BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G62440.1
Length=2481
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475099 jgi|Araly1|475099|fgenesh2_kg.2__229__AT1G62440.1 2529 0.0
> Ahg475099 jgi|Araly1|475099|fgenesh2_kg.2__229__AT1G62440.1
Length=2142
Score = 2529 bits (1369), Expect = 0.0
Identities = 1769/1954 (91%), Gaps = 59/1954 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 202 GGAgatgatgatgatgatgatATAAGCGATGATAATATCAAAGTCGACCCGAGTCTCAAG 261
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Sbjct 1 GGAGCTGATGATGATGATGATATAAGCGGTGATGATATCAAAGTCGACCCGAGTCTCAAG 60
Query 262 TTCGAAAACCCAAGTCTTCGACAAGCCTACATTGCTCTTCAATCATGGAAACAAGCTATT 321
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Sbjct 61 TTTGAAAACCCGAGTCTTCGACAAGCCTACATTGCTCTTCAATCATGGAAACAAGCTATT 120
Query 322 TTCTCTGATCCTTTTAACTTCACTGCTAATTGGAATGGCTCTGATGTTTGTTCCTACAAC 381
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Sbjct 121 TTCTCTGATCCTTTTAACTTCACTGCTAATTGGAATGGCTCTGATGTTTGTTCCTACAAC 180
Query 382 GGTATCTTTTGTGCTCCTTCTCCTTCTAGTCCGAAAACTCGAGTTGTTGCGGGTATTGAC 441
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Sbjct 181 GGTATCTTCTGTGCTCCTTCTCCTTCTAGTCCGAAAACTCGAGTTGTTGCGGGTATTGAC 240
Query 442 CTTAACCATGCGGACATGGCTGGTTATTTACCTCGTGAGCTTGGTCTTCTCACTGATCTT 501
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Sbjct 241 CTTAACCATGCGGACATGGCTGGTTATTTACCTCGTGAGCTTGGTCTTCTCACTGATCTT 300
Query 502 GCTCTCTTTCATCTCAACTCAAACCGCTTTTGTGGAGAAGTACCTCTCACGTTTAAACAC 561
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Sbjct 301 GCTCTCTTTCATCTCAACTCAAACCGCTTCTGTGGTGAAGTTCCTATCACCTTTAAAAAC 360
Query 562 ATGAAGCTTCTCTTCGAGCTTGACTTAAGTAACAACCGTTTTGTTGGGAAGTTCCCTAAT 621
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Sbjct 361 ATGAAGCTTCTCTTCGAGCTTGATTTAAGTAACAATCGTTTTGTTGGGAAGTTCCCTAAG 420
Query 622 GTTGTCTTGTCTTTACCTTCCCTCAAGTTCTTGGATCTTCGGTACAACGAGTTTGAAGGT 681
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Sbjct 421 GTTGTCTTGTCTTTGCCTTCCCTCAAGTTCTTGGATCTTCGGTACAACGAGTTTGAAGGT 480
Query 682 AGTATCCCTTCGAAGCTATTCGATAAAGAGCTCGACGCGATATTCTTAAACCATAACCGG 741
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Sbjct 481 GGTATCCCTTCGAAGCTATTCGATAAAGAGCTTGACGCAATATTCTTGAATCATAACCGG 540
Query 742 TTTATGTTTGGGATACCCGAAAACATGGGAAACTCTCCGGTGTCTGCTCTAGTTCTTGCG 801
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Sbjct 541 TTTCGGTTTGGAATACCCGAAAACATGGGAAACTCTCCGGTTTCTGCTCTTGTTCTTGCG 600
Query 802 GATAATGATCTTGGAGGTTGCATACCGGGAAGTATCGGTTTAATGGGAAAGACTCTCAAC 861
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Sbjct 601 GATAATGATCTTGGAGGTTGCATTCCGGGAAGTATTGGTTTAATGGGAAAGACTCTTAAC 660
Query 862 GAGATCATCCTCTCTAACGATAACTTAACCGGTTGCTTACCACCACAGATTGGGAATCTC 921
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Sbjct 661 GAGATCATCCTCTCTAACGATAACTTAACCGGTTGCTTACCACCGCAGATTGGGAATCTC 720
Query 922 AAGAATGTGACGGTTTTCGATATCAGTTTCAACCGTTTAAGCGGTCCATTGCCATCAAGC 981
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Sbjct 721 AAGAATGTGACGGTTTTCGACGTCAGTTTCAACCGTTTAAGCGGTCCATTGCCGTCAAGC 780
Query 982 ATTGGAAACATGAAGAGTTTGGAACAGCTCAATGTTGCTAACAATAGATTCACAGGAGTT 1041
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Sbjct 781 ATTGGAAACATGAAGAGCTTGGAACAGCTCAATGTTGCTAACAATAGATTCACAGGAGTT 840
Query 1042 ATACCAAGCAGCATTTGTCAGCTCTCTAACCTTGAGAACTTCACTTATTCTTCCAACTTC 1101
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Sbjct 841 ATTCCAAGCAGCATTTGTCAGCTCTCTAACCTTGAGAACTTCACTTACTCTTCCAACTTC 900
Query 1102 TTCACCGGTGATGCCCCGAGATGTGTGGCTCTTTTGGGAGACAATGTGG-TGGTTAATGG 1160
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Sbjct 901 TTCACTGGTGATGCTCCGAGATGTGCGGCTCTTTCGGGAGACAATGTGGCTG-TTAATGG 959
Query 1161 CTCGATGAATTGTATTGATGGTAAAGAA-GATCAAAGATCGTCTAAAGAGTGTTCTTCTC 1219
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Sbjct 960 CTCGATGAATTGTATTGCTGGTAAAGAACG-TCAAAGATCGTCTAAAGAATGTTCTTCTC 1018
Query 1220 CAGCCTCACGCTCTGTTGATTGTAGTAAGTTTGGGTGTAACAACTTTTTCTCTCCTCCAC 1279
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Sbjct 1019 CAGCCTCACGCCCTGTTGATTGTACTAAATTTGGATGCAACAACTTTTTCTCTCCACCAC 1078
Query 1280 CACCGTCTTTTAAGATGTCACCCACCGTTCGAGTACTTCCTCCACCGCCTCCGTCTTCCA 1339
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Sbjct 1079 CACCGTCTTTTAAGATGTCACCCACCGTCCGAGTACTTCCTCCACCCCCTCCGTCTTCCA 1138
Query 1340 AGATGTCGCCTACATTTAGAGCAACTCCGCCACCGCCGTCTTCTAAGATGTCACC-ATCT 1398
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Sbjct 1139 AGATGTCGCCTACATTTAGAGCAACTCCACCACCGCCTTCTTCTAAGATGTCGCCTA-CT 1197
Query 1399 TTTAGAGCAACTCCGCCACCGCCTTCTTCTAAAATGTCGCCTTCTTTTAGAGCAACTCCG 1458
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Sbjct 1198 TTTAGAGCAACTCCGCCACCGCCTTCTTCTAAGATGTCGCCTACTTTTAGAGCAACTCCG 1257
Query 1459 CCACCACCTTCTTCTAAGATGTCGCCTTCCGTCAAGGCGTATCCTCCTCCTCCACCACCG 1518
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Sbjct 1258 CCACCGCCTTCTTCCAAGATGTCGCCTTCCGTCAAGGCCTATCCTCCTCCCCCGCCACCG 1317
Query 1519 CCAGAGTATGAGCCATCTCCGCCTCCTCCTTCTTCCGAAATGTCACCTTCCGTTAGGGCA 1578
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Sbjct 1318 CCAAAGTATGAGCCATCTCCACCTCCTCCTTCTTCCGGAATGTCACCTTCCGTTAGAGCA 1377
Query 1579 TACCCTccaccaccaccactatcaccaccaccaccatctcctcctccaccatacatctac 1638
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Sbjct 1378 TACCCTCCACCACCACCA-T--C-------------TC-C-TCCTCCACCATACATCTAC 1419
Query 1639 tcatctcctccaccaccgtcaccatctcctcctccGCCATACATTTACTCATCTCCTCC- 1697
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Sbjct 1420 TCATCTCCTCCTCTGCCGTCACCATCTCCTCCTCCCCCATACATCTACTCATCTCCTCCA 1479
Query 1698 --------GCCCGTAGTTAACTGTCCACCCACAACACAAAGTCCCCCACCTCCG--A--- 1744
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Sbjct 1480 CCACCTCCGCCCGTAGTTAACTGTCCACCCACAACACAAAGTCCCCCACCGCCACCACCT 1539
Query 1745 --AATAT--GAGCAAACTCCTTCACCAAGGGAATACTATCCATCACCTTCACCACCTTAC 1800
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Sbjct 1540 CCAATATATGAGCAACCCCCTTCACCAAGGGAATACTATCCATCACCTTCACCACCTTAC 1599
Query 1801 TACCAATACACGTCTTCTCCGCCACCGCCTACTTACTAC-GCCACTCAATCTCCACCGCC 1859
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Sbjct 1600 TACCAACACACATCTTCAAGGCCACCGCCTACTTACTACAGCCGCTCAATCTCCACCGGC 1659
Query 1860 A-CCACCACCGC-CTACT-TACTACGCTGTT-CA-A-TCTCCCCCGCCACCACCACCGGT 1913
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Sbjct 1660 AACCGCCACCGGTCTACTATAG-AC-CGGTTACACAATCTTCTCCTCCTTCACC---GTT 1714
Query 1914 ATACTACCCACCTGTAACAGCAAGTCCTCCTCCACCACCGGTCTACTATACACCGGTTAT 1973
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Sbjct 1715 TTACTATTCACCTATTACT-CAAATCCACCACCACCACCGGTCTACTATCCACCAGTTAC 1773
Query 1974 ACAATCTCCTCCTCCTCCACCGGTTTACTATTCACCTGTTACCCAAAGTCCTCCACCACC 2033
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Sbjct 1774 ACAAAGTCCACTTCCCCCACCAGTTTATTATCCTCCGGTAACACAAAGCCCTCCACCACC 1833
Query 2034 ACCACCGGTTTACTATCCCCCGGTAACACAAAG---TCCACCACCATCACCGGTCTACTA 2090
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Sbjct 1834 ACCACCAGTCTACTATCCACCGGTAACACAAAGCCCTCCACCGCCAGCACCGGTCTACTA 1893
Query 2091 TCCGCCAGTTACCCAAAGTCCACCTCCCCCACCA 2124
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Sbjct 1894 TCCACC-GTAACACAAAGCCCACCTCCACCGCCA 1926
Score = 564 bits (305), Expect = 1e-159
Identities = 435/495 (88%), Gaps = 20/495 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1990 CCACCGGTTTACTATTCACCTGTTACCCAAAGTCCTCCACCACCACCACCGGTTTACTAT 2049
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Sbjct 1665 CCACCGGTCTACTATAGACCGGTTACAC-AA-T-CTTCTCCTCCTTCACCGTTTTACTAT 1721
Query 2050 CCCCCGGTAACACAAAGTCCACCACCATCACCGGTCTACTATCCGCCAGTTACCCAAAGT 2109
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Sbjct 1722 TCACCTATTACTCAAA-TCCACCACCACCACCGGTCTACTATCCACCAGTTACACAAAGT 1780
Query 2110 CCACCTCCCCCACCAGTTTATTATCTTCCAGTAACTCAAAGCCCTCCACCGCCATCACCA 2169
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Sbjct 1781 CCACTTCCCCCACCAGTTTATTATCCTCCGGTAACACAAAGCCCTCCACCACCACCACCA 1840
Query 2170 GTCTACTATCCACCGGTAGCAAAAAGCCCTCCACCACCATCACCAGTCTACTATCCACCG 2229
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Sbjct 1841 GTCTACTATCCACCGGTAACACAAAGCCCTCCACCGCCAGCACCGGTCTACTATCCACC- 1899
Query 2230 GTAACACAAAGCCCACCTCCACCGTCAACACCAGTTGAGTACCATCCACCGGCAAGCCCA 2289
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Sbjct 1900 GTAACACAAAGCCCACCTCCACCGCCACCACCAGTTGAGTACCATCCACCGGCAAGCCCA 1959
Query 2290 AACCAGTCTCCACCACC---GGAGTATCAATCACCACCACCAAAGGGATGCAACGACAGT 2346
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Sbjct 1960 AACCAGTCTCCACCACCACCGGAGTATCAATCACCACCACAAAAGGGATGCAACGACAGT 2019
Query 2347 CCAAGTAACGACCATCACTACCAAACACCAACACCACCTTCTCTGCCGCCTCCATATTAC 2406
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Sbjct 2020 C-A--T--C-AC--T-AC--C-AAACACCAACACCACCTTCTCCGCCGCCTCCATCCTAC 2067
Query 2407 GAAGACACACCTCTTCCGCCTATCCGCGGTGTCTCTTATGCGTCTCCTCCTCCACCATCA 2466
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Sbjct 2068 GACGACACACCTCTTCCGCCGATCCGCGGTGTCTCTTATGCGTCCCCTCCTCCACCATCA 2127
Query 2467 ATCCCATACTACTAA 2481
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Sbjct 2128 ATCCCATACTACTAA 2142
Score = 178 bits (96), Expect = 2e-43
Identities = 152/178 (85%), Gaps = 8/178 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1267 TTCTCTCCTCCACCACCGTCTTTTAAGATGTCACCCACCGTTCGAG-TACTTCCTCCACC 1325
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Sbjct 1115 TTC-CTCCACCCCCTCCGTCTTCCAAGATGTCGCCTACATTTAGAGCAAC-TCCACCACC 1172
Query 1326 GCCTCCGTCTTCCAAGATGTCGCCTACATTTAGAGCAACTCCGCCACCGCCGTCTTCTAA 1385
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Sbjct 1173 GCCT---TCTTCTAAGATGTCGCCTACTTTTAGAGCAACTCCGCCACCGCCTTCTTCTAA 1229
Query 1386 GATGTCACCAT-CTTTTAGAGCAACTCCGCCACCGCCTTCTTCTAAAATGTCGCCTTC 1442
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Sbjct 1230 GATGTCGCC-TACTTTTAGAGCAACTCCGCCACCGCCTTCTTCCAAGATGTCGCCTTC 1286
Score = 159 bits (86), Expect = 7e-38
Identities = 185/232 (80%), Gaps = 9/232 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 2031 ACCACCACCGGTTTACTATCCCCCGGTAACACAAAGTCCACCACCATCACCGGTCTACTA 2090
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Sbjct 1661 ACCGCCACCGGTCTACTATAGACCGGTTACACAATCTTCTCCTCCTTCACCGTTTTACTA 1720
Query 2091 TCCGCC-AGTTACCCAAAGTCCACCTCCCCCACCAGTTTATTATCTTCCAGTAACTCAAA 2149
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Sbjct 1721 TTCACCTA-TTACTCAAA-TCCACCACCACCACCGGTCTACTATCCACCAGTTACACAAA 1778
Query 2150 GCCCTCCACCGCCATCACCAGTCTACTATCCACCGGTAGCAAAAAGCCCTCCACCACCAT 2209
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Sbjct 1779 G---TCCACTTCCCCCACCAGTTTATTATCCTCCGGTAACACAAAGCCCTCCACCACCAC 1835
Query 2210 CACCAGTCTACTATCCACCGGTAACACAAAGCCCACCTCCACCGTCAACACC 2261
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Sbjct 1836 CACCAGTCTACTATCCACCGGTAACACAAAGCCC---TCCACCGCCAGCACC 1884
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93511551475
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5