BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G62680.1
Length=2301
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg924726 jgi|Araly1|924726|scaffold_200287.1 2521 0.0
> Ahg924726 jgi|Araly1|924726|scaffold_200287.1
Length=1695
Score = 2521 bits (1365), Expect = 0.0
Identities = 1575/1676 (94%), Gaps = 15/1676 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 11 GAACATCGAAATGCAGAGATCGATTGCGATGACGGCGAAGAGATTTCTTCATCGCAATCT 70
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 12 GAA-ATCGAAATGCAGAGATCGATTGCGATGACGGCGAAGAGATTTCTTCATCGCAATCT 70
Query 71 TCTCGAGAATGGTAAACCCAGAACTGCTTCTTCTCCTTCGTTTAGCCATTGCAGTTCCTG 130
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 71 TCTTGAGAATGGTAAACCTAGAACTGCTTCTTCTCCTTCGTTTAGCCATTGCAGTTCCTG 130
Query 131 TCGTTGCTGGGTACGAGCTTCTTCAAGCGTCAGTGGTGGTGATTTGCGAGAGAGATTAAG 190
|||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 131 TCGTTGCTCGGCACGAGCTTCTTCTAGCGTCAGTGGTGGTGATCTGCGAGAGAGATTAAG 190
Query 191 CAAAACTCGGCTTCGTGATATAAAGCTAAACGATGCGATTGATCTATTCAGTGACATGGT 250
|||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||| || |||||
Sbjct 191 CAAAACTCGGCTTCGTGATATAAAGCTACATGATGCGATTAATCTGTTCAGAGAAATGGT 250
Query 251 CAAGTCTCGTCCCTTTCCTTCCATTGTCGATTTCAATAGATTGCTGAGTGCCATTGTTAA 310
|||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 251 CAAGACTCGTCCCTTCCCTTCCATTGTCGATTTCAATAGATTGTTGAGTGCCATTGTTAA 310
Query 311 -ATTGAAGAAGTATGATGTTGTTATCTCTTTGGGGAAGAAGATGGAAGTTTTGGGGATTC 369
| |||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 311 GA-TGAAGAAGTACGATGTTGTGATATCTCTGGGGAAGAAGATGGAAATTTTGGGGATTC 369
Query 370 GAAATGATCTTTATACATTTAACATTGTGATTAATTGTTTCTGTTGCTGTTTTCAAGTCT 429
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 370 GAAATGATCTTTATACATTCAATATTGTGATTAATTGTTTTTGTTGCTGTTTTCAAGTCT 429
Query 430 CTCTAGCTTTATCTATTCTTGGCAAGATGTTGAAACTTGGTTATGAGCCAGATAGAGTCA 489
|||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 430 CTCTTGCTTTATCTGTTCTTGGTAAGATGTTGAAACTTGGTTATGAGCCAGATAGAGTCA 489
Query 490 CGATTGGATCTCTTGTTAACGGATTTTGTCGTAGGAATAGAGTTTCTGATGCTGTATCTT 549
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 490 CGATTGGATCTCTTGTTAATGGATTTTGTCGTAGGAATAGAGTTTCTGATGCTGTATCTT 549
Query 550 TGGTTGATAAGATGGTGGAGATTGGATATAAACCTGATATTGTTGCTTACAACGCGATTA 609
|||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 550 TGGTTGATAAGATGGTGGAGATCGGATATAGACCGGATATTGTTGCGTACAACGCGATCA 609
Query 610 TTGATAGTCTTTGCAAAACCAAACGTGTGAATGATGCT-TTCGATTTTTTCAAGGAAATT 668
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 610 TTGATAGTCTTTGCAAAACCAGACGTGTGAATGATGCTCTT-GATTTTTTCAAGGAAATT 668
Query 669 GAAAGGAAAGGGATTAGACCGAATGTTGTTACCTACACTGCGCTTGTTAACGGTCTTTGT 728
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 669 GGAAGGAAAGGGATTCGACCGAATGTTGTTACCTACACTGCGCTTGTAAATGGTCTTTGT 728
Query 729 AATTC-GAGTAGATGGAGCGATGCTGCTCGACTTTTGAGTGATATGATCAAGAAGAAAAT 787
||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 729 AATTCTG-GTAGATGGAGCGATGCTGCTCGGCTTTTGAGAGATATGATCAAGAGGAAAAT 787
Query 788 CACTCCTAATGTGATTACTTACAGTGCGTTGCTTGATGCGTTTGTGAAAAACGGAAAGGT 847
|| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 788 TACCCCTAATGTTATTACTTATAGTGCGTTGCTCGATGCGTTTGTGAAAAACGGAAAGGT 847
Query 848 TTTGGAGGCTAAAGAGCTTTTCGAGGAGATGGTACGAATGTCTATTGATCCTGATATCGT 907
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 848 TTTGGAGGCTAAAGAGCTTTTTGAGGAGATGGTACGAATGTCTATTGATCCTGATATCGT 907
Query 908 GACTTACAGTTCGTTGATCAATGGGCTTTGTTTGCATGATCGGATAGATGAGGCTAATCA 967
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 908 GACTTACAGTTCGTTGATCAATGGGCTTTGTTTACACGATCGCATAGATGAGGCCAACCA 967
Query 968 AATGTTTGATTTGATGGTTAGCAAGGGTTGTTTAGCAGATGTAGTGAGTTACAACACTCT 1027
|||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 968 AATGTTTGATTTGATGGTAAGCAAGGGTTGTTTCCCAGATGTAGTGAGTTACAACACTCT 1027
Query 1028 TATAAATGGATTTTGTAAGGCGAAGAGAGTAGAGGATGGGATGAAACTGTTTCGTGAGAT 1087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1028 TATAAATGGATTTTGTAAGGCGAAGAGAGTAGAGGATGGGATGAAACTGTTTCGTGAGAT 1087
Query 1088 GTCTCAGAGAGGATTAGTTAGCAATACGGTTACTTACAACACTCTTATCCAAGGGTTTTT 1147
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1088 GTCTCAGAGAGGATTAGTTAGCAATACAGTCACTTACAACACTCTTATCCAAGGGTTTTT 1147
Query 1148 TCAAGCAGGCGATGTTGATAAAGCTCAGGAATTTTTTAGTCAGATGGAtttttttGGTAT 1207
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 1148 TCAAGCAGGCGATGTTGATAAAGCTCAAGAATTTTTTAGTCAGATGGATTCTTTTGGTGT 1207
Query 1208 CTCTCCTGATATTTGGACCTATAACATTTTGTTAGGTGGTCTTTGTGACAACGGGGAGCT 1267
||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1208 CTCTCCTGACATTTGGACCTATAACATTTTGCTAGGTGGTCTTTGTGACAACGGGTTGCT 1267
Query 1268 AGAGAAAGCACTGGTGATATTTGAAGATATGCAAAAGAGGGAAATGGATCTTGATATTGT 1327
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1268 AGAGAAAGCGTTGGTGATATTTGAAGATATGCAAAAGAGTGAAATGGATCTTGATATTGT 1327
Query 1328 CACATATACTACTGTTATCCGAGGAATGTGCAAGACTGGTAAGGTTGAAGAAGCTTGGAG 1387
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |
Sbjct 1328 CACATATACTACTGTTATCCAAGGAATGTGCAAGACTGGTAAGGTGGAAGATGGTTGGGG 1387
Query 1388 TTTATTTTGTAGCCTCAGCCTCAAAGGATTGAAGCCAGATATTGTAACATACACTACAAT 1447
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388 TTTATTTTGTAGCCTCAGCCTTAAAGGATTGAAGCCTGATATTGTAACATACACTACAAT 1447
Query 1448 GATGTCAGGGTTGTGTACGAAAGGCCTACTACATGAAGTTGAAGCACTGTATACAAAAAT 1507
|||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1448 GATGTCAGGGTTGTGTACAAAAGGCCTACAACATGAAGTTGAAGCACTGTATACAAAAAT 1507
Query 1508 GAAACAAGAGGGGCTTATGAAAAATGACTGCA--C---GC-TTAGCGATGGTGACATAAC 1561
|||||||||||||||||||||||||||| ||| | || || | ||||||||||||||
Sbjct 1508 GAAACAAGAGGGGCTTATGAAAAATGACAGCATGCTATGCCTTGGAGATGGTGACATAAC 1567
Query 1562 TTTATCAGCTGAACTTATCAAGAAAATGTTGAGCTGTGGCTATGCACCGTCCTTGCTTAA 1621
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1568 CATATCAGCTGAACTCATCAAGAAAATGTTGAGCTGTGGCTATGCACCGTCCTTGCTTGG 1627
Query 1622 AGATATAAAATCTG-GGGTATGCAAAAAAGCTCTGTCTCTCTTGTAATTGTTACTG 1676
||| || ||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628 AGACATCAAACCTGTGGG-ATGCAAAAAAGCTCTGTCTCTCTTGTAATTGTTACTG 1682
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86655307375
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5