BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G62440.1 Length=2481 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg475099 jgi|Araly1|475099|fgenesh2_kg.2__229__AT1G62440.1 2529 0.0 > Ahg475099 jgi|Araly1|475099|fgenesh2_kg.2__229__AT1G62440.1 Length=2142 Score = 2529 bits (1369), Expect = 0.0 Identities = 1769/1954 (91%), Gaps = 59/1954 (3%) Strand=Plus/Plus Query 202 GGAgatgatgatgatgatgatATAAGCGATGATAATATCAAAGTCGACCCGAGTCTCAAG 261 |||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 GGAGCTGATGATGATGATGATATAAGCGGTGATGATATCAAAGTCGACCCGAGTCTCAAG 60 Query 262 TTCGAAAACCCAAGTCTTCGACAAGCCTACATTGCTCTTCAATCATGGAAACAAGCTATT 321 || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 TTTGAAAACCCGAGTCTTCGACAAGCCTACATTGCTCTTCAATCATGGAAACAAGCTATT 120 Query 322 TTCTCTGATCCTTTTAACTTCACTGCTAATTGGAATGGCTCTGATGTTTGTTCCTACAAC 381 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 TTCTCTGATCCTTTTAACTTCACTGCTAATTGGAATGGCTCTGATGTTTGTTCCTACAAC 180 Query 382 GGTATCTTTTGTGCTCCTTCTCCTTCTAGTCCGAAAACTCGAGTTGTTGCGGGTATTGAC 441 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 GGTATCTTCTGTGCTCCTTCTCCTTCTAGTCCGAAAACTCGAGTTGTTGCGGGTATTGAC 240 Query 442 CTTAACCATGCGGACATGGCTGGTTATTTACCTCGTGAGCTTGGTCTTCTCACTGATCTT 501 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 CTTAACCATGCGGACATGGCTGGTTATTTACCTCGTGAGCTTGGTCTTCTCACTGATCTT 300 Query 502 GCTCTCTTTCATCTCAACTCAAACCGCTTTTGTGGAGAAGTACCTCTCACGTTTAAACAC 561 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||| || Sbjct 301 GCTCTCTTTCATCTCAACTCAAACCGCTTCTGTGGTGAAGTTCCTATCACCTTTAAAAAC 360 Query 562 ATGAAGCTTCTCTTCGAGCTTGACTTAAGTAACAACCGTTTTGTTGGGAAGTTCCCTAAT 621 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 ATGAAGCTTCTCTTCGAGCTTGATTTAAGTAACAATCGTTTTGTTGGGAAGTTCCCTAAG 420 Query 622 GTTGTCTTGTCTTTACCTTCCCTCAAGTTCTTGGATCTTCGGTACAACGAGTTTGAAGGT 681 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 GTTGTCTTGTCTTTGCCTTCCCTCAAGTTCTTGGATCTTCGGTACAACGAGTTTGAAGGT 480 Query 682 AGTATCCCTTCGAAGCTATTCGATAAAGAGCTCGACGCGATATTCTTAAACCATAACCGG 741 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||| Sbjct 481 GGTATCCCTTCGAAGCTATTCGATAAAGAGCTTGACGCAATATTCTTGAATCATAACCGG 540 Query 742 TTTATGTTTGGGATACCCGAAAACATGGGAAACTCTCCGGTGTCTGCTCTAGTTCTTGCG 801 ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| Sbjct 541 TTTCGGTTTGGAATACCCGAAAACATGGGAAACTCTCCGGTTTCTGCTCTTGTTCTTGCG 600 Query 802 GATAATGATCTTGGAGGTTGCATACCGGGAAGTATCGGTTTAATGGGAAAGACTCTCAAC 861 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| Sbjct 601 GATAATGATCTTGGAGGTTGCATTCCGGGAAGTATTGGTTTAATGGGAAAGACTCTTAAC 660 Query 862 GAGATCATCCTCTCTAACGATAACTTAACCGGTTGCTTACCACCACAGATTGGGAATCTC 921 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 661 GAGATCATCCTCTCTAACGATAACTTAACCGGTTGCTTACCACCGCAGATTGGGAATCTC 720 Query 922 AAGAATGTGACGGTTTTCGATATCAGTTTCAACCGTTTAAGCGGTCCATTGCCATCAAGC 981 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 721 AAGAATGTGACGGTTTTCGACGTCAGTTTCAACCGTTTAAGCGGTCCATTGCCGTCAAGC 780 Query 982 ATTGGAAACATGAAGAGTTTGGAACAGCTCAATGTTGCTAACAATAGATTCACAGGAGTT 1041 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 ATTGGAAACATGAAGAGCTTGGAACAGCTCAATGTTGCTAACAATAGATTCACAGGAGTT 840 Query 1042 ATACCAAGCAGCATTTGTCAGCTCTCTAACCTTGAGAACTTCACTTATTCTTCCAACTTC 1101 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 841 ATTCCAAGCAGCATTTGTCAGCTCTCTAACCTTGAGAACTTCACTTACTCTTCCAACTTC 900 Query 1102 TTCACCGGTGATGCCCCGAGATGTGTGGCTCTTTTGGGAGACAATGTGG-TGGTTAATGG 1160 ||||| |||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||| Sbjct 901 TTCACTGGTGATGCTCCGAGATGTGCGGCTCTTTCGGGAGACAATGTGGCTG-TTAATGG 959 Query 1161 CTCGATGAATTGTATTGATGGTAAAGAA-GATCAAAGATCGTCTAAAGAGTGTTCTTCTC 1219 ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 960 CTCGATGAATTGTATTGCTGGTAAAGAACG-TCAAAGATCGTCTAAAGAATGTTCTTCTC 1018 Query 1220 CAGCCTCACGCTCTGTTGATTGTAGTAAGTTTGGGTGTAACAACTTTTTCTCTCCTCCAC 1279 ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||| |||| Sbjct 1019 CAGCCTCACGCCCTGTTGATTGTACTAAATTTGGATGCAACAACTTTTTCTCTCCACCAC 1078 Query 1280 CACCGTCTTTTAAGATGTCACCCACCGTTCGAGTACTTCCTCCACCGCCTCCGTCTTCCA 1339 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1079 CACCGTCTTTTAAGATGTCACCCACCGTCCGAGTACTTCCTCCACCCCCTCCGTCTTCCA 1138 Query 1340 AGATGTCGCCTACATTTAGAGCAACTCCGCCACCGCCGTCTTCTAAGATGTCACC-ATCT 1398 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || | || Sbjct 1139 AGATGTCGCCTACATTTAGAGCAACTCCACCACCGCCTTCTTCTAAGATGTCGCCTA-CT 1197 Query 1399 TTTAGAGCAACTCCGCCACCGCCTTCTTCTAAAATGTCGCCTTCTTTTAGAGCAACTCCG 1458 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1198 TTTAGAGCAACTCCGCCACCGCCTTCTTCTAAGATGTCGCCTACTTTTAGAGCAACTCCG 1257 Query 1459 CCACCACCTTCTTCTAAGATGTCGCCTTCCGTCAAGGCGTATCCTCCTCCTCCACCACCG 1518 ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| Sbjct 1258 CCACCGCCTTCTTCCAAGATGTCGCCTTCCGTCAAGGCCTATCCTCCTCCCCCGCCACCG 1317 Query 1519 CCAGAGTATGAGCCATCTCCGCCTCCTCCTTCTTCCGAAATGTCACCTTCCGTTAGGGCA 1578 ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| Sbjct 1318 CCAAAGTATGAGCCATCTCCACCTCCTCCTTCTTCCGGAATGTCACCTTCCGTTAGAGCA 1377 Query 1579 TACCCTccaccaccaccactatcaccaccaccaccatctcctcctccaccatacatctac 1638 |||||||||||||||||| | | || | ||||||||||||||||||| Sbjct 1378 TACCCTCCACCACCACCA-T--C-------------TC-C-TCCTCCACCATACATCTAC 1419 Query 1639 tcatctcctccaccaccgtcaccatctcctcctccGCCATACATTTACTCATCTCCTCC- 1697 ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| Sbjct 1420 TCATCTCCTCCTCTGCCGTCACCATCTCCTCCTCCCCCATACATCTACTCATCTCCTCCA 1479 Query 1698 --------GCCCGTAGTTAACTGTCCACCCACAACACAAAGTCCCCCACCTCCG--A--- 1744 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | Sbjct 1480 CCACCTCCGCCCGTAGTTAACTGTCCACCCACAACACAAAGTCCCCCACCGCCACCACCT 1539 Query 1745 --AATAT--GAGCAAACTCCTTCACCAAGGGAATACTATCCATCACCTTCACCACCTTAC 1800 ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1540 CCAATATATGAGCAACCCCCTTCACCAAGGGAATACTATCCATCACCTTCACCACCTTAC 1599 Query 1801 TACCAATACACGTCTTCTCCGCCACCGCCTACTTACTAC-GCCACTCAATCTCCACCGCC 1859 |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | Sbjct 1600 TACCAACACACATCTTCAAGGCCACCGCCTACTTACTACAGCCGCTCAATCTCCACCGGC 1659 Query 1860 A-CCACCACCGC-CTACT-TACTACGCTGTT-CA-A-TCTCCCCCGCCACCACCACCGGT 1913 | || |||||| ||||| || || | ||| || | ||| | || || |||| | | Sbjct 1660 AACCGCCACCGGTCTACTATAG-AC-CGGTTACACAATCTTCTCCTCCTTCACC---GTT 1714 Query 1914 ATACTACCCACCTGTAACAGCAAGTCCTCCTCCACCACCGGTCTACTATACACCGGTTAT 1973 ||||| ||||| | || ||| ||| || |||||||||||||||||| |||| |||| Sbjct 1715 TTACTATTCACCTATTACT-CAAATCCACCACCACCACCGGTCTACTATCCACCAGTTAC 1773 Query 1974 ACAATCTCCTCCTCCTCCACCGGTTTACTATTCACCTGTTACCCAAAGTCCTCCACCACC 2033 |||| ||| | ||| ||||| ||||| ||| | || || || ||||| ||||||||||| Sbjct 1774 ACAAAGTCCACTTCCCCCACCAGTTTATTATCCTCCGGTAACACAAAGCCCTCCACCACC 1833 Query 2034 ACCACCGGTTTACTATCCCCCGGTAACACAAAG---TCCACCACCATCACCGGTCTACTA 2090 |||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| Sbjct 1834 ACCACCAGTCTACTATCCACCGGTAACACAAAGCCCTCCACCGCCAGCACCGGTCTACTA 1893 Query 2091 TCCGCCAGTTACCCAAAGTCCACCTCCCCCACCA 2124 ||| || || || ||||| |||||||| || ||| Sbjct 1894 TCCACC-GTAACACAAAGCCCACCTCCACCGCCA 1926 Score = 564 bits (305), Expect = 1e-159 Identities = 435/495 (88%), Gaps = 20/495 (4%) Strand=Plus/Plus Query 1990 CCACCGGTTTACTATTCACCTGTTACCCAAAGTCCTCCACCACCACCACCGGTTTACTAT 2049 |||||||| |||||| ||| ||||| | || | || | || || ||||| |||||||| Sbjct 1665 CCACCGGTCTACTATAGACCGGTTACAC-AA-T-CTTCTCCTCCTTCACCGTTTTACTAT 1721 Query 2050 CCCCCGGTAACACAAAGTCCACCACCATCACCGGTCTACTATCCGCCAGTTACCCAAAGT 2109 | || | || |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| Sbjct 1722 TCACCTATTACTCAAA-TCCACCACCACCACCGGTCTACTATCCACCAGTTACACAAAGT 1780 Query 2110 CCACCTCCCCCACCAGTTTATTATCTTCCAGTAACTCAAAGCCCTCCACCGCCATCACCA 2169 |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||| Sbjct 1781 CCACTTCCCCCACCAGTTTATTATCCTCCGGTAACACAAAGCCCTCCACCACCACCACCA 1840 Query 2170 GTCTACTATCCACCGGTAGCAAAAAGCCCTCCACCACCATCACCAGTCTACTATCCACCG 2229 |||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| Sbjct 1841 GTCTACTATCCACCGGTAACACAAAGCCCTCCACCGCCAGCACCGGTCTACTATCCACC- 1899 Query 2230 GTAACACAAAGCCCACCTCCACCGTCAACACCAGTTGAGTACCATCCACCGGCAAGCCCA 2289 |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1900 GTAACACAAAGCCCACCTCCACCGCCACCACCAGTTGAGTACCATCCACCGGCAAGCCCA 1959 Query 2290 AACCAGTCTCCACCACC---GGAGTATCAATCACCACCACCAAAGGGATGCAACGACAGT 2346 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1960 AACCAGTCTCCACCACCACCGGAGTATCAATCACCACCACAAAAGGGATGCAACGACAGT 2019 Query 2347 CCAAGTAACGACCATCACTACCAAACACCAACACCACCTTCTCTGCCGCCTCCATATTAC 2406 | | | | || | || | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| Sbjct 2020 C-A--T--C-AC--T-AC--C-AAACACCAACACCACCTTCTCCGCCGCCTCCATCCTAC 2067 Query 2407 GAAGACACACCTCTTCCGCCTATCCGCGGTGTCTCTTATGCGTCTCCTCCTCCACCATCA 2466 || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2068 GACGACACACCTCTTCCGCCGATCCGCGGTGTCTCTTATGCGTCCCCTCCTCCACCATCA 2127 Query 2467 ATCCCATACTACTAA 2481 ||||||||||||||| Sbjct 2128 ATCCCATACTACTAA 2142 Score = 178 bits (96), Expect = 2e-43 Identities = 152/178 (85%), Gaps = 8/178 (4%) Strand=Plus/Plus Query 1267 TTCTCTCCTCCACCACCGTCTTTTAAGATGTCACCCACCGTTCGAG-TACTTCCTCCACC 1325 ||| |||| || || ||||||| |||||||| || || || ||| || ||| ||||| Sbjct 1115 TTC-CTCCACCCCCTCCGTCTTCCAAGATGTCGCCTACATTTAGAGCAAC-TCCACCACC 1172 Query 1326 GCCTCCGTCTTCCAAGATGTCGCCTACATTTAGAGCAACTCCGCCACCGCCGTCTTCTAA 1385 |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1173 GCCT---TCTTCTAAGATGTCGCCTACTTTTAGAGCAACTCCGCCACCGCCTTCTTCTAA 1229 Query 1386 GATGTCACCAT-CTTTTAGAGCAACTCCGCCACCGCCTTCTTCTAAAATGTCGCCTTC 1442 |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| Sbjct 1230 GATGTCGCC-TACTTTTAGAGCAACTCCGCCACCGCCTTCTTCCAAGATGTCGCCTTC 1286 Score = 159 bits (86), Expect = 7e-38 Identities = 185/232 (80%), Gaps = 9/232 (4%) Strand=Plus/Plus Query 2031 ACCACCACCGGTTTACTATCCCCCGGTAACACAAAGTCCACCACCATCACCGGTCTACTA 2090 ||| |||||||| |||||| ||||| |||||| | | || || |||||| | ||||| Sbjct 1661 ACCGCCACCGGTCTACTATAGACCGGTTACACAATCTTCTCCTCCTTCACCGTTTTACTA 1720 Query 2091 TCCGCC-AGTTACCCAAAGTCCACCTCCCCCACCAGTTTATTATCTTCCAGTAACTCAAA 2149 | | || | |||| |||| |||||| || ||||| || || |||| ||||| || |||| Sbjct 1721 TTCACCTA-TTACTCAAA-TCCACCACCACCACCGGTCTACTATCCACCAGTTACACAAA 1778 Query 2150 GCCCTCCACCGCCATCACCAGTCTACTATCCACCGGTAGCAAAAAGCCCTCCACCACCAT 2209 | ||||| || ||||||| || ||||| |||||| || ||||||||||||||||| Sbjct 1779 G---TCCACTTCCCCCACCAGTTTATTATCCTCCGGTAACACAAAGCCCTCCACCACCAC 1835 Query 2210 CACCAGTCTACTATCCACCGGTAACACAAAGCCCACCTCCACCGTCAACACC 2261 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| Sbjct 1836 CACCAGTCTACTATCCACCGGTAACACAAAGCCC---TCCACCGCCAGCACC 1884 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 93511551475 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5