA-CTCACGGGAA-CTCAGAAACTGAGCCTTTTATAGCCGCTC 1086
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Sbjct 655 TCGCCATACGGGAACTGTAGC-CA-GGGAAGTTCCGAAACCGAACCTTTCATAGCCACGC 712
Query 1087 ATAATATGATCCTCGCACATGCAAAGGCGATTCAA-ATATACCGA-ACCAAATATCA-AA 1143
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Sbjct 713 ATAACATGATCCTTGCACACGCAAAAGCGGTT-AACATATACC-AGACCAAATATCAGAA 770
Query 1144 GAGAACAAAAGGGAATCATTGGCATTGTGGTACAAACATCATGGTTTGAACCCATAAGCG 1203
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Sbjct 771 -AGAACAAAAGGGAAGCATTGGCATTGTGGTACAAACATCATGGTTTGAACCCATTAGTG 829
Query 1204 ATTCGATTGCTGATAAA-AATGCTGCCGAGAGAGCTCAATCATTTTATTCAAATTGGATT 1262
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Sbjct 830 AATCCAATGCGGATAAAGAA-GCTGCTGAGAGAGCTCAATCATTTTACTCTAATTGGATT 888
Query 1263 CTAGATCCCGTTGTGTATGGGAAATATCCGGAAGAAATGGTGAATCTACTTGGATCAGCT 1322
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Sbjct 889 CTCGATCCCGTTATATATGGGAAATACCCAAAAGAAATGGTAAATATTCTTGGACCAGCC 948
Query 1323 TTGCCAAAATTTTCGAGCAATGAAATGAACAGCCTA-ATGAGCTATAAATCAGACTTTT- 1380
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Sbjct 949 TTGCCGCAATTTTCGAGCAATGAAGTGAAGAACTTAGA-GAACTCGAGAGCAGA-TTTCA 1006
Query 1381 TGGGTATTAATCACTATACAAGTTACTTCATACAAGATTGTTTGATCACTGCTTGTAATT 1440
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Sbjct 1007 TCGGTATTAATCACTATACAAGTTACTTCATTCAAGATTGTTTGACCTCTGCTTGTAATA 1066
Query 1441 CTGGAGACGGAGCTTCTAAAAGC-GAAGGATTAGCCC-TCAAATTGGACCGGAAAGGAAA 1498
| ||| | ||||||| ||| || |||||||| |||| | ||||| ||||| ||||| ||
Sbjct 1067 CCGGACATGGAGCTTTTAAG-GCCGAAGGATTTGCCCAT-AAATTAGACCGTAAAGGCAA 1124
Query 1499 TGTTTCCATCGGAGAACTGACCGACGTAAATTGGCAGCATATTGATCCTA-ACGGATT-C 1556
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Sbjct 1125 TGTTTCTATTGGAGAACTTACCGATGTAGATTGGCAGCATATTGATC-TAGAAGGATTTC 1183
Query 1557 AGAAAGATGTTGAATTACCTAAAAAATAGGTACCACAA-CATACCAATGTACATCACCGA 1615
| || |||| ||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||| || | ||| |||||
Sbjct 1184 ACAA-GATGCTGAATTATTTAAAAGATAGGTACC-CAAACATACGGATTTTCATAACCGA 1241
Query 1616 AAATGGTTTCGGACAGTTGCAAAAACCAGAGACAACAGTTGAAGAACTTCTGCATGATAC 1675
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Sbjct 1242 AAACGGTTTTGGAGACTTGCAAAAACCTGAAACAACAGATAAAGAACTTCTACATGATAC 1301
Query 1676 AAAAAGGATACAATACTTGAGTGGATATTTGGATGCTTTGA-AAGCAGCAATGAGGGATG 1734
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Sbjct 1302 AAAAAGGATTCAATACATGAGTGGATACTTAGAAGCTCT-ACAAGCAGCAATGAGGGATG 1360
Query 1735 GAGCAAATGTGAAGGGATATTTCGCATGGTCACTATTAGATAATTTTGAATGGTTGTACG 1794
|||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||||| ||
Sbjct 1361 GAGCAAATGTGAAGGGTTATTTTGTGTGGTCACTATTAGACAATTTTGAGTGGTTGTTCG 1420
Query 1795 GATACAAGGTTCGATTTGGGCTATTCCACGTTGATTTTACAACT-TTGAAAAGGACACC- 1852
||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| | ||||| || ||||| |||||
Sbjct 1421 GATACAAGGTTCGGTTTGGTCTATTCCATGTGGATCTGACAACACTT-AAAAGAACACCG 1479
Query 1853 AAAGCAATCAGCTACATGGTACAAGAACTTCATTGAACAGA-ACGTGaat 1901
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Sbjct 1480 AAA-CAATCAGCTTCATGGTACAAAAACTTTATCGAAG-GACACGTGAAT 1527
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 78846807150
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5