BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G62260.1
Length=1971
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg338156 jgi|Araly1|338156|fgenesh1_pg.C_scaffold_2000255 2928 0.0
> Ahg338156 jgi|Araly1|338156|fgenesh1_pg.C_scaffold_2000255
Length=3732
Score = 2928 bits (1585), Expect = 0.0
Identities = 1823/1939 (94%), Gaps = 12/1939 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 35 GGAAGGTGTTGTATCAATCGTCTTGTCTTAAGTGTTTATTATGTGCAAACTCTTTCTCTA 94
||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1070 GGAAGGTGTTGTATCGATCGTCTTGTCTAAAGTGTTTA-TATGT--AAACTCTTTCTCTA 1126
Query 95 CTTCAGTTTCGTCAAGCTTGGGTTTTCGAGCGACGAACAAAGAGTTAAACCAGATGATAA 154
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1127 CTTCAGTCTCGTCAAGCTTGGGTTTTCGAGCGACGAACAAAGAGTTAAACCAGATGATAA 1186
Query 155 GATCGGGGTATATCGCCGAAGCTAGAGATATTTTTGAGAAACTGGAAGCGAGGAACA-CA 213
||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1187 GATCGGGATATATCTTTGAAGCTAGAGAGATTTTCGAGAAATTGGAAGCGAGGAACATC- 1245
Query 214 GTGACATGGAATACGATGATAAGCGGGTATGTGAAAAGGCGTGAAATGAATCAAGCACGG 273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 1246 GTGACATGGAATACGATGATAAGCGGGTATGTGAAAAGGCGGGAAATGACGCAAGCACGG 1305
Query 274 AAACTGTTCGACGTAATGCCTAAGAGAGATGTTGTGACTTGGAACACGATGATTTCGGGG 333
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1306 AAACTGTTCGACGAAATGCCTGAGAGAGATGTTGTGACTTGGAACGCGATGATTTCGGGT 1365
Query 334 TATGTTTCATGTGGTGGGATTAGGTTTCTTGAGGAAGCAAGGAAGCTGTTTGATGAAATG 393
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366 TATGTTTCATGTGGTGGGATTAGGTTTCTTGAAGAAGCAAGGAAGCTGTTTGATGAAATG 1425
Query 394 CCTTCAAGGGATTCTTTTTCATGGAACACTATGATTAGTGGTTATGCGAAGAATCGGAGG 453
|||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1426 CCTTCAAGAGATTCTTTTTCTTGGAACACGATGATCAGTGGGTATGCTAAGAATCGGAGG 1485
Query 454 ATAGGTGAAGCGTTGTTGTTATTTGAGAAAATGCCTGAGAGAAATGCAGTGTCATGGAGT 513
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1486 ATAAGTGAAGCGTTGTTGTTATTTGAGAAAATGCCTGAGAGAAATGCTGTGTCATGGAGT 1545
Query 514 GCTATGATCACTGGGTTTTGTCAGAACGGTGAAGTGGATAGCGCGGTTG-TGTTGTTTCG 572
|||||||||||||| |||||||| || ||||||||| | ||||| ||| | ||||||||
Sbjct 1546 GCTATGATCACTGGTTTTTGTCATAATGGTGAAGTGAACCGCGCGTTTGAT-TTGTTTCG 1604
Query 573 GAAAATGCCTGTGAAGGATTCGTCTCCTCTATGTGCACTTGTGGCTGGTCTTATTAAAAA 632
|| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605 GAGAATGCCTGTGAAGGATTCGTCTTCTCTATGTGCACTTGTGGCTGGTCTTATTAAAAA 1664
Query 633 CGAGAGACTTTCAGAAGCTGCGTGGGTTTTGGGTCAGTATGGGAGTTTAGTTTCAGGAAG 692
|||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1665 CGAGAGACTTGAAGAAGCTGCTTGGGTTTTGGGTCAGTATGGGAGTTTAGATTCAGGAAG 1724
Query 693 GGAAGATTTGGTGTATGCTTATAACACTTTGATTGTTGGATATGGACAGAGAGGACAAGT 752
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1725 GGAAGATTTGGTTTATGCTTATAACACTTTGATTGTAGGATATGGACAGAGAGGACAGGT 1784
Query 753 AGAAGCAGCTCGATGTCTGTTTGATCAGATTCCTGATCTCTGTG--G-TGATGATCAT-G 808
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |
Sbjct 1785 AGAAGCAGCTCGATGTCTGTTTGATCAGATTCCTGATCTCTGTGATGATGATGATCATAG 1844
Query 809 GTGGAGAGTTTAGAGAGAGGTTCTGTAAAAATGTTGTGTCATGGAATTCTATGATCAAAG 868
| |||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845 G-GGAGCGTTTAGAGAGAGGTTCCGTAGAAATGTCGTGTCATGGAATTCTATGATCAAAG 1903
Query 869 CTTACTTGAAAGTGGGTGATGTGGTCTCTGCAAGGTTGCTATTTGATCAGATGAAAGACC 928
|||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1904 CTTATTTGAAAGTGGGTGATGTGGTCTCTGGGCGGTTACTATTTGATCAGATGAAAGACC 1963
Query 929 GCGATACAATTTCTTGGAACACAATGATTGATGGATACGTACATGTTTCCAGGATGGAAG 988
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1964 GCGATACAATTTCTTGGAACACTATGATTGATGGATATGTACATGTTTCTAGGATGGAAG 2023
Query 989 ATGCTTTTGCTCTGTTTTCGGAAATGCCGAACCGTGATGCACATTCGTGGAACATGATGG 1048
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2024 ATGCTTTTGCTCTGTTTTCGGAAATGCCAAACCGTGATGCACACTCATGGAACATGATGG 2083
Query 1049 TCTCGGGTTATGCTAGTGTTGGCAATGTAGAGCTTGCTCGCCACTACTTTGAAAAAACAC 1108
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2084 TCTCGGGTTATGCTAGTGTTGGCAATCTAGAGCTTGCTCGACACTACTTTGAAAAAACAC 2143
Query 1109 CTGAGAAACATACAGTCTCGTGGAACTCGATAATAGCAGCTTATGAGAAAAACAAGGACT 1168
|||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2144 CTGAGAAAAATATAGTCTCGTGGAACTCGATTATAGCAGCTTATGACAAAAACAAGGACT 2203
Query 1169 ACAAAGAAGCTGTTGATTTGTTTATCCGGATGAACATTGAAGGAGAGAAGCCTGACCCAC 1228
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 2204 ACAAAGAAGCTGTTGATGTGTTTATCCGGATGAACATTGATGGAGAGAAGCCTGACCCGC 2263
Query 1229 ATACTTTAACTTCTCTTCTCAGTGCATCTACCGGGCTTGTGAATCTGCGTTTAGGAATGC 1288
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2264 ATACTTTAACTTCTCTTCTCAGTGTATCTACCGGGCTTGTGAATCTACGTTTAGGAATGC 2323
Query 1289 AGATGCACCAAATCGTTGTCAAGACTGTGATCCCCGATGTTCCAGTCCACAATGCCCTTA 1348
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2324 AGATGCACCAAATCGTTGTCAAGACTGTGATCCCCGATGTTCCAGTCCACAATGCCCTTA 2383
Query 1349 TCACTATGTATTCAAGATGCGGTGAAATAATGGAGTCGAGGAGAATCTTCGATGAAATGA 1408
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2384 TCACTATGTATTCAAGATGCGGTGAAATAATGGAGTCGAGGAGAATCTTCGATGAAATGA 2443
Query 1409 AACTCAAAAGAGAAGTAATCACATGGAATGCAATGATAGGAGGATATGCATTTCATGGTA 1468
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2444 AACTCAAAAGAGAAGTAATCACATGGAATGCAATTATAGGAGGATATGCCTTTCATGGTA 2503
Query 1469 ATGCCTCAGAGGCCTTGAATCTGTTCGGGTCGATGAAAAGCAACGGGATATATCCTTCTC 1528
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || |||||||| |||||||||
Sbjct 2504 ATGCCTCAGAGGCCTTGAATCTGTTTTGGTCAATGAAATGCTACGGGATACATCCTTCTC 2563
Query 1529 ACATAACATTCGTCTCAGTTCTGAACGCTTGTGCTCACGCGGGACTTGTTGATGAGGCTA 1588
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2564 ACATAACATTCGTCTCAGTTCTGAACGCTTGTGCTCACGCGGGACTTGTTGATGAGGCTA 2623
Query 1589 AAGCACAGTTTGTGTCCATGATGAGTGTGTACAAGATCGAGCCGCAGATGGAACATTATT 1648
||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2624 AAGAACAGTTTTTGTCCATGATGAGTGTGTACAAGATTGAGCCGCAGATGGAACATTATT 2683
Query 1649 CTTCCCTGGTCAACGTTACCAGTGGACAAGGGCAGTTTGAAGAGGCCATGTATATCATAA 1708
| || |||||||| || | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||
Sbjct 2684 CCTCACTGGTCAATGTAATCAGTGGACAAGGGCAGTTTGAGGAGGCCATATATGTGATAA 2743
Query 1709 CGAGTATGCCTTTTGAGCCAGACAAAACGGTATGGGGTGCATTATTGGATGCTTGTAGGA 1768
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 2744 AGAGTATGCCTTTTGAGCCAGACAAGACGGTGTGGGGTGCACTATTAGATGCTTGTAGGA 2803
Query 1769 TATATAACAATGTAGGGCTTGCACATGTTGCAGCTGAAGCAATGTCGAGACTCGAACCAG 1828
| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2804 TTTATAACAATGTAGGGCTCGCACATGTTGCAGCAGAAGCAATGTCGAGACTTGAACCAG 2863
Query 1829 AGAGCTCAACACCTTATGTACTGTTATATAACATGTATGCGGATATGGGACTATGGGACG 1888
||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2864 AGAGCTCAACACCTTATGTACTGTTGCACAACATGTACGCGGATATGGGACTATGGGACG 2923
Query 1889 AAGCTTCTCAAGTGAGAATGAACATGGAGAGTAAAAGAATCAAGAAGGAAAGAGGATCCA 1948
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2924 AAGCTTCTCAAGTGAGAATGAACATGGAGAGTAAAAGAATCAAGAAGGAGAGAGGATCTA 2983
Query 1949 GTTGGGTTGACTCCTCAAC 1967
||||||||||||| |||||
Sbjct 2984 GTTGGGTTGACTCTTCAAC 3002
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74085526525
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5